Esta es la aplicación de Windows llamada FineSplice cuya última versión se puede descargar como FineSplice-0.2.2.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada FineSplice con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie cualquier emulador en línea de OS OnWorks desde este sitio web, pero mejor emulador en línea de Windows.
- 5. Desde el sistema operativo OnWorks Windows que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación e instálala.
- 7. Descargue Wine desde los repositorios de software de sus distribuciones de Linux. Una vez instalada, puede hacer doble clic en la aplicación para ejecutarla con Wine. También puedes probar PlayOnLinux, una elegante interfaz sobre Wine que te ayudará a instalar programas y juegos populares de Windows.
Wine es una forma de ejecutar software de Windows en Linux, pero no requiere Windows. Wine es una capa de compatibilidad de Windows de código abierto que puede ejecutar programas de Windows directamente en cualquier escritorio de Linux. Esencialmente, Wine está tratando de volver a implementar una cantidad suficiente de Windows desde cero para poder ejecutar todas esas aplicaciones de Windows sin necesidad de Windows.
SCREENSHOTS
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empalme fino
DESCRIPCIÓN
FineSplice es un envoltorio de Python para TopHat2 orientado a una identificación confiable de uniones de exón expresadas a partir de datos de RNA-Seq, con una precisión de detección mejorada con una pequeña pérdida de sensibilidad.
Después de la alineación con TopHat2 utilizando anotaciones de transcripción conocidas, FineSplice toma como entrada el archivo BAM resultante y genera un conjunto confiable de uniones de empalme expresadas con los recuentos de lectura correspondientes. Los posibles falsos positivos que surgen de alineaciones espurias se filtran mediante una estrategia de detección de anomalías semisupervisada basada en regresión logística. Varias lecturas de mapeo con una ubicación única después del filtrado se rescatan y reasignan a la ubicación candidata más confiable.
FineSplice requiere Python 2.x (>= 2.6) con los siguientes módulos instalados: pysam (http://code.google.com/p/pysam/) y scikit-learn (http://scikit-learn.org/).
Para más detalles consulta nuestra publicación: Nucl. Ácidos Res. (2014) doi: 10.1093/nar/gku166
Caracteristicas
- Alinee con TopHat2 utilizando anotaciones de transcripción para un rendimiento de mapeo superior
- Ejecute FineSplice para deshacerse de alineaciones con huecos poco fiables y mejorar la precisión de detección de empalmes.
- Genera un conjunto confiable de uniones exón-exón con los recuentos de lectura correspondientes para análisis posteriores
Lenguaje de programación
Python
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener desde https://sourceforge.net/projects/finesplice/. Ha sido alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
