Esta es la aplicación de Windows llamada nichenetr cuya última versión se puede descargar como v2.0.4.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada nichenetr con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie cualquier emulador en línea de OS OnWorks desde este sitio web, pero mejor emulador en línea de Windows.
- 5. Desde el sistema operativo OnWorks Windows que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación e instálala.
- 7. Descargue Wine desde los repositorios de software de sus distribuciones de Linux. Una vez instalada, puede hacer doble clic en la aplicación para ejecutarla con Wine. También puedes probar PlayOnLinux, una elegante interfaz sobre Wine que te ayudará a instalar programas y juegos populares de Windows.
Wine es una forma de ejecutar software de Windows en Linux, pero no requiere Windows. Wine es una capa de compatibilidad de Windows de código abierto que puede ejecutar programas de Windows directamente en cualquier escritorio de Linux. Esencialmente, Wine está tratando de volver a implementar una cantidad suficiente de Windows desde cero para poder ejecutar todas esas aplicaciones de Windows sin necesidad de Windows.
SCREENSHOTS
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nichenetr
DESCRIPCIÓN
nichenetr: la implementación en R del método NicheNet. El objetivo de NicheNet es estudiar la comunicación intercelular desde una perspectiva computacional. NicheNet utiliza datos de expresión genética humana o de ratón de células que interactúan como entrada y los combina con un modelo previo que integra el conocimiento existente sobre las rutas de señalización del ligando al objetivo. Esto permite predecir las interacciones ligando-receptor que podrían impulsar cambios en la expresión génica en las células de interés. Este modelo de información previa sobre posibles enlaces ligando-objetivo se puede usar para inferir enlaces activos ligando-objetivo entre células que interactúan. NicheNet prioriza los ligandos según su actividad (es decir, qué tan bien predicen los cambios observados en la expresión genética en la célula receptora) y busca objetivos afectados con un alto potencial para ser regulados por estos ligandos priorizados.
Caracteristicas
- NicheNet difiere fuertemente de la mayoría de los enfoques computacionales actuales para estudiar la comunicación intercelular
- Evaluar qué tan bien los ligandos expresados por una célula emisora pueden predecir cambios en la expresión genética en la célula receptora, priorizando los ligandos en función de su efecto sobre la expresión genética.
- Inferir supuestos enlaces ligando-objetivo activos en el sistema en estudio
- Validar el modelo anterior de ligando-objetivo
- Construcción de modelos de ligando-objetivo previos definidos por el usuario.
- Proporcionamos instrucciones sobre cómo hacer visualizaciones intuitivas de las principales predicciones.
Lenguaje de programación
R
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/nichenetr.mirror/. Ha sido alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
