Esta es la aplicación de Windows llamada PBSuite para ejecutarse en Windows en línea sobre Linux en línea cuya última versión se puede descargar como PBSuite_15.8.24.tgz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada PBSuite para ejecutar en Windows en línea sobre Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie cualquier emulador en línea de OS OnWorks desde este sitio web, pero mejor emulador en línea de Windows.
- 5. Desde el sistema operativo OnWorks Windows que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación e instálala.
- 7. Descargue Wine desde los repositorios de software de sus distribuciones de Linux. Una vez instalada, puede hacer doble clic en la aplicación para ejecutarla con Wine. También puedes probar PlayOnLinux, una elegante interfaz sobre Wine que te ayudará a instalar programas y juegos populares de Windows.
Wine es una forma de ejecutar software de Windows en Linux, pero no requiere Windows. Wine es una capa de compatibilidad de Windows de código abierto que puede ejecutar programas de Windows directamente en cualquier escritorio de Linux. Esencialmente, Wine está tratando de volver a implementar una cantidad suficiente de Windows desde cero para poder ejecutar todas esas aplicaciones de Windows sin necesidad de Windows.
CAPTURAS DE PANTALLA:
PBSuite para ejecutarse en Windows en línea sobre Linux en línea
DESCRIPCIÓN:
Actualmente alberga dos proyectos creados y mantenidos por Adam English.PBJelly: la herramienta de actualización del genoma.
PBHoney: la herramienta de descubrimiento de variaciones estructurales
Ambos están contenidos en el código de PBSuite que se encuentra en las descargas.
----- PB Jelly -----
Lee el papel
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0047768
PBJelly es una canalización altamente automatizada que alinea lecturas de secuenciación largas (como lecturas PacBio RS o lecturas 454 largas en formato fasta) con conjuntos de borradores de alta confianza. PBJelly llena o reduce tantos huecos capturados como sea posible para producir genomas en borrador mejorados.
----- PBMiel -----
Lee el papel
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/15/180/abstract
PBHoney es una implementación de dos enfoques de identificación de variantes diseñados para explotar la alta capacidad de asignación de lecturas largas (es decir, más de 10,000 pb). PBHoney considera tanto la discordancia intralectura como las colas recortadas con suavidad de las lecturas largas para identificar variantes estructurales.
Caracteristicas
- Ensamblaje del genoma
- Actualización del genoma
- Variación estructural
- Evaluación de montaje
Público
Ciencia / Investigación
Lenguaje de programación
Python
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/pb-jelly/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.