این دستور alistat است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
alistat - نمایش آمار برای یک فایل تراز چندگانه
خلاصه
alistat [گزینه ها] alignfile
شرح
alistat تراز چند توالی را از فایل می خواند alignfile در هر پشتیبانی شده
فرمت (از جمله SELEX، GCG MSF، و CLUSTAL)، و تعدادی آمار ساده را نشان می دهد
در مورد آن این آمار شامل نام قالب، تعداد دنباله ها، و
تعداد کل باقیمانده ها، میانگین و محدوده طول توالی، تراز
طول (به عنوان مثال شامل کاراکترهای شکاف).
همچنین چند درصد هویت نشان داده شده است. یک درصد هویت تراز زوجی تعریف شده است
as (هویت / MIN(len1, لن 2)) جایی که ايرس تعداد هویت های دقیق است و لن 1،
len2 طول های ناهم تراز دو دنباله هستند. «میانگین درصد هویت»، «بیشترین
جفت مرتبط، و «بی‌مرتبط‌ترین جفت» تراز، میانگین، حداکثر و
حداقل از همه (N) (N-1) / 2 جفت، به ترتیب. "دورترین دنباله" توسط محاسبه می شود
یافتن حداکثر هویت زوجی (بهترین نسبی) برای همه N دنباله، سپس یافتن
حداقل این N اعداد (از این رو، دورترین دنباله).
OPTIONS
-a نمایش اطلاعات پرمخاطب اضافی: جدولی با یک خط در هر دنباله نشان می دهد
نام، طول و بالاترین و پایین ترین هویت زوجی آن. این خطوط هستند
پیشوند با یک کاراکتر * برای فعال کردن آسان grep'آنها را بیرون بیاورید و مرتب کنید.
به عنوان مثال، alistat -a foo.slx | grep استفاده * | نوع -n +3 یک لیست رتبه بندی شده از
دورترین توالی در تراز. ناسازگار با -f گزینه.
-f سریع؛ از روش نمونه گیری برای تخمین میانگین %id استفاده کنید. وقتی این گزینه است
انتخاب شده ، alistat سه شماره هویت زوجی دیگر را نشان نمی دهد. این
گزینه برای ترازهای بسیار بزرگ که محاسبه کامل (N) (N-1) برای آنها مفید است
از همه جفت ها بازدارنده خواهد بود (مثلاً هم ترازی GP120 Pfam، با بیش از 10,000
دنباله ها). ناسازگار با -a گزینه.
-h چاپ راهنمای مختصر. شامل شماره نسخه و خلاصه همه گزینه ها از جمله
گزینه های متخصص
-q ساکت باشید - سربرگ پرمخاطب را سرکوب کنید (نام برنامه، شماره و تاریخ انتشار،
پارامترها و گزینه های موجود).
-B (بابل ماهی). تشخیص خودکار و خواندن فرمت فایل دنباله ای غیر از حالت پیش فرض
(فاستا). تقریباً هر فرمت فایل متداول دنباله ای شناخته شده است (از جمله Genbank،
فرمت‌های توالی بدون تراز EMBL، SWISS-PROT، PIR، و GCG و استکهلم، GCG MSF،
و فرمت های تراز کلاسال). برای فهرست کامل به اسناد چاپی مراجعه کنید
از فرمت های پشتیبانی شده
EXPERT OPTIONS
-- اطلاعات
مشخص کنید که فایل sequence در فرمت باشد ، به جای FASTA پیش فرض
قالب نمونه های رایج عبارتند از Genbank، EMBL، GCG، PIR، Stockholm، Clustal، MSF،
یا PHYLIP؛ برای مشاهده لیست کامل فرمت های پذیرفته شده به اسناد چاپی مراجعه کنید
نام ها این گزینه فرمت پیش فرض (FASTA) و -B بابل ماهی
گزینه تشخیص خودکار
با استفاده از خدمات onworks.net از alistat به صورت آنلاین استفاده کنید
