این دستور altree-convertp است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
altree-convert - عنوان...
خلاصه
altree-convert [گزینه‌ها]
گزینه های ارسال:
--نسخه برنامه
--short-help|h پیام راهنمایی مختصر
- پیام راهنما با توضیحات گزینه ها
--man مستندات کامل
--first-input-file|i فایل ورودی 1
--second-input-file|j فایل ورودی 2 (اجباری نیست)
--output-file|o فایل خروجی
--case-control-output|c خروجی حاوی موارد/کنترل های nb
--data-type|t DNA|NUM
--phylo-prog|p PAUP|PHYLIP
--reconstruct-prog|r PHASE|FAMHAP
--data-quali|q نوع داده: کیفی یا کمی
--nbind-threshold|s حداقل تعداد افراد به دست آمده برای حفظ هاپلوتیپ
OPTIONS
- نسخه
نسخه برنامه را چاپ کنید و خارج شوید.
--کمک کوتاه
یک پیام راهنمای مختصر چاپ کنید و از آن خارج شوید.
--کمک یک پیام راهنما با توضیحات گزینه ها و خروجی ها چاپ کنید.
--مرد صفحه دستی را چاپ می کند و خارج می شود.
--first-input-file|i
فایل ورودی 1 (خروجی برنامه بازسازی هاپلوتیپ)
--second-input-file|j
فایل ورودی 2 (خروجی دوم فامهاپ یا فایل حاوی وضعیت بیماری)
--output-file|o
فایل خروجی
--case-control-output|ج
فایل خروجی حاوی تعداد موارد و کنترل های حامل هر هاپلوتیپ
--data-type|t "DNA"|"SNP"
نوع داده: DNA (ATGCU) یا SNP (0-1)
--phylo-prog|ص "phylip"|"paup"
برنامه بازسازی فیلوژنی
reconstruct-prog|r "famhap|فاز"
برنامه بازسازی هاپلوتیپ
data-quali|q "کیفی | کمی"
نوع داده های تحلیل شده
nbind-threshold|s
حداقل تعداد افراد حامل هاپلوتیپ برای نگهداری آن لازم است
تجزیه و تحلیل بیشتر. اگر می‌خواهید همه هاپلوتیپ‌ها را حفظ کنید، باید 0 را روی این تأثیر بگذارید
متغیر
شرح
این برنامه فایل(های) ورودی داده شده را می خواند و یک فایل ورودی برای آن ایجاد می کند
نرم افزار بازسازی فیلوژنتیک paup یا phylip/paml
از altree-convertp به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
