این دستور autogrid4 است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
autogrid - آماده سازی پروتئین و لیگاند برای تجزیه و تحلیل AutoDock
خلاصه
autogrid4 [گزینه های] -p gridparameterfile
شرح
اتوشبکه یک نمایش شبکه سه بعدی از انرژی های برهمکنش غیرکووالانسی را آماده می کند
انواع مختلف اتم لیگاند مشخص شده توسط کاربر در اطراف یک هدف مشخص شده توسط کاربر تجربه خواهند شد
ماکرومولکول علاوه بر این، پتانسیل الکترواستاتیک و شبکه انرژی بدون تجزیه
نقشه ها نیز ممکن است محاسبه شوند. نقشه های شبکه در فایل های متنی ساده با
پسوند '.map' و توسط AutoDock 4 برای انجام اتصالات مورد نیاز است. AutoGrid نیز
یک فایل xyz. که وسعت فضایی جعبه شبکه و یک AVS را توصیف می کند، خروجی می دهد.
فایل فیلد '.fld' که مجموعه ثابتی از نقشه های شبکه میل ترکیبی اتمی را توصیف می کند
با هم برای یک ماکرومولکول هدف معین محاسبه شدند. توجه: لازم است
نقشه های شبکه ای را برای همه انواع اتم ها در لیگاند یا مجموعه لیگاندهایی که خواهند بود محاسبه کنید
لنگر انداخته شده، و همچنین یک نقشه شبکه پتانسیل الکترواستاتیک و یک نقشه انرژی بدون تجزیه.
به عنوان مثال، اگر یک لیگاند یک کربن آلیفاتیک و یک اکسیژن پذیرنده پیوند هیدروژنی داشته باشد.
اتم، لازم است هر دو نقشه 'C' و نقشه 'OA' محاسبه شود. دیدن
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
پارامترها برای اطلاعات بیشتر در مورد انواع اتم AutoDock 4.
ورودی AutoGrid به بهترین وجه با مجموعه برنامه AutoDockTools آماده می شود. وجود ندارد
روشی برای اجرای autodock4 بدون شبکه
OPTIONS
-o از قالب قدیمی PDBq استفاده کنید (q در ستون های 55-61)
-u اطلاعات استفاده، همچنین -h در دبیان.
-d افزایش پرحرفی پیام ها برای کمک به اشکال زدایی.
-l ورود به سیستم فایل
-p نام فایل، فایل پارامتر شبکه را مشخص می کند
مثال
طیف وسیعی از آزمایش‌ها با منابع AutoGrid در دسترس است که می‌توان از آنها به شرح زیر استفاده کرد:
$ D=/usr/share/doc/autogrid/Tests
$ cd دایرکتوری / tmp
$ ln -s $D/AD4_parameters.dat .
$ gunzip -c $D/hsg1_sm.pdbqt.gz > hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $D/hsg1_no_receptor_types.gpf -l hsg1_no_receptor_types.glg
این دستور فایل های نقشه شبکه ای را برای هر یک از انواع AutoDock اتم مشخص شده در آن آماده می کند
فایل پارامتر شبکه (در این مورد: hsg1_sm.A.map، hsg1_sm.C.map، hsg1_sm.d.map،
hsg1_sm.e.map، hsg1_sm.HD.map، hsg1_sm.NA.map، hsg1_sm.N.map، hsg1_sm.OA.map)، AVS
فایل فیلد (hsg1_sm.maps.fld) و hsg1_sm.maps.xyz. برای انجام محاسبات کوکینگ،
AutoDock باید اجرا شود، اگرچه نیاز به یک فایل پارامتر docking جداگانه دارد (با
پسوند .dpf). 'DPF' به فایل های نقشه شبکه ای اشاره دارد که برای اتصال ضروری هستند
و امکان تنظیم سایر پارامترهای مهم مانند روش جستجو و چگونگی را فراهم می کند
اتصالات زیادی برای انجام
از autogrid4 به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
