توپ - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

توپ - پیش پردازنده برای مدل های پرکننده فضا در بسته گرافیکی مولکولی Raster3D

خلاصه

توپ [-h]

توپ ها فایلی را می خواند که رنگ های اتم و/یا یک فایل مختصات PDB را توصیف می کند و a را تولید می کند
فایل حاوی رکوردهای توصیفگر Raster3D برای هر اتم در فایل ورودی. پرونده
تولید شده توسط توپ ممکن است به طور مستقیم تغذیه شود محصول یا ممکن است با توصیفگر ترکیب شود
فایل های تولید شده توسط سایر ابزارهای Raster3D.

مثال ها

برای توصیف یک مدل ساده پر کردن فضا که بر اساس نوع باقیمانده رنگ شده است:

گربه mycolours.pdb protein.pdb | توپ | render > mypicture.png

برای اضافه کردن یک ماتریس نمای از پیش انتخاب شده با همان مدل:

cp view1.matrix setup.matrix
گربه mycolours.pdb protein.pdb | توپ | render > mypicture.png

برای اضافه کردن رکوردهای هدر که مقیاس و نمای از پیش انتخاب شده را توصیف می کند:

گربه mycolours.pdb protein.pdb | توپ -h > توپ.r3d
سربرگ گربه.r3d balls.r3d | render > mypicture.png

OPTIONS

-h

سرکوب رکوردهای هدر در خروجی. به صورت پیش فرض توپ یک فایل خروجی تولید می کند که
با رکوردهای سرصفحه حاوی مجموعه ای پیش فرض از گزینه های مقیاس بندی و پردازش شروع می شود.
La -h flag این رکوردهای سرصفحه را سرکوب می کند تا فایل خروجی فقط شامل باشد
توصیفگرهای کره این گزینه برای تولید فایل هایی که تنها بخشی از آن را توصیف می کنند مفید است
یک صحنه، و بعداً باید با فایل‌های توصیف‌کننده تولید شده توسط دیگران ترکیب شوند
برنامه ها.

شرح

ورودی به توپ شامل یک فایل متنی واحد حاوی اطلاعات رنگ و اتمی است
مختصات در قالب بانک داده PDB. مختصات به عنوان توصیفگر Raster3D خروجی می شوند
رکوردهایی با رنگ ها و شعاع کره ای که مطابق با رکوردهای COLO شرح داده شده اختصاص داده شده است
زیر به طور پیش فرض به اتم ها رنگ های CPK اختصاص داده می شود. به طور پیش فرض فایل خروجی حاوی یک است
مجموعه ای از رکوردهای هدر که توسط محصول برنامه هدر ساخته شده است تا
شامل یک ماتریس TMAT مربوط به ماتریس تبدیل موجود در فایل است
setup.matrix (در صورت وجود)، یا به زوایای اویلری موجود در فایل تنظیم. زوایا (اگر
وجود دارد).

رنگ‌ها با استفاده از یک فرآیند تطبیق، با استفاده از رکوردهای COLOR به اتم‌ها اختصاص داده می‌شوند
فایل PDB ورودی Raster3D از یک نوع رکورد شبه PDB با COLO در 4 مورد اول استفاده می کند
ستون ها:

ستون ها

1 - 4 COLO

ماسک 7 - 30 (در زیر توضیح داده شده است)

31 - 38 جزء قرمز

39 - 46 جزء سبز

47 - 54 جزء آبی

55 - 60 شعاع واندروالس در آنگسترومز

61 - 80 نظر

توجه داشته باشید که مولفه های قرمز، سبز و آبی در همان موقعیت های X، Y و Z قرار دارند
اجزای یک رکورد ATOM یا HETA، و شعاع واندروالس به جای آن می رود
تصرف. اجزای قرمز، سبز و آبی همه باید در محدوده 0 تا 1 باشند.

فیلد Mask در فرآیند تطبیق به صورت زیر استفاده می شود. ابتدا برنامه در و می خواند
تمام رکوردهای ATOM، HETA و COLOR را به ترتیب ورودی ذخیره می کند. سپس از هر کدام می گذرد
رکورد ATOM/HETA را به نوبه خود ذخیره می کند و یک رکورد COLOR را جستجو می کند که با آن مطابقت داشته باشد
رکورد ATOM/HETA در تمام ستون های 7 تا 30. اولین رکورد COLOR از این قبیل که یافت شد
رنگ و شعاع اتم را تعیین می کند.

به این منظور که یک رکورد COLOR بتواند مشخصات رنگ و شعاع را برای بیش از
یک اتم (به عنوان مثال، بر اساس باقیمانده یا نوع اتم، یا هر معیار دیگری که برچسب ها می توانند
در جایی در ستون های 7 تا 30 داده می شود)، نماد "#" به عنوان علامت عام استفاده می شود. یعنی a
# در یک رکورد COLOR با هر کاراکتری در ستون مربوطه در یک ATOM یا HETA مطابقت دارد
رکورد. همه شخصیت های دیگر باید به معنای واقعی کلمه مطابقت داشته باشند تا به عنوان یک تطابق به حساب بیایند. توجه داشته باشید که
آخرین رکورد COLO در ورودی باید دارای # نماد در تمام ستون های 7 تا 30 اینچ باشد
به منظور ارائه رنگ برای هر اتمی که رکورد ATOM/HETA آن با هیچ اتمی قبلی مطابقت ندارد
رکورد COLOR. این ایده تطبیق ماسک برای مشخصات رنگ به دلیل کالین است
آورده در.

چندین فایل از رکوردهای COLOR، از جمله یکی بر اساس "مدل های خوش فرم" باب فلتریک
و یکی دیگر از قطعات مدل CPK تقلید شده، به عنوان نمونه ارائه شده است.

محیط زیست

فایل‌های setup.matrix و setup.angles، در صورت وجود، بر روی آن تأثیر می‌گذارند
رکوردهای هدر تولید شده توسط توپ.

SOURCE

بی نام اف تی پی وب سایت:
ftp.bmsc.washington.edu

وب URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

اطلاعات تماس:
اتان مریت
دانشگاه واشنگتن، سیاتل WA 98195
[ایمیل محافظت شده]

با استفاده از خدمات onworks.net از توپ ها به صورت آنلاین استفاده کنید