این دستور bp_fetchp است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
bp_fetch.pl - دنباله هایی را از پایگاه داده های نمایه شده bioperl واکشی می کند
خلاصه
bp_fetch.pl swiss:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl net::genbank:JX295726
bp_fetch.pl net::genpept:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl ace::myserver.somewhere.edu,21000:X56676
bp_fetch.pl -fmt GCG swiss:ROA1_HUMAN
شرح
توالی ها را با استفاده از سیستم های دسترسی DB در Bioperl واکشی می کند. رایج ترین استفاده از این است
برای bp_fetch دنباله ها از شاخص های bioperl ساخته شده با استفاده از bpindex.pl، یا برای واکشی دنباله ها
از وب سایت NCBI
فرمت بازیابی دنباله ها به طور عمدی مانند فرمت GCG/EMBOSS است.
زیر است:
db:name
با پتانسیل قرار دادن در یک نوع پایگاه داده متا، بودن
متا::db:name
اطلاعات متا می تواند یکی از سه نوع باشد
محلی - پایگاه داده فایل تخت نمایه شده محلی
پایگاه داده مبتنی بر http: تحت شبکه
ace - پایگاه داده ACEDB
این اطلاعات برای نام‌های پایگاه داده بدون اطلاعات متا دی‌بی روی «محلی» پیش‌فرض است
OPTIONS
-fmt - فرمت خروجی
Fasta (پیش‌فرض)، EMBL، Raw، Swiss یا GCG
-acc - رشته یک شماره دسترسی است، نه یک
شناسه.
گزینه ها فقط برای استفاده متخصص
- کارگردان - دایرکتوری برای پیدا کردن فایل های فهرست
(متغیر محیط BIOPERL_INDEX را لغو می کند)
-نوع - نوع فایل DBM برای باز کردن
(متغیر محیطی BIOPERL_INDEX_TYPE را لغو می کند)
محیط زیست
bp_index و bp_fetch جایی که پایگاه‌های داده با استفاده از متغیر محیطی قرار دارند را هماهنگ می‌کنند
BIOPERL_INDEX. این را می توان با استفاده از گزینه -dir لغو کرد. نوع شاخص (SDBM یا
DB_File یا فایل فهرست دیگری) توسط متغیر BIOPERL_INDEX_TYPE کنترل می شود. این
پیش فرض SDBM_File است
استفاده كردن IT خودت
bp_fetch یک بسته بندی در اطراف ماژول های bioperl است که از Bio::DB::BioSeqI پشتیبانی می کند.
رابط انتزاعی این شامل:
کد نویسنده
جیمز گیلبرت - نمایه ساز فاستا، نمایه ساز انتزاعی
Aaron Mackay - GenBank و GenPept DB دسترسی دارند
Ewan Birney - EMBL .dat indexer
بسیاری از مردم - کد SeqIO
این ماژول ها را می توان به طور مستقیم استفاده کرد، که به مراتب بهتر از استفاده از این اسکریپت به عنوان یک سیستم است
تماس بگیرید یا یک لوله برای خواندن. کد منبع bp_fetch را بخوانید تا ببینید چگونه از آن استفاده می شود.
در حال گسترش IT
bp_fetch از تعدادی ماژول مختلف برای دسترسی به پایگاه های داده استفاده می کند. هر ماژول
که در رابط کاربری Bio::DB::BioSeqI مشترک است، می‌توانید در اینجا استفاده کنید. برای فایل تخت
نمایه سازها، این بهترین کار با گسترش Bio::Index::Abstract، همانطور که در
Bio::Index::EMBL و Bio::Index::Fasta. برای دسترسی به سایر پایگاه های داده باید
رول رابط خود را.
برای فرمت های خروجی جدید، باید یک ماژول SeqIO جدید اضافه کنید. ساده ترین کار این است که نگاه کنید
در Bio::SeqIO::Fasta و نحوه هک کردن آن را برای فرمت خود بیابید (آن را چیزی بنامید
به وضوح متفاوت است).
بازخورد
پستی لیست
بازخورد کاربر بخشی جدایی ناپذیر از تکامل این ماژول و سایر ماژول های Bioperl است. ارسال
نظرات و پیشنهادات شما ترجیحا به لیست پستی Bioperl. مشارکت شما
بسیار قابل تقدیر است.
[ایمیل محافظت شده] - بحث عمومی
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - در مورد لیست های پستی
گزارش اشکالات
اشکالات را به سیستم ردیابی اشکال Bioperl گزارش دهید تا به ما در پیگیری اشکالات و آنها کمک کند
وضوح. گزارش اشکال را می توان از طریق وب ارسال کرد:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
با استفاده از خدمات onworks.net از bp_fetchp به صورت آنلاین استفاده کنید
