این دستور bp_process_gadflyp است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
bp_process_gadfly.pl - فایل های Gadfly/FlyBase GFF را به نسخه ای مناسب برای
مرورگر ژنوم ژنریک
خلاصه
% bp_process_gadfly.pl ./RELEASE2 > gadfly.gff
شرح
این اسکریپت فایل‌های RELEASE 3 Flybase/Gadfly GFF واقع در آن را ماساژ می‌دهد
http://www.fruitfly.org/sequence/release3download.shtml به نسخه "صحیح" از
فرمت GFF
برای استفاده از این اسکریپت، کل فایل FASTA ژنوم را دانلود کرده و در دیسک ذخیره کنید. (
فایل دانلود شده چیزی شبیه به
"na_whole-genome_genomic_dmel_RELEASE3.FASTA"، اما پیوند در صفحه HTML نشان نمی دهد
نام فایل.) همین کار را برای کل فایل حاشیه نویسی GFF ژنوم انجام دهید (فایل ذخیره شده این کار را انجام می دهد
چیزی شبیه "whole-genome_annotation-feature-region_dmel_RELEASE3.GFF" نامیده شود.) اگر
ای کاش می‌توانید نسخه‌های فشرده‌شده ZIP این فایل‌ها را دانلود کنید.
سپس این اسکریپت را روی دو فایل اجرا کنید که نام فایل FASTA دانلود شده را نشان می دهد
ابتدا و سپس فایل gff:
% bp_process_gadfly.pl na_whole-genome_genomic_dmel_RELEASE3.FASTA whole-genome_annotation-feature-region_dmel_RELEASE3.GFF > fly.gff
فایل gadfly.gff و فایل fasta اکنون می توانند در پایگاه داده Bio::DB::GFF بارگذاری شوند.
با استفاده از دستور زیر:
% bulk_load_gff.pl -d fly -fasta na_whole-genome_genomic_dmel_RELEASE3.FASTA fly.gff
(جایی که "fly" نام پایگاه داده است. آن را به صورت مناسب تغییر دهید. پایگاه داده باید
از قبل وجود دارد و توسط شما قابل نوشتن است!)
پایگاه داده به دست آمده دارای انواع ویژگی های زیر خواهد بود (نمایش داده شده به صورت
"روش: منبع"):
جزء: بازو بازوی کروموزومی
مؤلفه: داربست یک داربست کروموزومی (دسترسی شماره)
Component:gap شکاف در مونتاژ
clone:clonelocator یک کلون BAC
gene:gadfly یک شماره الحاق ژن
رونوشت:gadfly شماره دسترسی رونوشت
ترجمه: gadfly ترجمه
codon:gadfly اهمیت ناشناخته
exon:gadfly یک اگزون
نماد: gadfly یک نماد ژن کلاسیک
شباهت: blastn ضربه BLASTN
شباهت: blastx یک ضربه BLASTX
شباهت:sim4 EST->ژنوم با استفاده از SIM4
شباهت:groupest EST->ژنوم با استفاده از GROUPEST
شباهت:repeatmasker تکرار
نکته مهم: این اسکریپت *فقط* با فایل های RELEASE3 gadfly کار می کند و نمی خواهد
با نسخه های قبلی کار کنید
از bp_process_gadflyp به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
