dialign-tx - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

dialign-tx - تراز چند توالی مبتنی بر بخش

خلاصه

dialign-tx [OPTIONS] {conf-directory} {فایل سریع} [فایل سریع خروجی]

شرح

DIALIGN-TX یک الگوریتم بهبود یافته برای ترازهای پروتئینی چندگانه مبتنی بر بخش است.
DIALIGN-TX یک پیاده سازی مجدد کامل از رویکرد پایه بخش شامل چندین است
بهبودهای جدید و اکتشافی که به طور قابل توجهی کیفیت خروجی را افزایش می دهد
ترازها در مقایسه با DIALIGN 2.2. این برتری قابل توجه در مورد مشاهده شده است
محلی و همچنین در معیارهای هم ترازی جهانی.

OPTIONS

-d
حالت اشکال زدایی [پیش فرض 0]

0 بدون عبارات اشکال زدایی

1 مرحله فعلی پردازش را رفع اشکال می کند

2 اشکال زدایی بسیار ساده

5 اشکال زدایی هاردکور

-s
حداکثر مقدار دنباله های ورودی [پیش فرض 5000].

-a
حداکثر تعداد کاراکتر در هر خط در یک فایل FASTA [پیش‌فرض 100].

-c
حداکثر مقدار کاراکتر در هر خط هنگام چاپ یک دنباله [پیش‌فرض 80].

-l
حالت حساسیت، هر چه سطح بالاتر باشد، احتمال قطعات تصادفی جعلی کمتر است
تراز در ترازهای محلی [پیش فرض 0]

0 خاموش شد

1 سطح-1، کاهش حساسیت

2 سطح 2، حساسیت به شدت کاهش یافته است

-m
نام فایل ماتریس امتیاز (در فهرست پیکربندی) [پروتئین پیش فرض: BLOSUM.scr]
/ [DNA پیش فرض: dna_matrix.scr].

-w
هنگامی که فرمول وزن به 1-pow (1-prob، ضریب) تغییر می کند، حداقل وزن را تعیین می کند.
[پیش‌فرض 0.000000065].

-p
نام فایل توزیع احتمال (در فهرست پیکربندی) [پروتئین پیش فرض:
BLOSUM.diag_prob_t10] / [DNA پیش فرض: dna_diag_prob_100_exp_550000].

-v
به هر امتیاز اضافه کنید (برای جلوگیری از مقادیر منفی) [پیش‌فرض 0].

-t

آستانه «حتی» برای امتیاز پایین برای تراز کردن دنباله‌ها [پروتئین پیش‌فرض: 4] / [پیش‌فرض
DNA: 0].

-n
حداکثر تعداد موقعیت های متوالی برای پنجره حاوی موقعیت های کم امتیاز
[پروتئین پیش فرض: 4] / [DNA پیش فرض: 1].

-g
حداقل طول قطعه جهانی برای معیار توقف [پروتئین پیش فرض: 40] / [پیش فرض
DNA: 1].

-m
حداقل میانگین امتیاز مجاز در پنجره frag حاوی موقعیت‌های امتیاز پایین [پیش‌فرض
پروتئین: 4.0] / [DNA پیش فرض: 0.9].

-o
آیا وزن‌های همپوشانی محاسبه می‌شوند یا خیر [پیش‌فرض 0].

-f
حداقل طول قطعه [پیش فرض 1].

-r
وزن آستانه برای در نظر گرفتن قطعه به طور کلی [پیش فرض 0.0].

-u
[پیش‌فرض 0]

1: فقط از یک نوار sqrt(amount_of_seqs) از دنباله های همسایه استفاده کنید
محاسبه ترازهای دوتایی (افزایش عملکرد).

0: همه ترازهای زوجی محاسبه خواهند شد.

-A
فایل انکر اختیاری. [پیش‌فرض هیچ کدام]

-D
ورودی توالی DNA است.

-T
DNA را از ابتدا تا انتها به آمینواسیدها ترجمه کنید (طول به mod 3 = 0 کاهش می یابد).

هشدار
استفاده نکن -D با این گزینه (مقادیر پیش فرض برای ورودی PROTEIN بارگذاری می شود).

-L
تنها طولانی ترین قاب خواندن باز را مقایسه کنید.

هشدار
استفاده نکن -D با این گزینه (مقادیر پیش فرض برای ورودی PROTEIN بارگذاری می شود).

-O
DNA را به آمینواسیدها ترجمه کنید، چارچوب خواندن برای هر توالی که به دلیل آن محاسبه می شود
طولانی ترین ORF

هشدار
استفاده نکن -D با این گزینه (مقادیر پیش فرض برای ورودی PROTEIN بارگذاری می شود).

-P
خروجی در آمینواسیدها، بدون ترجمه مجدد توالی های DNA [پیش فرض: ورودی = خروجی].

-F
حالت سریع (به معنی -l0 است، زیرا در حال حاضر به طور قابل توجهی حساسیت را کاهش می دهد).

-C
جدول احتمال ذخیره شده در /usr/share/dialign-tx/prob_table را ایجاد کنید و از آن خارج شوید.

-H, -h
این پیام را چاپ کنید

با استفاده از خدمات onworks.net از dialign-tx آنلاین استفاده کنید