gmx-check - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-check - فایل ها را بررسی و مقایسه کنید

خلاصه

gmx چک [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-f2 [<.xtc/.trr/...>]] [-1 [<.tpr>]]
[-2 [<.tpr>]] [-c [<.tpr/.gro/...>]] [-e [<.edr>]]
[-e2 [<.edr>]] [-n [<.ndx>]] [-m [<.tex>]] [-vdwfac ]
[-بونلو ] [-بونهی ] [-[no]rmsd] [-به من ]
[-ابستول ] [- [نه] اب] [-لستینر ]

شرح

gmx بررسی یک مسیر را می خواند (.tng, .trr or xtc) یک فایل انرژی (.edr) یا یک فایل فهرست
(.ndx) و اطلاعات مفیدی را در مورد آنها چاپ می کند.

گزینه -c وجود مختصات، سرعت و کادر را در فایل بررسی می‌کند
مخاطبین (کوچکتر از -vdwfac و متصل نیست، یعنی بین نیست -بونلو و -بونهی، همه
نسبت به مجموع هر دو شعاع واندروالس) و اتم های خارج از جعبه (اینها ممکن است
اغلب رخ می دهند و مشکلی ندارند). اگر سرعت وجود داشته باشد، دمای تخمین زده می شود
از آنها محاسبه شود.

اگر فایل فهرستی داده شود، محتویات آن خلاصه می شود.

اگر هم یک خط سیر و هم یک tpr فایل داده می شود (با -1) برنامه بررسی خواهد کرد که آیا
طول پیوند تعریف شده در فایل tpr در واقع در مسیر درست است. اگر نه شما
ممکن است فایل‌های غیر منطبق به دلیل به‌عنوان مثال حذف کردن یا به دلیل مشکلاتی در سایت‌های مجازی داشته باشند.
با این پرچم ها، gmx بررسی یک بررسی سریع برای چنین مشکلاتی فراهم می کند.

این برنامه می تواند دو ورودی اجرا را مقایسه کند (tpr) زمانی که هر دو فایل می شوند -1 و -2 عرضه می شوند
به طور مشابه یک جفت فایل مسیر را می توان با هم مقایسه کرد (با استفاده از -f2 گزینه)، یا یک جفت از
فایل های انرژی (با استفاده از -e2 گزینه).

برای شبیه سازی انرژی آزاد، توپولوژی حالت A و B از یک فایل ورودی اجرا می تواند باشد
در مقایسه با گزینه ها -1 و -ab.

در مورد -m پرچم داده می شود یک فایل LaTeX شامل یک طرح کلی نوشته می شود
برای بخش روش ها برای مقاله

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (اختیاری)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-f2 [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (اختیاری)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-1 [<.tpr>] (top1.tpr) (اختیاری)
فایل ورودی xdr run قابل حمل

-2 [<.tpr>] (top2.tpr) (اختیاری)
فایل ورودی xdr run قابل حمل

-c [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (اختیاری)
ساختار + جرم (db): Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-e [<.edr>] (ener.edr) (اختیاری)
فایل انرژی

-e2 [<.edr>] (ener2.edr) (اختیاری)
فایل انرژی

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-m [<.tex>] (doc.tex) (اختیاری)
فایل LaTeX

گزینه های دیگر:

-vdwfac (0.8)
کسری از مجموع شعاع های VdW به عنوان برش هشدار استفاده می شود

-بونلو (0.4)
حداقل کسری مجموع شعاع های VdW برای اتم های پیوندی

-بونهی (0.7)
حداکثر کسری مجموع شعاع های VdW برای اتم های پیوندی

-[no]rmsd (نه)
RMSD را برای x، v و f چاپ کنید

-به من (0.001)
تحمل نسبی برای مقایسه مقادیر واقعی تعریف شده به صورت 2*(ab)/(|a|+|b|)

-ابستول (0.001)
تحمل مطلق، زمانی مفید است که مبالغ نزدیک به صفر باشد.

- [نه] اب (نه)
توپولوژی A و B را از یک فایل مقایسه کنید

-لستینر
آخرین ترم انرژی برای مقایسه (اگر داده نشود همه آزمایش می شوند). بالا رفتن منطقی است
تا فشار

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-check آنلاین استفاده کنید