gmx-clustsize - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-clustsize - محاسبه توزیع اندازه خوشه های اتمی

خلاصه

gmx clustsize [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xpm>]] [-وا [<.xpm>]] [-nc [<.xvg>]]
[-mc [<.xvg>]] [-ac [<.xvg>]] [-hc [<.xvg>]]
[-دمای [<.xvg>]] [-mcn [<.ndx>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [تو ] [-[اکنون] [-xvg ]
[-قطع کردن ] [- [نه] مول] [- [نه] پی سی] [-nskip ]
[-سطوح ] [-ndf ] [-rgblo ]
[-رگبهی ]

شرح

gmx دسته بندی کردن توزیع اندازه خوشه های مولکولی/اتمی در گاز را محاسبه می کند
فاز. خروجی به صورت an داده می شود xpm فایل. تعداد کل خوشه ها می باشد
نوشته شده به یک xvg فایل.

هنگامی که -مول گزینه داده شده است که خوشه ها از مولکول ها ساخته می شوند تا اتم ها،
که امکان خوشه بندی مولکول های بزرگ را فراهم می کند. در این مورد یک فایل فهرست همچنان ادامه خواهد داشت
حاوی اعداد اتمی باشد یا محاسبات شما با SEGV از بین می رود.

وقتی سرعت در مسیر شما وجود دارد، دمای بزرگترین خوشه
بصورت جداگانه چاپ خواهد شد xvg با این فرض که ذرات آزادانه حرکت می کنند فایل کنید. اگر
شما از محدودیت ها استفاده می کنید، لطفا دما را اصلاح کنید. به عنوان مثال آب شبیه سازی شده است
با SHAKE یا SETTLE دمایی 1.5 برابر خیلی پایین ایجاد می شود. تو می توانی
این را با -ndf گزینه. فراموش نکنید که مرکز جرم را حذف کنید
حرکت را در نظر بگیرید

La -mc گزینه یک فایل فهرست حاوی اعداد اتمی بزرگترین را تولید می کند
خوشه.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (اختیاری)
فایل ورودی xdr run قابل حمل

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.xpm>] (csize.xpm)
فایل ماتریسی سازگار با X PixMap

-وا [<.xpm>] (csizew.xpm)
فایل ماتریسی سازگار با X PixMap

-nc [<.xvg>] (nclust.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-mc [<.xvg>] (maxclust.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-ac [<.xvg>] (avclust.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-hc [<.xvg>] (histo-clust.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-دمای [<.xvg>] (temp.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-mcn [<.ndx>] (maxclust.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

تو (ps)
واحد مقادیر زمان: fs، ps، ns، us، ms، s

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

-قطع کردن (0.35)
بزرگترین فاصله (nm) که باید در یک خوشه در نظر گرفته شود

- [نه] مول (نه)
مولکول ها را به جای اتم ها خوشه کنید (نیازها tpr فایل)

- [نه] پی سی (آره)
از شرایط مرزی دوره ای استفاده کنید

-nskip (0)
تعداد فریم هایی که باید بین نوشتن رد شوند

-سطوح (20)
تعداد سطوح خاکستری در xpm تولید

-ndf (-1)
تعداد درجات آزادی کل سیستم برای محاسبه دما. اگر
تنظیم نشده است، تعداد اتم ها بر سه استفاده می شود.

-rgblo (1 1 0)
مقادیر RGB برای رنگ کمترین اندازه کلاستر اشغال شده

-رگبهی (0 0 1)
مقادیر RGB برای رنگ بالاترین اندازه خوشه اشغال شده

از gmx-clustsize به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید