gmx-densmap - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-densmap - محاسبه نقشه های چگالی مسطح دوبعدی یا محوری-شعاعی

خلاصه

gmx densmap [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-od [<.dat>]] [-o [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[اکنون] [-صندوقچه ] [متوسط ]
[-xmin ] [-xmax ] [-n1 ] [-n2 ]
[-آمکس ] [-rmax ] [- [نه] آینه] [-[بدون]مجموع]
[-واحد ] [-dmin ] [-dmax ]

شرح

gmx نقشه متراکم نقشه های دو بعدی با چگالی عددی را محاسبه می کند. می تواند چگالی مسطح و محوری-شعاعی ایجاد کند
نقشه ها. خروجی xpm فایل را می توان به عنوان مثال با xv تجسم کرد و به آن تبدیل کرد
پس نوشته با xpm2ps. به صورت اختیاری، خروجی می تواند به صورت متن به a باشد . DAT پرونده با -od,
به جای معمول xpm پرونده با -o.

تجزیه و تحلیل پیش فرض یک نقشه چگالی عددی دو بعدی برای گروه انتخابی از اتم ها در xy است
سطح. جهت میانگین را می توان با این گزینه تغییر داد متوسطاست. وقتی که -xmin و / یا
-xmax تنظیم می شوند فقط اتم هایی گرفته می شوند که در محدوده (های) در جهت میانگین قرار دارند
به حساب آوردن. فاصله شبکه با گزینه تنظیم شده است -صندوقچهاست. وقتی که -n1 or -n2 غیر صفر است ،
اندازه شبکه توسط این گزینه تنظیم می شود. نوسانات اندازه جعبه به درستی در نظر گرفته شده است
حساب.

وقتی گزینه ها -آمکس و -rmax تنظیم شده است، یک نقشه محوری-شعاعی عدد چگالی ساخته شده است. سه
گروه ها باید تامین شوند، مراکز جرم دو گروه اول محور را مشخص می کنند.
سوم گروه تحلیل را تعریف می کند. جهت محوری از -amax به +amax می رود، جایی که
مرکز به عنوان نقطه وسط بین مراکز جرم و مثبت تعریف می شود
جهت از مرکز جرم اول به دوم می رود. جهت شعاعی می رود
از 0 به rmax یا از -rmax به +rmax زمانی که خطا گزینه تنظیم شده است

عادی سازی خروجی با -واحد گزینه. پیش فرض یک true تولید می کند
چگالی عدد واحد nm-2 عادی سازی را برای میانگین یا زاویه ای کنار می گذارد
جهت. گزینه تعداد دفعات مشاهده تعداد هر سلول شبکه را تولید می کند. زمانی که شما نمی خواهید
مقیاس در خروجی برای رفتن از صفر به حداکثر چگالی، شما می توانید حداکثر را با
گزینه -dmax.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (اختیاری)
ساختار + جرم (db): Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-od [<.dat>] (densmap.dat) (اختیاری)
فایل داده های عمومی

-o [<.xpm>] (densmap.xpm)
فایل ماتریسی سازگار با X PixMap

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-صندوقچه (0.02)
اندازه شبکه (nm)

متوسط (ز)
جهت میانگین گیری: z، y، x

-xmin (-1)
حداقل مختصات برای میانگین گیری

-xmax (-1)
حداکثر مختصات برای میانگین

-n1 (0)
تعداد سلول های شبکه در جهت اول

-n2 (0)
تعداد سلول های شبکه در جهت دوم

-آمکس (0)
حداکثر فاصله محوری از مرکز

-rmax (0)
حداکثر فاصله شعاعی

- [نه] آینه (نه)
تصویر آینه ای را در زیر محور محوری اضافه کنید

-[بدون]مجموع (نه)
چاپ مجموع تراکم (نقشه 1 بعدی) به stdout

-واحد (nm-3)
واحد خروجی: nm-3، nm-2، count

-dmin (0)
حداقل چگالی در خروجی

-dmax (0)
حداکثر چگالی در خروجی (0 به معنای محاسبه آن است)

از gmx-densmap به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید