gmx-dipoles - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-dipoles - دوقطبی کل به اضافه نوسانات را محاسبه کنید

خلاصه

دوقطبی های gmx [-ن [<.edr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-eps [<.xvg>]] [-a [<.xvg>]]
[-d [<.xvg>]] [-c [<.xvg>]] [-g [<.xvg>]]
[-adip [<.xvg>]] [-dip3d [<.xvg>]] [-cos [<.xvg>]]
[-cmap [<.xpm>]] [-دال [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[اکنون] [-xvg ] [-مو ]
[-مومکس ] [-epsilonRF ] [-پرش ]
[-دمای ] [-کور ] [- [بدون] جفت] [- [نه] چهار]
[-ncos ] [-محور ] [-SL ]
[-گکراتوم ] [-gkratom2 ] [-rcmax ]
[- [نه] فی] [-سطوح ] [-درجات ]
[-اکفلن ] [-[نه] عادی کردن] [-P ]
[-fitfn ] [-شروع ] [-endfit ]

شرح

gmx قطرها دوقطبی کل به اضافه نوسانات یک سیستم شبیه سازی را محاسبه می کند. از این
شما می توانید به عنوان مثال ثابت دی الکتریک را برای رسانه های کم دی الکتریک محاسبه کنید. برای مولکول های با
بار خالص، بار خالص از مرکز جرم مولکول کم می شود.

پرونده Mtot.xvg شامل گشتاور دوقطبی کل یک قاب، اجزاء و همچنین
هنجار بردار پرونده aver.xvg حاوی <|mu|^2> و | |^2 در طول
شبیه سازی. پرونده dipdist.xvg شامل توزیع گشتاورهای دوقطبی در طول
شبیه سازی مقدار -مومکس به عنوان بالاترین مقدار در نمودار توزیع استفاده می شود.

علاوه بر این، تابع خودهمبستگی دوقطبی در زمان انتخاب محاسبه می شود -کور is
استفاده شده. نام فایل خروجی با -c گزینه. توابع همبستگی می تواند باشد
میانگین تمام مولکول ها (مولرسم شده در هر مولکول به طور جداگانه (مولسف) یا می تواند باشد
محاسبه شده بر روی گشتاور دوقطبی کل جعبه شبیه سازی (جمع).

گزینه -g نموداری از فاکتور جی کیرکوود وابسته به فاصله و همچنین
میانگین کسینوس زاویه بین دوقطبی ها به عنوان تابعی از فاصله. طرح
همچنین شامل gOO و hOO مطابق Nymand & Linse، J. Chem. فیزیک 112 (2000) ص
6386-6395. در همان نمودار، انرژی در هر مقیاس محاسبه شده با گرفتن عدد را نیز درج می کنیم
حاصلضرب داخلی دوقطبی ها تقسیم بر فاصله تا توان سوم.

مثال ها

gmx قطرها -کور مول -P 1 -o dip_sqr -مو 2.273 -مومکس 5.0

این تابع خودهمبستگی دوقطبی های مولکولی را با استفاده از اولین محاسبه می کند
چند جمله ای لژاندر زاویه بردار دوقطبی و خودش را یک زمان t بعد مرتب کنید. برای
این محاسبه از 1001 فریم استفاده خواهد شد. علاوه بر این، ثابت دی الکتریک خواهد بود
با استفاده از یک محاسبه می شود -epsilonRF از بی نهایت (پیش فرض)، دمای 300 K (پیش فرض) و
گشتاور دوقطبی متوسط ​​مولکول 2.273 (SPC). برای تابع توزیع a
حداکثر 5.0 استفاده خواهد شد.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-ن [<.edr>] (ener.edr) (اختیاری)
فایل انرژی

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
فایل ورودی xdr run قابل حمل

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.xvg>] (Mtot.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-eps [<.xvg>] (epsilon.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-a [<.xvg>] (aver.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-d [<.xvg>] (dipdist.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-c [<.xvg>] (dipcorr.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-g [<.xvg>] (gkr.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-adip [<.xvg>] (adip.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-dip3d [<.xvg>] (dip3d.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-cos [<.xvg>] (cosaver.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-cmap [<.xpm>] (cmap.xpm) (اختیاری)
فایل ماتریسی سازگار با X PixMap

-دال [<.xvg>] (slab.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

-مو (-1)
دوقطبی یک مولکول واحد (در Debye)

-مومکس (5)
حداکثر دوقطبی در Debye (برای هیستوگرام)

-epsilonRF (0)
اپسیلون میدان واکنش مورد استفاده در طول شبیه سازی، مورد نیاز برای دی الکتریک
محاسبه ثابت هشدار: 0.0 به معنای بی نهایت (پیش فرض) است

-پرش (0)
رد شدن از مراحل خروجی (اما نه در محاسبات)

-دمای (300)
میانگین دمای شبیه سازی (برای محاسبه ثابت دی الکتریک مورد نیاز)

-کور (هیچ)
تابع همبستگی برای محاسبه: هیچ، مول، مولسپ، کل

- [بدون] جفت (آره)
محاسبه |cos(تتا)| بین تمام جفت مولکول ها ممکن است کند باشد

- [نه] چهار (نه)
چهارقطبی را در نظر بگیرید

-ncos (1)
باید 1 یا 2 باشد. تعیین می کند که آیا بین همه محاسبه می شود
مولکول ها در یک گروه یا بین مولکول ها در دو گروه مختلف. این روشن می شود
la -g پرچم.

-محور (از جانب)
نرمال جعبه محاسباتی را در جهت X، Y یا Z بگیرید.

-SL (10)
جعبه را به این تعداد برش تقسیم کنید.

-گکراتوم (0)
از اتم n یک مولکول (با شروع از 1) برای محاسبه فاصله بین آنها استفاده کنید
مولکول ها به جای مرکز بار (در صورت 0) در محاسبه فاصله
عوامل کرکوود وابسته

-gkratom2 (0)
همانند گزینه قبلی در مورد ncos = 2، یعنی تعامل دوقطبی بین دو
گروه های مولکول

-rcmax (0)
حداکثر فاصله برای استفاده در توزیع جهت دوقطبی (با ncos == 2). اگر
صفر، معیاری بر اساس طول جعبه استفاده خواهد شد.

- [نه] فی (نه)
«زاویه پیچشی» را که به عنوان چرخش دو بردار دوقطبی به اطراف تعریف شده است ترسیم کنید
بردار فاصله بین دو مولکول در xpm فایل از -cmap
گزینه. به طور پیش فرض کسینوس زاویه بین دوقطبی ها رسم می شود.

-سطوح (20)
تعداد رنگ ها در خروجی cmap

-درجات (90)
تعداد بخش ها در y-محور در خروجی cmap (برای 180 درجه)

-اکفلن (-1)
طول ACF، پیش‌فرض نصف تعداد فریم‌ها است

-[نه] عادی کردن (آره)
ACF را عادی کنید

-P (0)
ترتیب چند جمله ای لژاندر برای ACF (0 نشان دهنده هیچ کدام): 0، 1، 2، 3

-fitfn (هیچ)
تابع Fit: none، exp، aexp، exp_exp، exp5، exp7، exp9

-شروع (0)
زمان شروع برازش نمایی تابع همبستگی

-endfit (-1)
زمان پایان برازش نمایی تابع همبستگی، -1 است تا زمانی که
پایان

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-dipoles به صورت آنلاین استفاده کنید