gmx-mdmat - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-mdmat - محاسبه نقشه های تماس باقی مانده

خلاصه

gmx mdmat [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-منظور داشتن [<.xpm>]] [-فریم ها [<.xpm>]] [-نه [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-xvg ]
[-t ] [-سطوح ]

شرح

gmx mdmat ماتریس های فاصله ای را می سازد که از کمترین فاصله بین باقیمانده تشکیل شده است
جفت با -فریم ها، این ماتریس های فاصله را می توان به منظور مشاهده تفاوت ها ذخیره کرد
ساختار سوم به عنوان تابعی از زمان اگر گزینه های خود را نابخردانه انتخاب کنید، ممکن است
تولید یک فایل خروجی بزرگ به طور پیش فرض، فقط یک ماتریس میانگین در کل
مسیر خروجی است. همچنین شمارش تعداد تماس های اتمی مختلف بین
باقی مانده در کل مسیر می تواند ایجاد شود. خروجی را می توان با gmx
xpm2ps برای ایجاد طرح پست اسکریپت (tm).

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ساختار + جرم (db): Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-منظور داشتن [<.xpm>] (dm.xpm)
فایل ماتریسی سازگار با X PixMap

-فریم ها [<.xpm>] (dmf.xpm) (اختیاری)
فایل ماتریسی سازگار با X PixMap

-نه [<.xvg>] (num.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

-t (1.5)
فاصله تنه

-سطوح (40)
فاصله را در این تعداد سطح گسسته کنید

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-mdmat آنلاین استفاده کنید