gmx-rdf - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-rdf - محاسبه توابع توزیع شعاعی

خلاصه

gmx rdf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-cn [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [تو ] [-xvg ] [-[no]rmpbc]
[- [نه] پی سی] [-sf ] [-selrpos ] [سلف تایپ ]
[-صندوقچه ] [- [نه] هنجار] [-[نه]کسی] [-[خیر] به استثنای] [-قطع کردن ]
[-rmax ] [-موج سواری ] [-مرجع ]
[-نمک ]

شرح

gmx RDF توابع توزیع شعاعی را از یک مجموعه مرجع از موقعیت (مجموعه
با -مرجع) به یک یا چند مجموعه از موقعیت ها (تنظیم با -نمک). برای محاسبه RDF با
با توجه به نزدیکترین موقعیت در یک مجموعه در -مرجع در عوض، استفاده کنید -موج سواری: اگر تنظیم شود، پس -مرجع is
بر اساس مقدار به مجموعه هایی تقسیم می شود -موج سواری، و نزدیکترین موقعیت در هر مجموعه است
استفاده شده. برای محاسبه RDF حول محورهای موازی با z-axis، یعنی فقط در x-y سطح،
استفاده کنید -xy.

برای تنظیم عرض bin و حداکثر فاصله برای استفاده در RDF، استفاده کنید -صندوقچه و -rmax,
به ترتیب. اگر RDF نباشد می توان از دومی برای محدود کردن هزینه محاسباتی استفاده کرد
بهره تا حد پیش فرض (نیمی از اندازه جعبه با PBC، سه برابر اندازه جعبه
بدون PBC).

برای استفاده از استثناهای توپولوژی (-s)، تنظیم -بجز و اطمینان حاصل کنید که هر دو -مرجع و -نمک
فقط اتم ها را انتخاب کنید یک جایگزین سخت‌تر برای حذف پیک‌های درون مولکولی، تنظیم است -قطع کردن
به یک مقدار غیر صفر برای پاک کردن RDF در فواصل کوچک.

RDF ها با 1) میانگین تعداد موقعیت ها در نرمال می شوند -مرجع (تعداد گروه ها
با -موج سواری) 2) حجم سطل و 3) میانگین چگالی ذرات -نمک موقعیت ها برای
آن انتخاب برای اینکه فقط از اولین عامل برای عادی سازی استفاده کنید، تنظیم کنید -غیر عادی. در این مورد،
RDF فقط با عرض bin مقیاس می شود تا انتگرال منحنی را نشان دهد
تعداد جفت در یک محدوده توجه داشته باشید که استثناها بر عادی سازی تأثیر نمی گذارد: حتی
if -بجز تنظیم شده است، یا -مرجع و -نمک شامل همان انتخاب، ضریب عادی سازی است
هنوز N*M، نه N*(M- استثناء شده است).

برای -موج سواری، انتخاب ارائه شده به -مرجع باید اتم ها را انتخاب کنید، به عنوان مثال، مراکز جرم نیستند
پشتیبانی. به علاوه، -غیر عادی از آنجایی که سطل ها دارای اشکال و حجم نامنظم هستند، اشاره می شود
یک bin به راحتی قابل محاسبه نیست.

گزینه -cn عدد تجمعی RDF یعنی میانگین تعداد ذرات داخل را تولید می کند
فاصله r.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (اختیاری)
مسیر ورودی یا پیکربندی واحد: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (اختیاری)
ساختار ورودی: Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
گروه های شاخص اضافی

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.xvg>] (rdf.xvg)
RDF های محاسبه شده

-cn [<.xvg>] (rdf_cn.xvg) (اختیاری)
RDF های تجمعی

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط در صورتی از قاب استفاده کنید که t MOD dt == اولین بار (ps)

تو (ps)
واحد مقادیر زمان: fs، ps، ns، us، ms، s

-xvg (xmgrace)
قالب بندی طرح: هیچ، xmgrace، xmgr

-[no]rmpbc (آره)
برای هر فریم مولکول ها را کامل بسازید

- [نه] پی سی (آره)
از شرایط مرزی دوره ای برای محاسبه فاصله استفاده کنید

-sf
انتخاب هایی را از فایل ها ارائه دهید

-selrpos (اتم)
موقعیت های مرجع انتخاب: atom، res_com، res_cog، mol_com، mol_cog،
whole_res_com، whole_res_cog، whole_mol_com، whole_mol_cog، part_res_com،
part_res_cog، part_mol_com، part_mol_cog، dyn_res_com، dyn_res_cog، dyn_mol_com،
dyn_mol_cog

سلف تایپ (اتم)
موقعیت های خروجی انتخاب پیش فرض: atom، res_com، res_cog، mol_com، mol_cog،
whole_res_com، whole_res_cog، whole_mol_com، whole_mol_cog، part_res_com،
part_res_cog، part_mol_com، part_mol_cog، dyn_res_com، dyn_res_cog، dyn_mol_com،
dyn_mol_cog

-صندوقچه (0.002)
عرض سطل (nm)

- [نه] هنجار (آره)
برای حجم و چگالی bin نرمال کنید

-[نه]کسی (نه)
فقط از مولفه های x و y فاصله استفاده کنید

-[خیر] به استثنای (نه)
از استثنائات توپولوژی استفاده کنید

-قطع کردن (0)
کوتاهترین فاصله (nm) که باید در نظر گرفته شود

-rmax (0)
بزرگترین فاصله (nm) برای محاسبه

-موج سواری (نه)
RDF با توجه به سطح مرجع: no, mol, res

-مرجع
انتخاب مرجع برای محاسبات RDF

-نمک
انتخاب هایی برای محاسبه RDF ها از مرجع

از gmx-rdf به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید