gmx-rotmat - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-rotmat - ماتریس چرخش را برای اتصال به یک ساختار مرجع رسم کنید

خلاصه

gmx rotmat [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[اکنون] [-xvg ] [-مرجع ] [-پرش ]
[- [نه] تناسب اندام] [-[no]mw]

شرح

gmx rotmat ماتریس چرخش مورد نیاز برای حداقل مربعات متناسب با یک ترکیب را ترسیم می کند
بر روی ترکیب مرجع ارائه شده با -s. ترجمه قبل از نصب حذف می شود.
خروجی سه بردار هستند که جهت های جدید جهات x، y و z را می دهند
از ترکیب مرجع، برای مثال: (zx,zy,zz) جهت مرجع است
محور z در قاب مسیر.

این ابزار به عنوان مثال برای تعیین جهت یک مولکول در یک مکان مفید است
رابط، احتمالا در یک مسیر تولید شده با gmx trjconv -مناسب روتکسی + ترنسکسی برای حذف
چرخش در xy سطح.

گزینه -مرجع به جای استفاده از سازه، یک ساختار مرجع را برای اتصال تعیین می کند
از جانب -s. ساختاری با کمترین مجموع RMSD نسبت به سایر ساختارها استفاده می شود.
از آنجایی که هزینه محاسباتی این روش با مجذور تعداد افزایش می یابد
قاب ها، -پرش گزینه می تواند مفید باشد تناسب کامل یا فقط تناسب در xy هواپیما می تواند باشد
انجام.

گزینه تناسب اندام در xy صفحه قبل از تعیین ماتریس چرخش.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ساختار + جرم (db): Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.xvg>] (rotmat.xvg)
فایل xvgr/xmgr

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

-مرجع (هیچ)
ساختار مرجع بهینه را تعیین کنید: هیچ، xyz، xy

-پرش (1)
از هر قاب nr-ام برای -مرجع

- [نه] تناسب اندام (نه)
قبل از تعیین چرخش، چرخش x/y را تنظیم کنید

-[no]mw (آره)
از اتصالات وزنی استفاده کنید

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-rotmat آنلاین استفاده کنید