gmx-select - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-select - اطلاعات کلی در مورد انتخاب ها را چاپ کنید

خلاصه

gmx انتخاب کنید [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-و [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [اوی [<.dat>]]
[در [<.ndx>]] [-ام [<.xvg>]] [-از [<.xvg>]]
[-ofpdb [<.pdb>]] [-olt [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [تو ] [-xvg ] [-[no]rmpbc]
[- [نه] پی سی] [-sf ] [-selrpos ]
[سلف تایپ ] [-انتخاب کنید ] [- [نه] هنجار]
[-[no]cfnorm] [-resnr ] [-pdbatoms ]
[- [نه] جمع]

شرح

gmx را انتخاب کنید داده های اساسی را در مورد انتخاب های پویا می نویسد. می توان آن را برای برخی از ساده استفاده می شود
تجزیه و تحلیل، یا خروجی را می توان با خروجی از برنامه های دیگر و/یا خارجی ترکیب کرد
برنامه های تجزیه و تحلیل برای محاسبه چیزهای پیچیده تر. برای راهنمایی دقیق در مورد انتخاب
نحو، لطفا استفاده کنید gmx کمک انتخاب.

هر ترکیبی از گزینه های خروجی ممکن است، اما توجه داشته باشید که -ام فقط بر روی
اولین انتخاب همچنین توجه داشته باشید که اگر هیچ گزینه خروجی ارائه نکنید، هیچ خروجی تولید نمی شود.

با -و، تعداد موقعیت ها را در هر انتخاب برای هر فریم محاسبه می کند. با -هنجار,
خروجی بین 0 و 1 است و کسری از حداکثر تعداد را توصیف می کند
موقعیت ها (به عنوان مثال، برای انتخاب "تغییر نام RA و x < 5" حداکثر تعداد موقعیت ها است
تعداد اتم ها در باقی مانده های RA). با -cfnorm، خروجی بر کسری تقسیم می شود
تحت پوشش انتخاب -هنجار و -cfnorm می توان مستقل از یکی مشخص کرد
دیگر.

با -ocکسری تحت پوشش هر انتخاب به عنوان تابعی از زمان نوشته می شود.

با اوی، اتم ها / باقی مانده ها / مولکول های انتخاب شده به عنوان تابعی از زمان نوشته می شوند. که در
خروجی، ستون اول شامل زمان فریم است، ستون دوم شامل تعداد
موقعیت ها و به دنبال آن اعداد اتم/پسماند/مولکول. اگر بیش از یک انتخاب باشد
مشخص شده است، اندازه گروه دوم بلافاصله پس از آخرین عدد اول می آید
گروه و غیره

با در، اتم های انتخاب شده به عنوان یک فایل فهرست سازگار با نوشته می شوند make_ndx و
ابزارهای تجزیه و تحلیل هر انتخاب به عنوان یک گروه انتخاب و برای انتخاب های پویا نوشته می شود
برای هر فریم یک گروه نوشته می شود.

برای اعداد باقیمانده، خروجی از اوی می توان با کنترل کرد -resnr: عدد (به طور پیش فرض)
اعداد باقیمانده را همانطور که در فایل ورودی ظاهر می شوند چاپ می کند شاخص چاپ منحصر به فرد
اعدادی که به ترتیبی که در فایل ورودی ظاهر می شوند، به باقی مانده ها اختصاص داده می شوند
1. اولی شهودی تر است، اما اگر ورودی حاوی چندین باقیمانده با همان باشد
عدد، خروجی می تواند کمتر مفید باشد.

با -ام، یک ماسک برای اولین انتخاب به عنوان تابعی از زمان چاپ می شود. هر خط در
خروجی مربوط به یک فریم است و شامل 0/1 برای هر فریم است
اتم / باقی مانده / مولکول احتمالا انتخاب شده است. 1 مخفف اتم / باقی مانده / مولکول موجود است
برای فریم فعلی، 0 برای انتخاب نشده انتخاب شده است.

با -از، کسر اشغال هر موقعیت (یعنی کسری از فریم ها که در آن
موقعیت انتخاب شده است) چاپ می شود.

با -ofpdb، یک فایل PDB نوشته می شود که در آن ستون اشغال با عبارت پر شده است
کسر اشغال هر اتم در انتخاب. مختصات در فایل PDB خواهد بود
آنهایی که از توپولوژی ورودی هستند. -pdbatoms می توان برای کنترل اینکه کدام اتم ها در اتم ظاهر می شوند استفاده شود
فایل PDB خروجی: با تمام همه اتم ها حضور دارند، با maxsel همه اتم ها احتمالاً انتخاب شده اند
توسط انتخاب حضور دارند، و با انتخاب شد فقط اتم هایی که حداقل در انتخاب شده اند
یک فریم وجود دارد.

با -olt، یک هیستوگرام تولید می شود که تعداد موقعیت های انتخاب شده را به صورت a نشان می دهد
تابع زمانی که موقعیت به طور مداوم انتخاب می شد. - جمع و جور می تواند برای کنترل استفاده شود
آیا زیر بازه های بازه های طولانی تر در هیستوگرام گنجانده شده است.

-ام, -ازو -olt فقط با انتخاب های پویا معنا پیدا می کند.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (اختیاری)
مسیر ورودی یا پیکربندی واحد: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (اختیاری)
ساختار ورودی: Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
گروه های شاخص اضافی

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-و [<.xvg>] (size.xvg) (اختیاری)
تعداد موقعیت ها در هر انتخاب

-oc [<.xvg>] (cfrac.xvg) (اختیاری)
کسری تحت پوشش برای هر انتخاب

اوی [<.dat>] (index.dat) (اختیاری)
شاخص های انتخاب شده توسط هر انتخاب

در [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست از انتخاب شده

-ام [<.xvg>] (mask.xvg) (اختیاری)
ماسک برای موقعیت های انتخاب شده

-از [<.xvg>] (occupancy.xvg) (اختیاری)
کسری اشغال شده برای موقعیت های انتخاب شده

-ofpdb [<.pdb>] (occupancy.pdb) (اختیاری)
فایل PDB با کسر اشغال شده برای موقعیت های انتخاب شده

-olt [<.xvg>] (lifetime.xvg) (اختیاری)
هیستوگرام مادام العمر

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط در صورتی از قاب استفاده کنید که t MOD dt == اولین بار (ps)

تو (ps)
واحد مقادیر زمان: fs، ps، ns، us، ms، s

-xvg (xmgrace)
قالب بندی طرح: هیچ، xmgrace، xmgr

-[no]rmpbc (آره)
برای هر فریم مولکول ها را کامل بسازید

- [نه] پی سی (آره)
از شرایط مرزی دوره ای برای محاسبه فاصله استفاده کنید

-sf
انتخاب هایی را از فایل ها ارائه دهید

-selrpos (اتم)
موقعیت های مرجع انتخاب: atom، res_com، res_cog، mol_com، mol_cog،
whole_res_com، whole_res_cog، whole_mol_com، whole_mol_cog، part_res_com،
part_res_cog، part_mol_com، part_mol_cog، dyn_res_com، dyn_res_cog، dyn_mol_com،
dyn_mol_cog

سلف تایپ (اتم)
موقعیت های خروجی انتخاب پیش فرض: atom، res_com، res_cog، mol_com، mol_cog،
whole_res_com، whole_res_cog، whole_mol_com، whole_mol_cog، part_res_com،
part_res_cog، part_mol_com، part_mol_cog، dyn_res_com، dyn_res_cog، dyn_mol_com،
dyn_mol_cog

-انتخاب کنید
انتخاب هایی برای تجزیه و تحلیل

- [نه] هنجار (نه)
نرمال کردن تعداد کل موقعیت ها با -os

-[no]cfnorm (نه)
با کسری پوشیده شده با -os عادی کنید

-resnr (عدد)
نوع خروجی عدد باقیمانده با -oi و -on: عدد، شاخص

-pdbatoms (همه)
اتم هایی برای نوشتن با -ofpdb: همه، maxsel، انتخاب شده است

- [نه] جمع (آره)
زیر بازه های بازه های طولانی تر را در -olt جمع کنید

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-select به صورت آنلاین استفاده کنید