gmx-sorient - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-sorient - جهت گیری حلال را در اطراف املاح تجزیه و تحلیل کنید

خلاصه

gmx sorient [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-نه [<.xvg>]] [-رو [<.xvg>]]
[-کو [<.xvg>]] [-rc [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[اکنون] [-xvg ] [-[no]com] [-[no]v23]
[-rmin ] [-rmax ] [-cbin ]
[-rbin ] [- [نه] پی سی]

شرح

gmx سورینت جهت گیری حلال را در اطراف املاح تجزیه و تحلیل می کند. دو زاویه بین را محاسبه می کند
بردار از یک یا چند موقعیت مرجع تا اولین اتم هر حلال
مولکول:

· تتا_1: زاویه با بردار از اولین اتم مولکول حلال به
نقطه میانی بین اتم های 2 و 3.

· تتا_2: زاویه با نرمال صفحه حلال که با همان سه تعریف می شود
اتم ها، یا زمانی که گزینه -v23 تنظیم شده است، زاویه با بردار بین اتم های 2 و
3.

مرجع می تواند مجموعه ای از اتم ها یا مرکز جرم مجموعه ای از اتم ها باشد. گروه از
اتم های حلال باید از 3 اتم در هر مولکول حلال تشکیل شوند. فقط مولکول های حلال
میان -rmin و -rmax در نظر گرفته شده است -o و -نه هر فریم

-o: توزیع cos(theta_1) برای rmin<=r<=rmax.

-نه: توزیع cos(theta_2) برای rmin<=r<=rmax.

-رو: و <1cos(^3theta_2)-2> به عنوان تابعی از فاصله.

-کو: مجموع تمام مولکول های حلال در فاصله r cos(theta_1) و
3cos(^2(theta_2)-1) به عنوان تابعی از r.

-rc: توزیع مولکول های حلال به عنوان تابعی از r

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ساختار + جرم (db): Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.xvg>] (sori.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-نه [<.xvg>] (snor.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-رو [<.xvg>] (sord.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-کو [<.xvg>] (scum.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-rc [<.xvg>] (scount.xvg)
فایل xvgr/xmgr

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

-[no]com (نه)
از مرکز جرم به عنوان موقعیت مرجع استفاده کنید

-[no]v23 (نه)
از بردار بین اتم های 2 و 3 استفاده کنید

-rmin (0)
حداقل فاصله (nm)

-rmax (0.5)
حداکثر فاصله (nm)

-cbin (0.02)
Binwidth برای کسینوس

-rbin (0.02)
عرض بین برای r (nm)

- [نه] پی سی (نه)
PBC را برای مرکز محاسبه جرم بررسی کنید. فقط زمانی لازم است که مرجع شما باشد
گروه از چندین مولکول تشکیل شده است.

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-sorient آنلاین استفاده کنید