gmx-traj - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-traj - نمودار x، v، f، جعبه، دما و انرژی دورانی از مسیرها

خلاصه

gmx traj [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-گاو [<.xvg>]] [-oxt [<.xtc/.trr/...>]] [-او [<.xvg>]]
[-از [<.xvg>]] [-ob [<.xvg>]] [-خیلی [<.xvg>]] [-ekt [<.xvg>]]
[-ekr [<.xvg>]] [-مدیر عامل [<.xvg>]] [-CV [<.pdb>]] [-فرش کردن [<.pdb>]]
[-از [<.xvg>]] [-af [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [تو ] [-[اکنون] [-xvg ] [-[no]com]
[- [نه] پی سی] [- [نه] مول] [-[نه]نژامپ] [- [نه] x] [- [نه] بله]
[- [نه] z] [-ng ] [-[نه]لن] [-[no]fp] [-صندوقچه ]
[-ctime ] [مقیاس ]

شرح

gmx درمان کردن مختصات، سرعت ها، نیروها و/یا جعبه را رسم می کند. با -کام مختصات،
سرعت ها و نیروها برای مرکز جرم هر گروه محاسبه می شود. چه زمانی -مول is
مجموعه، اعداد در فایل فهرست به عنوان اعداد مولکولی و به همان اندازه تفسیر می شوند
روش مانند با -کام برای هر مولکول استفاده می شود.

گزینه -خیلی دمای هر گروه را به شرطی که سرعت در آن وجود داشته باشد رسم می کند
فایل مسیر هیچ اصلاحی برای درجات محدود آزادی انجام نمی شود! این
دلالت دارد -کام.

گزینه -ekt و -ekr انرژی جنبشی انتقالی و چرخشی هر گروه را رسم کنید.
سرعت های ارائه شده در فایل مسیر وجود دارد. این دلالت می کنه که -کام.

گزینه -CV و -فرش کردن سرعت های متوسط ​​و نیروهای متوسط ​​را به عنوان فاکتورهای دما بنویسید
به pdf فایل با مختصات متوسط ​​یا مختصات در -ctime. درجه حرارت
فاکتورها به گونه ای مقیاس بندی می شوند که حداکثر 10 باشد. مقیاس بندی را می توان با تغییر تغییر داد
انتخاب مقیاس. برای بدست آوردن سرعت یا نیروهای یک فریم هر دو را تنظیم کنید -b و -e به
زمان فریم مورد نظر هنگام میانگین گیری بیش از فریم، ممکن است لازم باشد از آن استفاده کنید -نپرش انتخاب
برای به دست آوردن مختصات متوسط ​​صحیح اگر یکی از این گزینه ها را انتخاب کنید
میانگین نیرو و سرعت برای هر اتم بر روی یک نوشته می شود xvg فایل نیز (مشخص شده است
با -از or -af).

گزینه -مدیر عامل توزیع سرعت را محاسبه می کند، یعنی هنجار بردار رسم می شود. که در
علاوه بر این در همان نمودار توزیع انرژی جنبشی داده شده است.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ساختار + جرم (db): Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-گاو [<.xvg>] (coord.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-oxt [<.xtc/.trr/...>] (coord.xtc) (اختیاری)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-او [<.xvg>] (veloc.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-از [<.xvg>] (force.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-ob [<.xvg>] (box.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-خیلی [<.xvg>] (temp.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-ekt [<.xvg>] (ektrans.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-ekr [<.xvg>] (ekrot.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-مدیر عامل [<.xvg>] (veldist.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-CV [<.pdb>] (veloc.pdb) (اختیاری)
فایل بانک اطلاعات پروتئین

-فرش کردن [<.pdb>] (force.pdb) (اختیاری)
فایل بانک اطلاعات پروتئین

-از [<.xvg>] (all_veloc.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-af [<.xvg>] (all_force.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

تو (ps)
واحد مقادیر زمان: fs، ps، ns، us، ms، s

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

-[no]com (نه)
داده های رسم برای com هر گروه

- [نه] پی سی (آره)
مولکول ها را برای COM کامل کنید

- [نه] مول (نه)
شاخص شامل اعداد مولکولی اعداد ایزواتمی است

-[نه]نژامپ (نه)
جهش اتم ها را در سراسر جعبه بردارید

- [نه] x (آره)
طرح X-component

- [نه] بله (آره)
قطعه Y-کامپوننت

- [نه] z (آره)
مولفه Z را رسم کنید

-ng (1)
تعداد گروه هایی که باید در نظر گرفته شوند

-[نه]لن (نه)
طول بردار رسم

-[no]fp (نه)
خروجی با دقت کامل

-صندوقچه (1)
Binwidth برای هیستوگرام سرعت (nm/ps)

-ctime (-1)
از فریم در این زمان برای x اینچ استفاده کنید -CV و -فرش کردن به جای x متوسط

مقیاس (0)
ضریب مقیاس برای pdf خروجی، 0 مقیاس خودکار است

از gmx-traj به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید