gmx-x2top - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-x2top - یک توپولوژی اولیه از مختصات ایجاد کنید

خلاصه

gmx x2top [-f [<.gro/.g96/...>]] [-o [<.top>]] [-r [<.rtp>]]
[-ff ] [- [نه] v] [-نخست ] [- [نه] H14]
[-[نه]الله] [-[نه]رمدیح] [- [بدون] جفت] [-سیب زمینی شیرین ]
[- [نه] پی سی] [-[no]pdbq] [-[نه]پارام] [-[نه] دور]
[-kb ] [-kt ] [-kp ]

شرح

gmx x2top یک توپولوژی اولیه از یک فایل مختصات تولید می کند. این برنامه همه را در نظر می گیرد
هنگام تعریف هیبریداسیون از نام اتم و تعداد، هیدروژن ها وجود دارند
اوراق قرضه. این برنامه همچنین می تواند یک rtp ورودی، که سپس می توانید به آن اضافه کنید rtp
پایگاه داده.

چه زمانی -پارام تنظیم می شود، فواصل تعادل و زاویه و ثابت نیرو چاپ می شود
در توپولوژی برای همه تعاملات. فواصل و زوایای تعادل از آن گرفته شده است
مختصات ورودی، ثابت نیرو با گزینه های خط فرمان تنظیم می شود. نیروی
فیلدهایی که در حال حاضر تا حدودی پشتیبانی می شوند عبارتند از:

G53a5 GROMOS96 53a5 Forcefield (توزیع رسمی)

میدان نیروی تمام اتمی oplsaa OPLS-AA/L (2001 آمینواسید دو وجهی)

فایل های داده مربوطه را می توان در فهرست راهنمای کتابخانه با نام یافت
atomname2type.n2t. برای اطلاعات بیشتر در مورد فرمت فایل ها، فصل 5 کتابچه راهنمای کاربر را بررسی کنید.
به طور پیش فرض، انتخاب میدان نیرو تعاملی است، اما می توانید از آن استفاده کنید -ff گزینه ای برای
به جای آن یکی از نام های کوتاه بالا را در خط فرمان مشخص کنید. در این مورد gmx x2top
فقط به دنبال فایل مربوطه می گردد.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
فایل ساختار: غروب g96 پی دی بی brk ent esp Tpr

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.top>] (بیرون از بالا) (اختیاری)
فایل توپولوژی

-r [<.rtp>] (out.rtp) (اختیاری)
فایل نوع باقی مانده توسط pdb2gmx استفاده می شود

گزینه های دیگر:

-ff (oplsaa)
میدان نیرو برای شبیه سازی شما. برای انتخاب تعاملی "انتخاب" را تایپ کنید.

- [نه] v (نه)
خروجی پرمخاطب را در فایل بالا ایجاد کنید.

-نخست (3)
تعداد محرومیت ها

- [نه] H14 (آره)
از برهمکنش های همسایه سوم برای اتم های هیدروژن استفاده کنید

-[نه]الله (نه)
همه دو وجهی های مناسب را تولید کنید

-[نه]رمدیح (نه)
دو وجهی را روی همان باند نادرست بردارید

- [بدون] جفت (آره)
خروجی 1-4 تعامل (جفت) در فایل توپولوژی

-سیب زمینی شیرین (ICE)
نام مولکول شما

- [نه] پی سی (آره)
از شرایط مرزی دوره ای استفاده کنید.

-[no]pdbq (نه)
از فاکتور B ارائه شده در a استفاده کنید pdf پرونده اتهامات اتمی

-[نه]پارام (آره)
چاپ پارامترها در خروجی

-[نه] دور (آره)
مقادیر اندازه گیری شده را گرد کنید

-kb (400000)
ثابت نیروی پیوندی (kJ/mol/nm^2)

-kt (400)
ثابت نیروی زاویه (kJ/mol/rad^2)

-kp (5)
ثابت نیروی زاویه دو وجهی (kJ/mol/rad^2)

شناخته شده مسائل

· انتخاب نوع اتم ابتدایی است. عملا هیچ دانش شیمیایی استفاده نمی شود

· شرایط مرزی دوره ای پیوند را خراب می کند

· هیچ دو وجهی نامناسبی تولید نمی شود

· جدول ترجمه اتم به اتم ناقص است (atomname2type.n2t فایل در
دایرکتوری داده). لطفاً آن را تمدید کنید و نتایج را به خدمه GROMACS برگردانید.

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-x2top به صورت آنلاین استفاده کنید