این دستور gt-compreads-refcompress است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
gt-compreads-refcompress - با استفاده از Reference، کدگذاری فشرده برای داده های fastq ایجاد می کند
خواندن فشرده (RCR).
خلاصه
gt مقایسه می کند فشرده سازی مجدد [گزینه ...] (فایل -bam - فایل ref)
شرح
-v [بله | نه]
پرحرف باشد (پیش‌فرض: خیر)
-mquals [بله | نه]
کیفیت نقشه برداری ذخیره برای هر خواندن (پیش فرض: خیر)
-با کیفیت [بله | نه]
تمام مقادیر کیفیت را برای هر خواندن ذخیره کنید، این به معنای فعال کردن گزینه "vquals" است.
(پیش فرض: خیر)
-vquals [بله | نه]
مقادیر کیفیت موقعیت های خوانده شده را در مقایسه با مرجع دارای تغییراتی ذخیره کنید
(پیش فرض: خیر)
-صفحات [بله | نه]
ذخیره نام خواندن برای هر خوانده شده (پیش فرض: خیر)
اوره ها [بله | نه]
خواندن های بدون نقشه را در یک فایل fastq جدا ذخیره کنید (نام پایه مقدار داده شده در آن خواهد بود
نام و پسوند "_unmapped.fastq" خواهد بود (پیش‌فرض: خیر)
-مرجع [رشته]
فایل Index (تولید شده توسط ابزار gt encseq) برای ژنوم مرجع. (پیش فرض:
تعریف نشده)
-بام [رشته]
فایل حاوی تراز خواندن با ژنوم (فایل ".bam" مرتب شده). (پیش فرض:
تعریف نشده)
-سیب زمینی شیرین [رشته]
نام پایه را برای RCR که باید تولید شود مشخص کنید. اگر تنظیم نشود، نام پایه روی پایه تنظیم می شود
نام مقدار داده شده برای گزینه "bam" (پیش فرض: تعریف نشده)
-کمک
نمایش راهنما و خروج
-version
نمایش اطلاعات نسخه و خروج
گزارش نویسی اشکالات
گزارش اشکالات به[ایمیل محافظت شده]>.
از gt-compreads-refcompress به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
