این دستور jaspscane است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
jaspscan - توالی های DNA را برای فاکتورهای رونویسی اسکن می کند
خلاصه
jaspscan -توالی seqall -منو فهرست -ماتریس ها رشته -آستانه شناور [حذف کردن رشته]
[-هر دو بولی] -outfile گزارش
jaspscan -کمک
شرح
jaspscan یک برنامه خط فرمان از EMBOSS ("European Molecular Biology Open
بسته نرم افزاری"). این بخشی از گروه(های) فرمان "Nucleic:Transcription" است.
OPTIONS
ورودی بخش
-توالی seqall
-منو فهرست
مقدار پیش فرض: C
-ماتریس ها رشته
نام 'همه' در همه فایل های ماتریس از مجموعه ماتریس JASPAR انتخاب شده خوانده می شود. تو می توانی
ماتریس های فردی را با دادن نام آنها با کاما در بین آن ها مشخص کنید، مانند:
'ma0001.1,ma0015*'. مورد اسامی مهم نیست. شما می توانید یک فایل از
نام های ماتریس برای خواندن با دادن نام فایلی که نام ماتریس ها را با a نگه می دارد
کاراکتر «@» در مقابل آن، به عنوان مثال، «@matrix.list». خطوط و خطوط خالی
با یک کاراکتر هش یا '!' شروع می شود. نادیده گرفته می شوند و تمام خطوط دیگر به هم متصل می شوند
همراه با یک کاراکتر کاما '، و سپس به عنوان لیستی از آنزیم های مورد جستجو در نظر گرفته می شود
برای. نمونه ای از یک فایل از نام های ماتریس این است: ! ماتریس های من ma0001.1، ma0002.1! دیگر
ماتریس ma0010.1 ma0032* ma0053.1 مقدار پیش فرض: همه
ضروری بخش
-آستانه شناور
اگر امتیاز ماتریس بزرگتر یا مساوی با این درصد باشد، یک ضربه خواهد بود
مقدار پیش فرض گزارش شده: 80.0
اضافی بخش
حذف کردن رشته
نام هر ماتریس برای حذف از لیست "ماتریس". ماتریس ها مشخص شده است
مانند لیست انتخاب.
-هر دو بولی
اگر تنظیم شود، هر دو رشته رو به جلو و معکوس جستجو می شوند مقدار پیش فرض: N
تولید بخش
-outfile گزارش
با استفاده از خدمات onworks.net از jaspscane به صورت آنلاین استفاده کنید
