macs2_bdgbroadcall - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

macs2_bdgbroadcall - تجزیه و تحلیل مبتنی بر مدل برای چیپ-توالی

شرح

استفاده: macs2 bdgbroadcall [-h] -i IFILE [-c CUTOFFPEAK] [-C CUTOFFLINK]

[-l MINLEN] [-g LVL1MAXGAP] [-G LVL2MAXGAP]
[--outdir OUTDIR] (-o OFILE | --o-پیشوند OPREFIX)

اختیاری استدلال ها:
-h, --کمک
این پیام راهنما را نشان داده و خارج شوید

-i IFILE، -- فایل IFILE
امتیاز MACS در bedGraph. ضروری

-c CUTOFFPEAK، -- اوج برش CUTOFFPEAK
بسته به روشی که برای مسیر امتیاز استفاده کرده اید، بریدگی برای قله ها. اگر فایل
شامل امتیازات qvalue از MACS2 است، امتیاز 2 به معنای qvalue 0.01 است. پیش فرض: 2

-C لینک قطع، ---لینک قطع CUTOFFLINK
برش برای پیوند دادن مناطق/مناطق کم فراوانی بسته به روشی که استفاده کرده اید
برای آهنگ امتیاز. اگر فایل حاوی امتیازات qvalue از MACS2 باشد، امتیاز 1 به این معنی است
qvalue 0.1 و امتیاز 0.3 به معنای qvalue 0.5 است. پیش فرض: 1

-l مینلن، -- دقیقه به طول مینلن
حداقل طول پیک، بهتر است آن را به عنوان مقدار d تنظیم کنید. پیش فرض: 200

-g LVL1MAXGAP، --lvl1-max-gap LVL1MAXGAP
حداکثر فاصله بین قله های قابل توجه، بهتر است آن را به عنوان اندازه برچسب تنظیم کنید. پیش فرض: 30

-G LVL2MAXGAP، --lvl2-max-gap LVL2MAXGAP
حداکثر پیوند بین پیک های قابل توجه، بهتر است آن را 4 برابر مقدار d تنظیم کنید.
پیش فرض: 800

-- outdir OUTDIR
در صورت مشخص شدن تمام فایل های خروجی در آن دایرکتوری نوشته می شود. پیش فرض:
فهرست کار فعلی

-o OFILE، -- فایل OFILE
نام فایل خروجی. متقابل منحصر به فرد با --o-پیشوند.

--o-پیشوند OPREFIX
پیشوند فایل خروجی متقابل منحصر به فرد با -o/--فایل.

از macs2_bdgbroadcall آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید