msconvert - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

msconvert - تبدیل فرمت های فایل داده های طیف سنجی جرمی.

خلاصه

msconvert [گزینه ها] [ماسک فایل]

شرح

این صفحه راهنما به اختصار مستندات msconvert نرم افزار ارسال شده در داخل libpwiz-tools
بسته بندی این برنامه به فرد اجازه می دهد تا فایل های داده طیف سنجی جرمی را از یک فرمت تبدیل کند
به دیگری. از آنجایی که این نسخه فقط بر روی پلتفرم نرم افزار رایگان دبیان ساخته شده است
تبدیل‌های مربوط به نرم‌افزار آزاد را می‌توان انجام داد [یعنی *نه* که شامل موارد اختصاصی است
کتابخانه های پیوند پویا (dlls) مبتنی بر ویندوز مایکروسافت].

OPTIONS

-v | -- پرحرف
نمایش اطلاعات دقیق پیشرفت پردازش

--help نمایش این پیام، با جزئیات بیشتر در مورد گزینه های فیلتر.

-f | --فیلم نام فایل
از مطالب استفاده می کند نام فایل که نام فایل ها را فهرست می کند.

-o | -- outdir دیر
دایرکتوری خروجی ('-' برای stdout) را روی دیر. به طور پیش فرض، خروجی
دایرکتوری '.' است (یعنی دایرکتوری فعلی).

-c | - پیکربندی نام فایل
فایل پیکربندی را روی نام فایل.

-- outfile نام فایل
نام فایل خروجی را لغو کنید.

-e | -- داخلی EXT
پسوند فایل های خروجی را روی EXT. می تواند mzML یا mzXML یا mgf یا باشد
txt

--mzML بنویسید mzML قالب (پیش فرض).

--mzXML بنویسید mzXML فرمت.

--mgf بنویسید mgf قالب کلی طلسم.

--text ProteoWizard داخلی را بنویسید متن فرمت.

--ms1 بنویسید MS1 فرمت.

--cms1 بنویسید CMS1 فرمت.

--ms2 بنویسید MS2 فرمت.

--cms2 بنویسید CMS2 فرمت.

--64 رمزگذاری باینری پیش فرض را روی دقت 64 بیتی (پیش فرض) تنظیم کنید.

--32 رمزگذاری باینری پیش فرض را روی دقت 32 بیت تنظیم کنید.

--mz64 مقادیر m/z را با دقت 64 بیتی (پیش فرض) رمزگذاری کنید.

--mz32 مقادیر m/z را با دقت 32 بیتی رمزگذاری کنید.

--inten64 مقادیر شدت را با دقت 64 بیت کدگذاری کنید.

--inten32 مقادیر شدت را با دقت 32 بیتی (پیش‌فرض) رمزگذاری کنید.

--noindex شاخص ننویسید.

-i | --اطلاعات تماس نام فایل
استفاده کنید نام فایل برای اطلاعات تماس

-z | --zlib
از فشرده سازی zlib برای داده های باینری استفاده کنید.

-g | --gzip
gzip کل فایل خروجی (gz. را به نام فایل اضافه می کند).

-- فیلتر ارگ
یک فیلتر لیست طیف اضافه کنید.

--merge با ادغام در سطح فایل یک فایل خروجی واحد از چندین فایل ورودی ایجاد کنید
فراداده و لیست های طیف الحاقی.

--simAsSpectra
نظارت بر یون انتخاب شده را به عنوان طیف بنویسید، نه کروماتوگرام.

--srmAsSpectra
نظارت بر واکنش انتخابی را به عنوان طیف بنویسید، نه کروماتوگرام.

مثال ها

تبدیل data.RAW به data.mzXML

msconvert داده.RAW --mzXML

فایل خروجی را در my_output_dir قرار دهید

msconvert داده.RAW -o my_output_dir

استخراج شاخص های اسکن 5...10 و 20...25

msconvert داده.RAW -- فیلتر "فهرست مطالب [5,10] [20,25] "

فقط اسکن های MS1 را استخراج کنید

msconvert داده.RAW -- فیلتر "msLevel 1"

اسکن های MSn را برای n>1 استخراج کنید

msconvert داده.RAW -- فیلتر "msLevel 2- "

از یک فایل پیکربندی استفاده کنید

msconvert داده.RAW -c config.txt

برگشت ارزش

تعداد فایل های ناموفق

با استفاده از خدمات onworks.net از msconvert آنلاین استفاده کنید