سوزن - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

سوزن - تراز جهانی Needleman-Wunsch از دو دنباله

خلاصه

سوزن - توالی دنباله -توالی seqall [-فایل اطلاعات matrixf] -گپاپن شناور
-gapextend شناور [- وزن پایانی بولی] [پایان دادن شناور] [-بسط دادن شناور]
-مختصر بولی -outfile تراز

سوزن -کمک

شرح

سوزن یک برنامه خط فرمان از EMBOSS ("European Molecular Biology Open
بسته نرم افزاری"). این بخشی از گروه(های) فرمان "Alignment:Global" است.

OPTIONS

ورودی بخش
- توالی دنباله

-توالی seqall

-فایل اطلاعات matrixf
این فایل ماتریس امتیازدهی است که هنگام مقایسه توالی ها استفاده می شود. به طور پیش فرض آن است
فایل "EBLOSUM62" (برای پروتئین ها) یا فایل "EDNAFULL" (برای توالی های نوکلئیک). اینها
فایل‌ها در فهرست «داده» نصب EMBOSS یافت می‌شوند.

ضروری بخش
-گپاپن شناور
پنالتی باز شکاف امتیازی است که هنگام ایجاد شکاف حذف می شود. بهترین ارزش
بستگی به انتخاب ماتریس مقایسه دارد. مقدار پیش فرض فرض می کند که شما از آن استفاده می کنید
ماتریس EBLOSUM62 برای توالی پروتئین و ماتریس EDNAFULL برای نوکلئوتید
دنباله ها مقدار پیش‌فرض: @($(acdprotein)؟ 10.0 : 10.0)

-gapextend شناور
افزایش شکاف، پنالتی به جریمه استاندارد شکاف برای هر پایه یا اضافه می شود
باقی مانده در شکاف به این ترتیب فاصله های طولانی جریمه می شوند. معمولاً انتظار کمی دارید
شکاف های طولانی به جای بسیاری از شکاف های کوتاه، بنابراین جریمه افزایش شکاف باید کمتر باشد
از پنالتی فاصله یک استثنا در مواردی است که یک یا هر دو دنباله خوانده شوند
با خطاهای احتمالی توالی که در آن صورت شما انتظار بسیاری از شکاف های پایه را دارید.
شما می توانید این نتیجه را با تنظیم جریمه باز شدن شکاف بر روی صفر (یا بسیار کم) و
استفاده از جریمه افزایش فاصله برای کنترل امتیازدهی فاصله. مقدار پیش فرض:
@($(acdprotein)؟ 0.5 : 0.5 )

اضافی بخش
- وزن پایانی بولی
مقدار پیش فرض: N

پایان دادن شناور
پنالتی باز شکاف پایانی امتیازی است که هنگام ایجاد شکاف انتهایی از بین می رود. بهترین
مقدار به انتخاب ماتریس مقایسه بستگی دارد. مقدار پیش فرض فرض می کند که شما هستید
با استفاده از ماتریس EBLOSUM62 برای توالی پروتئین، و ماتریس EDNAFULL برای
توالی های نوکلئوتیدی مقدار پیش‌فرض: @($(acdprotein)؟ 10.0 : 10.0)

-بسط دادن شناور
تمدید شکاف انتهایی، پنالتی برای هر پایه یا به جریمه شکاف انتهایی اضافه می شود
باقی مانده در شکاف انتهایی به این ترتیب شکاف های انتهایی طولانی جریمه می شوند. مقدار پیش فرض:
@($(acdprotein)؟ 0.5 : 0.5 )

تولید بخش
-مختصر بولی
هویت و شباهت مختصر مقدار پیش فرض: Y

-outfile تراز

با استفاده از خدمات onworks.net از needlee آنلاین استفاده کنید