NEXUSnormalizer - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

NEXUSnormalizer - فایل NEXUS را به صورت استاندارد با تورفتگی و تورفتگی ثابت بازنویسی می کند
نحو

شرح

NEXUSnormalizer یک فایل را می خواند و فایل را به صورت استاندارد بازنویسی می کند
تورفتگی و نحو.

La اکثر مشترک استفاده is به سادگی:
نرمال ساز NEXUS

OPTIONS

-h در خط فرمان این پیام راهنما را نشان می دهد

-q هنگام خواندن فایل‌ها، پیام‌های وضعیت NCL را سرکوب کنید

-lیک فایل را می خواند و هر خط از فایل را به عنوان مسیری به فایل NEXUS در نظر می گیرد

-a خروجی AltNexus (بدون جدول ترجمه در درخت)

-x برچسب های داخلی درختان را به عنوان برچسب های گونه تایید نکنید

-X اعداد در درختان را به عنوان اعداد تاکسونی تلقی نکنید، آنها را به عنوان یک عدد دلخواه در نظر بگیرید

برچسب ها (نباید با فایل های NEXUS استفاده شود).

-sسطح سختگیری NEXUS را کنترل می کند.

سطح پیش فرض معادل است -2 فراخوانی برنامه با -3 یا بالاتر
شماره برخی از هشدارها را به خطاهای مرگبار تبدیل می کند. دویدن با -1 باعث خواهد شد
تجزیه کننده برای پذیرش سازه های خطرناک، و اجرا با -0 شود
تجزیه کننده تمام تلاش خود را برای تکمیل تجزیه فایل انجام می دهد (هشدار در مورد بسیار جدی است
خطاها).

توجه داشته باشید که وقتی -0 از سطح سخت‌گیری استفاده می‌شود و تجزیه‌کننده آن را تمام نمی‌کند
اغلب نتیجه یک خطای زودتر از خطای گزارش شده است
آخرین پیام.

-iطول صفحاتی که باید ایجاد شوند را مشخص می کند

-fفرمت فایل ورودی مورد انتظار را مشخص می کند:

-fnexus
NEXUS (این نیز پیش فرض است)

-فافاستا
داده های اسید آمینه در fasta

-fdnafasta
داده های DNA در fasta

-فرنافاستا
داده های RNA در fasta

لیست کاملی از نام‌های قالبی که می‌توانند به دنبال آن باشند -f پرچم این است:

رابطه
dnafasta
aafasta
rnafasta
dnaphylip
rnaphylip
aaphylip
گسسته فیلیپ
dnaphylipinteraveded
rnaphylipin interleaved
aaphylipin interleaved
برگ گسسته فیلیپین
dnarelaxedphylip
rnarrelaxedphylip
aarelaxedphylip
فیلیپ گسسته آرام
dnarrelaxedphylipinterleaved
rnarlakedphylipintereaved
فیلیپین برگ گشاد
فیلیپین گسسته شل شده
dnaaln
rnaaln
aaaln
درخت فیلیپتر
درخت فیلیپت آرام
nexml
دنافین
aafin
rnafin

از NEXUSnormalizer آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید