nifti_tool - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

nifti_tool - ابزار دستکاری چند منظوره برای فایل های NIfTI

خلاصه

nifti_tool -کمک این کمک را نشان دهد

nifti_tool -help_hdr نمایش اطلاعات فیلد nifti_1_header

nifti_tool -help_nim نمایش اطلاعات فیلد nifti_image

nifti_tool -help_ana نمایش اطلاعات فیلد nifti_analyze75

nifti_tool -help_datatypes نمایش جدول نوع داده

nifti_tool -ور نمایش نسخه فعلی

nifti_tool -تاریخ نمایش تاریخچه تغییرات

nifti_tool -nifti_ver نسخه کتابخانه nifti را نشان دهید

nifti_tool -nifti_hist تاریخچه کتابخانه nifti را نشان دهید

nifti_tool -with_zlib کتابخانه با zlib گردآوری شد

nifti_tool -check_hdr -فایل ها f1 ...

nifti_tool -check_nim -فایل ها f1 ...

nifti_tool -copy_brick_list -فایل ها f1 "[شاخص‌ها...]"

nifti_tool -copy_collapsed_image I J K T U V W -فایل ها f1

nifti_tool -copy_im -فایل ها f1

nifti_tool -make_im -پیشوند new_im.nii

nifti_tool -disp_hdr [-رشته نام زمینه] [...] -فایل ها f1 ...

nifti_tool -disp_nim [-رشته نام زمینه] [...] -فایل ها f1 ...

nifti_tool -disp_ana [-رشته نام زمینه] [...] -فایل ها f1 ...

nifti_tool -disp_exts -فایل ها f1 ...

nifti_tool -disp_ts I J K [-dci_lines] -فایل ها f1 ...

nifti_tool -disp_ci I J K T U V W [-dci_lines] -فایل ها f1 ...

nifti_tool -mod_hdr [-mod_field نام زمینه NEW_VAL] [...] -فایل ها f1

nifti_tool -mod_nim [-mod_field نام زمینه NEW_VAL] [...] -فایل ها f1

nifti_tool -swap_as_nifti -زیاد نوشتن -فایل ها f1

nifti_tool -swap_as_analyze -زیاد نوشتن -فایل ها f1

nifti_tool -swap_as_old -زیاد نوشتن -فایل ها f1

nifti_tool -add_afni_ext "افزونه in نقل قول ها" [...] -فایل ها f1

nifti_tool -add_comment_ext "افزونه in نقل قول ها" [...] -فایل ها f1

nifti_tool -add_comment_ext "فایل FILENAME" [...] -infiles f1

nifti_tool -rm_ext شاخص [...] -فایل ها f1 ...

nifti_tool نوار_اضافی -فایل ها f1 ...

nifti_tool -diff_hdr [-رشته نام زمینه] [...] -فایل ها f1 f2

nifti_tool -diff_nim [-رشته نام زمینه] [...] -فایل ها f1 f2

شرح

این ابزار می تواند

نمایش، اصلاح یا مقایسه ساختارهای nifti در مجموعه داده ها

با انتخاب فهرستی از جلدها از نسخه اصلی، یک مجموعه داده را کپی کنید

یک مجموعه داده را کپی کنید، هر بعد را جمع کنید، هر کدام به یک شاخص واحد

نمایش یک سری زمانی برای یک وکسل، یا به طور کلی، داده های هر جمع شده
تصویر، در متن اسکی

از این برنامه می توان برای نمایش اطلاعات مجموعه داده های nifti، برای اصلاح اطلاعات استفاده کرد
در مجموعه داده های nifti، برای جستجوی تفاوت بین دو مجموعه داده nifti (مانند یونیکس
دستور "diff")، و برای کپی کردن یک مجموعه داده به یک مجموعه جدید، یا با محدود کردن ابعاد،
یا با کپی کردن لیستی از حجم ها (بعد زمانی) از یک مجموعه داده.

فقط یک نوع عمل مجاز است، به عنوان مثال نمی توان یک مجموعه داده را تغییر داد و سپس یک "تفاوت" گرفت.

می توان نمایش داد

هر یا همه فیلدها در ساختار nifti_1_header

هر یک یا همه فیلدها در ساختار nifti_image

هر یک یا همه فیلدها در ساختار nifti_analyze75

پسوندها در ساختار nifti_image

سری زمانی از یک مجموعه داده 4 بعدی، با توجه به i,j,k

داده های هر تصویر جمع شده، با توجه به تیرگی. فهرست

می توان بررسی کرد

بررسی داخلی ساختار nifti_1_header را انجام دهید (توسط nifti_hdr_looks_good())

بررسی داخلی ساختار nifti_image (توسط nifti_nim_is_valid())

می توان اصلاح کرد

هر یا همه فیلدها در ساختار nifti_1_header

هر یک یا همه فیلدها در ساختار nifti_image

همه فیلدها را در ساختار هدر NIFTI یا ANALYZE add/rm - یک یا همه جابجا کنید
پسوندها در ساختار nifti_image حذف - همه پسوندها و توضیحات
از مجموعه داده ها

می توان مقایسه کرد

هر یک یا همه جفت های فیلد ساختارهای nifti_1_header

هر یک یا همه جفت های فیلد ساختارهای nifti_image

می توان کپی کرد

یک لیست دلخواه از حجم مجموعه داده (نقاط زمانی)

مجموعه داده ای که در ابعاد دلخواه جمع می شود (این ابعاد را محدود می کند
شاخص های داده شده)

می توان ایجاد کرد

یک مجموعه داده جدید از هیچ

توجه داشته باشید: برای یادگیری در مورد اینکه کدام زمینه ها در هر یک از ساختارها وجود دارد یا برای یادگیری یک رشته
نوع، اندازه هر عنصر، یا تعداد عناصر موجود در فیلد، از یکی از آنها استفاده کنید
گزینه "-help_hdr" یا گزینه "-help_nim". هیچ گزینه دیگری مورد نیاز نیست.

OPTIONS

بررسی گزینه های

-check_hdr : ساختار معتبر nifti_1_header را بررسی کنید

این عمل برای بررسی ساختار nifti_1_header برای مشکلات استفاده می شود. در
تابع nifti_hdr_looks_good() برای آزمایش استفاده می شود و در حال حاضر بررسی می کند:

dim[]، sizeof_hdr، magic، datatype

می توان تست های بیشتری را از نویسنده درخواست کرد.

به عنوان مثال، هدرهای برخی از مجموعه داده ها را بررسی کنید nifti_tool -check_hdr -infiles
dset0.nii dset1.nii nifti_tool -check_hdr -infiles *.nii *.hdr

به عنوان مثال گزینه -quiet را اضافه کنید تا فقط خطاها گزارش شوند nifti_tool -check_hdr -quiet
-infiles *.nii *.hdr

-check_nim : ساختار nifti_image معتبر را بررسی کنید

این عمل برای بررسی ساختار nifti_image برای مشکلات استفاده می شود. این از طریق تست شده است
هر دو nifti_convert_nhdr2nim() و nifti_nim_is_valid()، هر چند توابع دیگر فراخوانی می شوند
البته زیر آنها چک های فعلی عبارتند از:

dim[]، sizeof_hdr، نوع داده، fname، iname، nifti_type

توجه داشته باشید که ایجاد یک ساختار nifti_image به فیلدهای هدر خوب بستگی دارد. پس خطاها
ترمینال هستند، به این معنی که این بررسی احتمالا حداکثر یک خطا را گزارش می کند، حتی اگر بیشتر باشد
وجود داشته باشد -check_hdr عمل کامل تر است

می توان تست های بیشتری را از نویسنده درخواست کرد.

به عنوان مثال nifti_tool -check_nim -infiles dset0.nii dset1.nii به عنوان مثال nifti_tool -check_nim
-infiles *.nii *.hdr

ساختن گزینه های

-make_im : ایجاد یک مجموعه داده جدید از هیچ

با استفاده از این کاربر می تواند یک مجموعه داده جدید از یک سبک پایه ایجاد کند، که سپس می تواند تغییر یابد
با گزینه های دیگر این باعث ایجاد داده های صفر پر شده با اندازه مناسب می شود.

به طور پیش فرض یک تصویر 1x1x1 از شورت است. این تنظیمات را می توان با -new_dim تغییر داد
گزینه، برای تنظیم مقادیر 8 بعدی، و -new_datatype، برای ارائه نوع انتگرال
برای داده ها

برای اطلاعات بیشتر به -new_dim، -new_datatype و -infiles مراجعه کنید.

توجه داشته باشید که هر مجموعه داده -infiles با نام MAKE_IM نیز در جریان ایجاد خواهد شد.

-new_dim D0 .. D7: آرایه کم نور را برای مجموعه داده جدید مشخص کنید.

به عنوان مثال -new_dim 4 64 64 27 120 0 0 0

این لیست ابعاد برای هر مجموعه داده ایجاد شده از طریق MAKE_IM یا -make_im اعمال می شود. همه 8
مقادیر مورد نیاز است. به یاد بیاورید که D0 تعداد ابعاد است و D1 تا D7 هستند
اندازه ها

-new_datatype TYPE: آرایه کم نور را برای مجموعه داده جدید مشخص کنید.

به عنوان مثال -new_datatype 16 پیش‌فرض: -new_datatype 4 (کوتاه)

این لیست ابعاد برای هر مجموعه داده ایجاد شده از طریق MAKE_IM یا -make_im اعمال می شود. تایپ کنید
باید یکی از شماره های NIFTI_TYPE_* از nifti1.h باشد.

نسخه گزینه های

-copy_brick_list : فهرستی از حجم ها را در یک مجموعه داده جدید کپی کنید

-cbl : (یک فرم کوتاهتر و جایگزین)

-copy_im : (یک فرم کوتاهتر و جایگزین)

این عمل به کاربر اجازه می دهد تا لیستی از حجم ها (در طول زمان) را از یک مجموعه داده به کپی کند
یکی دیگر. مجلدات ذکر شده می توانند به هر ترتیبی باشند و حاوی تکرار باشند، اما البته هستند
محدود به مجموعه مقادیر {1، 2، ...، nt-1}، از بعد 4.

این گزینه یک پرچم است. فهرست فهرست با مجموعه داده ورودی مشخص شده است
براکت. توجه داشته باشید که براکت‌های مربع برای اکثر پوسته‌های یونیکس خاص هستند، بنابراین
باید در یک نقل قول قرار گیرد. نحو فهرست فهرست:

یادداشت ها:

شاخص ها از صفر شروع می شوند

شاخص ها به nt-1 ختم می شوند که دارای نماد ویژه "$" است.

شاخص های منفرد باید با کاما از هم جدا شوند، به عنوان مثال -infiles
dset0.nii"[0,3,8,5,2,2,2]"

محدوده ممکن است با استفاده از ".." یا "-" به عنوان مثال -infiles dset0.nii"[2..95]" به عنوان مثال مشخص شود
-infiles dset0.nii"[2..$]"

محدوده ها ممکن است مقادیر مرحله ای داشته باشند، که در مثال () مشخص شده اند: 2 تا 95 با یک مرحله از
3، یعنی {2,5,8,11،95،0،XNUMX،...،XNUMX} به عنوان مثال -infiles dsetXNUMX.nii"[2..95(3)]"

این قابلیت فقط برای مجموعه داده های 3 یا 4 بعدی اعمال می شود.

به عنوان مثال برای کپی کردن یک مجموعه داده: nifti_tool -copy_im -prefix new.nii -infiles dset0.nii

به عنوان مثال برای کپی کردن آجرهای فرعی 0 و 7: nifti_tool -cbl -prefix new_07.nii -infiles
dset0.nii"[0,7]"

به عنوان مثال برای کپی کردن کل مجموعه داده: nifti_tool -cbl -prefix new_all.nii -infiles
dset0.nii"[0..$]"

به عنوان مثال برای کپی کردن هر نقطه زمانی دیگر، از سه مورد اول صرفنظر کنید: nifti_tool -cbl -prefix
new_partial.nii -فایل ها dset0.nii"[3..$(2)]"

-copy_collapsed_image ... : فهرستی از حجم ها را در یک مجموعه داده جدید کپی کنید

-cci IJKTUVW: (فرم کوتاهتر و جایگزین)

این عمل به کاربر اجازه می‌دهد یک مجموعه داده جمع‌شده را کپی کند، جایی که برخی از ابعاد آن هستند
به یک شاخص معین سقوط کرد. به عنوان مثال، بعد X می تواند به i=42 جمع شود، و
ابعاد زمانی می تواند به t=17 جمع شود. برای جمع کردن یک بعد، Di را روی مقدار تنظیم کنید
شاخص مورد نظر، جایی که i در {0..ni-1} است. هر ابعادی که نباید فروریخت باید
به عنوان -1 فهرست شود.

هر تعداد (از معتبر) ابعاد را می توان جمع کرد، حتی تا یک مقدار واحد، توسط
مشخص کردن شاخص های معتبر کافی سپس مجموعه داده به دست آمده دارای تعداد کاهش یافته خواهد بود
ابعاد غیر پیش پا افتاده

فرض کنید dset0.nii دارای nim->dim[8] = { 4, 64, 64, 21, 80, 1, 1, 1 } است. توجه داشته باشید که این یک است
مجموعه داده 4 بعدی

به عنوان مثال سری زمانی برای voxel i,j,k = 5,4,17 nifti_tool -cci 5 4 17 -1 -1 -1 -1 کپی کنید
-پیشوند new_5_4_17.nii

به عنوان مثال خواندن تک جلد در نقطه زمانی 26 nifti_tool -cci -1 -1 -1 26 -1 -1 -1 -پیشوند
new_t26.nii

فرض کنید dset1.nii دارای nim->dim[8] = { 6, 64, 64, 21, 80, 4, 3, 1 } است. توجه داشته باشید که این یک است
مجموعه داده 6 بعدی

به عنوان مثال تمام سری های زمانی را برای voxel i,j,k = 5,0,17 با v=2 کپی کنید (و دستور را به
history) nifti_tool -cci 5 0 17 -1 -1 2 -1 -keep_hist -پیشوند new_5_0_17_2.nii

به عنوان مثال همه داده ها را کپی کنید که در آنها i=3، j=19 و v=2 (من ادعا نمی کنم دلیل خوبی برای این کار می دانم
این) nifti_tool -cci 3 19 -1 -1 -1 2 -1 -prefix new_mess.nii

برای اطلاعات بیشتر به "-disp_ci" مراجعه کنید (که داده ها را به جای کپی کردن، نمایش/چاپ می کند.
به یک مجموعه داده جدید).

نمایش دادن گزینه های

-disp_hdr : نمایش فیلدهای nifti_1_header برای مجموعه داده ها

این پرچم به این معنی است که کاربر مایل است برخی از فیلدهای nifti_1_header را در یک یا چند مورد ببیند
مجموعه داده های nifti. کاربر ممکن است بخواهد چندین گزینه "-field" را همراه با آن مشخص کند.
این گزینه نیاز به یک یا چند فایل ورودی از طریق "-infiles" دارد.

اگر گزینه "-field" وجود نداشته باشد، تمام فیلدها نمایش داده می شوند.

به عنوان مثال برای نمایش محتویات همه فیلدها: nifti_tool -disp_hdr -infiles dset0.nii
nifti_tool -disp_hdr -infiles dset0.nii dset1.nii dset2.nii

به عنوان مثال برای نمایش محتویات فیلدهای انتخاب شده: nifti_tool -disp_hdr -field dim -infiles
dset0.nii nifti_tool -disp_hdr -field dim -field description -infiles dset0.nii

-disp_nim : نمایش فیلدهای nifti_image برای مجموعه داده ها

این گزینه پرچم مانند گزینه "-disp_hdr" عمل می کند، با این تفاوت که فیلدهای موجود در
سوال از ساختار nifti_image است.

-disp_ana : نمایش فیلدهای nifti_analyze75 برای مجموعه داده ها

این گزینه پرچم مانند گزینه "-disp_hdr" عمل می کند، با این تفاوت که فیلدهای موجود در
سوال از ساختار nifti_analyze75 است.

-disp_exts : نمایش تمام پسوندهای نوع AFNI

این گزینه پرچم برای نمایش تمام داده های nifti_1_extension، فقط برای آن پسوندها استفاده می شود
از نوع AFNI (کد = 4). تنها گزینه دیگری که استفاده می شود "-infiles" خواهد بود.

به عنوان مثال برای نمایش پسوندها در مجموعه داده ها: nifti_tool -disp_exts -infiles dset0.nii
nifti_tool -disp_exts -infiles dset0.nii dset1.nii dset2.nii

-disp_ts IJK: نمایش سری زمانی ASCII در i,j,k = I,J,K

این گزینه برای نمایش داده های سری زمانی وکسل در شاخص های i,j,k I,J,K استفاده می شود.
داده ها در متن نمایش داده می شوند، یا همه در یک خط (پیش فرض)، یا به صورت یک عدد در هر
خط (از طریق گزینه "-dci_lines").

یادداشت:

این تابع فقط برای مجموعه داده های 4 بعدی اعمال می شود.

از گزینه "-quiet" می توان برای سرکوب هدر متن استفاده کرد و فقط داده ها را باقی گذاشت.

این گزینه کوتاه شده برای استفاده از "-disp_ci" (نمایش تصویر جمع شده)، محدود به
مجموعه داده های 4 بعدی یعنی: -disp_ci IJK -1 -1 -1 -1

به عنوان مثال برای نمایش سری های زمانی در voxel 23, 0, 172: nifti_tool -disp_ts 23 0 172
-infiles dset1_time.nii nifti_tool -disp_ts 23 0 172 -dci_lines -infiles dset1_time.nii
nifti_tool -disp_ts 23 0 172 -quiet -infiles dset1_time.nii

-disp_collapsed_image : نمایش مقادیر ASCII برای مجموعه داده جمع شده

-disp_ci IJKTUVW: (فرم کوتاهتر و جایگزین)

این گزینه برای نمایش تمام داده های یک تصویر جمع شده با توجه به ابعاد استفاده می شود
فهرست داده ها در متن نمایش داده می شوند، یا همه در یک خط (پیش فرض)، یا به صورت یک
تعداد در هر خط (با استفاده از پرچم "-dci_lines").

از گزینه "-quiet" می توان برای سرکوب هدر متن استفاده کرد.

به عنوان مثال برای نمایش سری زمانی در voxel 23, 0, 172: nifti_tool -disp_ci 23 0 172 -1 0 0 0
-infiles dset1_time.nii

به عنوان مثال برای نمایش z-slice 14، در زمان t=68: nifti_tool -disp_ci -1 -1 14 68 0 0 0 -infiles
dset1_time.nii

برای اطلاعات بیشتر به «-ccd» مراجعه کنید، که به جای این، چنین داده‌هایی را در یک مجموعه داده جدید کپی می‌کند
چاپ آن در پنجره ترمینال

تغییر گزینه های

-mod_hdr : فیلدهای nifti_1_header را برای مجموعه داده ها تغییر دهید

این عمل برای اصلاح برخی از فیلدهای nifti_1_header در یک یا چند مجموعه داده استفاده می شود.
کاربر باید لیستی از فیلدها را برای اصلاح از طریق یک یا چند گزینه "-mod_field" مشخص کند،
که شامل نام فیلدها به همراه مقادیر (مجموعه) جدید می باشد.

کاربر می تواند یک مجموعه داده را در جای خود تغییر دهد یا از "-prefix" برای تولید مجموعه داده جدید استفاده کند
که تغییرات اعمال شده است. توصیه می شود به طور معمول از "-prefix" استفاده کنید.
گزینه، به طوری که یک مجموعه داده را خراب نکنید.

توجه داشته باشید که طول برخی از فیلدها بیشتر از 1 است، به این معنی که فیلد آرایه ای از آن است
اعداد یا رشته ای از کاراکترها به منظور اصلاح آرایه ای از اعداد، کاربر باید
تعداد صحیح مقادیر را ارائه دهید و آن مقادیر را در گیومه ها قرار دهید، به طوری که آنها باشند
به عنوان یک گزینه واحد دیده می شود.

برای اصلاح یک فیلد رشته، رشته را در گیومه قرار دهید.

گزینه "-mod_field" یک field_name و لیستی از مقادیر را می گیرد.

به عنوان مثال برای اصلاح محتویات فیلدهای مختلف:

nifti_tool -mod_hdr -پیشوند dnew -infiles dset0.nii -mod_field qoffset_x -17.325

nifti_tool -mod_hdr -پیشوند dnew -infiles dset0.nii -mod_field کم نور "4 64 64 20 30 1 1 1
1"

nifti_tool -mod_hdr -پیشوند dnew -infiles dset0.nii -mod_field توصیف "آبجو، brats و
پنیر، مممم..."

به عنوان مثال برای اصلاح محتویات چندین فیلد: nifti_tool -mod_hdr -پیشوند dnew -infiles
dset0.nii -mod_field qoffset_x -17.325 -mod_field slice_start 1

به عنوان مثال برای تغییر محتویات چندین فایل (باید بازنویسی شود): nifti_tool -mod_hdr
بازنویسی -mod_field qoffset_x -17.325 -فایل ها dset0.nii dset1.nii

-mod_nim : فیلدهای nifti_image را برای مجموعه داده ها تغییر دهید

این گزینه عمل به همان روشی استفاده می شود که "-mod_hdr" استفاده می شود، با این تفاوت که فیلدهای موجود در
سوال از ساختار nifti_image است.

نوار_اضافی : حذف پسوندها و توضیحات از مجموعه داده ها

این عمل برای تلاش برای "پاک کردن" مجموعه داده ای از متن کلی به منظور ایجاد آن استفاده می شود
ناشناس تر برنامه‌های افزودنی و قسمت توصیف nifti_image با این عمل پاک می‌شوند.

به عنوان مثال برای حذف تمام مجموعه داده های *.nii در این دایرکتوری: nifti_tool -strip -overwrite -infiles
*.nii

-swap_as_nifti : هدر را مطابق nifti_1_header تغییر دهید

شاید یک هدر NIfTI نادرست شکل گرفته باشد و کاربر صراحتاً بخواهد قبل از آن آن را تعویض کند.
انجام سایر عملیات این عمل بایت های فیلد را با این فرض جابه جا می کند
که هدر در قالب NIfTI است.

** اقدام توصیه شده این است که یک کپی از مجموعه داده تهیه کنید و روی آن بازنویسی کنید
هدر از طریق بازنویسی. اگر هدر به چنین عملیاتی نیاز داشته باشد، این احتمال وجود دارد که داده ها
در غیر این صورت به درستی خوانده نمی شد.

-swap_as_analyze : هدر را مطابق nifti_analyze75 تعویض کنید

شاید یک هدر ANALYZE نادرست شکل گرفته باشد و کاربر صراحتاً بخواهد قبل از آن آن را تعویض کند.
انجام سایر عملیات این عمل بایت های فیلد را با این فرض جابه جا می کند
که هدر با فرمت ANALYZE 7.5 است.

** اقدام توصیه شده این است که یک کپی از مجموعه داده تهیه کنید و روی آن بازنویسی کنید
هدر از طریق بازنویسی. اگر هدر به چنین عملیاتی نیاز داشته باشد، این احتمال وجود دارد که داده ها
در غیر این صورت به درستی خوانده نمی شد.

-swap_as_old : هدر را با روش قدیمی عوض کنید

از نسخه کتابخانه 1.35 (3 اوت 2008)، nifticlib اکنون تمام فیلدهای یک NIfTI را تعویض می کند.
مجموعه داده (از جمله موارد استفاده نشده)، و مجموعه داده های ANALYZE را با توجه به
ساختار nifti_analyze75. این تفاوت قابل توجهی در مورد ANALYZE است
مجموعه داده ها

گزینه -swap_as_old برای مقایسه نتایج روش‌های مبادله یا به اضافه شد
یک روش مبادله را لغو کنید و آن را با روش دیگری جایگزین کنید (مانند خنثی سازی روش قدیمی و
جدید را اعمال کنید).

اضافه کردن، برداشتن گزینه های

-add_afni_ext EXT: یک پسوند AFNI را به مجموعه داده اضافه کنید

این گزینه برای افزودن پسوندهای نوع AFNI به یک یا چند مجموعه داده استفاده می شود. این گزینه ممکن است
بیش از یک بار برای افزودن بیش از یک برنامه افزودنی استفاده شود.

اگر EXT به شکل "file:FILENAME" باشد، پسوند از فایل خوانده می شود،
نام فایل.

گزینه "-prefix" برای ایجاد یک مجموعه داده جدید توصیه می شود. در چنین حالتی فقط الف
یک فایل ممکن است به عنوان ورودی گرفته شود. استفاده از "-overwrite" به کاربر اجازه می دهد تا بازنویسی کند
فایل فعلی، یا افزودن پسوند(ها) به چندین فایل، بازنویسی آنها.

به عنوان مثال برای افزودن یک پسوند عمومی AFNI: nifti_tool -add_afni_ext "وای، اولین پسوند من"
-پیشوند dnew -فایل ها dset0.nii

به عنوان مثال برای افزودن چندین پسوند AFNI: nifti_tool -add_afni_ext "وای، اولین پسوند من
:)" -add_afni_ext "ببین، دومی من..." -پیشوند dnew -infiles dset0.nii

به عنوان مثال برای افزودن یک پسوند، و بازنویسی مجموعه داده: nifti_tool -add_afni_ext "some AFNI
پسوند" -بازنویسی -فایل ها dset0.nii dset1.nii

-add_comment_ext EXT: یک پسوند COMMENT به مجموعه داده اضافه کنید

این گزینه برای افزودن پسوندهای نوع COMMENT به یک یا چند مجموعه داده استفاده می شود. این گزینه
ممکن است بیش از یک بار برای افزودن بیش از یک برنامه افزودنی استفاده شود. ممکن است از این گزینه نیز استفاده شود
با "-add_afni_ext".

اگر EXT به شکل "file:FILENAME" باشد، پسوند از فایل خوانده می شود،
نام فایل.

گزینه "-prefix" برای ایجاد یک مجموعه داده جدید توصیه می شود. در چنین حالتی فقط الف
یک فایل ممکن است به عنوان ورودی گرفته شود. استفاده از "-overwrite" به کاربر اجازه می دهد تا بازنویسی کند
فایل فعلی، یا افزودن پسوند(ها) به چندین فایل، بازنویسی آنها.

به عنوان مثال برای افزودن نظر درباره مجموعه داده: nifti_tool -add_comment "تبدیل شده از
MY_AFNI_DSET+orig" -پیشوند دانست -فایل ها dset0.nii

به عنوان مثال برای افزودن چند پسوند: nifti_tool -add_comment "افزودن یک پسوند نظر"
-add_afni_ext "و یک پسوند سبک AFNI XML" -add_comment "مجموعه داده کپی شده از
dset0.nii" -پیشوند dnew -infiles dset0.nii

-rm_ext INDEX: پسوند ارائه شده توسط INDEX را حذف کنید

این گزینه برای حذف هر پسوند منفرد از مجموعه داده استفاده می شود. پسوندهای متعدد
نیاز به گزینه های متعدد

یادداشت ها - شاخص های توسعه با 0 شروع می شود (صفر)

برای مشاهده برنامه های افزودنی فعلی، به "-disp_exts" مراجعه کنید

همه پسوندها را می توان با استفاده از ALL یا -1 برای INDEX حذف کرد

به عنوان مثال برای حذف پسوند #0: nifti_tool -rm_ext 0 -بازنویسی -infiles dset0.nii

به عنوان مثال برای حذف همه پسوندها: nifti_tool -rm_ext ALL -پیشوند dset1 -infiles dset0.nii
nifti_tool -rm_ext -1 -پیشوند dset1 -infiles dset0.nii

به عنوان مثال برای حذف پسوندهای #2، #3 و #5: nifti_tool -rm_ext 2 -rm_ext 3 -rm_ext 5
-زیاد نوشتن -فایل ها dset0.nii

تفاوت گزینه های

-diff_hdr : فیلد هدر نمایش بین دو مجموعه داده متفاوت است

این گزینه برای یافتن تفاوت بین دو مجموعه داده استفاده می شود. در صورت وجود فیلدها
متفاوت، محتویات آن فیلدها نمایش داده می شود (مگر اینکه از گزینه "-quiet" استفاده شود).

فهرستی از فیلدها را می توان با استفاده از چندین گزینه "-field" مشخص کرد. اگر "فیلد" وجود ندارد
گزینه داده شده است، تمام فیلدها بررسی خواهند شد.

دقیقاً دو نام مجموعه داده باید از طریق "-infiles" ارائه شود.

به عنوان مثال برای نمایش همه تفاوت‌های فیلد nifti_1_header: nifti_tool -diff_hdr -infiles
dset0.nii dset1.nii

به عنوان مثال برای نمایش تفاوت های فیلد nifti_1_header انتخاب شده: nifti_tool -diff_hdr -فیلد کم نور
-فیلد intent_code -فایل ها dset0.nii dset1.nii

-diff_nim : نمایش فیلد nifti_image بین مجموعه داده ها متفاوت است

این گزینه مانند "-diff_hdr" عمل می کند، با این تفاوت که فیلدهای مورد نظر مربوط به
ساختار nifti_image.

متفرقه گزینه های

اشکال زدایی LEVEL: سطح اشکال زدایی را تنظیم کنید

سطح 0 سعی می کند بدون خروجی صفحه نمایش، اما خطا کار کند. سطح 1 است
پیش فرض سطوح 2 و 3 به تدریج اطلاعات بیشتری را ارائه می دهند.

به عنوان مثال - اشکال زدایی 2

-رشته FIELDNAME: زمینه ای برای کار فراهم کنید

این گزینه برای ارائه فیلدی برای نمایش، اصلاح یا مقایسه استفاده می شود. این گزینه می تواند باشد
همراه با یکی از گزینه های عمل ارائه شده در بالا استفاده می شود.

برای مثال های کامل به "-disp_hdr" در بالا مراجعه کنید.

به عنوان مثال nifti_tool -فیلد توصیف به عنوان مثال nifti_tool -فیلد توصیف -فیلد کم رنگ

-فایل ها file0... : لیستی از فایل ها را برای کار با آنها ارائه دهید

این پارامتر برای هر یک از اقدامات، به منظور ارائه لیستی از فایل ها مورد نیاز است
روند. اگر نام فایل های ورودی پسوندی ندارند، دایرکتوری مورد جستجوی ما است
هر فایل مناسب (مانند .nii یا .hdr).

توجه داشته باشید: اگر نام فایل دارای فرم MAKE_IM باشد، یک مجموعه داده جدید ایجاد خواهد شد، بدون
نیاز به ورودی فایل

برای مثال های کامل به "-mod_hdr" در بالا مراجعه کنید.

به عنوان مثال nifti_tool -infiles file0.nii به عنوان مثال nifti_tool -infiles file1.nii file2 file3.hdr

-mod_field NAME "VALUE_LIST" : مقادیر جدیدی برای یک فیلد ارائه کنید

این پارامتر برای هر گونه اقدامات اصلاحی مورد نیاز است. اگر کاربر بخواهد اصلاح کند
هر فیلد از یک مجموعه داده، اینجا جایی است که فیلدها و مقادیر مشخص می شوند.

NAME یک نام فیلد است (در ساختار nifti_1_header یا nifti_image
ساختار). اگر گزینه عمل "-mod_hdr" است، NAME باید نام a باشد
فیلد nifti_1_header. اگر عملکرد "-mod_nim" است، NAME باید از یک nifti_image باشد
ساختار.

VALUE_LIST باید یک یا چند مقدار باشد، به تعداد مورد نیاز برای فیلد، موجود در
نقل قول در صورتی که بیش از یک ارائه شده باشد.

از "nifti_tool -help_hdr" برای دریافت لیستی از فیلدهای nifti_1_header استفاده کنید از "nifti_tool" استفاده کنید.
-help_nim" برای دریافت لیستی از فیلدهای nifti_image

برای مثال های کامل به "-mod_hdr" در بالا مراجعه کنید.

به عنوان مثال اصلاح فیلدهای nifti_1_header: -mod_field توصیف "توگا، توگا، توگا"

-mod_field qoffset_x 19.4 -mod_field qoffset_z -11

-mod_field pixdim "1 0.9375 0.9375 1.2 1 1 1 1"

-keep_hist : دستور را به عنوان COMMENT اضافه کنید (به "تاریخچه")

هنگامی که از این گزینه استفاده می شود، دستور فعلی به عنوان نوع NIFTI_ECODE_COMMENT اضافه می شود
افزونه. این امکان را فراهم می کند تا تاریخچه ای از دستورات تأثیرگذار بر مجموعه داده را نگه دارید.

به عنوان مثال -keep_hist

-زیاد نوشتن : هر گونه تغییری در فایل های ورودی انجام خواهد شد

این گزینه به گونه ای استفاده می شود که تمام تغییرات فیلد، از جمله افزودنی های پسوند یا
حذف، روی فایل هایی که ورودی هستند انجام می شود.

به طور کلی به کاربر پیشنهاد می شود از گزینه «-prefix» برای ایجاد فایل های جدید استفاده کند. ولی
اگر بازنویسی محتویات فایل های ورودی ترجیح داده می شود، نحوه انجام این کار به این صورت است.

برای مثال های کامل به "-mod_hdr" یا "-add_afni_ext" در بالا مراجعه کنید.

به عنوان مثال - رونویسی

-پیشوند : یک فایل خروجی را برای نوشتن تغییرات مشخص کنید

این گزینه برای تعیین یک فایل خروجی برای نوشتن، پس از انجام تغییرات استفاده می شود
ساخته شده است. اگر تغییراتی در حال انجام است، یا "-prefix" یا "-overwrite" مورد نیاز است.

اگر پسوند داده نشود، پسوند خروجی ".nii" خواهد بود.

به عنوان مثال -پیشوند new_dset به عنوان مثال -پیشوند new_dset.nii به عنوان مثال -پیشوند new_dset.hdr

-ساکت : فقط خطاها یا اطلاعات درخواستی را گزارش کنید

این گزینه معادل "-debug 0" است.

کمک گزینه های

-کمک : این کمک را نشان دهید

به عنوان مثال nifti_tool -help

-help_hdr : نمایش اطلاعات فیلد nifti_1_header

به عنوان مثال nifti_tool -help_hdr

-help_nim : نمایش اطلاعات فیلد nifti_image

به عنوان مثال nifti_tool -help_nim

-help_ana : نمایش اطلاعات فیلد nifti_analyze75

به عنوان مثال nifti_tool -help_ana

-help_datatypes [TYPE]: نمایش جدول نوع داده

به عنوان مثال nifti_tool -help_datatypes به عنوان مثال nifti_tool -help_datatypes N

این محتویات جدول nifti_type_list را نمایش می دهد. یک "D" یا "N" اضافی
پارامتر نام نوع را به نام های "DT_" یا "NIFTI_TYPE_" محدود می کند، "T" آزمایش می کند.

-ور : نمایش شماره نسخه برنامه

به عنوان مثال nifti_tool -ver

-تاریخ : نمایش تاریخچه تغییرات برنامه

به عنوان مثال nifti_tool -hist

-nifti_ver : نمایش شماره نسخه کتابخانه nifti

به عنوان مثال nifti_tool -nifti_ver

-nifti_hist : نمایش تاریخچه اصلاحات کتابخانه nifti

به عنوان مثال nifti_tool -nifti_hist

-with_zlib : چاپ کنید که آیا کتابخانه با zlib کامپایل شده است یا خیر

به عنوان مثال nifti_tool -with_zlib

مثال ها

A. چک ها هدر (برای چالش ها و مسائل):

1. nifti_tool -check_hdr -infiles dset0.nii dset1.nii 2. nifti_tool -check_hdr -infiles
*.nii *.hdr 3. nifti_tool -check_hdr -quiet -infiles *.nii *.hdr

B. نشان هدر تفاوت:

1. ابزار nifti -diff_hdr -کم فیلد -فیلد intent_code -فایل ها dset0.nii dset1.nii

2. nifti_tool -diff_hdr -new_dims 3 10 20 30 0 0 0 0 -فایل ها my_dset.nii MAKE_IM

C. نمایش ساختار or زمینه های:

1. nifti_tool -disp_hdr -infiles dset0.nii dset1.nii dset2.nii 2. nifti_tool -disp_hdr
-فیلد dim -فیلد توصیف -infiles dset.nii 3. nifti_tool -disp_exts -infiles dset0.nii
dset1.nii dset2.nii 4. nifti_tool -disp_ts 23 0 172 -infiles dset1_time.nii 5. nifti_tool
-disp_ci 23 0 172 -1 0 0 0 -infiles dset1_time.nii

6. nifti_tool -disp_ana -infiles analysis.hdr 7. nifti_tool -disp_nim -infiles nifti.nii

D. ایجاد a جدید مجموعه داده از جانب هیچ چیزی:

1. nifti_tool -make_im -prefix new_im.nii 2. nifti_tool -make_im -prefix float_im.nii
-new_dims 3 10 20 30 0 0 0 0 -new_datatype 16

3. nifti_tool -mod_hdr -mod_field توصیف "مجموعه داده با mods" -new_dims 3 10 20 30 0 0 0
0 -پیشوند new_desc.nii -infiles MAKE_IM

E. کپی کنید مجموعه داده، آجر فهرست or سقوط تصویر:

1. nifti_tool -copy_im -prefix new.nii -infiles dset0.nii 2. nifti_tool -cbl -prefix
new_07.nii -infiles dset0.nii"[0,7]" 3. nifti_tool -cbl -prefix new_partial.nii -فایل ها
dset0.nii"[3..$(2)]"

4. nifti_tool -cci 5 4 17 -1 -1 -1 -1 -prefix new_5_4_17.nii 5. nifti_tool -cci 5 0 17 -1
-1 2 -1 -keep_hist -پیشوند new_5_0_17_2.nii

F. تغییر la هدر (تغییر زمینه or مبادله تمام سرتیتر):

1. nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_field کم نور "4 64 64 20 30 1 1
1 1 "

2. nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_field توصیف "آبجو، brats
و پنیر، مممم..."

3. cp old_dset.hdr nifti_swap.hdr nifti_tool -swap_as_nifti -overwrite -infiles
nifti_swap.hdr 4. cp old_dset.hdr analysis_swap.hdr nifti_tool -swap_as_analyze -overwrite
-infiles analysis_swap.hdr 5. nifti_tool -swap_as_old -prefix old_swap.hdr -infiles
old_dset.hdr nifti_tool -diff_hdr -infiles nifti_swap.hdr old_swap.hdr

G. نوار ، اضافه کردن or برداشتن پسوندها: (در مثال شماره 3، پسوند از یک متن کپی شده است
فایل)

1. nifti_tool -strip -overwrite -infiles *.nii 2. nifti_tool -add_comment "تبدیل شده از
MY_AFNI_DSET+orig" -پیشوند dnew -infiles dset0.nii

3. nifti_tool -add_comment "file:my.extension.txt" \fR -پیشوند dnew -infiles dset0.nii

4. nifti_tool -rm_ext ALL -پیشوند dset1 -infiles dset0.nii 5. nifti_tool -rm_ext 2 -rm_ext
3 -rm_ext 5 - رونویسی کنید -فایل ها dset0.nii

با استفاده از خدمات onworks.net از nifti_tool به صورت آنلاین استفاده کنید