norsp - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

norsp - پیش بینی سازه ثانویه غیر منظم (NORS)

خلاصه

norsp [OPTIONS] -fileSeq -fileHssp -filePhd -filePhdHtm
فایل کویل ها

شرح

بسیاری از مناطق انعطاف پذیر ساختاری نقش مهمی در فرآیندهای بیولوژیکی دارند. این دارد
نشان داده شده است که مناطق لوپی گسترده در طبیعت بسیار فراوان هستند، و همینطور هستند
از نظر تکاملی حفظ شده است. NORSp یک پیش بینی در دسترس عموم برای مناطق بی نظم است
در پروتئین به طور خاص، مناطق طولانی را بدون ساختار ثانویه منظم پیش بینی می کند.
پس از ارسال توالی پروتئین توسط کاربر، NORSp پروتئین را در مورد آن تجزیه و تحلیل خواهد کرد
ساختار ثانویه و وجود مارپیچ های گذرنده و سیم پیچ. سپس خواهد شد
بازگرداندن ایمیل به کاربر در مورد حضور و موقعیت مناطق بی نظم.

NORSp می تواند از چند جهت برای زیست شناسان مفید باشد. به عنوان مثال، کریستالوگراف ها می توانند
بررسی کنید که آیا پروتئین‌های آن‌ها دارای نواحی NORS هستند یا خیر و تصمیم بگیرید که آیا این نواحی وجود دارد یا خیر
آزمایش ها را ادامه دهید زیرا ممکن است کریستال شدن پروتئین های NORS دشوار باشد
با وجود کم آنها در PDB نشان داده شده است. زیست شناسان علاقه مند به پروتئین
رابطه ساختار-عملکرد نیز ممکن است برای بررسی اینکه آیا
سایت های تعامل پروتئین-پروتئین با منطقه NORS منطبق است.

برای کمک به وب سایت رسمی مراجعه کنید
.

تولید قالب
خود حاشیه نویسی، نمونه خروجی ها را ببینید /usr/share/doc/norsp/examples.

مراجع

لیو، جی و رست، بی (2003). NORSp: پیش بینی مناطق طولانی بدون ثانویه منظم
ساختار نوکلئیک اسیدها، 31(13)، 3833-5.
لیو، جی.، اچ. تان و بی. روست. به نظر می رسد پروتئین های حلقه ای در تکامل حفظ شده اند. جی مول بیول،
322(1): 53-64، 2002.

OPTIONS

-fileSeq=فایل
فایل توالی ورودی

-fileHssp=فایل
فایل hssp را وارد کنید

-filePhd=فایل
فایل ساختار ثانویه ورودی

-filePhdHtm=فایل
فایل مارپیچ ترانس غشایی ورودی

-fileCoils=فایل
فایل کویل های کویل دار را وارد کنید. توجه داشته باشید که 'فایل_raw' نیز خوانده می شود. اینها را با
سیم پیچ(1).

-fileSum=فایل
فایل خلاصه پیش بینی خروجی

-o=فایل
فایل پیش بینی خروجی

-- برد =عدد
اندازه پنجره

--secCut=عدد
حداکثر محتوای ساختار

--accLen=عدد
حداقل باقی مانده های متوالی در معرض

-html
خروجی در فرمت HTML

-v، --نسخه
نسخه norsp

اشکال زدایی
اشکال زدایی پیام ها

-؟، --کمک
صفحه راهنما

از norsp آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید