این دستور obgrep است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
رد کردن - یک برنامه جستجوی مولکولی پیشرفته با استفاده از SMARTS
خلاصه
رد کردن [OPTIONS] "الگوی هوشمند" نام فایل
شرح
ابزار obgrep می تواند برای جستجوی مولکول ها در فایل های پایگاه داده چند مولکولی استفاده شود
(به عنوان مثال، SMILES، SDF، و غیره) یا در چندین فایل.
OPTIONS
اگر فقط یک نام فایل داده شود، obgrep سعی می کند نوع فایل را از روی نام فایل حدس بزند
افزونه.
-c چاپ تعداد مسابقات
-f تطبیق کامل، چاپ مولکول های تطبیق تنها زمانی که تعداد اتم های سنگین نیز برابر باشد
به تعداد اتم های الگوی SMARTS
-i قالب
فرمت ورودی و خروجی را مشخص می کند، ببینید هرج و مرج(1) برای فرمت های موجود
-n فقط نام مولکول ها را چاپ کنید
-t # فقط در صورتی یک مولکول را چاپ کنید که الگوی آن # بار در داخل مولکول باشد
-v مولکول های منطبق را معکوس کنید، مولکول های غیر منطبق را چاپ کنید
مثال ها
توجه داشته باشید که در همه مثال‌ها، الگوی SMARTS برای اطمینان در یک نقل قول "..." قرار می‌گیرد
توسط پوسته تغییر نمی کند.
تمام مولکول ها را با یک گروه متیلامین چاپ کنید:
obgrep 'CN' database.smi
تمام مولکول های بدون گروه متیلامین را چاپ کنید:
obgrep -v 'CN' database.smi
چاپ تعداد مولکول های بدون گروه متیل آمین:
obgrep -v -c 'CN' database.smi
چاپ متیل آمین (در صورت وجود در فایل):
obgrep -f 'CN' database.smi
چاپ متیلامین و/یا متانول (در صورت وجود):
obgrep -f 'C[N,O]' database.smi
چاپ تمام مولکول‌ها با کربن معطر در همه فایل‌های SMILES در فهرست (به عنوان مثال *.smi)
obgrep 'c' *.smi
با استفاده از خدمات onworks.net از obgrep آنلاین استفاده کنید
