این دستور Palogist است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
palogist - تجزیه و تحلیل انجمن گسترده ژنوم را با استفاده از یک مدل لجستیک انجام دهید
خلاصه
آسیب شناس [ خط فرمان گزینه های ]
شرح
آسیب شناس یک رگرسیون خطی را بر روی مجموعه داده های بزرگ به روشی کارآمد اجرا می کند.
گزینه
ضروری فرمان خط گزینه های
-پ، --فنو فایل
داده های فنوتیپ را از فایل
-من، -- اطلاعات فایل
اطلاعات SNP را از فایل (به عنوان مثال فایل MLINFO).
-د، --دوز فایل
نام فایل پیش بینی کننده SNP (به عنوان مثال MLDOSE/MLPROB).
اختیاری فرمان خط گزینه های
-m، -- نقشه فایل
نام فایل نقشه، حاوی موقعیت های جفت پایه برای هر SNP.
-n، --نیدز عدد
تعداد افراد مورد تجزیه و تحلیل
-c، -- کروم فایل
کروموزوم (برای انتقال به خروجی).
-و ، -- خارج فایل
نام فایل خروجی (پیش‌فرض است regression.out.txt ).
-s ، -- skipd عدد
چند ستون در فایل پیش‌بینی‌کننده (دوز/مشکلات) رد شود (پیش‌فرض 2 است).
-t، -- صفات عدد
تعداد صفات مورد تجزیه و تحلیل قرار می گیرد (پیش فرض 1 است).
-g، --ngpreds عدد
چند ستون پیش بینی در هر نشانگر (پیش فرض 1 = MLDOSE؛ در غیر این صورت از 2 برای MLPROB استفاده کنید).
-آ، --جدا کردن فایل
نویسه برای جدا کردن فیلدها (پیش فرض فاصله است).
-r، --نمره
از آزمون نمره استفاده کنید.
-ه ، -- بدون سر
خط هدر را در خروجی گزارش نکنید.
-l -- allcov
برآوردها را برای همه متغیرهای کمکی (خروجی های بزرگ!) گزارش کنید.
-ب، --اثر متقابل
از کدام متغیر کمکی برای تعامل با تجزیه و تحلیل SNP استفاده شود (پیش‌فرض خیر
تعامل، 0).
-k، --interaction_only
پسندیدن --اثر متقابل اما بدون عمل متغیر کمکی در تعامل با SNP (پیش‌فرض است
بدون تعامل، 0).
-v، --mmscore فایل
آزمون نمره در نمونه افراد مرتبط. آرگومان FILE نام a است
فایل با ماتریس همبستگی معکوس توجه داشته باشید که این ویژگی هنوز وجود دارد
تجربی!
--قدرتمند
خطاهای استاندارد قوی (معروف به ساندویچ، با نام مستعار Hubert-White) را گزارش کنید.
--کمک راهنمای چاپ
با استفاده از خدمات onworks.net از پالوژیست آنلاین استفاده کنید
