این دستور primeDTLSR است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
primeDTLSR - ابزار استنتاج درخت مهمان در میزبان
خلاصه
primeDTLSR [OPTIONS] seqfile فایل میزبان [gsfile]
شرح
استنتاج درخت مهمان در میزبان که تجزیه و تحلیل آشتی را با استفاده از DTLRS زیربنایی امکان پذیر می کند
مدل. خواص مدل:
1) توپولوژی درخت مهمان در داخل درخت میزبان با استفاده از تکرار، از دست دادن تکامل می یابد
و رویدادهای انتقال افقی که توسط نرخ های همگن هدایت می شوند، بسیار شبیه تولد-مرگ
روند. دودمان ها به طور قطعی در گره های درخت میزبان منشعب می شوند.
2) ساعت مولکولی آرام؛ تغییرات سرعت تکامل دنباله ای در لبه های درخت مهمان.
نرخ ها از توزیع مشخص شده به دست می آیند. همچنین، تغییرات نرخ در سایت ها
ممکن است با استفاده از توزیع گامای گسسته با میانگین 1 اضافه شود.
3) مدل جایگزینی انتخابی. استاندارد یا تعریف شده توسط کاربر پیاده سازی از الف استفاده می کند
گسسته سازی درخت میزبان برای تقریبی احتمال همه ممکن
تحقق آشتی برای وضعیت پارامتر فعلی.
پیاده سازی از گسسته سازی درخت میزبان برای تقریب احتمال استفاده می کند
از تمام تحقق های تطبیق ممکن برای وضعیت پارامتر فعلی.
seqfile یک فایل با توالی های تراز شده برای برگ درخت مهمان است.
فایل میزبان یک فایل PRIME Newick با درخت میزبان است. زمان های واگرایی برگ ها باید داشته باشند
زمان 0 و ریشه زمان دارند > 0.
gsfile یک فایل جدا شده با برگه است که در صورت عدم اطلاعات، برگهای درخت مهمان را به برگهای درخت میزبان مربوط می کند
شامل فایل میزبان
OPTIONS
-h, -u, -?
نمایش راهنما (این متن).
-o فایل
نام فایل خروجی. پیش‌فرض stderr است.
-s UNSIGNED_INT
بذر برای مولد اعداد شبه تصادفی. به طور پیش فرض به دانه تصادفی است.
-i UNSIGNED_INT
تعداد تکرار پیش فرض به .
-t UNSIGNED_INT
نازک کردن، یعنی هر نمونه -تکرار پیش فرض به .
-w UNSIGNED_INT
تشخیص خروجی به stderr هر -امین نمونه پیش فرض به .
-q عیب یابی را خروجی ندهید. به طور پیش فرض بی صدا نیست.
-m MCMC|PDHC|PD
نوع اجرا (MCMC، تپه‌نوردی با تراکم خلفی از مقادیر اولیه، یا فقط
تراکم خلفی اولیه). پیش فرض به .
-اسم UniformAA|JC69|JTT|UniformCodon|ArveCodon
مدل جایگزینی به صورت پیش فرض.
-سو DNA|آمینواسید|کدون
... float(n*(n-1)/2)>
مدل جایگزینی تعریف شده توسط کاربر اندازه Pi و R باید متناسب با نوع داده باشد (DNA: n=4،
اسید آمینه: n=20، کدون: n=62). R به عنوان یک ماتریس مثلثی فوقانی مسطح داده می شود.
از هر دو گزینه -Su و -Sm استفاده نکنید.
-Sn UNSIGNED_INT
تعداد مراحل توزیع گسسته گاما برای سرعت تکامل توالی
تنوع در سایت ها به طور پیش فرض به (بدون تغییر).
-اد گاما|InvG|LogN|یکنواخت
توزیع برای تغییرات نرخ IID در بین لبه ها. پیش فرض به .
-Ep شناور شناور
میانگین اولیه و واریانس توزیع نرخ لبه. پیش فرض به و .
-اف میانگین و واریانس توزیع نرخ لبه را ثابت کنید. به طور پیش فرض ثابت نیست.
-جی فایل
نام فایل با توپولوژی درخت مهمان اولیه.
-Gg توپولوژی درخت مهمان اولیه را برطرف کنید، یعنی هیچ تعویض شاخه ای انجام نشود. غیر ثابت توسط
به طور پیش فرض
-Bp شناور شناور شناور
نرخ های تکراری اولیه، از دست دادن و انتقال. به طور پیش فرض به , و .
-Bf نرخ های تکراری، تلفات و انتقال را به مقادیر اولیه ثابت کنید. به طور پیش فرض ثابت نیست.
-بی تی شناور
بازه زمانی لبه بالای ریشه در درخت میزبان را لغو کنید. باید بزرگتر از 0 باشد.
مقدار پیش‌فرض حاوی فایل.
-Dt شناور
مرحله زمانی گسسته سازی تقریبی برای تقسیم نسل های لبه به 0 تنظیم کنید
همان مقدار قطعات (به -Di مراجعه کنید). پیش فرض به .
-دی UNSIGNED_INT
حداقل تعداد زیر بازه های گسسته سازی در هر تولید لبه. اگر -Dt 0 تنظیم شود،
این می شود تعداد دقیق زیر بازه ها. حداقل 2. @پیش فرض به
conf_value_from_cmake_DiscMinIvs@.
-C UNSIGNED_INT
تعداد شمارش انتقال در طول نمونه برداری. پیش فرض به .
-r درخت میزبان را به گونه ای تغییر دهید که زمان ریشه تا برگ برابر با 1.0 باشد. همه استنباط شد
پارامترها به مقیاس جدید اشاره خواهند کرد. به طور پیش فرض خاموش است.
-Z زمان سپری شده دیوار و زمان CPU را چاپ نکنید
-W خط فرمان را چاپ نکنید
-debuginfo
نمایش متفرقه اطلاعات به stderr قبل از تکرار. به طور پیش فرض نشان داده نمی شود.
خروج وضعیت
0 اجرای موفقیت آمیز برنامه
1 برخی از خطاها رخ داده است
URL
صفحه اصلی prime-phylo: http://prime.sbc.su.se
با استفاده از خدمات onworks.net از primeDTLSR به صورت آنلاین استفاده کنید
