progressiveMauve - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

progressiveMauve - ساخت موثر ترازهای ژنومی متعدد

شرح

استفاده از progressiveMauve:

وقتی هر ژنوم در یک فایل جداگانه قرار دارد: progressiveMauve [گزینه‌ها]
...

وقتی همه ژنوم ها در یک فایل واحد هستند: progressiveMauve [گزینه ها]

OPTIONS

--island-gap-size=شکاف تراز بالای این اندازه در نوکلئوتیدها در نظر گرفته می شود
جزایر باشد [20]

--پروفایل=(هنوز پیاده سازی نشده است) یک تراز توالی موجود را در قالب XMFA بخوانید
و آن را با توالی یا ترازهای دیگر تراز کنید

--apply-backbone=یک تراز توالی موجود را در قالب XMFA بخوانید و اعمال کنید
آمار ستون فقرات به آن است

--غیرفعال کردن ستون فقرات تشخیص ستون فقرات را غیرفعال کنید

-- مامان ها فقط MUM ها را پیدا کنید، سعی نکنید بلوک های هم خطی محلی (LCB) را تعیین کنید.

---وزن دانه =از وزن مشخص شده بذر برای محاسبه لنگرهای اولیه استفاده کنید

--خروجی=نام فایل خروجی.
به طور پیش فرض روی صفحه چاپ می شود

--backbone-output=نام فایل خروجی ستون فقرات (اختیاری).

--match-input=به جای جستجوی موارد منطبق، از فایل مطابقت مشخص شده استفاده کنید

--input-id-matrix=یک ماتریس هویت که شباهت بین همه جفت ورودی را توصیف می کند
توالی/ترازبندی

--max-gapped-aligner-length=حداکثر تعداد جفت پایه برای تلاش برای تراز کردن
تراز کننده شکاف دار

--input-guide-tree=یک درخت راهنمای فیلوژنتیک در قالب NEWICK که توصیف می کند
ترتیبی که توالی ها در آن تراز خواهند شد

--output-guide-tree=درخت راهنمای مورد استفاده برای تراز کردن با یک فایل را بنویسید

- نسخه نمایش اطلاعات نسخه نرم افزار

- رفع اشکال اجرا در حالت اشکال زدایی (انجام بررسی سازگاری داخلی - بسیار کند)

--scratch-path-1=مسیری را تعیین کنید که بتوان از آن برای ذخیره سازی موقت داده ها استفاده کرد.
دو یا چند مسیر باید مشخص شود.

--scratch-path-2=مسیری را تعیین کنید که بتوان از آن برای ذخیره سازی موقت داده ها استفاده کرد.
دو یا چند مسیر باید مشخص شود.

-- خطی فرض کنید دنباله های ورودی به صورت هم خطی هستند - آنها هیچ گونه بازآرایی ندارند

--scoring-scheme=عملکرد امتیاز لنگر را انتخاب می کند.
پیش‌فرض مجموع جفت‌های موجود (sp) است.

--بدون جرم گیری وزن وزن های LCB را بر اساس فاصله حفاظتی و نقطه شکست مقیاس نکنید
فاصله

--max-breakpoint-distance-scale=حداکثر مقیاس وزن را بر اساس تنظیم کنید
فاصله نقطه شکست
پیش‌فرض 0.5 است

--conservation-distance-scale=فاصله های حفاظتی را با این مقدار مقیاس کنید.
پیش‌فرض 0.5 است

--muscle-args=گزینه های اضافی خط فرمان برای MUSCLE.
از هر نقل قولی باید با یک بک اسلش فرار کرد

--پرش-پالایش پالایش تکراری را انجام ندهید

-----gapped-alignment تراز شکافی را انجام ندهید

--bp-dist-estimate-min-score=حداقل امتیاز LCB برای تخمین نقطه شکست زوجی
فاصله

--mem-clean هنگام اشکال زدایی تخصیص حافظه، این را روی true تنظیم کنید

--gap-open=پنالتی باز شکاف

--repeat-penalty=تعیین می کند که آیا امتیازات تکرار منفی شوند یا به صفر بروند
برای سکانس های بسیار تکراری
پیش فرض منفی است.

--gap-extend=افزایش جریمه شکاف

--substitution-matrix=ماتریس جایگزینی نوکلئوتید در قالب NCBI

--وزن=حداقل امتیاز LCB زوجی

--min-scaled-penalty=حداقل جریمه نقطه شکست پس از کاهش پنالتی توسط
واگرایی مورد انتظار

--hmm-p-go-homologous=احتمال انتقال از نامرتبط به
حالت همولوگ [0.00001]

--hmm-p-go-unrelated=احتمال انتقال از همولوگ به
حالت غیر مرتبط [0.000000001]

--hmm-identity=سطح مورد انتظار از هویت توالی در بین جفت دنباله ها،
محدوده بین 0 و 1 [0.7]

--بذر-خانواده برای بهبود حساسیت از یک خانواده دانه های فاصله دار استفاده کنید

-- دانه های جامد از دانه های جامد استفاده کنید. اجازه تعویض در مسابقات لنگر ندهید.

---coding-seeds از دانه های الگوی کدگذاری استفاده کنید. مفید برای تولید مسابقات کدگذاری مناطق با
انحطاط موقعیت کدون 3.

--غیرفعال کردن کش غیرفعال کردن حافظه پنهان جستجوی لنگر بازگشتی برای رفع اشکال خرابی

-- بدون بازگشت غیرفعال کردن جستجوی لنگر بازگشتی

مثال ها

progressiveMauve --output=my_seqs.xmfa my_genome1.gbk my_genome2.gbk my_genome3.fasta

اگر ژنوم ها در یک فایل واحد هستند و هیچ گونه بازآرایی ندارند: progressiveMauve --collinear
--output=my_seqs.xmfa my_genomes.fasta

با استفاده از خدمات onworks.net از progressiveMauve آنلاین استفاده کنید