این دستور propka است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
propka - فایل های PDB را بر اساس pKa پروتونه کنید
خلاصه
پروپکا PROPKATMP1
شرح
پروپکا پروتوناسیون (موقعیت یون هیدروژن) را به یک ساختار در PDB خودکار می کند
فرمت برای هر مقدار pKa معین. فایل مورد استفاده باید PROPKATMP1 نامیده شود
دایرکتوری که در آن propka اجرا می شود.
پروپکا دو فایل خروجی به نام‌های PROPKATMP2 و PROPKATMP3 تولید می‌کند. PROPKATMP2
شامل ساختار حاصل در قالب PDB است. PROPKATMP3 شامل خلاصه ای از
پروپکا را اجرا کنید.
استناد کردن پروپکا
لطفا استفاده خود را تصدیق کنید پروپکا با استناد به:
هوی لی، اندرو دی. رابرتسون، و یان اچ. جنسن: پیش بینی تجربی بسیار سریع و
تفسیر مقادیر پروتئین pKa، پروتئین ها، 2005، 61، 704-721.
WEB SERVICE
PropKa را می توان از طریق یک رابط وب در http://propka.ki.ku.dk/.
با استفاده از خدمات onworks.net از propka آنلاین استفاده کنید
