rasmol-gtk - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

rasmol - Molecular Graphics Visualization Tool نسخه 2.7.5

خلاصه

رسمول [نودی پلی] [[-قالب ] نام فایل] [-اسکریپت فایل اسکریپت]

فرمها

-پی دی بی بانک اطلاعات پروتئین
-mdl فرمت فایل MOL MDL
-mol2 قالب Sybyl MOL2 Tripos
-ایکس فرمت XYZ (XMol) MSC
-موپاک فرمت فایل ورودی یا خروجی MOPAC
-کیمیاگری فرمت فایل کیمیاگری
-جذابیت فرمت فایل CHARMm
-cif فرمت فایل IUCr CIF یا CIF

اطلاعیه ها

این نرم افزار از چندین منبع ایجاد شده است. بیشتر کد از RasMol 2.6 است،
همانطور که توسط راجر سایل ساخته شده است. کد زاویه پیچشی، کد جدید POVRAY3 و سایر ویژگی ها
از ویرایش های RasMol2.6x1 توسط Arne Mueller مشتق شده اند. طرح چاپگر راماچاندران
کد از fisipl که توسط فرانسیس سی. برنشتاین ایجاد شده است، مشتق شده است. به بانک اطلاعات پروتئین مراجعه کنید
نوار برنامه

کد نمایش چندین مولکول و اجازه چرخش پیوند تا حد زیادی مشتق شده است
از مدهای UCB توسط گری گروسمن و مارکو مولینارو، همراه با اجازه آیلین
لوئیس از کنسرسیوم ModularCHEM.

تغییرات CIF از کتابخانه ای استفاده می کند که تا حدی بر اساس CBFlib توسط Paul J. Ellis و
هربرت جی. برنشتاین. بخش هایی از CBFlib بر اساس بسته نرم افزاری CIFPARSE است
از NDB در دانشگاه راتگرز. لطفا دستورات RasMol را تایپ کنید کمک کپی برداری، کمک
عمومی، کمک IUCR، کمک CBFlib،
و کمک CIFPARSE برای اطلاعیه های قابل اجرا لطفا تایپ کن کمک حق چاپ برای کپی رایت
اطلاعیه ها اگر از RasMol V2.6 یا نسخه قبلی استفاده می کنید، دستور RasMol را تایپ کنید کمک
oldnotice

کپی برداری

این نسخه به طور مستقیم بر اساس RasMol نسخه 2.7.4.2، بر روی RasMol verion 2.7.4.2، در
RasMol نسخه 2.7.4، در RasMol نسخه 2.7.3.1، در RasMol نسخه 2.7.3، در RasMol
نسخه 2.7.2.1.1، رسمول نسخه 2.7.2، راسمول نسخه 2.7.1.1 و RasTop نسخه 1.3 و
به طور غیر مستقیم در نسخه های RasMol 2.5-ucb و 2.6-ucb و نسخه 2.6_CIF.2، RasMol 2.6x1
و RasMol_2.6.4.

RasMol 2.7.5 ممکن است تحت شرایط مجوز عمومی عمومی گنو توزیع شود.
GPL)، ببینید

http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt

یا فایل GPL یا دستور را تایپ کنید کمک GPL

یا RasMol 2.7.5 ممکن است تحت مجوز RASMOL توزیع شود. فایل NOTICE را ببینید یا تایپ کنید
فرمان کمک RASLIC

GPL
GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
نسخه 2 ، ژوئن 1991

حق چاپ (C) 1989 ، 1991 بنیاد نرم افزار آزاد ، شرکت
59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA
همه مجاز به کپی و توزیع نسخه های کلمه به کلمه هستند
از این سند مجوز ، اما تغییر آن مجاز نیست.

مقدمه

مجوزهای اکثر نرم افزارها برای سلب آزادی شما برای اشتراک گذاری طراحی شده اند
و آن را تغییر دهید. در مقابل، مجوز عمومی عمومی گنو در نظر گرفته شده است
آزادی خود را برای اشتراک گذاری و تغییر نرم افزار رایگان تضمین می کند - برای اطمینان از نرم افزار
برای همه کاربرانش رایگان است. این مجوز عمومی عمومی برای اکثر موارد رایگان اعمال می شود
نرم افزار بنیاد نرم افزار و هر برنامه دیگری که نویسندگان آن متعهد به انجام آن هستند
استفاده از آن. (برخی دیگر از نرم افزارهای بنیاد نرم افزار آزاد تحت پوشش گنو هستند
مجوز عمومی عمومی کتابخانه به جای آن.) می توانید آن را در برنامه های خود نیز اعمال کنید.

وقتی از نرم افزار آزاد صحبت می کنیم، به آزادی اشاره می کنیم، نه قیمت. ما
مجوزهای عمومی عمومی برای اطمینان از آزادی شما طراحی شده اند
نسخه هایی از نرم افزار رایگان را توزیع کنید (و در صورت تمایل برای این سرویس هزینه کنید)، که
شما کد منبع را دریافت می کنید یا اگر بخواهید می توانید آن را دریافت کنید، که می توانید آن را تغییر دهید
نرم افزار یا استفاده از قطعات آن در برنامه های رایگان جدید؛ و می دانید که می توانید انجام دهید
این چیزها

برای محافظت از حقوق شما، باید محدودیت‌هایی ایجاد کنیم که هر کسی را از انکار منع کند
شما این حقوق را دارید یا از شما بخواهد که حقوق را تسلیم کنید. این محدودیت ها
اگر نسخه هایی از آن را توزیع کنید، مسئولیت های خاصی را برای شما ترجمه کنید
نرم افزار، یا اگر آن را تغییر دهید.

به عنوان مثال، اگر شما نسخه هایی از چنین برنامه ای را، چه رایگان یا به صورت رایگان، توزیع کنید
هزینه، شما باید تمام حقوقی را که دارید به گیرندگان بدهید. باید مطمئن شوید
که آنها نیز کد منبع را دریافت می کنند یا می توانند دریافت کنند. و شما باید اینها را به آنها نشان دهید
شرایط تا آنها حقوق خود را بدانند.

ما با دو مرحله از حقوق شما محافظت می کنیم: (1) حق نسخه برداری نرم افزار و (2) پیشنهاد
شما این مجوز را دارید که به شما اجازه قانونی برای کپی، توزیع و/یا تغییر می دهد
نرم افزار.

همچنین، برای حمایت از هر نویسنده و ما، ما می خواهیم مطمئن شویم که
همه می دانند که هیچ ضمانتی برای این نرم افزار رایگان وجود ندارد. اگر
نرم افزار توسط شخص دیگری اصلاح شده و منتقل می شود، ما می خواهیم گیرندگان آن بدانند
که آنچه آنها دارند اصل نیست، به طوری که هر گونه مشکل توسط دیگران معرفی شده است
بر شهرت نویسندگان اصلی منعکس نخواهد شد.

در نهایت، هر برنامه رایگان دائماً توسط پتنت های نرم افزاری تهدید می شود. ما آرزو
برای جلوگیری از خطری که توزیع‌کنندگان مجدد یک برنامه رایگان به صورت جداگانه به آن دست خواهند یافت
مجوزهای ثبت اختراع، در واقع برنامه را اختصاصی می کند. برای جلوگیری از این، ما
روشن کرده اند که هر حق ثبت اختراع باید برای استفاده رایگان همه مجوز داشته باشد یا خیر
اصلا مجوز دارد

شرایط و ضوابط دقیق برای کپی، توزیع و اصلاح
دنبال کردن.

GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
شرایط و ضوابط کپی ، توزیع و اصلاح

0. این مجوز برای هر برنامه یا کار دیگری که حاوی اعلامیه باشد اعمال می شود
توسط دارنده حق چاپ قرار داده شده است و می گوید ممکن است تحت شرایط این توزیع شود
مجوز عمومی عمومی. "برنامه"، در زیر، به هر گونه برنامه یا کار اشاره دارد،
و "کار مبتنی بر برنامه" به معنای برنامه یا هر اثر مشتق شده است
تحت قانون کپی رایت: یعنی اثری که حاوی برنامه یا بخشی از آن باشد
آن را به کلمه یا با تغییرات و/یا ترجمه به زبان دیگر.
(از این پس، ترجمه بدون محدودیت در اصطلاح گنجانده شده است
"تغییر".) هر دارنده مجوز با عنوان "شما" خطاب می شود.

فعالیت‌هایی غیر از کپی، توزیع و اصلاح مشمول پوشش نمی‌شوند
این مجوز؛ آنها خارج از محدوده آن هستند. عمل اجرای برنامه نیست
محدود شده است و خروجی برنامه فقط در صورتی پوشش داده می شود که محتویات آن باشد
یک اثر مبتنی بر برنامه (مستقل از اینکه با اجرا ساخته شده باشد) را تشکیل می دهند
برنامه). اینکه آیا این درست است بستگی به کاری دارد که برنامه انجام می دهد.

1. می توانید نسخه های کلمه به کلمه کد منبع برنامه را به عنوان کپی و توزیع کنید
شما آن را در هر رسانه ای دریافت می کنید، مشروط بر اینکه به طور آشکار و مناسب انجام دهید
در هر نسخه یک اعلامیه حق چاپ مناسب و سلب مسئولیت از ضمانت نامه منتشر کنید.
تمام اخطارهایی را که به این مجوز و عدم وجود آنها اشاره دارد، دست نخورده نگه دارید
ضمانتنامه؛ و به سایر گیرندگان برنامه یک کپی از این مجوز را به همراه ارائه دهید
با برنامه

شما ممکن است برای عمل فیزیکی انتقال یک کپی هزینه ای دریافت کنید، و ممکن است
گزینه شما در ازای پرداخت هزینه، حفاظت گارانتی را ارائه می دهد.

2. شما می توانید کپی یا کپی های برنامه یا هر بخشی از آن را تغییر دهید، بنابراین
تشکیل یک اثر بر اساس برنامه، و کپی و توزیع چنین تغییراتی یا
تحت شرایط بخش 1 فوق کار کنید، مشروط بر اینکه شما نیز همه این موارد را رعایت کنید
شرایط:

الف) شما باید باعث شوید که پرونده های اصلاح شده اخطارهای برجسته ای داشته باشند
با بیان اینکه پرونده ها و تاریخ هرگونه تغییر را تغییر داده اید.

ب) شما باید کاری را که توزیع یا منتشر می کنید ، در
به طور کامل یا جزئی شامل برنامه یا هر یک است
بخشی از آن ، به طور کلی مجوز دارد بدون پرداخت هزینه برای همه سوم
احزاب تحت شرایط این مجوز.

ج) اگر برنامه اصلاح شده به طور معمول دستورات را به صورت تعاملی بخواند
هنگام اجرا ، شما باید باعث آن شوید ، هنگامی که شروع به اجرا برای چنین
استفاده تعاملی به معمول ترین روش ، برای چاپ یا نمایش یک
اعلان شامل اخطار مربوط به حق چاپ و الف
توجه داشته باشید که هیچ ضمانتی وجود ندارد (یا اینکه بگویید شما ارائه می دهید)
ضمانت) و اینکه کاربران می توانند برنامه را تحت توزیع مجدد کنند
این شرایط ، و به کاربر گفتن چگونه یک نسخه از این را مشاهده کند
مجوز. (استثنا: اگر برنامه خود تعاملی باشد اما
به طور معمول چنین اطلاعیه ای را چاپ نمی کند ، کار شما بر اساس است
برنامه برای چاپ اطلاعیه لازم نیست.)

این الزامات برای کار اصلاح شده به عنوان یک کل اعمال می شود. اگر بخش های قابل شناسایی باشد
این کار از برنامه مشتق نشده است و می تواند به طور منطقی در نظر گرفته شود
کارهای مستقل و جداگانه به خودی خود، سپس این مجوز و شرایط آن، انجام می دهند
هنگامی که آنها را به عنوان آثار جداگانه توزیع می کنید، برای آن بخش ها اعمال نمی شود. اما کی
شما همان بخش ها را به عنوان بخشی از یک کل توزیع می کنید که اثری بر اساس آن است
برنامه، توزیع کل باید بر اساس شرایط این مجوز باشد که
مجوزها برای سایر دارندگان مجوز به کل، و بنابراین به هر یک و
هر قسمت بدون توجه به اینکه چه کسی آن را نوشته است.

بنابراین، هدف این بخش ادعای حقوق یا اعتراض به حقوق شما نیست
به کار نوشته شده به طور کامل توسط شما؛ بلکه مقصود اعمال حق است
کنترل توزیع آثار مشتق یا جمعی بر اساس برنامه.

علاوه بر این، تجمیع صرف اثر دیگری که بر اساس برنامه نیست با
برنامه (یا با یک اثر بر اساس برنامه) بر روی یک حجم از ذخیره سازی یا
رسانه توزیع آثار دیگر را در محدوده این مجوز قرار نمی دهد.

3. می توانید برنامه (یا اثری بر اساس آن را در زیر بخش کپی و توزیع کنید
2) در کد شی یا فرم اجرایی تحت شرایط بخش های 1 و 2 بالا
مشروط بر اینکه یکی از موارد زیر را نیز انجام دهید:

الف) آن را با کامل خواندنی مربوط به دستگاه همراه کنید
کد منبع ، که باید تحت شرایط بخش ها توزیع شود
1 و 2 در بالا در یک رسانه که به طور معمول برای تبادل نرم افزار استفاده می شود ؛ یا،

ب) آن را با یک پیشنهاد کتبی ، حداقل به مدت سه اعتبار ، همراه کنید
سال ، برای دادن هر شخص ثالث ، بیش از هزینه شما
هزینه اجرای فیزیکی توزیع منبع ، کاملاً
کپی قابل خواندن توسط ماشین از کد منبع مربوطه ، باشد
تحت شرایط بخشهای 1 و 2 بالا روی یک رسانه توزیع شده است
به طور معمول برای تبادل نرم افزار استفاده می شود. یا،

ج) آن را با اطلاعاتی که درباره پیشنهاد دریافت کرده اید همراه کنید
برای توزیع کد منبع مربوطه. (این گزینه است
فقط برای توزیع غیر تجاری مجاز است و فقط در صورت مجاز بودن شما
برنامه را به صورت کد کد یا فرم اجرایی با چنین مواردی دریافت کرد
یک پیشنهاد ، مطابق با بخش b بالا.)

کد منبع یک اثر به معنای شکل ترجیحی اثر برای ساخت است
اصلاحات در آن برای یک کار اجرایی، کد منبع کامل به معنای همه است
کد منبع برای همه ماژول های موجود، به علاوه هر تعریف رابط مرتبط
فایل ها، به علاوه اسکریپت های مورد استفاده برای کنترل کامپایل و نصب
قابل اجرا با این حال، به عنوان یک استثنا خاص، کد منبع توزیع شده نیازی ندارد
شامل هر چیزی که به طور معمول توزیع می شود (به صورت منبع یا باینری)
با اجزای اصلی (کامپایلر، هسته و غیره) سیستم عامل
که فایل اجرایی اجرا می کند، مگر اینکه خود آن جزء اجرایی را همراهی کند.

اگر توزیع کد اجرایی یا شیء با ارائه دسترسی به کپی انجام شود
از یک مکان تعیین شده، سپس دسترسی معادل برای کپی کد منبع را ارائه می دهد
از همان مکان به عنوان توزیع کد منبع به حساب می آید، حتی اگر سوم باشد
طرفین مجبور نیستند منبع را به همراه کد شیء کپی کنند.

4. شما نمی توانید برنامه را کپی کنید، تغییر دهید، مجوز فرعی یا توزیع کنید
به صراحت تحت این مجوز ارائه شده است. هر گونه تلاش برای کپی کردن، اصلاح،
مجوز فرعی یا توزیع برنامه باطل است و به طور خودکار شما را خاتمه می دهد
حقوق تحت این مجوز با این حال، طرفینی که کپی یا حقوق دریافت کرده اند،
از طرف شما تحت این مجوز تا زمانی که مجوز آنها فسخ نمی شود
احزاب در انطباق کامل باقی می مانند.

5. شما ملزم به پذیرش این مجوز نیستید، زیرا آن را امضا نکرده اید.
با این حال، هیچ چیز دیگری به شما اجازه تغییر یا توزیع برنامه یا
مشتقات آن کار می کند. این اقدامات در صورت عدم قبول قانون ممنوع است
این مجوز بنابراین، با تغییر یا توزیع برنامه (یا هر اثر
بر اساس برنامه)، شما قبول خود را با این مجوز برای انجام این کار، و
تمام شرایط و ضوابط آن برای کپی، توزیع یا تغییر برنامه یا
بر اساس آن کار می کند.

6. هر بار که برنامه را مجدداً توزیع می کنید (یا هر اثری بر اساس برنامه)،
گیرنده به طور خودکار مجوزی را از مجوز دهنده اصلی برای کپی دریافت می کند،
با توجه به این شرایط و ضوابط، برنامه را توزیع یا تغییر دهید. شما ممکن است
هیچ محدودیت بیشتری برای استفاده گیرندگان از حقوق اعمال نکنید
در اینجا اعطا شده است. شما مسئولیتی در قبال اجرای قوانین توسط اشخاص ثالث ندارید
به این مجوز.

7. اگر در نتیجه حکم دادگاه یا ادعای نقض حق اختراع
یا به هر دلیل دیگری (محدود به موضوعات ثبت اختراع)، شرایطی بر آن تحمیل می شود
شما (خواه با حکم دادگاه، توافق یا موارد دیگر) که با شرایط مغایرت دارند
از این مجوز، آنها شما را از شرایط این مجوز معاف نمی کنند. اگر
شما نمی توانید به گونه ای توزیع کنید که به طور همزمان تعهدات خود را در این مورد برآورده کنید
مجوز و سایر تعهدات مربوطه، در نتیجه ممکن است نتوانید
اصلا برنامه را توزیع کنید به عنوان مثال، اگر مجوز ثبت اختراع اجازه نمی دهد
توزیع مجدد برنامه بدون حق امتیاز توسط همه کسانی که مستقیماً نسخه دریافت می کنند
یا به طور غیرمستقیم از طریق شما، پس تنها راهی است که می توانید هم آن را برآورده کنید و هم این را
مجوز به معنای خودداری کامل از توزیع برنامه است.

اگر هر بخشی از این بخش تحت هر یک نامعتبر یا غیرقابل اجرا باشد
در شرایط خاص، تعادل بخش در نظر گرفته شده برای اعمال و
بخش به عنوان یک کل برای اعمال در شرایط دیگر در نظر گرفته شده است.

هدف این بخش ترغیب شما به نقض هر گونه پتنت یا
سایر دعاوی مربوط به حق مالکیت یا اعتراض به اعتبار هر یک از این ادعاها؛ این بخش
تنها هدف محافظت از یکپارچگی توزیع نرم افزار آزاد است
سیستمی که توسط شیوه های مجوز عمومی پیاده سازی می شود. افراد زیادی ساخته اند
کمک های سخاوتمندانه به طیف گسترده ای از نرم افزارهای توزیع شده از طریق آن
سیستم با تکیه بر کاربرد مداوم آن سیستم؛ آن را به
نویسنده/ اهداکننده تصمیم بگیرد که آیا او مایل به توزیع نرم افزار از طریق هر کدام است یا خیر
سیستم دیگر و یک دارنده مجوز نمی توانند این انتخاب را تحمیل کنند.

این بخش قصد دارد به طور کامل آنچه را که تصور می شود الف است روشن کند
نتیجه بقیه این مجوز.

8. اگر توزیع و/یا استفاده از برنامه در موارد خاصی محدود شده باشد
کشورها یا توسط حق اختراع یا با رابط های دارای حق چاپ، حق چاپ اصلی
دارنده‌ای که برنامه را تحت این مجوز قرار می‌دهد، می‌تواند یک موقعیت جغرافیایی صریح اضافه کند
محدودیت توزیع به استثنای آن کشورها، به طوری که توزیع است
فقط در داخل یا بین کشورهایی که به این ترتیب مستثنی نشده اند مجاز است. در چنین مواردی، این مجوز
شامل محدودیتی است که گویی در متن این مجوز نوشته شده است.

9. بنیاد نرم افزار آزاد ممکن است نسخه های اصلاح شده و/یا جدید را منتشر کند
مجوز عمومی عمومی هر از گاهی. چنین نسخه‌های جدیدی از نظر مشابه خواهند بود
روح به نسخه فعلی است، اما ممکن است در جزئیات برای رسیدگی به مشکلات جدید یا
نگرانی ها.

به هر نسخه یک شماره نسخه متمایز داده می شود. اگر برنامه a را مشخص کند
شماره نسخه این مجوز که برای آن اعمال می شود و "هر نسخه بعدی"، شما
می توانید از شرایط و ضوابط آن نسخه یا نسخه پیروی کنید
هر نسخه بعدی منتشر شده توسط بنیاد نرم افزار آزاد. اگر برنامه انجام دهد
شماره نسخه این مجوز را مشخص نکنید، می توانید هر نسخه ای را انتخاب کنید
توسط بنیاد نرم افزار آزاد منتشر شده است.

10. اگر می خواهید بخش هایی از برنامه را در برنامه های رایگان دیگر بگنجانید
که شرایط توزیع آنها متفاوت است، برای درخواست به نویسنده بنویسید
اجازه. برای نرم افزارهایی که دارای حق چاپ توسط بنیاد نرم افزار آزاد هستند،
به بنیاد نرم افزار آزاد بنویسید. ما گاهی برای این مورد استثنا قائل می شویم. ما
تصمیم گیری بر اساس دو هدف حفظ وضعیت آزاد همه هدایت خواهد شد
مشتقات نرم افزار رایگان ما و ترویج اشتراک گذاری و استفاده مجدد از نرم افزار
بطور کلی.

بدون ضمانت

11. از آنجایی که این برنامه دارای مجوز رایگان است، هیچ ضمانتی برای برنامه وجود ندارد
برنامه، تا حدی که توسط قانون قابل اجرا مجاز است. به جز مواردی که غیر از این بیان شده است
به صورت کتبی دارندگان حق نسخه‌برداری و/یا طرف‌های دیگر برنامه را «همانطور که هست» ارائه می‌کنند.
بدون ضمانت از هر نوع، اعم از صریح یا ضمنی، از جمله، اما نه
محدود به ضمانت های ضمنی تجارت و تناسب اندام برای یک مورد خاص
هدف. تمام خطرات مربوط به کیفیت و عملکرد برنامه مربوط به
شما. در صورتی که برنامه معیوب باشد، شما هزینه تمام موارد ضروری را در نظر می گیرید
سرویس، تعمیر یا تصحیح.

12. در هیچ موردی مگر اینکه توسط قانون قابل اجرا یا موافقت نامه کتبی الزامی باشد
هر دارنده حق نسخه‌برداری، یا هر شخص دیگری که ممکن است آن را اصلاح و/یا توزیع مجدد کند
برنامه همانطور که در بالا مجاز است، در قبال شما در قبال خسارات، از جمله هر مورد کلی، مسئول است،
آسیب های خاص، اتفاقی یا تبعی ناشی از استفاده یا عدم توانایی
از برنامه استفاده کنید (شامل، اما نه محدود به از دست دادن داده ها یا داده های در حال ارائه
نادرست یا ضررهای ناشی از شما یا اشخاص ثالث یا شکست برنامه
برای کار با هر برنامه دیگری، حتی اگر چنین دارنده یا طرف دیگری وجود داشته باشد
در مورد احتمال چنین آسیب هایی توصیه شده است.

END OF شرایط و ضوابط

چگونه به درخواست این شرایط به برنامه های جدید شما

اگر برنامه جدیدی توسعه می دهید و می خواهید بیشترین استفاده ممکن را از آن داشته باشید
برای عموم، بهترین راه برای دستیابی به این امر این است که آن را به نرم افزار رایگان تبدیل کنید
همه می توانند تحت این شرایط توزیع و تغییر کنند.

برای انجام این کار، اطلاعیه های زیر را به برنامه پیوست کنید. ایمن ترین آن برای اتصال است
آنها را به ابتدای هر فایل منبع می رساند تا به طور موثری حذف را منتقل کند
ضمانتنامه؛ و هر فایل باید حداقل خط "کپی رایت" و یک اشاره گر داشته باشد
جایی که اطلاعیه کامل یافت می شود.


حق چاپ (C)

این برنامه نرم افزار رایگان است. می توانید آن را توزیع مجدد کرده و یا تغییر دهید
طبق شرایط مجوز عمومی عمومی گنو که منتشر شده است
بنیاد نرم افزار آزاد ؛ یا نسخه 2 مجوز ، یا
(در انتخاب شما) نسخه بعدی.

این برنامه به امید مفید بودن توزیع می شود ،
اما بدون هرگونه ضمانت؛ حتی بدون ضمانت ضمنی
قابلیت دستیابی یا تناسب برای یک هدف خاص. مشاهده کنید
مجوز عمومی عمومی گنو برای اطلاعات بیشتر.

شما باید یک نسخه از مجوز عمومی عمومی GNU را دریافت کرده اید
همراه با این برنامه؛ اگر نه، به نرم افزار آزاد بنویسید
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA

همچنین اطلاعات در مورد نحوه تماس با شما از طریق پست الکترونیکی و مقاله اضافه کنید.

اگر برنامه تعاملی است، آن را در هنگام اجرای یک اخطار کوتاه مانند این خروجی قرار دهید
در حالت تعاملی شروع می شود:

Gnomovision نسخه 69 ، حق چاپ (C) سال نام نویسنده
Gnomovision مطلقاً بدون ضمانت ارائه می شود. برای جزئیات، «show w» را تایپ کنید.
این نرم افزار رایگان است ، و شما می توانید دوباره توزیع کنید
در شرایط خاص؛ برای جزئیات، "show c" را تایپ کنید.

دستورات فرضی "show w" و "show c" باید قسمت های مناسب را نشان دهند
مجوز عمومی عمومی البته ممکن است دستوراتی که استفاده می کنید فراخوانی شوند
چیزی غیر از «show w» و «show c». آنها حتی می توانند کلیک ماوس یا منو باشند
موارد - هر آنچه که برای برنامه شما مناسب است.

شما همچنین باید کارفرمای خود (اگر به عنوان برنامه نویس کار می کنید) یا مدرسه خود را دریافت کنید، اگر
در صورت لزوم، برای امضای "سلب مسئولیت حق نسخه برداری" برای برنامه. اینجا یک است
نمونه؛ تغییر نام ها:

یویودین ، ​​شرکت ، بدینوسیله از کلیه علاقه مندی های کپی رایت در برنامه صرف نظر می کند
"Gnomovision" (که در کامپایلرها پاس می دهد) نوشته جیمز هکر.

، 1 آوریل 1989
Ty Coon ، رئیس معاون

این مجوز عمومی عمومی اجازه نمی دهد برنامه شما را در آن بگنجانید
برنامه های اختصاصی اگر برنامه شما یک کتابخانه زیر روال است، می توانید آن را در نظر بگیرید
برای اجازه دادن به پیوند برنامه های اختصاصی با کتابخانه مفیدتر است. اگر این
کاری است که می خواهید انجام دهید، به جای این از مجوز عمومی عمومی کتابخانه گنو استفاده کنید
مجوز.

RASLIC اگر از GPL استفاده نمی کنید، شرایط مجوز زیر اعمال می شود:

مجوز RasMol

حتی اگر نویسندگان اسناد و نرم افزارهای مختلف موجود در اینجا را ساخته اند
تلاش با حسن نیت برای اطمینان از صحت اسناد و نرم افزار
مطابق با مستندات خود عمل می کند و ما از شنیدن آن بسیار سپاسگزاریم
هر گونه مشکلی که ممکن است با آن مواجه شوید، برنامه ها و اسناد هر فایلی که توسط
برنامه ها **همانطور که هست** بدون ضمانت صحت ارائه می شوند،
قابلیت خرید و فروش یا مناسب بودن برای هر کاربری خاص یا عمومی.

مسئولیت هر گونه عواقب نامطلوب ناشی از استفاده از برنامه ها یا
اسناد یا هر گونه فایل یا فایل ایجاد شده با استفاده از برنامه ها یا اسناد دروغ
فقط با کاربران برنامه ها یا اسناد یا فایل یا فایل ها و نه با
نویسندگان برنامه ها یا اسناد.

مشروط به پذیرش شرایط ذکر شده در بالا و احترام شما به آن
شرایط و ضوابط ذکر شده در اطلاعیه های زیر، اگر قصد ندارید هیچ کدام را ایجاد کنید
تغییرات و یا ایجاد آثار مشتق شده، به شما اجازه داده می شود که آزادانه کپی کنید و
این بسته را به شرط انجام کارهای زیر توزیع کنید:

1. یا شامل مستندات کامل، به خصوص فایل NOTICE، با
آنچه را که توزیع می‌کنید یا نشانه‌ای واضح از جایی که مردم می‌توانند نسخه‌ای از آن را دریافت کنند ارائه می‌کنید
مستندات؛ و

2. لطفاً در جایی که اعتبار وجود دارد با استناد به نسخه و اصل اعتبار قائل شوید
نویسندگان به درستی؛ و

3. لطفاً به کسی این تصور را ندهید که نویسنده اصلی هستند
ارائه ضمانت از هر نوع

اگر می خواهید از قطعات اصلی RasMol در برنامه دیگری استفاده کنید، بسازید
تغییراتی در RasMol یا به روشی دیگر باعث می شود که یک وکیل آن را a
"کار مشتق شده"، شما نه تنها مجاز به انجام آن هستید، بلکه به انجام آن تشویق می شوید.
علاوه بر مواردی که در بالا توضیح دادیم، لطفاً موارد زیر را نیز انجام دهید:

4. لطفاً در مستندات خود توضیح دهید که چگونه کاری که انجام دادید با این تفاوت دارد
نسخه RasMol; و

5. لطفا کد منبع اصلاح شده خود را در دسترس قرار دهید.

این نسخه از RasMol در دامنه عمومی _نیست_ است، اما به صورت رایگان در اختیار کاربران قرار می گیرد
جامعه به امید پیشرفت علم اگر تغییراتی ایجاد کردید، لطفا آنها را ایجاد کنید
به شیوه ای مسئولانه، و لطفاً به ما فرصت دهید تا آنها را درج کنیم
تغییرات در نسخه های بعدی RasMol.

سوالات عمومی اطلاع
اطلاعیه زیر در مورد این اثر به عنوان یک کل و در مورد آثار گنجانده شده اعمال می شود
درون آن:

* تلاش های خلاقانه به تبادل پر جنب و جوش ایده ها بستگی دارد. قوانین وجود دارد و
آداب و رسومی که حقوق و مسئولیت هایی را برای نویسندگان و کاربران ایجاد می کند
آنچه نویسندگان خلق می کنند این اطلاعیه برای جلوگیری از استفاده شما از
نرم افزار و اسناد موجود در این بسته، اما برای اطمینان از وجود ندارد
سوء تفاهم در مورد شرایط و ضوابط چنین استفاده ای.

* لطفا اطلاعیه زیر را با دقت مطالعه فرمایید. اگر هیچ بخشی را متوجه نشدید
از این اطلاعیه، لطفاً قبل از استفاده از مشاوره حقوقی حرفه ای مناسب بخواهید
از نرم افزارها و اسناد موجود در این بسته نرم افزاری. بعلاوه
هر قدم دیگری که ممکن است برای احترام به روشنفکر مجبور به انجام آن باشید
در صورت استفاده از نرم افزار، حقوق مالکیت طرف های مختلف درگیر
و مدارک موجود در این پکیج لطفا در جاهایی که اعتبار دارد با استناد اعتبار بدهید
این بسته، نویسندگان آن و URL یا منبع دیگری که آن را از آن به دست آورده اید،
یا منابع اولیه معادل در ادبیات با همان نویسندگان.

* برخی از نرم افزارها و اسناد موجود در این بسته نرم افزاری عبارتند از
مالکیت معنوی احزاب مختلف و قرار دادن در این بسته در
به هر طریقی دلالت بر این دارد که چنین حقوقی به هر نحوی نادیده گرفته شده یا کاهش یافته است.

* با توجه به هر نرم افزار یا اسنادی که حق چاپ برای آنها وجود دارد، ALL
حقوق برای صاحبان چنین حق چاپ محفوظ است.

* حتی اگر نویسندگان اسناد و نرم افزارهای مختلف موجود در اینجا را داشته باشند
با حسن نیت تلاش کرد تا از صحت اسناد و مدارک اطمینان حاصل کند
نرم افزار مطابق با مستندات خود عمل می کند و ما بسیار قدردان خواهیم بود
شنیدن هر گونه مشکلی که ممکن است با آن مواجه شوید، برنامه ها و اسناد و هر فایلی
ایجاد شده توسط برنامه ها **همانطور که هست** بدون هیچ ضمانتی ارائه می شود
صحت، تجارت یا تناسب برای هر کاربری خاص یا عمومی.

* مسئولیت هر گونه عواقب نامطلوب ناشی از استفاده از برنامه ها یا
اسناد یا هر گونه فایل یا فایل ایجاد شده با استفاده از برنامه ها یا اسناد دروغ
فقط با کاربران برنامه ها یا اسناد یا فایل یا فایل ها و نه با
نویسندگان برنامه ها یا اسناد.

فایل های GPL و RASLIC را برای دو روش جایگزین برای مجوز این بسته مشاهده کنید.

راسمول V2.6 اطلاع
اطلاعیه زیر برای RasMol V 2.6 و نسخه های RasMol قدیمی تر اعمال می شود.

اطلاعات این سند بدون اطلاع قبلی قابل تغییر است و تغییر نمی کند
نشان دهنده تعهد از جانب تامین کننده است. این بسته است
فروخته/توزیع می شود مشروط به اینکه از طریق تجارت یا
در غیر این صورت، قرض داده شود، مجدداً فروخته شود، اجاره داده شود و یا در غیر این صورت بدون آن توزیع شود
رضایت قبلی تامین کننده، در هر شکل بسته بندی یا پوششی غیر از آن
که تولید شد. هیچ بخشی از این راهنما یا نرم افزار همراه ممکن است نباشد
بازتولید شده، ذخیره شده در یک سیستم بازیابی بر روی دیسک نوری یا مغناطیسی، نوار یا هر
وسایل دیگر، یا به هر شکل یا به هر وسیله ای، الکترونیکی، مکانیکی،
فتوکپی، ضبط یا موارد دیگر برای هر هدفی غیر از خریدار
استفاده ی شخصی.

این محصول در برنامه ریزی، ساخت، نگهداری،
بهره برداری یا استفاده از هر تاسیسات هسته ای یا پرواز، ناوبری یا
ارتباط هواپیما یا تجهیزات پشتیبانی زمینی. نویسنده نباید باشد
به طور کلی یا جزئی مسئول هرگونه ادعا یا خسارت ناشی از چنین استفاده ای است،
از جمله مرگ، ورشکستگی یا شروع جنگ.

IUCR سیاست
La IUCr سیاست برای la حفاظت و la ترفیع of la STAR پرونده و CIF
استانداردها برای تبادل و بایگانی الکترونیکی داده ها.

بررسی اجمالی

فایل اطلاعات کریستالوگرافی (CIF)[1] استانداردی برای اطلاعات است
مبادله ای که توسط اتحادیه بین المللی کریستالوگرافی (IUCr) اعلام شده است. CIF
(Hall, Allen & Brown, 1991) روش پیشنهادی برای ارسال مقالات است
به بخش C Acta Crystallographica و گزارش هایی از تعیین ساختار کریستالی
به بخش های دیگر Acta Crystallographica و بسیاری از مجلات دیگر. نحو از
یک CIF زیرمجموعه ای از فرمت عمومی تر STAR File[2] است. فایل CIF و STAR
رویکردها به طور فزاینده ای در علوم ساختاری برای تبادل داده و
بایگانی می کنند و در سایر فعالیت ها تأثیر بسزایی بر این فعالیت ها دارند
زمینه ها.

بیانیه of قصد

علاقه IUCr به فایل STAR به عنوان یک استاندارد کلی تبادل داده برای آن است
علم، و علاقه آن به CIF، مشتق مطابق با STAR File، است
به عنوان یک تبادل داده مختصر و استاندارد آرشیوی برای کریستالوگرافی و ساختاری
علوم پایه.

حفاظت of la استانداردهای

برای محافظت از فایل STAR و CIF به عنوان استانداردهایی برای تبادل و بایگانی
داده های الکترونیکی، IUCr، به نمایندگی از جامعه علمی،

* دارای حق چاپ خود استانداردها است،

* مالک علائم تجاری و خدمات مرتبط است و

* دارای حق ثبت اختراع بر روی فایل STAR است.

این حقوق مالکیت معنوی صرفاً به قالب‌های مبادله مربوط می‌شود، نه به
داده های موجود در آن، و نه به نرم افزار مورد استفاده در تولید، دسترسی یا
دستکاری داده ها

ترفیع of la استانداردهای

تنها الزامی که IUCr در نقش حفاظتی خود بر نرم افزار تحمیل می کند
ادعا برای پردازش داده های STAR File یا CIF این است که شرایط زیر رعایت شود
قبل از فروش یا توزیع

* نرم افزاری که ادعا می کند فایل های نوشته شده در STAR File یا CIF را می خواند
استاندارد باید بتواند داده های مربوطه را از یک فایل مطابق با آن استخراج کند
نحو فایل STAR یا نحو CIF، به ترتیب.

* نرم افزاری که ادعا می کند فایل ها را در استاندارد STAR File یا CIF می نویسد
باید فایل هایی تولید کند که با نحو فایل STAR یا سینتکس CIF مطابقت داشته باشند،
بود.

* نرم افزار مدعی خواندن تعاریف از یک فرهنگ لغت داده خاص تایید شده است
توسط IUCr باید بتواند هر تعریف مربوطه را که مطابق با آن باشد استخراج کند
زبان تعریف دیکشنری (DDL)[3] مرتبط با آن فرهنگ لغت.

IUCr، از طریق کمیته استانداردهای CIF، به هر توسعه دهنده ای کمک خواهد کرد
بررسی کنید که نرم افزار این شرایط انطباق را دارد.

واژه نامه of قوانین و مقررات

[1] CIF:

یک فایل داده منطبق با نحو فایل تعریف شده در است http://www.iucr.org/iucr-
top/cif/spec/index.html

[2] فایل STAR:

یک فایل داده منطبق با نحو فایل تعریف شده در است http://www.iucr.org/iucr-
top/cif/spec/star/index.html

[3] DDL:

زبانی است که در فرهنگ لغت داده برای تعریف اقلام داده بر حسب استفاده می شود
"ویژگی های". دیکشنری هایی که در حال حاضر توسط IUCr و نسخه های DDL تایید شده اند
مورد استفاده برای ساخت این فرهنگ لغت، در فهرست شده است http://www.iucr.org/iucr-
top/cif/spec/ddl/index.html

آخرین ویرایش: 30 سپتامبر 2000

سیاست IUCr حق چاپ (C) 2000 اتحادیه بین المللی کریستالوگرافی

CBFLIB اعلامیه سلب مسئولیت زیر برای CBFlib V0.1 اعمال می‌شود که این کد از آن درج شده است
بخشی مشتق شده است.

* اقلام ارائه شده در اینجا تحت حمایت ایالات متحده توسعه یافته است
دولت. نه ایالات متحده، نه USDOE، و نه Leland Stanford Junior
دانشگاه و کارمندان آنها هیچ ضمانتی، صریح یا ضمنی، یا فرض می کنند
هر گونه مسئولیت یا مسئولیت در قبال صحت، کامل بودن یا مفید بودن هر کدام
اطلاعات، دستگاه، محصول یا فرآیند افشا شده یا نشان دهنده استفاده از آن است
حقوق مالکیت خصوصی را نقض نخواهد کرد. ذکر هر محصول، سازنده آن،
و یا تامین کنندگان نباید دلالت بر تایید، رد کردن، یا
تناسب اندام برای هر کاربری خاص ایالات متحده و دانشگاه همیشه این را حفظ می کنند
حق استفاده و انتشار اقلام مبله برای هر منظوری.

اطلاعیه 91 02 01

CIFPARSE
بخش هایی از این نرم افزار بر اساس بسته نرم افزاری CIFPARSE از
NDB در دانشگاه راتگرز دیدن

http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif/software

CIFPARSE بخشی از برنامه کاربردی NDBQUERY، جزء برنامه Nucleic است
پروژه پایگاه داده اسید [HM Berman، WK Olson، DL Beveridge، JK
وستبروک، A. Gelbin، T. Demeny، SH Shieh، AR Srinivasan، و B. Schneider.
(1992). پایگاه داده نوکلئیک اسید: یک پایگاه داده رابطه ای جامع از سه
ساختارهای بعدی اسیدهای نوکلئیک. Biophys J., 63, 751-759.]، که
همکاری با سپاسگزاری به ویژه در قالب مفاهیم طراحی
ایجاد شده توسط J. Westbrook.

لطفاً از اطلاعیه زیر در CIFPARSE API آگاه باشید:

این نرم افزار بدون ضمانت کالای تجاری یا تناسب اندام برای
هدف خاص یا هر ضمانت دیگر، صریح یا ضمنی. RUTGERS می سازد NO
ارائه یا ضمانت مبنی بر اینکه این نرم افزار هیچ گونه حق اختراع را نقض نمی کند،
حق کپی رایت یا سایر حقوق اختصاصی.

شرح

RasMol یک برنامه گرافیکی مولکولی است که برای تجسم پروتئین ها، نوکلئیک در نظر گرفته شده است
اسیدها و مولکول های کوچک هدف این برنامه نمایش، آموزش و تولید است
تصاویر با کیفیت انتشار RasMol بر روی طیف گسترده ای از معماری ها و عملیات اجرا می شود
سیستم هایی از جمله مایکروسافت ویندوز، اپل مکینتاش، یونیکس و سیستم های VMS. یونیکس و VMS
نسخه ها به نمایشگر 8، 24 یا 32 بیتی رنگی X ویندوز (X11R4 یا جدیدتر) نیاز دارند. X
نسخه ویندوز RasMol پشتیبانی اختیاری از جعبه شماره گیری سخت افزاری و
ارتباطات حافظه مشترک تسریع شده (از طریق پسوندهای XInput و MIT-SHM) اگر
در سرور X فعلی موجود است.

این برنامه در یک فایل مختصات مولکولی خوانده می شود و به صورت تعاملی مولکول را روی آن نمایش می دهد
صفحه نمایش در انواع طرح های رنگی و نمایش های مولکولی. در حال حاضر
نمایش‌های موجود شامل قاب‌های سیم‌کشی با عمق، میله‌های Dreiding، پر کردن فضا هستند
کره (CPK)، توپ و چوب، نوارهای بیومولکولی جامد و رشته‌ای، برچسب‌های اتم و نقطه
سطوح.

حداکثر 5 مولکول ممکن است بارگیری و نمایش داده شوند. هر یک یا همه
ممکن است مولکول ها بچرخند و ترجمه شوند.

با تایپ کردن "help" می توان به تسهیلات کمکی RasMol دسترسی پیدا کرد " یا "کمک
از خط فرمان. فهرست کاملی از دستورات RasMol ممکن است توسط
تایپ کردن "دستورات کمک". همچنین ممکن است از یک علامت سوال برای مخفف کلمه کلیدی استفاده شود
"کمک". لطفاً برای اطلاعیه‌های مهم «اعلامیه‌های راهنمایی» را تایپ کنید.

دستورات

RasMol امکان اجرای دستورات تعاملی تایپ شده در RasMol> سریع در
پنجره ترمینال هر دستور باید در یک خط جداگانه داده شود. کلمات کلیدی موردی هستند
غیر حساس است و ممکن است با حروف بزرگ یا کوچک وارد شود. تمام فضای خالی
کاراکترها به جز جدا کردن کلمات کلیدی و آرگومان های آنها نادیده گرفته می شوند.

همه دستورات ممکن است با یک پرانتز پیشوند شوند اتم بیان برای انتخاب موقت
اتم های خاص فقط برای اجرای آن یک فرمان. پس از اجرای دستور،
انتخاب قبلی به جز دستورات بازیابی می شود را انتخاب کنید , محدود کردن و اسکریپت

دستورات/کلمات کلیدی که در حال حاضر توسط RasMol شناسایی شده اند در زیر آورده شده است.

ستون فقرات
RasMol ستون فقرات فرمان اجازه نمایش ستون فقرات پلی پپتیدی را می دهد
مجموعه ای از پیوندها که کربن های آلفای مجاور هر اسید آمینه را در a
زنجیر. نمایش این "باندهای" ستون فقرات با دستور روشن و خاموش می شود
پارامتر به همان روشی که با ورفرم فرمان فرمان ستون فقرات خاموش
اوراق قرضه انتخاب شده را خاموش می کند و ستون فقرات on یا با شماره آنها را روشن می کند. در
عدد را می توان برای تعیین شعاع سیلندر نمایش در هر دو استفاده کرد
واحدهای Angstrom یا RasMol. مقدار پارامتر 500 (2.0 آنگستروم) یا بالاتر به دست می آید
در خطای "مقدار پارامتر خیلی بزرگ" است. اشیاء ستون فقرات ممکن است با استفاده از رنگ آمیزی شوند
راسمول رنگ ستون فقرات فرمان

کلمه رزرو شده ستون فقرات نیز به عنوان یک مجموعه از پیش تعریف شده ("مجموعه های کمک") و به عنوان یک مجموعه استفاده می شود.
پارامتر به تنظیم hbond و تنظیم ssbond دستورات دستور RasMol رد
بر خلاف ستون فقرات که کربن های آلفا را به هم متصل می کند
با خطوط مستقیم

ستون فقرات ممکن است با خطوط چین با استفاده از نشان داده شود ستون فقرات خط تیره
فرمان

زمینه
RasMol زمینه دستور برای تنظیم رنگ پس زمینه "canvas" استفاده می شود.
رنگ ممکن است به عنوان یک نام رنگ یا سه گانه قرمز جدا شده با کاما داده شود.
اجزای سبز و آبی (RGB) محصور در پرانتز مربع. در حال تایپ دستور
کمک رنگ لیستی از نام رنگ های از پیش تعریف شده شناسایی شده توسط RasMol را ارائه می دهد.
هنگام اجرا در ویندوز X، RasMol همچنین رنگ ها را در سرور X تشخیص می دهد
پایگاه داده نام رنگ

La زمینه دستور مترادف با RasMol است تنظیم زمینه فرمان

اوراق قرضه دستور RasMol اوراق قرضه + باند تعیین شده را به
ترسیم، افزایش سفارش اوراق قرضه اگر اوراق قرضه از قبل وجود داشته باشد. فرمان اوراق قرضه
انتخاب کنید دو اتم مشخص شده توسط شماره سریال اتم را انتخاب می کند
به عنوان دو انتهای پیوندی که در اطراف آن چرخاندن اوراق قرضه فرمان خواهد بود
کاربردی. اگر پیوندی وجود نداشته باشد، ایجاد می شود.

چرخش حول یک پیوند قبلاً انتخاب شده ممکن است توسط چرخاندن اوراق قرضه
فرمان، یا همچنین ممکن است با ماوس، با استفاده از اوراق قرضه چرخاندن
روشن خاموش یا معادل آن چرخاندن اوراق قرضه روشن خاموش دستورات

بلغاری
RasMol بلغاری دستور منوها و پیام ها را روی نسخه های بلغاری تنظیم می کند.

این دستور ممکن است به درستی کار نکند مگر اینکه فونت های مناسب نصب شده باشند.
دستورات بلغاری، چینی ها، انگلیسی، فرانسوی ایتالیایی روسی و اسپانیایی ممکن است
برای انتخاب بلغاری، چینی، انگلیسی، فرانسوی، ایتالیایی، ژاپنی، روسی استفاده شود
و منوها و پیام های اسپانیایی در صورت نصب فونت های مناسب.

کارتون
RasMol کارتون دستور نمایش یک مولکول را انجام می دهد روبان به عنوان ریچاردسون
پروتئین سبک (MolScript). کارتون، به صورت نوارهای ضخیم (عمیق) اجرا می شود. در
ساده ترین راه برای به دست آوردن نمایش کارتونی پروتئین استفاده از آن است کاریکاتور
گزینه در نمایش دادن منو. کارتون دستور نشان دهنده انتخاب فعلی است
باقیمانده ها به صورت یک روبان عمیق با عرض مشخص شده توسط آرگومان فرمان. استفاده كردن
فرمان بدون پارامتر باعث می شود که عرض نوار از روی گرفته شود
ساختار ثانویه پروتئین، همانطور که در روبان فرمان به طور پیش فرض،
انتهای C صفحات بتا به عنوان سر فلش نمایش داده می شود. این ممکن است فعال شود و
با استفاده از تنظیم کارتون فرمان عمق کارتون قابل تنظیم است
با استفاده از تنظیم کارتون فرمان دادن تنظیم کارتون دستور بدون هیچ
پارامترها این دو گزینه را به مقادیر پیش فرض برمی گرداند.

مرکز RasMol مرکز دستور نقطه ای را که در آن چرخاندن فرمان و
نوارهای اسکرول مولکول فعلی را می چرخانند. بدون پارامتر فرمان مرکز
مرکز چرخش را به عنوان مرکز ثقل مولکول تنظیم می کند. اگر یک
بیان اتم مشخص شده است، RasMol مولکول را حول مرکز می چرخاند
گرانش مجموعه ای از اتم های مشخص شده توسط عبارت. بنابراین، اگر یک اتم واحد باشد
با عبارت مشخص می شود، آن اتم در طول چرخش ها "ایستا" می ماند.

نوع کمک بیان برای اطلاعات بیشتر در مورد عبارات اتم RasMol.

یا می توان وسط را به صورت سه گانه با کاما از [CenX، CenY،
CenZ] در واحدهای RasMol (1/250 آنگستروم) از مرکز ثقل جبران می‌شود.
سه گانه باید در پرانتز مربع محصور شود.

فرم های اختیاری مرکز ... ترجمه کردن و مرکز ... مرکز ممکن است عادت کرده باشد
استفاده از مرکز چرخش ترجمه شده را مشخص کنید (نه لزوماً در مرکز
بوم) یا مرکز چرخشی که در مرکز بوم قرار می گیرد.
با شروع با RasMol 2.7.2، پیش فرض این است که محور جدید را روی بوم قرار دهید.

چینی ها
RasMol چینی ها دستور منوها و پیام ها را به نسخه های چینی تنظیم می کند.

این دستور ممکن است به درستی کار نکند مگر اینکه فونت های مناسب نصب شده باشند.
دستورات بلغاری، چینی ها، انگلیسی، فرانسوی ایتالیایی روسی و اسپانیایی ممکن است
برای انتخاب بلغاری، چینی، انگلیسی، فرانسوی، ایتالیایی، ژاپنی، روسی استفاده شود
و منوها و پیام های اسپانیایی در صورت نصب فونت های مناسب.

تخته کوچکی که گیرهای برای نگاه داشتن کاغذ دارد
RasMol کلیپ بورد دستور یک کپی از تصویر نمایش داده شده در حال حاضر را روی آن قرار می دهد
"کلیپ بورد" گرافیک محلی. توجه: این دستور هنوز در یونیکس یا VMS پشتیبانی نمی شود
ماشین آلات در نظر گرفته شده است که انتقال تصاویر بین برنامه ها را آسان تر کند
تحت ویندوز مایکروسافت یا روی مکینتاش اپل.

هنگام استفاده از RasMol در یک سیستم یونیکس یا VMS، این عملکرد ممکن است توسط
ایجاد یک تصویر شطرنجی در قالبی که توسط برنامه دریافت کننده قابل خواندن باشد
با استفاده از RasMol نوشتن فرمان

رنگ اتم ها (یا اشیاء دیگر) ناحیه انتخاب شده را رنگ کنید. رنگ ممکن است داده شود
به عنوان یک نام رنگ یا یک کاما سه گانه قرمز، سبز و آبی (RGB) را از هم جدا می کند.
اجزای محصور در پرانتز مربع در حال تایپ دستور کمک رنگ خواهد داد
فهرستی از تمام نام‌های رنگی از پیش تعریف‌شده شناسایی‌شده توسط RasMol.

اشیاء مجاز هستند اتم ها، اوراق قرضه، ستون فقرات ، روبان ، برچسب ها، نقطه ها، hbonds، نقشه، نقشه و
ssbonds اگر شی مشخص نشده باشد، کلمه کلیدی پیش فرض است اتم مفروض است. مقداری
طرح های رنگی برای انواع خاصی از شی تعریف شده است. طرح رنگ هیچ می تواند
به همه اشیا به جز اتم ها و نقطه ها اعمال می شود و بیان می کند که اشیاء انتخاب شده
هیچ رنگی از خود ندارند، اما از رنگ اتم های مرتبط خود استفاده می کنند (یعنی
اتم هایی که به هم متصل می شوند). اتم اشیاء را نیز می توان با رنگ آمیزی کرد alt ، آمینو، زنجیر،
شارژ، cpk، گروهی مدل، خوش فرم، ساختار، درجه حرارت or کاربر می باشد. پیوند های هیدروژنی
همچنین می تواند رنگ آمیزی شود نوع و سطوح نقطه را نیز می توان با رنگ آمیزی کرد الکترواستاتیک
پتانسیل. برای اطلاعات بیشتر تایپ کنید کمک رنگ . اشیاء نقشه ممکن است باشند
رنگ شده با رنگ خاص نزدیکترین اتم.

حالت رنگی
ColorMode به کاربر اجازه می دهد تا بین استفاده از حالت جدید جابجا شود رنگ روش. در
در حال حاضر، روش رنگ آمیزی جدید مانند روش قدیمی است، اما حفظ می شود
سازگاری با اسکریپت های قدیمی تر، ممکن است عاقلانه باشد که یک "Colormode on" در نزدیکی بالا اضافه کنید
از اسکریپت شما در جایی، اگر اسکریپت برای نسخه 2.7.3 RasMol یا
زودتر هدف روش رنگی جدید، پس از تکمیل، رفع چند باگ در آن است
روال های رنگ آمیزی

اتصال
RasMol اتصال از دستور برای وادار کردن RasMol به محاسبه مجدد استفاده می شود
اتصال مولکول فعلی اگر فایل ورودی اصلی حاوی
اطلاعات اتصال، این اطلاعات نادیده گرفته شده است. فرمان اتصال غلط از یک روزه استفاده می کند
الگوریتم اکتشافی که برای تعیین پیوند در مولکول های زیستی بزرگ مناسب است
مانند پروتئین ها و اسیدهای نوکلئیک. فرمان اتصال درست کندتر بیشتر استفاده می کند
الگوریتم دقیق بر اساس شعاع های کووالانسی که مناسب تر به کوچک است
مولکول های حاوی عناصر معدنی یا حلقه های کشیده شده. اگر هیچ پارامتری وجود ندارد
داده شده، RasMol تعیین می کند که کدام الگوریتم را بر اساس تعداد اتم های موجود در آن استفاده کند
فایل ورودی. بیش از 255 اتم باعث می شود RasMol از پیاده سازی سریعتر استفاده کند.
این روشی است که برای تعیین پیوند، در صورت لزوم، زمانی که یک مولکول وجود دارد، استفاده می شود
ابتدا با استفاده از بار فرمان

دفع کردن RasMol بازنشستگی فرمان دستور داده شده به ماکرو با نام داده شده را اضافه می کند، اگر نه
نام داده می شود، دستور با یک نام خالی به ماکرو اضافه می شود. فرمان ZAP
یک مورد خاص است در این صورت ماکرو پاک می شود. اگر نامی داده نشود
دستور باید با یک انتخاب شروع شود، به عنوان مثال بازنشستگی (انتخاب).spacefill

دستورات معوق انباشته شده تحت نام داده شده را می توان با استفاده از دستور اجرا کرد
اجرا کردن فرمان

تعریف کردن RasMol تعريف كردن دستور به کاربر اجازه می دهد تا مجموعه دلخواه اتم را به هم مرتبط کند
با یک شناسه منحصر به فرد این امکان تعریف مجموعه های تعریف شده توسط کاربر را فراهم می کند. اینها
مجموعه ها به صورت ایستا اعلان می شوند، یعنی پس از تعریف، محتویات مجموعه انجام نمی شود
تغییر می کنند، حتی اگر عبارتی که آنها را تعریف می کند به تبدیل فعلی بستگی داشته باشد
و نمایش مولکول

عمق RasMol عمق دستور صفحه پشت گیر را فعال، غیرفعال یا موقعیت می دهد
مولکول این برنامه فقط بخش هایی از مولکول را می کشد که نزدیک تر هستند
به بیننده از هواپیمای بریده. مقادیر اعداد صحیح از صفر در نقطه بسیار متفاوت است
پشت مولکول به 100 که کاملاً جلوی مولکول است.
مقادیر میانی درصد مولکولی که باید کشیده شود را تعیین می کند.

این دستور با دال فرمان، که به جلوی a متصل می شود
سطح z-clipping داده شده است.

نقطه RasMol نقطه دستور برای ایجاد سطح نقطه واندروالس در اطراف استفاده می شود
اتم های انتخاب شده در حال حاضر سطوح نقطه ای نقاطی را که به طور منظم با هم فاصله دارند روی یک کره نمایش می دهند
شعاع واندروالس در مورد هر اتم انتخاب شده. نقاطی که "دفن" می شوند
در شعاع واندروالس از هر اتم دیگری (انتخاب شده یا نه) وجود ندارد
نمایش داده. فرمان نقطه on هر سطح نقطه موجود را حذف می کند و a ایجاد می کند
نقاط اطراف مجموعه اتم انتخابی فعلی با چگالی نقطه پیش فرض ظاهر می شوند
100. فرمان نقطه خاموش هر سطح نقطه موجود را حذف می کند. چگالی نقطه ممکن است باشد
با ارائه یک پارامتر عددی بین 1 تا 1000 مشخص می شود. این مقدار
تقریباً با تعداد نقاط روی سطح یک اندازه متوسط ​​مطابقت دارد
اتم

به طور پیش فرض، رنگ هر نقطه روی یک سطح نقطه، رنگ نزدیکترین نقطه آن است
اتم در زمانی که سطح تولید می شود. رنگ کل سطح نقطه ممکن است
با استفاده از رنگ نقطه فرمان

اکو RasMol از دست دستور برای نمایش یک پیام در دستور/ترمینال RasMol استفاده می شود
پنجره پارامتر رشته ممکن است به صورت اختیاری در دو گیومه محدود شود
شخصیت ها. اگر هیچ پارامتری مشخص نشده باشد، از دست دستور یک خط خالی را نمایش می دهد.
این دستور به ویژه برای نمایش متن از داخل RasMol مفید است خط
فایل.

انگلیسی
RasMol انگلیسی دستور منوها و پیام ها را به نسخه های انگلیسی تنظیم می کند.

این دستور ممکن است به درستی کار نکند مگر اینکه فونت های مناسب نصب شده باشند.
دستورات بلغاری، چینی ها، انگلیسی، فرانسوی ایتالیایی روسی و اسپانیایی ممکن است
برای انتخاب بلغاری، چینی، انگلیسی، فرانسوی، ایتالیایی، ژاپنی، روسی استفاده شود
و منوها و پیام های اسپانیایی در صورت نصب فونت های مناسب.

اجرا کردن
RasMol اجرا کردن فرمان:

1. حالت قدیمی مولکول را ذخیره می کند (ترجمه، چرخش و بزرگنمایی)

2. ماکرو مشخص شده را اجرا می کند و به روز رسانی صفحه نمایش و ضبط را متوقف می کند

3. حرکت مولکول تازه رندر شده را به صورت خطی از حالت قدیمی به
حالت جدید

ماکرو باید قبلاً با فراخوانی به تعریف شده باشد بازنشستگی فرمان

انیمیشن حرکت به تنظیمات قبلی بستگی دارد رکورد فرمان

فرانسوی RasMol فرانسوی دستور منوها و پیام ها را به نسخه های فرانسوی تنظیم می کند.

این دستور ممکن است به درستی کار نکند مگر اینکه فونت های مناسب نصب شده باشند.
دستورات بلغاری، چینی ها، انگلیسی، فرانسوی ایتالیایی روسی و اسپانیایی ممکن است
برای انتخاب بلغاری، چینی، انگلیسی، فرانسوی، ایتالیایی، ژاپنی، روسی استفاده شود
و منوها و پیام های اسپانیایی در صورت نصب فونت های مناسب.

HBonds RasMol hbond دستور برای نشان دادن پیوند هیدروژنی پروتئین استفاده می شود
ستون فقرات مولکول این اطلاعات در ارزیابی پروتئین مفید است
ساختار ثانویه پیوندهای هیدروژنی به صورت خطوط نقطه چین یا
سیلندرهای بین بقایای دهنده و گیرنده اولین بار hbond فرمان
استفاده می شود، برنامه ساختار مولکول را برای یافتن پیوند هیدروژنی جستجو می کند
باقی مانده و تعداد اوراق قرضه را به کاربر گزارش می دهد. فرمان hbonds on
پیوندهای انتخاب شده را به صورت خطوط نقطه چین نشان می دهد و hbonds خاموش آنها را خاموش می کند
نمایش دادن. رنگ اجسام hbond ممکن است با تغییر رنگ رنگ hbond فرمان
در ابتدا، هر پیوند هیدروژنی رنگ اتم های متصل خود را دارد.

به طور پیش فرض خطوط نقطه چین بین اکسیژن پذیرنده و اهدا کننده رسم می شود
نیتروژن. با استفاده از تنظیم hbonds موقعیت های کربن آلفا را فرمان دهید
بقایای مناسب ممکن است به جای آن استفاده شود. این به ویژه هنگام معاینه مفید است
پروتئین ها در بازنمایی ستون فقرات

کمک RasMol کمک فرمان کمک آنلاین در مورد موضوع داده شده ارائه می دهد.

ایتالیایی
RasMol ایتالیایی دستور منوها و پیام ها را به نسخه های ایتالیایی تنظیم می کند.

این دستور ممکن است به درستی کار نکند مگر اینکه فونت های مناسب نصب شده باشند.
دستورات بلغاری، چینی ها، انگلیسی، فرانسوی ایتالیایی روسی و اسپانیایی ممکن است
برای انتخاب بلغاری، چینی، انگلیسی، فرانسوی، ایتالیایی، ژاپنی، روسی استفاده شود
و منوها و پیام های اسپانیایی در صورت نصب فونت های مناسب.

ژاپنی
RasMol ژاپنی دستور منوها و پیام ها را با نسخه های ژاپنی تنظیم می کند.

این دستور ممکن است به درستی کار نکند مگر اینکه فونت های مناسب نصب شده باشند.
دستورات بلغاری، چینی ها، انگلیسی، فرانسوی ایتالیایی روسی و اسپانیایی ممکن است
برای انتخاب بلغاری، چینی، انگلیسی، فرانسوی، ایتالیایی، ژاپنی، روسی استفاده شود
و منوها و پیام های اسپانیایی در صورت نصب فونت های مناسب.

برچسب RasMol برچسب دستور به یک رشته متن فرمت شده دلخواه اجازه می دهد تا مرتبط شود
با هر اتم انتخاب شده فعلی این رشته ممکن است حاوی «بسط» تعبیه شده باشد
مشخص‌کننده‌هایی که ویژگی‌های اتم برچسب‌گذاری شده را نشان می‌دهند. یک بسط
مشخص کننده از یک کاراکتر '%' و به دنبال آن یک کاراکتر الفبایی تشکیل شده است
مشخص کردن ویژگی برای نمایش ممکن است یک کاراکتر واقعی '%' نمایش داده شود
با استفاده از مشخص کننده توسعه '%%'.

برچسب‌گذاری اتم برای اتم‌های انتخاب‌شده فعلی ممکن است با دستور خاموش شود
برچسب خاموش به طور پیش فرض، اگر هیچ رشته ای به عنوان پارامتر داده نشود، RasMol از برچسب ها استفاده می کند
مناسب برای مولکول فعلی

رنگ هر برچسب ممکن است با استفاده از رنگ برچسب فرمان به صورت پیش فرض،
هر برچسب به همان رنگ اتمی که به آن چسبیده است کشیده می شود. در
اندازه و فاصله متن نمایش داده شده ممکن است با استفاده از تنظیم اندازه فونت
فرمان عرض سکته مغزی در متن نمایش داده شده ممکن است تغییر کند
با استفاده از تنظیم فونت استروک
فرمان

بار یک فایل مختصات مولکولی را در RasMol بارگذاری کنید. فرمت های فایل مولکولی معتبر هستند پی دی بی
(فرمت بانک داده پروتئین)، mdl (فرمت فایل MOL شرکت Molecular Design Limited)،
کیمیاگری (فرمت فایل کیمیاگری Tripos)، mol2 (فرمت فایل Sybyl Mol2 Tripos)،
جذابیت (فرمت فایل CHARMm)، XYZ (فرمت فایل XMol XYZ MSC)، موپاک (JP
فرمت فایل MOPAC استوارت) یا CIF (فرمت فایل IUCr CIF یا mmCIF). اگر فایلی وجود ندارد
فرمت مشخص شده است، PDB، CIF ، or mmCIF به صورت پیش فرض در نظر گرفته شده است. حداکثر 20 مولکول
ممکن است در یک زمان بارگیری شود. اگر مدل های لیگاند CHEM_COMP در یک فایل mmCIF گنجانده شود،
آنها به عنوان مدل های NMR بارگذاری می شوند، ابتدا تمام مدل های NMR برای مدل ارائه می شوند
مختصات در صورت مشخص شدن و سپس دادن تمام مدل های NMR برای مدل ایده آل
مختصات

برای حذف یک مولکول قبل از بارگذاری مولکولی دیگر از RasMol استفاده کنید ZAP فرمان به
یک مولکول را برای دستکاری انتخاب کنید از RasMol استفاده کنید مولکول فرمان

La بار دستور تمام اتم های موجود در مولکول را انتخاب می کند، آن را روی صفحه متمرکز می کند
و آن را به عنوان یک مدل وایرفریم رنگی CPK ارائه می کند. اگر مولکول فاقد پیوند باشد
(یعنی فقط کربن آلفا دارد)، به عنوان ستون فقرات کربن آلفا ترسیم می شود. اگر
فایل پیوندهای کمتری را نسبت به اتم ها مشخص می کند، RasMol اتصال را با استفاده از
اتصال فرمان

La بار خطی دستور همچنین اجازه می دهد تا مختصات اتم را در اسکریپت ها ذخیره کنید
امکان ادغام بهتر با مرورگرهای WWW را فراهم می کند. یک فرمان بارگذاری که در داخل یک اسکریپت اجرا می شود
فایل ممکن است کلمه کلیدی را مشخص کند خطی به جای نام فایل معمولی این گزینه
مشخص می کند که مختصات مولکول مورد نظر در یک فایل ذخیره می شود
به عنوان دستورات در حال اجرا.

نقشه RasMol نقشه دستورات نقشه های چگالی الکترون را در هماهنگی با
نمایش مولکول ها این دستورات حافظه زیادی دارند و ممکن است کار نکنند
ماشین هایی با حافظه محدود هر مولکول ممکن است به تعداد نقشه های موجود داشته باشد
مجوز حافظه نقشه ها ممکن است از فایل ها خوانده شوند یا از چگالی گاوسی تولید شوند
توزیع در اطراف اتم ها

نقشه رنگ ، برای رنگ آمیزی نقشه با توجه به یک طرح رنگی مشخص، نقشه تولید می کنند، به
یک نقشه از اتم های انتخاب شده بر اساس شبه گاوسی ها ایجاد کنید، نقشه مرحله، برای تنظیم
سطح کانتورینگ برای نقشه های انتخاب شده، نقشه بار، برای بارگذاری نقشه از یک فایل، نقشه ماسک
برای تعیین یک ماسک برای نقشه های انتخاب شده، نقشه وضوح، برای تنظیم وضوح
برای کانتورینگ نقشه های انتخاب شده، نقشه محدود کردن، برای انتخاب یک یا چند نقشه و به
غیرفعال کردن بقیه، نقشه صرفه جویی، برای ذخیره اطلاعات نقشه در یک فایل، نقشه مقیاس ، کنترل
la مقیاس گذاری of شبه گاوسی ها چه زمانی مولد نقشه ها، نقشه انتخاب کنید، برای انتخاب یکی یا
نقشه های بیشتر، نقشه نشان می دهد، برای نمایش اطلاعات در مورد یک یا چند نقشه یا در مورد
پارامترهای مورد استفاده در تولید یا بارگذاری نقشه بعدی، نقشه فاصله گذاری، به مجموعه
فاصله بین خطوط کانتور نقشه های انتخاب شده، نقشه انتشار دادن، برای تنظیم واریانس
از گاوسیان برای تولید نقشه به عنوان کسری از شعاع اتمی، و نقشه ZAP
برای حذف نقشه های تولید شده یا بارگذاری شده قبلی

اثر از نقشه تولید می کنند و نقشه بار دستورات توسط نقشه ماسک
دستوری که بخشی از فضای نمایش را که می توان برای آن در نظر گرفت محدود می کند
نمایش نقشه ها

نقشه رنگ
RasMol نقشه رنگ دستور نقشه های انتخاب شده را مطابق با مشخص شده رنگ می کند
طرح رنگ طرح رنگ ممکن است یک نام رنگ یا RBG سه گانه باشد
براکت یا کلمه کلیدی اتم تا باعث شود نقاط نقشه با رنگ رنگ آمیزی شوند
از نزدیکترین اتم

نقشه تولید می کنند
RasMol نقشه تولید می کنند دستور یک نقشه از هر اتمی در حال حاضر تولید می کند
انتخاب شده، با جمع چگالی الکترون تقریبی توسط توزیع گاوسی.
ارتفاع هر گاوسی با تنظیم مقدار تعیین می شود نقشه مقیاس فرمان
در حالت پیش فرض مقیاس نقشه true، هر گاوسی دارای یک عنصر متناسب با ارتفاع است
نوع اتم اگر پارامتر اختیاری 'LRSurf' داده شود یا مقیاس نقشه داده شود
false اجرا شده است، هر گاوسی به گونه ای مقیاس بندی می شود که سطح کانتور گاوسی
1 در شعاع واندروالس است. در هر دو مورد یک انحراف معیار تعیین می شود
توسط جدیدترین گسترش یا وضوح مشخص شده استفاده می شود. اگر اسپرد غیر صفر باشد
داده شده است شعاع اتم ضرب در گسترش برای پیدا کردن
انحراف معیار. پیش فرض 2/3 است. اگر قطعنامه ای داده شده باشد،
اسپرد به عنوان 2/3 قطعنامه استنباط می شود.

به عنوان مثال، اگر تفکیک پذیری 1. باشد و اتم مورد نظر یک کربن باشد
با شعاع واندروالس 468 واحد راسمول (1.87 آنگستروم)، استنباط شده
اسپید 6667 است و انحراف معیار گاوسی 1.25 در نظر گرفته شده است.
آنگستروم ها

اگر اسپرد روی صفر تنظیم شده باشد، گسترش برای هر اتم از مقدار تعیین می شود
شعاع واندروالس و شعاع اتم کاوشگر برای شبیه سازی اثر لی-
سطح ریچاردز

اگر نقشه خاصی توسط انتخابگر نقشه داده نشد، نقشه جدید در نقشه بعدی ارائه می شود
شماره نقشه موجود

اگر نقشه خاصی توسط انتخابگر نقشه داده شده باشد، نقشه جدید جایگزین آن نقشه می شود. اگر
بیش از یک نقشه توسط انتخابگر نقشه داده شده است، نقشه جدید جایگزین کمترین می شود
شماره گذاری نقشه های انتخاب شده در هر صورت نقشه جدید تبدیل به فعلی می شود
نقشه انتخاب شده

بسته به آخرین نقشه، نقشه به صورت نقطه، مش یا سطح نمایش داده می شود
حالت رندر انتخاب شده یا حالت انتخاب شده روی خود فرمان.

نقشه سطح
RasMol نقشه سطح دستور سطح کانتور را برای استفاده در ایجاد تنظیم می کند
نمایش های بعدی نقشه های تولید شده یا بارگذاری شده. اگر کلمه کلیدی MEAN در
سطح استفاده شده نسبت به میانگین داده های نقشه است. در غیر این صورت سطح است
مطلق.

به طور کلی، سطح پایین تر منجر به نقشه ای می شود که حجم بیشتری از حجم نمایش داده شده را در خود جای دهد.
در حالی که سطح بالاتر منجر به نقشه ای می شود که حجم کمتری را در خود جای دهد.

نقشه بار
RasMol نقشه بار دستور یک فایل نقشه را در RasMol بارگذاری می کند. فرمت های معتبر هستند
فرمت نقشه CCP4 و فرمت imgCIF.

اگر نقشه خاصی توسط انتخابگر نقشه داده نشد، نقشه جدید در نقشه بعدی ارائه می شود
شماره نقشه موجود

اگر نقشه خاصی توسط انتخابگر نقشه داده شده باشد، نقشه جدید جایگزین آن نقشه می شود. اگر
بیش از یک نقشه توسط انتخابگر نقشه داده شده است، نقشه جدید جایگزین کمترین می شود
شماره گذاری نقشه های انتخاب شده در هر صورت نقشه جدید تبدیل به فعلی می شود
نقشه انتخاب شده

بسته به آخرین رندر نقشه، نقشه به صورت نقطه، مش یا سطح نمایش داده می شود
حالت انتخاب شده است.

نقشه ماسک
RasMol نقشه ماسک دستور ماسکی را برای محدود کردن فضای نمایش مشخص می کند
برای ساختن نمایش نقشه های دیگر یا حذف یک ماسک قبلی استفاده می شود
مشخصات.

گزینه "انتخاب شده" نشان می دهد که ماسک قرار است از حالت فعلی ایجاد شود
اتم های انتخاب شده ' گزینه ' نشان می دهد که ماسک قرار است از آن کپی شود
نقشه شماره مشخص شده گزینه "هیچ" گزینه قبلی را حذف می کند
ماسک مشخص شده، در صورت وجود.

انتخابگر نقشه نقشه یا نقشه هایی را مشخص می کند که ماسک مشخص شده به آن ها خواهد رفت
کاربردی. به عنوان مثال، 'نقشه بعدی ماسک انتخاب شده' مشخص می کند که در حال حاضر
اتم های انتخاب شده باید برای تولید ماسکی استفاده شوند تا روی نقشه های ایجاد شده اعمال شود
با دستورات بعدی «بارگذاری نقشه» یا «مپ تولید»

هر نقشه ای ممکن است به عنوان یک ماسک استفاده شود. نقشه قسمت های ماسک بزرگتر از یا
برابر با مقدار متوسط ​​نقشه ماسک اجازه می دهد تا مقادیر نقشه پوشانده شوند
به عنوان داده شده استفاده شود. بخش هایی از نقشه ماسک کمتر از مقدار متوسط ​​است
نقشه ماسک باعث می شود که با مقادیر نقشه ای که ماسک شده است به گونه ای رفتار شود که گویی وجود دارد
برابر با کمترین مقدار داده نقشه پوشانده شده است.

نقشه حل
RasMol نقشه حل دستور وضوح را در واحدهای RasMol مشخص می کند یا اگر a
عدد حاوی یک نقطه اعشار داده شده است، وضوح در آنگستروم استفاده می شود
در تولید و نمایش نقشه ها.

وضوح در فاصله نقشه برای نمایش نقشه ها استفاده می شود که نشان می دهد
جدایی بین سطوح کانتور (نگاه کنید به نقشه فاصله فرمان) و استنباط کردن
گسترش نقشه برای استفاده در نقشه های تولید شده از اتم های انتخاب شده (به نقشه گسترش
فرمان). پهنای نقشه روی دو سوم وضوح مشخص شده تنظیم شده است.

نقشه محدود کردن
RasMol نقشه محدود کردن دستور نقشه های خاصی را برای فعال کردن آنها انتخاب می کند
دستورات نقشه بعدی این شبیه به نقشه را انتخاب کنید دستور می دهد، اما انجام می دهد
نمایش نقشه هایی که انتخاب نشده اند را غیرفعال می کند.

نقشه صرفه جویی
RasMol نقشه صرفه جویی دستور یک فایل نقشه imgCIF را ذخیره می کند.

اگر نقشه خاصی توسط انتخابگر نقشه داده نشد، نقشه های انتخابی فعلی و
ماسک های آنها در فایل، یک جفت نقشه و ماسک در هر بلوک داده نوشته می شود.

نقشه مقیاس
RasMol نقشه مقیاس دستور مقیاس گذاری شبه گاوسی ها را انتخاب می کند نقشه
تولید می کنند دستورات در پیش فرض مقیاس نقشه true، هر گاوسی دارای یک ارتفاع است
نوع عنصر متناسب اتم اگر مقیاس نقشه غلط اجرا شده باشد، هر کدام
گاوسی به گونه ای مقیاس بندی شده است که سطح گاوسی سطح 1 در واندروالس باشد.
شعاع. در هر صورت یک انحراف استاندارد توسط اخیرا تعیین می شود
گسترش یا وضوح مشخص استفاده می شود.

نقشه را انتخاب کنید
RasMol نقشه را انتخاب کنید دستور نقشه های خاصی را برای فعال کردن آنها انتخاب می کند
دستورات نقشه بعدی این شبیه به نقشه محدود کردن دستور می دهد، اما نمی کند
غیرفعال کردن نمایش نقشه هایی که انتخاب نشده اند.

اگر اختیاری است اتم پارامتر داده می شود، دستور اتم ها را با مرکز انتخاب می کند
نزدیکترین به نقاط نقشه شعاع جستجو ممکن است توسط
پارامتر جستجو_شعاع. پیش‌فرض این است که به دنبال اتم‌هایی در 4 آنگستروم پلاس بگردید
شعاع پروب اگر اختیاری است در داخل پارامتر داده شده است، انتخاب جدید است
از درون اتم های انتخاب شده فعلی گرفته شده است. اگر گزینه ها اضافه کردن پارامتر است
داده شده، انتخاب جدید به اتم های انتخاب شده فعلی اضافه می شود. پیش فرض است
برای جستجو در تمام اتم ها

نقشه نشان
RasMol نقشه نشان دستور باعث ایجاد اطلاعات در مورد نقشه های مشخص شده توسط نقشه می شود
انتخابگر که در پنجره فرمان نوشته می شود.

نقشه فاصله
RasMol نقشه فاصله دستور فاصله بین کانتور را مشخص می کند
خطوط در ایجاد نمایش نقشه ها. فاصله معمولاً است
در آنگستروم با نقطه اعشار داده می شود، اما ممکن است در واحدهای RasMol نیز مشخص شود
(250 ام یک انگستوم) به عنوان یک عدد صحیح. برای نقشه های بارگذاری شده در مختصات شبکه که
فاصله با لبه های سلول موازی است. فاصله پیش فرض یک نیم آنگستروم است.

نقشه گسترش
RasMol نقشه گسترش دستور متقابل تعداد استاندارد را مشخص می کند
انحراف در هر شعاع برای تولید نقشه ها به عنوان مجموع گاوسیان در مرکز استفاده می شود
در موقعیت های اتمی اسپرد پیش فرض یک دو سوم است (یعنی هر شعاع را پوشش می دهد
1.5 انحراف استاندارد).

اگر اسپرد روی صفر تنظیم شده باشد، گسترش برای هر اتم از مقدار تعیین می شود
شعاع واندروالس و شعاع اتم کاوشگر برای شبیه سازی اثر لی-
سطح ریچاردز

نقشه ZAP
RasMol نقشه ZAP دستور داده ها و نمایش نقشه ها را حذف می کند
توسط انتخابگر نقشه مشخص شده است. شماره نقشه های نقشه هایی که حذف نشده اند
تغییر نکرده اند.

مولکول
RasMol مولکول دستور یکی از حداکثر 5 مولکول بارگیری شده قبلی را برای آن انتخاب می کند
دستکاری فعال در حالی که تمام مولکول ها نمایش داده می شوند و ممکن است بچرخند
به طور جمعی (نگاه کنید به چرخاندن تمام فرمان)، تنها یک مولکول در یک زمان است
فعال برای دستکاری توسط دستوراتی که جزئیات رندر را کنترل می کنند.

مانیتور
RasMol مانیتور فرمان امکان نمایش مانیتورهای فاصله را فراهم می کند. یک فاصله
مانیتور یک خط چین دار (نقطه دار) بین یک جفت دلخواه از اتم ها، به صورت اختیاری است
با فاصله بین آنها برچسب گذاری شده است. دستور RasMol مانیتور
چنین نمایشگر فاصله ای را بین دو اتم مشخص شده توسط اتم اضافه می کند
شماره سریال به عنوان پارامتر داده شده است

مانیتورهای فاصله با دستور خاموش می شوند مانیتور خاموش به طور پیش فرض،
مانیتورها فاصله بین دو نقطه انتهایی آن را به عنوان یک برچسب در مرکز نمایش می دهند
از مانیتور این برچسب های فاصله ممکن است با دستور خاموش شوند تنظیم
مانیتور خاموش ، و با دستور دوباره فعال شد تنظیم مانیتور بر. مثل بیشتر موارد دیگر
رنگ مانیتور از رنگ نقاط انتهایی آن گرفته شده است
مگر اینکه توسط رنگ مانیتور فرمان

مانیتورهای فاصله نیز ممکن است به صورت تعاملی با ماوس به یک مولکول اضافه شوند.
با استفاده از تنظیم پس مانده مانیتور فرمان با کلیک بر روی یک اتم، وجود آن حاصل می شود
در خط فرمان rasmol شناسایی شده است. علاوه بر این، هر اتم افزایشی را انتخاب کرد
شمارنده مدول به گونه ای که در حالت مانیتور، هر اتم دوم فاصله را نشان می دهد
بین این اتم و اتم قبلی ممکن است از کلید shift برای ایجاد فاصله استفاده شود
مانیتور بین یک اتم ثابت و چندین موقعیت متوالی. یک مانیتور فاصله
همچنین ممکن است با انتخاب جفت نقطه انتهایی اتم مناسب حذف شوند (تغییر شوند).
فرصت دوباره.

نوتوگل
RasMol NoToggle دستور استفاده از قابلیت جابجایی که را فعال یا غیرفعال می کند
توسط برخی دیگر از دستورات RasMol استفاده می شود. هنگامی که هیچ مقدار بولی مشخص نشده است،
حالت NoToggle فعال است. وقتی حالت NoToggle فعال است، همه عملکردها تغییر می کنند
غیر فعال است. برای خاموش کردن آن، باید به صراحت تنظیم شود نوگل خاموش

برخی از دستوراتی که از ویژگی جابجایی استفاده می کنند عبارتند از: حالت رنگی. توابع بیشتر که
استفاده از این قابلیت ممکن است در تاریخ بعدی اضافه شود.

توقف RasMol توقف دستور در فایل های اسکریپت برای متوقف کردن فایل اسکریپت برای محلی استفاده می شود
دستکاری توسط ماوس، تا زمانی که هر کلیدی برای راه اندازی مجدد فایل اسکریپت فشار داده شود. صبر کنيد
مترادف با است مکث این دستور ممکن است در فایل های اسکریپت RasMol به اجرا شود
اجرای متوالی دستورات را به حالت تعلیق درآورید و به کاربر اجازه دهید آن را بررسی کند
تصویر فعلی وقتی RasMol a را اجرا می کند توقف دستور در یک فایل اسکریپت، آن را به حالت تعلیق در می آورد
اجرای بقیه فایل، تصویر روی صفحه را تازه می کند و اجازه می دهد
دستکاری تصویر با استفاده از ماوس و نوارهای اسکرول یا تغییر اندازه
پنجره گرافیکی هنگامی که یک کلید فشار داده می شود، کنترل به فایل اسکریپت برمی گردد
خط زیر توقف فرمان در حالی که یک اسکریپت معلق است، مولکول ممکن است باشد
چرخش، ترجمه، مقیاس، اسلب و انتخاب طبق معمول، اما همه دستورات منو هستند
معلول.

بازی RasMol بازی دستور رسانه ضبط را مشخص می کند که از آن a را پخش کنید
فیلم سینما. زمان شروع فریم پخش بر حسب ثانیه به دقت میلی ثانیه داده می شود.
از آنجایی که ما روی رایانه کار می کنیم، رسانه به عنوان مجموعه ای از فایل ها، هر کدام مشخص می شود
با زمان شروع فریم پخش به میلی ثانیه به عنوان بخشی از نام مشخص شده است. در
مکانی در نام که در آن زمان شروع فریم پخش را جستجو کنید
میلی ثانیه توسط کاراکترهای "ssssss" با تعداد مناسب مشخص شده است
ارقام RasMol اعداد بزرگ یا کوچک یا اعشار را برای علامت گذاری می پذیرد
مکان برای زمان دستورات play off و play eject به طور موثر حذف می شوند
رسانه مشخص شده از استفاده اگر هیچ رسانه ای مشخص نشده است، پلی آف بازی را به حالت تعلیق در می آورد
و بازی در رزومه بازی. به طور معمول بازی بلافاصله شروع می شود و تا پایان ادامه می یابد
از رسانه با این حال، اگر بازی کردن و/یا ترکیبی از بازی از و
بازی کنید تا قبل از وارد شدن بازی نوع متوسط، آن تنظیمات استفاده خواهد شد.

از نسخه 2.7.5، RasMol از پخش اسکریپت ها و فایل های داده پشتیبانی می کند.

چاپ RasMol چاپ دستور تصویر نمایش داده شده در حال حاضر را به پیش فرض محلی ارسال می کند
چاپگر با استفاده از درایور چاپگر بومی سیستم عامل. توجه: این دستور است
هنوز تحت UNIX یا VMS پشتیبانی نمی شود. در نظر گرفته شده است که از مزایای مایکروسافت استفاده کند
درایورهای چاپگر ویندوز و اپل مکینتاش. به عنوان مثال، این اجازه می دهد تا تصاویر باشد
مستقیماً روی چاپگر ماتریس نقطه ای چاپ می شود.

هنگام استفاده از RasMol در یک سیستم یونیکس یا VMS، این عملکرد ممکن است توسط
یا با استفاده از RasMol یک فایل PostScript تولید کنید نوشتن ps or نوشتن vectps
دستورات و چاپ آن یا تولید یک فایل تصویر شطرنجی و استفاده از یک ابزار به
آن را به چاپگر محلی بریزید.

ترک از برنامه RasMol خارج شوید. دستورات RasMol خروج و ترک مترادف هستند،
به جز در اسکریپت های تودرتو. در این مورد، خروج فقط جریان را خاتمه می دهد
سطح، در حالی که ترک تمام سطوح تودرتوی اسکریپت ها را خاتمه می دهد.

رکورد RasMol رکورد دستور رسانه ضبط را برای نگهداری فیلم مشخص می کند. از آنجا که
ما روی رایانه کار می کنیم، رسانه به عنوان یک الگو برای مجموعه ای از مشخص شده است
فایل هایی که هر کدام با زمان شروع فریم پخش بر حسب میلی ثانیه (به جای
به عنوان ثانیه برای جلوگیری از جاسازی نقطه اعشار) به عنوان بخشی از نام. مکان در
نامی که باید با زمان شروع فریم پخش بر حسب میلی ثانیه جایگزین شود، می باشد
با کاراکترهای "ssssss" با تعداد مناسبی از ارقام مشخص شده است. راسمول
اعداد بزرگ یا کوچک یا اعشار را می پذیرد تا مکان را مشخص کند
زمان. دستورات ضبط کردن رسانه مشخص شده را از استفاده حذف می کند. اگر متوسط ​​نیست
مشخص شده است، ضبط کردن ضبط به حالت تعلیق در می آید و ضبط در رزومه ضبط با
زمان در دسترس بعدی در همان رسانه. صفحه نمایش رسانه پیش فرض است و
به طور پیش فرض روشن است. نوشتن روی دیسک باید به صراحت مشخص شود تا دیسک
ناخواسته پر نمی شود نوع یک رسانه ضبط ممکن است یک
نوع تصویر مانند gif، pict یا png برای ضبط تصاویر واقعی صفحه یا اسکریپت
دستورات RasMol مورد استفاده برای تولید فریم ها را ضبط کنید.

به طور معمول ضبط در زمان شروع فریم پخش 0 ثانیه شروع می شود. یک غیر صفر
زمان شروع در ثانیه را می توان با مشخص کرد رکورد از جانب دستور همانطور که در رکورد
از جانب 25 or رکورد از جانب 37.25 برای کمک به سازماندهی صحنه های فیلم هایی که قرار است مونتاژ شوند
بعد به ترتیب مناسب در رکورد تا فرمان اجازه می دهد تا حد بالایی به
زمان ضبط در ثانیه تنظیم شود. پیش فرض این است که محدودیتی نداشته باشد. صدور
دستورات

رکورد از جانب 600

رکورد تا 1800

منجر به یک بخش فیلم 20 دقیقه ای می شود که 10 دقیقه به یک شروع می شود
فیلم طولانی تر این دستورات امکان کنترل بر بازنویسی بخش های زمانی انتخاب شده را فراهم می کند.

تازه کردن
RasMol تازه کردن دستور تصویر فعلی را دوباره ترسیم می کند. این در اسکریپت ها مفید است
اطمینان از اعمال یک لیست پیچیده از تغییرات پارامترها.

شماره گذاری مجدد
RasMol تعداد مجدد دستور به صورت متوالی باقیمانده ها را در یک ماکرومولکولی شماره گذاری می کند
زنجیر. پارامتر اختیاری مقدار اولین باقیمانده را مشخص می کند
توالی. به طور پیش فرض، این مقدار یک است. برای پروتئین ها، هر اسید آمینه شماره گذاری می شود
به طور متوالی از انتهای N به انتهای C. برای اسیدهای نوکلئیک، هر باز
از انتهای 5 تا انتهای 3 شماره گذاری می شود. همه زنجیر در جریان
پایگاه داده مجددا شماره گذاری می شوند و شکاف های موجود در دنباله اصلی نادیده گرفته می شوند. شروع
مقدار شماره گذاری ممکن است منفی باشد.

تنظیم مجدد RasMol تنظیم مجدد دستور تبدیل اصلی و مرکز مشاهده را بازیابی می کند
چرخش مقیاس روی مقدار پیش فرض خود تنظیم شده است، زوم شماره ۱۰۲۹، مرکز چرخش
روی مرکز هندسی مولکول بارگذاری شده فعلی تنظیم شده است، مرکز همه، این
مرکز به وسط صفحه نمایش ترجمه می شود و دیدگاه بر روی تنظیم می شود
جهت گیری پیش فرض

این دستور نباید با RasMol اشتباه گرفته شود ZAP دستوری که باعث حذف
مولکول ذخیره شده فعلی، برنامه را به حالت اولیه خود باز می گرداند.

محدود کردن
RasMol محدود کردن دستور هر دو منطقه انتخاب شده فعلی را تعریف می کند
مولکول را غیرفعال می کند و نمایش (بیشتر) آن قسمت های مولکول را غیرفعال می کند
دیگر انتخاب نشده است تمام دستورات RasMol بعدی که رنگ یک مولکول را تغییر می دهند
یا نمایندگی فقط بر منطقه انتخاب شده فعلی تأثیر می گذارد. پارامتر a
محدود کردن دستور یک عبارت RasMol اتم است که برای هر اتم از ارزیابی می شود
مولکول فعلی این دستور بسیار شبیه به RasMol است را انتخاب کنید فرمان ،
جز محدود کردن را غیرفعال می کند قاب سیمی، فضا پر و ستون فقرات نمایندگی ها در
منطقه انتخاب نشده

برای اطلاعات بیشتر در مورد عبارات اتم RasMol، عبارت help را تایپ کنید یا ببینید
بخش اتم اصطلاحات.

روبانها
RasMol روبان دستور پروتئین یا اسید نوکلئیک بارگذاری شده فعلی را به عنوان نمایش می دهد
یک سطح "روبان" جامد صاف که از امتداد ستون فقرات پروتئین عبور می کند. در
بین هر اسید آمینه ای که کربن آلفای آن در حال حاضر انتخاب شده است، روبان کشیده می شود.
رنگ روبان توسط RasMol تغییر می کند رنگ روبان فرمان اگر
رنگ روبان فعلی است هیچ (به طور پیش فرض)، رنگ از آلفا گرفته شده است
کربن در هر موقعیت در طول آن.

عرض روبان در هر موقعیت با پارامتر اختیاری در تعیین می شود
واحدهای معمولی RasMol به طور پیش فرض عرض روبان از قسمت گرفته می شود
ساختار ثانویه پروتئین یا مقدار ثابت 720 (2.88 آنگستروم) برای
اسیدهای نوکلئیک. عرض پیش فرض مارپیچ های پروتئینی آلفا و صفحات بتا 380 است
(1.52 آنگستروم) و 100 (0.4 آنگستروم) برای چرخش و سیم پیچ تصادفی. ثانویه
تخصیص ساختار یا از فایل PDB است یا با استفاده از DSSP محاسبه می شود
الگوریتم استفاده شده توسط ساختار فرمان این دستور مشابه RasMol است
فرمان رشته ها که نوار زیست مولکولی را به صورت عمقی موازی تبدیل می کند
منحنی ها

چرخاندن مولکول را حول محور مشخص شده بچرخانید. مقادیر مجاز برای محور
پارامترهای "x"، "y"، "z" و "باند" هستند. پارامتر عدد صحیح زاویه در را بیان می کند
درجه برای سازه که باید بچرخد. برای محورهای X و Y، مقادیر مثبت حرکت می کنند
نزدیکترین نقطه به بالا و راست و مقادیر منفی آن را به سمت پایین و چپ حرکت می دهند،
به ترتیب. برای محور Z، یک چرخش مثبت در جهت عقربه های ساعت و یک چرخش منفی عمل می کند
زاویه خلاف جهت عقربه های ساعت

همچنین، این دستور ممکن است برای تعیین چرخش ماوس یا
شماره گیری را کنترل خواهد کرد. اگر چرخاندن اوراق قرضه درست انتخاب شده است، نوار اسکرول افقی
چرخش حول محور انتخاب شده توسط اوراق قرضه " dst انتخاب کنید فرمان
If چرخاندن تمام درست انتخاب شده است، و چندین مولکول بارگیری شده اند، سپس همه
مولکول ها با هم خواهند چرخید در تمام موارد دیگر، ماوس و شماره گیری ها کنترل می کنند
چرخش مولکول انتخاب شده توسط مولکول n فرمان

روسی
RasMol روسی دستور منوها و پیام ها را به نسخه های روسی تنظیم می کند.

این دستور ممکن است به درستی کار نکند مگر اینکه فونت های مناسب نصب شده باشند.
دستورات بلغاری، چینی ها، انگلیسی، فرانسوی ایتالیایی روسی و اسپانیایی ممکن است
برای انتخاب بلغاری، چینی، انگلیسی، فرانسوی، ایتالیایی، ژاپنی، روسی استفاده شود
و منوها و پیام های اسپانیایی در صورت نصب فونت های مناسب.

ذخیره مجموعه ای از اتم های انتخاب شده فعلی را در یک بانک داده پروتئین (PDB)، MDL، ذخیره کنید،
فایل با فرمت کیمیاگری (tm) یا XYZ. تمایز بین این دستور و
راسمول نوشتن دستور حذف شده است تنها تفاوت این است که بدون فرمت
را مشخص کنید صرفه جویی فرمان a را ایجاد می کند PDB پرونده و نوشتن فرمان a را ایجاد می کند
GIF تصویر

خط RasMol خط دستور مجموعه ای از دستورات RasMol را به صورت متوالی از یک متن می خواند
فایل و آنها را اجرا می کند. این اجازه می دهد تا دنباله ای از دستورات رایج استفاده شود
ذخیره شده و با یک فرمان انجام می شود. یک فایل اسکریپت RasMol ممکن است حاوی فایل دیگری باشد
دستور اسکریپت تا حداکثر "عمق" 10، اجازه می دهد تا دنباله های پیچیده از
اقداماتی که باید اجرا شوند RasMol همه کاراکترهای بعد از اولین کاراکتر "#" را نادیده می گیرد
در هر خط که اجازه می دهد اسکریپت ها حاشیه نویسی شوند. فایل های اسکریپت نیز اغلب هستند
با استفاده از RasMol حاشیه نویسی شده است از دست فرمان

رایج ترین راه برای تولید فایل اسکریپت RasMol استفاده از آن است نوشتن خط or
نوشتن رسمول دستورات برای خروجی دنباله ای از دستورات مورد نیاز به
نمای فعلی، نمایش و رنگ آمیزی فعلی را بازسازی کنید
مولکول نمایش داده شده

دستور RasMol منبع مترادف است با خط فرمان

انتخاب کنید ناحیه انتخاب شده فعلی مولکول را تعریف کنید. همه RasMol های بعدی
دستوراتی که یک مولکول را دستکاری می کنند یا فقط رنگ یا نمایش آن را تغییر می دهند
منطقه انتخابی فعلی را تحت تأثیر قرار می دهد. پارامتر a را انتخاب کنید دستور RasMol است
بیانی که برای هر اتم مولکول فعلی ارزیابی می شود. در حال حاضر
ناحیه انتخاب شده (فعال) مولکول آن دسته از اتم هایی هستند که باعث بیان می شوند
برای ارزیابی درست برای انتخاب کل مولکول از دستور RasMol استفاده کنید را انتخاب کنید همه.
رفتار از را انتخاب کنید دستور بدون هیچ پارامتری توسط
راسمول هترو و هیدروژن پارامترها.

برای اطلاعات بیشتر در مورد عبارات اتم RasMol، عبارت help را تایپ کنید یا ببینید
بخش اتم اصطلاحات.

تنظیم RasMol تنظیم دستور به کاربر اجازه می دهد تا پارامترهای مختلف برنامه داخلی را تغییر دهد
مانند آنهایی که گزینه های رندر را کنترل می کنند. هر پارامتر مجموعه یا
گزینه های پارامتر مجاز به طور معمول، حذف گزینه پارامتر آن را بازنشانی می کند
پارامتر به مقدار پیش فرض آن است. لیستی از نام پارامترهای معتبر در زیر آورده شده است.

نمایش RasMol نشان فرمان جزئیات وضعیت بارگذاری فعلی را نمایش می دهد
مولکول فرمان نشان اطلاعات نام مولکول، طبقه بندی،
کد PDB و تعداد اتم ها، زنجیره ها، گروه های موجود در آن. اگر پیوند هیدروژنی،
پل های دی سولفید یا ساختار ثانویه تعیین شده است، تعداد
hbonds، ssbonds، helices، ladders و turns نیز به ترتیب نمایش داده می شوند. در
فرمان نشان مرکز هر مقدار مرکز غیر صفر انتخاب شده توسط را نشان می دهد مرکز
[CenX، سنی، CenZ] فرمان فرمان نشان فیپسی زوایای ph و psi را نشان می دهد
باقی مانده های انتخاب شده در حال حاضر و زوایای امگا پیوندهای پپتیدی سیس. در
فرمان نشان RamPrint (یا 'نمایش RPP' یا 'نمایش RamachandranPrinterPlot') الف را نشان می دهد
طرح چاپگر راماچاندران ساده به سبک فیسیپل فرانسیس برنشتاین
برنامه فرمان نشان چرخش (یا 'show rot' یا 'show 'rotate') نشان می دهد
مقادیر انتخاب شده فعلی z، y، x و چرخش پیوند، در صورت وجود. فرمان نشان
انتخاب شد (یا "نمایش گروه انتخاب شده" یا "نمایش زنجیره انتخاب شده" یا "نمایش انتخاب شده
atom' ) گروه ها (پیش فرض)، زنجیره ها یا اتم های انتخاب فعلی را نشان می دهد. در
فرمان نشان دنباله باقی مانده هایی که هر زنجیره مولکول را تشکیل می دهند را فهرست می کند.
دستور نشان تقارن گروه فضایی و سلول واحد مولکول را نشان می دهد. در
فرمان نشان ترجمه هر مقدار ترجمه غیر صفر انتخاب شده توسط را نشان می دهد
ترجمه کردن فرمان فرمان نشان زوم زوم غیر صفر را نشان می دهد
مقدار انتخاب شده توسط زوم فرمان

تکه RasMol دال دستور صفحه ی برش z را فعال، غیرفعال یا موقعیت می دهد
مولکول این برنامه فقط بخش هایی از مولکول را ترسیم می کند که دورتر هستند
از بیننده تا هواپیمای تخته‌ای. مقادیر صحیح از صفر در محدوده
خیلی پشت مولکول به 100 که کاملا جلوی مولکول است.
مقادیر میانی درصد مولکولی که باید کشیده شود را تعیین می کند.

این دستور با عمق دستور، که به پشت a متصل می شود
سطح z-clipping داده شده است.

Spacefill
RasMol فضا پر دستور برای نشان دادن تمام موارد انتخاب شده فعلی استفاده می شود
اتم ها به صورت کره های جامد از این دستور برای ایجاد اتحاد کره ها و هم استفاده می شود
مدل های توپ و چوب یک مولکول. فرمان، فضا پر درست است پیشفرض،
هر اتم را به صورت کره ای با شعاع واندروالس نشان می دهد. فرمان فضا پر
خاموش نمایش اتم انتخاب شده به صورت کره را خاموش می کند. یک شعاع کره ای
ممکن است به عنوان یک عدد صحیح در واحدهای RasMol (1/250th Angstrom) یا یک مقدار مشخص شود
حاوی یک نقطه اعشار مقدار 500 (2.0 آنگستروم) یا بیشتر در a
خطای «مقدار پارامتر خیلی بزرگ است».

La درجه حرارت گزینه شعاع هر کره را به مقدار ذخیره شده در آن تنظیم می کند
میدان دما مقادیر صفر یا منفی هیچ تاثیری ندارند و مقادیر بیشتر از
2.0 به 2.0 کوتاه شده است. در کاربر گزینه اجازه می دهد تا شعاع هر کره باشد
مشخص شده توسط خطوط اضافی در فایل PDB مولکول با استفاده از Raster 3D's COLOR
پسوند رکورد

دستور RasMol cpk مترادف است با فضا پر فرمان

دستور RasMol cpknew مترادف است با فضا پر فرمان، به جز اینکه الف
مجموعه رنگ های کمی متفاوت استفاده می شود.

اسپانیایی
RasMol اسپانیایی دستور منوها و پیام ها را به نسخه های اسپانیایی تنظیم می کند.

این دستور ممکن است به درستی کار نکند مگر اینکه فونت های مناسب نصب شده باشند.
دستورات بلغاری، چینی ها، انگلیسی، فرانسوی ایتالیایی روسی و اسپانیایی ممکن است
برای انتخاب بلغاری، چینی، انگلیسی، فرانسوی، ایتالیایی، ژاپنی، روسی استفاده شود
و منوها و پیام های اسپانیایی در صورت نصب فونت های مناسب.

SSBonds
RasMol ssbonds از دستور برای نشان دادن پل های دی سولفیدی استفاده می شود
مولکول پروتئین به صورت خطوط نقطه چین یا استوانه بین اتصالات
سیستئین ها اولین باری که ssbonds دستور استفاده می شود، برنامه جستجو می کند
ساختار پروتئین برای یافتن جفت های نیم سیستئین (سیستئین هایی که گوگرد آنها
در فاصله 3 آنگستروم از یکدیگر قرار دارند) و تعداد پل ها را به آن گزارش می دهد
کاربر. فرمان ssbonds on پیوندهای انتخاب شده را به صورت خطوط نقطه چین نشان می دهد و
فرمان ssbonds خاموش نمایش ssbonds را در ناحیه انتخاب شده فعلی غیرفعال می کند.
انتخاب پل های دی سولفید با پیوندهای معمولی یکسان است و ممکن است تنظیم شود
با استفاده از RasMol تنظیم bondmode فرمان رنگ پیوندهای دی سولفید ممکن است باشد
با استفاده از رنگ ssbonds فرمان به طور پیش فرض، هر پیوند دی سولفید دارای این است
رنگ اتم های متصل به آن

به طور پیش فرض پیوندهای دی سولفید بین اتم های گوگرد درون سیستئین کشیده می شود
گروه ها. با استفاده از تنظیم ssbonds موقعیت آلفای سیستئین را کنترل کنید
کربن ممکن است به جای آن استفاده شود.

ستاره RasMol ستاره از دستور برای نمایش تمام اتم های انتخاب شده فعلی به عنوان استفاده می شود
ستاره ها (شش ضربه، هر کدام در جهت های x، -x، y، -y، z و -z). در
دستورات را انتخاب کنید نه پیوند خورده و پس از آن ستاره 75 برای علامت گذاری اتم های بدون پیوند در آنها مفید هستند
a ورفرم صفحه نمایش با سربار کمتر از آنچه توسط ارائه شده است فضا پر 75. این میتواند باشد
به طور خودکار برای تمام نمایشگرهای فریم بعدی با دستور انجام می شود تنظیم
bondmode نه پیوند خورده است.

دستور ستاره درست است به طور پیش فرض، هر اتم را به عنوان یک ستاره با سکته مغزی نشان می دهد
طول برابر با شعاع واندروالس. فرمان ستاره خاموش خاموش می کند
نمایش اتم انتخاب شده به عنوان ستاره ممکن است طول ضربه ستاره مشخص شود
به عنوان یک عدد صحیح در واحدهای RasMol (1/250 انگستروم) یا یک مقدار حاوی اعشار
نقطه. مقدار 500 (2.0 آنگستروم) یا بیشتر منجر به "مقدار پارامتر" نیز می شود
خطای بزرگ

La درجه حرارت گزینه طول ضربه هر ستاره را به مقدار ذخیره شده در آن تنظیم می کند
میدان دمایی آن مقادیر صفر یا منفی تاثیری ندارند و مقادیر بیشتر
بیش از 2.0 به 2.0 کوتاه شده است. در کاربر گزینه اجازه می دهد تا طول سکته مغزی هر کدام
ستاره باید با خطوط اضافی در فایل PDB مولکول با استفاده از Raster مشخص شود
پسوند رکورد COLOR 3D.

RasMol فضا پر دستور را می توان برای رندر هنری بیشتر اتم ها به عنوان استفاده کرد
حوزه ها

استریو RasMol استریو فرمان نمایش استریو کنار هم تصاویر را فراهم می کند. استریو
مشاهده یک مولکول ممکن است با انتخاب روشن (و خاموش) شود استریو از جانب
la گزینه منو یا با تایپ دستورات استریو on or استریو خاموش

با شروع RasMol نسخه 2.7.2.1، استریو انتخاب منو و دستور
استریو بدون آرگومان چرخه از حالت اولیه استریو خاموش به استریو on in
حالت چشم متقاطع به استریو on در حالت دیواری و سپس بازگشت به استریو خاموش

زاویه جدایی بین دو نما ممکن است با تنظیم شود تنظیم استریو [-]
دستور، که در آن مقادیر مثبت منجر به دید متقاطع و منفی می شود
ارزش ها در تماشای آرام (چشم دیواری). گنجاندن از [-] در استریو
دستور، به عنوان مثال در استریو 3 or استریو -5، همچنین زاویه و
جهت.

فرمان استریو فقط تا حدی اجرا می شود. هنگامی که استریو روشن است،
تصویر به درستی جدید نیست. (این کار را می توان با یک انجام داد ترجمه کردن x -
فرمان.) در فایل های خروجی پست اسکریپت بردار پشتیبانی نمی شود، توسط ذخیره نمی شود
la نوشتن خط فرمان، و به طور کلی هنوز به درستی با آن ارتباط برقرار نکرده است
چندین ویژگی دیگر این برنامه

رشته ها
RasMol رشته ها دستور پروتئین یا اسید نوکلئیک بارگذاری شده فعلی را به عنوان نمایش می دهد
یک "روبان" صاف از منحنی های عمقی که از امتداد ستون فقرات پروتئین عبور می کند.
روبان از تعدادی رشته تشکیل شده است که به موازات یکدیگر قرار دارند
در امتداد صفحه پپتیدی هر باقیمانده. روبان بین هر آمینو کشیده می شود
اسیدی که کربن آلفا آن در حال حاضر انتخاب شده است. رنگ روبان تغییر کرده است
توسط RasMol رنگ روبان فرمان اگر رنگ روبان فعلی است هیچ (
پیش فرض)، رنگ از کربن آلفا در هر موقعیت در امتداد آن گرفته شده است
طول رشته های مرکزی و خارجی ممکن است به طور مستقل با استفاده از رنگ آمیزی شوند
رنگ روبان 1 و رنگ روبان 2 دستورات به ترتیب تعداد رشته ها در
نوار را ممکن است با استفاده از RasMol تغییر دهید تنظیم رشته ها فرمان

عرض روبان در هر موقعیت با پارامتر اختیاری در تعیین می شود
واحدهای معمولی RasMol به طور پیش فرض عرض روبان از قسمت گرفته می شود
ساختار ثانویه پروتئین یا مقدار ثابت 720 برای اسیدهای نوکلئیک
(که نواری به عرض 2.88 آنگستروم تولید می کند). عرض پیش فرض پروتئین آلفا
مارپیچ و ورق بتا 380 (1.52 آنگستروم) و 100 (0.4 آنگستروم) برای نوبت است.
و سیم پیچ تصادفی تخصیص ساختار ثانویه یا از فایل PDB یا
محاسبه شده با استفاده از الگوریتم DSSP همانطور که توسط ساختار فرمان این دستور
شبیه دستور RasMol است روبان که نوار بیومولکولی را به صورت a
سطح سایه صاف

ساختار
RasMol ساختار دستور تخصیص ساختار ثانویه را برای
پروتئین در حال حاضر بارگیری شده است. اگر فایل PDB اصلی حاوی تخصیص ساختاری بود
رکوردها (HELIX، SHEET و TURN) اینها کنار گذاشته می شوند. در ابتدا پیوندهای هیدروژنی
در صورتی که این کار قبلا انجام نشده باشد، مولکول فعلی پیدا می شود. ثانویه
سپس ساختار با استفاده از الگوریتم Kabsch و Sander's DSSP تعیین می شود. یک بار
برنامه به پایان رسید تعداد مارپیچ ها، رشته ها و پیچ های پیدا شده را گزارش می کند.

سطح
RasMol سطح دستور یک سطح مولکولی لی-ریچارد را ارائه می دهد که حاصل از
نورد یک اتم پروب بر روی اتم های انتخاب شده. مقدار داده شده شعاع را مشخص می کند
از کاوشگر اگر به شکل اول داده شود، تکامل سطح کاوشگر
نشان داده شده است (سطح بدون حلال). اگر به شکل دوم داده شود، پاکت نامه
موقعیت های مرکز پروب نشان داده شده است (حلال قابل دسترسی است
سطح).

پی گیری RasMol رد دستور یک خط صاف بین کربن آلفای متوالی را نشان می دهد
موقعیت ها این اسپلاین دقیقاً از موقعیت آلفا کربن عبور نمی کند
هر باقی مانده، اما همان مسیر را دنبال می کند روبان ، رشته ها و کارتون توجه داشته باشید:
که باقی مانده ها ممکن است به عنوان نمایش داده شوند روبان ، رشته ها، کارتون و یا به عنوان یک پی گیری.
فعال کردن یکی از این نمایش‌ها، بقیه را غیرفعال می‌کند. با این حال، یک باقی مانده ممکن است
به طور همزمان به عنوان ستون فقرات و به عنوان یکی از نمایش های بالا نمایش داده شود.
این ممکن است در نسخه های بعدی RasMol تغییر کند. قبل از نسخه 2.6 رد بود
مترادف با ستون فقرات

پی گیری درجه حرارت ستون فقرات را به صورت استوانه ای پهن تر در دمای بالا نمایش می دهد
عوامل و لاغرتر در پایین تر. این نمایش برای اشعه ایکس مفید است
کریستالوگراف ها و طیف سنجی NMR.

ترجمه کردن
RasMol ترجمه کردن فرمان موقعیت مرکز مولکول را بر روی آن حرکت می دهد
صفحه نمایش پارامتر محور مشخص می کند که مولکول در امتداد کدام محور قرار می گیرد
جابجا شده و پارامتر عدد صحیح موقعیت مطلق مولکول را مشخص می کند
از وسط صفحه وسط مقادیر مجاز برای پارامتر محور هستند
"x"، "y" و "z". مقادیر جابجایی باید بین 100- تا 100 باشد که
مربوط به حرکت مولکول فعلی فقط از روی صفحه نمایش است. "x" مثبت
جابجایی مولکول را به سمت راست حرکت می دهد و جابجایی "y" مثبت حرکت می کند
مولکول پایین صفحه نمایش جفت فرمان ترجمه کردن x 0 و ترجمه کردن y 0
مولکول را روی صفحه متمرکز می کند.

UnBond دستور RasMol پیوند نخوردن باند تعیین شده را از
نقاشی

دستور پیوند نخوردن بدون آرگومان پیوندی را که قبلا انتخاب شده بود حذف می کند اوراق قرضه
انتخاب کنید فرمان

قاب وایرلس
RasMol ورفرم فرمان هر پیوند را در ناحیه انتخاب شده نشان می دهد
مولکول به عنوان یک استوانه، یک خط یا یک بردار عمقی. نمایش اوراق قرضه به عنوان
بردارهای نشان‌داده عمق (هرچه از بیننده تیره‌تر باشد) روشن می‌شود
فرمان ورفرم or ورفرم بر. اوراق قرضه انتخاب شده به صورت نمایش داده می شود
استوانه ها با تعیین شعاع یا به عنوان یک عدد صحیح در واحدهای RasMol یا حاوی
یک نقطه اعشار به عنوان یک مقدار در آنگسترومز. مقدار پارامتر 500 (2.0 آنگستروم)
یا بالاتر منجر به خطای "مقدار پارامتر خیلی بزرگ" می شود. پیوندها ممکن است رنگی باشند
با استفاده از رنگ سهام فرمان

اگر پیوندهای انتخاب شده شامل اتم های همنوع کننده متناوب باشد، پیوندها هستند
از وسط به شعاع 8 شعاع مشخص شده (یا به شعاع) باریک شده است
به عنوان پارامتر دوم اختیاری مشخص شده است).

اتم های غیر پیوندی که می توانند در حالت عادی نامرئی شوند ورفرم نمایشگر می تواند
با علامت قبلی مشخص شود تنظیم bondmode نه پیوند خورده فرمان اگر تقریباً هم خطی باشد
پیوند به اتم ها باعث می شود که آنها در یک صفحه نمایش قاب سیمی به سختی دیده شوند تنظیم
bondmode تمام دستور نشانگرهایی برای اضافه می کند تمام اتم های بعدی ورفرم فرمان
اعدام ها

نوشتن تصویر فعلی را در یک فایل با فرمت استاندارد بنویسید. تصویر در حال حاضر پشتیبانی می شود
فرمت های فایل شامل bmp (بیت مپ مایکروسافت) و GIF (Compuserve GIF) جنس زنبق و سوسن (عنبیه
RGB)، پی پی ام (Pixmap قابل حمل)، ras (فایل رستر خورشید)، ps و epsf (کپسوله شده
پست اسکریپت)، مونوپ ها (پست اسکریپت کپسوله شده تک رنگ)، عکس (Apple PICT) vectps
(وکتور پس اسکریپت). در نوشتن دستور همچنین ممکن است برای تولید دستور استفاده شود
اسکریپت برای سایر برنامه های گرافیکی قالب خط یک فایل حاوی
RasMol خط دستورات برای بازتولید تصویر فعلی. قالب مولسکیپ
دستورات مورد نیاز برای نمایش نمای فعلی مولکول را به صورت می نویسد
نوارها در برنامه Molscript Per Kraulis و فرمت kinemage دستورات برای
برنامه Mage دیوید ریچاردسون. فرمت های زیر برای موارد بیشتر مفید هستند
در حال پردازش: povray (POVRay 2) povray3 (POVRay 3 -- در حال توسعه) vrml (VRML
فایل). در نهایت، چندین فرمت برای ارائه داده‌های ph-psi برای فهرست ارائه شده است
یا برای فیپسی (داده های phi-psi به عنوان یک لیست مشروح با سیس امگا)، راماچان و RDF
و RamachandranDataFile (داده های phi-psi به عنوان ستون های اعداد برای gnuplot)، RPP و
RamachandranPrinterPlot (داده های ph-psi به عنوان نمودار چاپگر).

تمایز بین این دستور و RasMol صرفه جویی دستور حذف شده است
تنها تفاوت این است که بدون مشخص کننده فرمت صرفه جویی فرمان a را ایجاد می کند
PDB پرونده و نوشتن فرمان a را ایجاد می کند GIF تصویر

تاباندن لیزر محتویات پایگاه داده فعلی را حذف می کند و متغیرهای پارامتر را به حالت اولیه بازنشانی می کند
حالت پیش فرض اولیه آنها

بزرگنمایی بزرگنمایی تصویر نمایش داده شده فعلی را تغییر دهید. پارامترهای بولی
یا بزرگنمایی یا تنظیم مجدد مقیاس مولکول فعلی. یک پارامتر عدد صحیح
بزرگنمایی مورد نظر را به عنوان درصدی از مقیاس پیش فرض مشخص می کند. در
حداقل مقدار پارامتر 10 است. حداکثر مقدار پارامتر به
اندازه مولکول نمایش داده شده برای پروتئین های متوسط ​​این مقدار حدود 500 است.

مجموعه پارامترهای

RasMol تعدادی پارامتر داخلی دارد که ممکن است با استفاده از آن اصلاح شوند تنظیم فرمان
این پارامترها تعدادی از گزینه های برنامه مانند گزینه های رندر و ماوس را کنترل می کنند
نگاشت دکمه ها

انتخاب play.fps شعاع record.aps

تنظیم امبینت
RasMol محیط پارامتر برای کنترل مقدار محیط (یا
اطراف) نور در صحنه. در محیط مقدار باید بین 0 تا 100 باشد
درصد شدت تیره ترین سایه یک جسم را کنترل می کند. برای جامد
جسم، این شدت سطوحی است که به دور از منبع نور یا داخل قرار دارند
سایه. برای اجسام با عمق، این شدت اجسام دورتر از آن است
بیننده

این پارامتر معمولاً برای تصحیح مانیتورهایی با گامای متفاوت استفاده می شود
مقادیر" (روشنایی)، برای تغییر روشن یا تیره بودن یک تصویر چاپی در زمان
چاپ شده یا برای تغییر احساس عمق برای نمایش قاب سیمی یا روبانی.

تنظیم محورها
RasMol محورها پارامتر نمایش محورهای مختصات متعامد بر روی را کنترل می کند
نمایش فعلی محورهای مختصات آنهایی هستند که در فایل داده های مولکولی استفاده می شوند و
مبدا مرکز جعبه مرزی مولکول است. در تنظیم محورها فرمان است
مشابه دستورات تنظیم باندباکس و تنظیم سلول واحد که کادر محدود کننده را نمایش می دهد
و سلول واحد کریستالوگرافی به ترتیب.

تنظیم پسرفت
RasMol پسرفت پارامتر برای کنترل Backfade به مقدار مشخص شده استفاده می شود
رنگ پس زمینه به جای سیاه این توسط دستورات کنترل می شود تنظیم
پسرفت on و تنظیم پسرفت خاموش به عنوان مثال، این ممکن است برای ایجاد عمق استفاده شود
تصاویر نشان داده شده که به جای سیاه شدن به رنگ سفید محو می شوند.

تنظیم زمینه
RasMol زمینه پارامتر برای تنظیم رنگ "بوم" استفاده می شود
زمینه. رنگ ممکن است به صورت نام رنگ یا جدا از کاما داده شود
سه مولفه قرمز، سبز، آبی (RGB) محصور در پرانتز مربع. تایپ کردن
فرمان کمک رنگ لیستی از نام های رنگی از پیش تعریف شده را ارائه می دهد
راسمول. هنگامی که در ویندوز X اجرا می شود، RasMol رنگ های X را نیز تشخیص می دهد
پایگاه داده نام رنگ سرور

دستور تنظیم زمینه مترادف با دستور RasMol است زمینه.

تنظیم BondMode
RasMol تنظیم bondmode فرمان مکانیسم مورد استفاده برای انتخاب فرد را کنترل می کند
پیوند می دهد و نمایش اتم های پیوندی و غیر پیوندی را با موارد بعدی تغییر می دهد
ورفرم دستورات

هنگام استفاده از را انتخاب کنید و محدود کردن دستورات، یک پیوند داده شده انتخاب خواهد شد اگر i)
bondmode است or و یکی از اتم های متصل انتخاب می شود، یا ii)
bondmode است و و هر دو اتم متصل شده توسط پیوند انتخاب می شوند. از این رو یک
پیوند فردی ممکن است به طور منحصر به فرد با استفاده از دستور شناسایی شود تنظیم bondmode و
و سپس به طور منحصر به فرد اتم های هر دو انتها را انتخاب کنید.

La bondmode [همه | هیچ | نه پیوند خورده] دستورات اضافه شود ستاره 75 or فضا پر 75 نشانگر
برای اتم های تعیین شده به ورفرم نمایش می دهد. ستاره ها زمانی استفاده می شوند که مشخص شده باشد
شعاع وایرفریم صفر است.

تنظیم سهام
RasMol سهام پارامتر برای کنترل نمایش پیوندهای دوگانه و سه گانه به عنوان استفاده می شود
چندین خط یا سیلندر در حال حاضر سفارشات اوراق قرضه فقط از MDL Mol خوانده می شود
فایل ها، فایل های فرمت Sybyl Mol2، فایل های با فرمت Tripos Alchemy، CIF و mmCIF و
فایل های PDB مناسب پیوندهای دوگانه (و سه گانه) در برخی از فایل های PDB توسط مشخص شده است
تعیین یک پیوند معین دو بار (و سه بار) در رکوردهای CONECT. فرمان
تنظیم سهام on نمایش سفارشات اوراق قرضه و فرمان را فعال می کند تنظیم سهام خاموش
آنها را از کار می اندازد.

تنظیم BoundBox
RasMol باندباکس پارامتر نمایش مولکول فعلی را کنترل می کند
جعبه محدود کننده روی صفحه نمایش کادر محدود کننده متعامد با فایل داده است
محورهای مختصات اصلی در تنظیم باندباکس دستور مشابه دستورات است تنظیم
محورها و تنظیم سلول واحد که محورهای مختصات متعامد و کادر مرزی را نشان می دهد،
بود.

تنظیم کارتون
RasMol کارتون پارامتر برای کنترل نمایش نسخه کارتونی استفاده می شود
la روبان نمایش دادن. به‌طور پیش‌فرض، C-پایانه برگه‌های بتا به‌صورت نمایش داده می‌شوند
سر پیکان ممکن است با استفاده از آن فعال و غیرفعال شود تنظیم کارتون
فرمان عمق کارتون را می توان با استفاده از تنظیم کرد کارتون
فرمان دادن تنظیم کارتون دستور بدون هیچ پارامتری این دو گزینه را برمی گرداند
به
مقادیر پیش فرض آنها

تنظیم CisAngle
RasMol سیزانگ پارامتر زاویه قطع را برای شناسایی پپتید سیس کنترل می کند
اوراق قرضه. اگر مقداری داده نشود، برش روی 90 درجه تنظیم می شود.

تنظیم نمایش دادن
این دستور حالت نمایش را در RasMol کنترل می کند. به صورت پیش فرض، تنظیم نمایش
عادی، RasMol مولکول را در نمایش مشخص شده توسط کاربر نمایش می دهد.
دستور تنظیم نمایش انتخاب شد حالت نمایش را طوری تغییر می دهد که مولکول باشد
به طور موقت ترسیم می شود تا قسمت انتخابی فعلی مولکول را نشان دهد. در
طرح رنگ و نمایش مشخص شده توسط کاربر بدون تغییر باقی می ماند. در این
نمایش تمام اتم های انتخاب شده به رنگ زرد و همه اتم های انتخاب نشده نشان داده شده اند
به رنگ آبی نشان داده شده اند. رنگ پس زمینه نیز به خاکستری تیره تغییر یافته است
تغییر حالت نمایش را نشان می دهد. این دستور معمولاً فقط توسط
رابط های گرافیکی کاربر خارجی (GUI).

تنظیم اندازه فونت
RasMol تنظیم اندازه فونت دستور برای کنترل اندازه کاراکترها استفاده می شود
برچسب های اتم را تشکیل می دهند. این مقدار با ارتفاع کاراکتر نمایش داده شده مطابقت دارد
در پیکسل حداکثر مقدار از اندازه فونت 48 پیکسل و مقدار پیش فرض 8 است
پیکسل بالا فاصله ثابت یا متناسب ممکن است با ضمیمه "FS" انتخاب شود
یا اصلاح کننده های "PS" به ترتیب. پیش فرض "FS" است. برای نمایش برچسب های اتم در
صفحه نمایش از RasMol استفاده می کند برچسب دستور دهید و رنگ نمایش داده شده را تغییر دهید
برچسب ها، از رنگ برچسب ها فرمان

تنظیم فونت استروک
RasMol تنظیم فونت استروک دستور برای کنترل اندازه عرض ضربه استفاده می شود
از کاراکترهایی که برچسب های اتم را تشکیل می دهند. این مقدار شعاع بر حسب پیکسل است
سیلندرهایی که برای تشکیل سکته ها استفاده می شوند. مقدار ویژه "0" پیش فرض استفاده شده است
برای عرض سکته مغزی تک پیکسل معمولی، که امکان ترسیم سریع و
چرخش تصویر مقادیر غیر صفر ارائه شده است تا امکان هنری بیشتر فراهم شود
برچسب های اتم برای انتشار با هزینه زمان اضافی در رندر تصویر.

هنگامی که از سکته های گسترده تر استفاده می شود، اندازه فونت بزرگتر توصیه می شود، به عنوان مثال با استفاده از
راسمول تنظیم اندازه فونت 24 PS فرمان، به دنبال آن تنظیم فونت استروک 2

برای نمایش برچسب های اتم بر روی صفحه نمایش از RasMol استفاده کنید برچسب فرمان، و برای تغییر
از رنگ برچسب های نمایش داده شده استفاده کنید رنگ برچسب ها فرمان

تنظیم HBonds
RasMol hbonds پارامتر تعیین می کند که آیا پیوندهای هیدروژنی بین آنها کشیده شده است یا خیر
اتم های دهنده و پذیرنده پیوند هیدروژنی، تنظیم hbonds sidechain یا بین
اتم های کربن آلفا از ستون فقرات پروتئین و بین اتم های فسفر از
ستون فقرات اسید نوکلئیک، تنظیم hbonds ستون فقرات نمایش واقعی پیوندهای هیدروژنی
توسط کنترل hbonds فرمان رسم پیوند هیدروژنی بین پروتئین آلفا
کربن یا اتم های فسفر اسید نوکلئیک مفید است که بقیه مولکول
تنها در یک نمایش شماتیک مانند نشان داده شده است ستون فقرات ، روبان or رشته ها
این پارامتر مشابه RasMol است ssbonds پارامتر.

تنظیم هترو
RasMol هترو پارامتر برای اصلاح رفتار پیش فرض RasMol استفاده می شود
را انتخاب کنید فرمان، یعنی رفتار را انتخاب کنید بدون هیچ پارامتر وقتی این
ارزش است نادرست به طور پیش فرض را انتخاب کنید منطقه شامل هیچ اتم ناهمگنی نمی شود
(به مجموعه از پیش تعریف شده مراجعه کنید هترو ). وقتی این مقدار باشد درست است به طور پیش فرض را انتخاب کنید
منطقه ممکن است حاوی اتم های هترو باشد. این پارامتر مشابه RasMol است هیدروژن
پارامتری که تعیین می کند آیا اتم های هیدروژن باید در پیش فرض گنجانده شوند یا خیر
تنظیم. اگر هر دو هترو و هیدروژن هستند درست است را انتخاب کنید بدون هیچ پارامتری است
معادل را انتخاب کنید همه.

تنظیم ساعت شنی
RasMol ساعت شنی پارامتر به کاربر اجازه می دهد تا استفاده از آن را فعال و غیرفعال کند
نشانگر ساعت ساعت توسط RasMol برای نشان دادن اینکه برنامه در حال حاضر مشغول است استفاده می شود
ترسیم فریم بعدی فرمان تنظیم ساعت شنی on نشانگر را فعال می کند، در حالی که
تنظیم ساعت شنی خاموش از تغییر مکان نما توسط RasMol جلوگیری می کند. این زمانی مفید است که
چرخاندن مولکول، اجرای دنباله ای از دستورات از یک فایل اسکریپت یا استفاده از
ارتباط بین فرآیندی برای اجرای توالی پیچیده دستورات. در این موارد
ممکن است نشانگر "چشمک زن" حواس را پرت کند.

تنظیم هیدروژن
RasMol هیدروژن پارامتر برای اصلاح رفتار "پیش فرض" استفاده می شود
راسمول را انتخاب کنید فرمان، یعنی رفتار را انتخاب کنید بدون هیچ پارامتر چه زمانی
این مقدار است نادرست به طور پیش فرض را انتخاب کنید منطقه شامل هیچ هیدروژنی نیست،
اتم های دوتریوم یا تریتیوم (به مجموعه از پیش تعریف شده مراجعه کنید هیدروژن ). زمانی که این مقدار
is درست است به طور پیش فرض را انتخاب کنید منطقه ممکن است حاوی اتم های هیدروژن باشد. این پارامتر است
مشابه RasMol هترو پارامتری که تعیین می کند اتم های ناهمگن هستند یا خیر
باید در مجموعه پیش فرض گنجانده شود. اگر هر دو هیدروژن و هترو هستند درست است را انتخاب کنید
بدون هیچ پارامتری معادل است را انتخاب کنید همه.

تنظیم کینماژ
RasMol تنظیم kinemage فرمان میزان جزئیات ذخیره شده در یک Kinemag را کنترل می کند
فایل خروجی تولید شده توسط RasMol نوشتن kinemage فرمان کینماژ خروجی
فایل ها برای نمایش توسط برنامه Mage دیوید ریچاردسون در نظر گرفته شده است. تنظیم
kinemage نادرست به طور پیش فرض، فقط نمایش نمایش داده شده در حال حاضر را در آن ذخیره می کند
فایل خروجی تولید شده فرمان تنظیم kinemage درست است پیچیده تر ایجاد می کند
Kinemage که شامل هر دو نمایش فریم و ستون فقرات و همچنین
محورهای مختصات، جعبه مرزی و سلول واحد کریستالی.

تنظیم منوها
RasMol تنظیم منوها فرمان دکمه های منو یا نوار منوی پنجره بوم را فعال می کند.
این دستور معمولاً فقط توسط رابط های کاربر گرافیکی یا برای ایجاد به عنوان استفاده می شود
هنگام استفاده از ویندوز مایکروسافت، یک تصویر بزرگ تا حد امکان.

تنظیم مانیتور
RasMol تنظیم مانیتور فرمان را فعال می کند مانیتورها برچسب های مانیتور فاصله ممکن است
با دستور خاموش شود تنظیم مانیتور خاموش ، و با دستور دوباره فعال شد تنظیم
مانیتور بر.

تنظیم ماوس
RasMol تنظیم موش فرمان چرخش، ترجمه، مقیاس‌بندی و بزرگ‌نمایی را تنظیم می‌کند
اتصالات موش مقدار پیش فرض است رسمول که برای ماوس های دو دکمه ای مناسب است
(برای موش های سه دکمه ای، دکمه های دوم و سوم مترادف هستند). چرخش XY
توسط دکمه اول کنترل می شود و ترجمه XY توسط دکمه دوم کنترل می شود. اضافی
عملکردها با نگه داشتن یک کلید اصلاح کننده روی صفحه کلید کنترل می شوند. [Shift] و
دکمه اول مقیاس بندی، [shift] و دکمه دوم Z- را انجام می دهد.
چرخش، و [کنترل] و اولین دکمه ماوس صفحه برش را کنترل می کند. در
بینش و کوآنتا گزینه‌ها همان اتصالات ماوس را مانند بسته‌های دیگر ارائه می‌کنند
کاربران با تجربه

تنظیم چیدن
RasMol تنظیم پس مانده مجموعه ای از دستورات بر نحوه تعامل کاربر با a تأثیر می گذارد
مولکول نمایش داده شده بر روی صفحه نمایش در RasMol.

فعال/غیرفعال کردن اتم شناسایی چیدن: با ماوس روی یک اتم کلیک کنید
منجر به شناسایی و نمایش نام باقیمانده، شماره باقیمانده، اتم می شود
نام، شماره سریال اتم و زنجیره در پنجره فرمان. این رفتار ممکن است باشد
با دستور غیرفعال شد تنظیم پس مانده هیچ و با دستور بازیابی شد تنظیم
پس مانده شناسایی دستور تنظیم پس مانده هماهنگی مختصات اتمی را اضافه می کند
اتم به نمایشگر

غیرفعال کردن انتخاب، با استفاده از تنظیم پس مانده خاموش در هنگام اجرا مفید است توقف
دستور در اسکریپت های RasMol زیرا از نمایش پیام های جعلی بر روی آن جلوگیری می کند
خط فرمان در حالی که اسکریپت به حالت تعلیق درآمده است.

اندازه گیری فاصله ها، زوایای و پیچ خوردگی ها: اندازه گیری تعاملی فواصل،
زاویه و پیچش با استفاده از دستورات به دست می آید: تنظیم پس مانده فاصله ، تنظیم
پس مانده نظارت، تنظیم پس مانده زاویه و تنظیم پس مانده پیچش ، به ترتیب. دراین
حالت‌ها، با کلیک بر روی یک اتم، با دستور rasmol شناسایی می‌شود
خط علاوه بر این، هر اتم افزایشی یک شمارنده مدول را انتخاب کرد به طوری که در
حالت فاصله، هر اتم دوم فاصله (یا مانیتور فاصله) را نشان می دهد
بین این اتم و اتم قبلی در حالت زاویه، هر سوم اتم نمایش داده می شود
زاویه بین سه اتم قبلی و در حالت پیچشی هر اتم چهارم
پیچش بین چهار اتم آخر را نشان می دهد. با نگه داشتن کلید shift
در هنگام انتخاب یک اتم، این شمارنده مدول افزایش نمی یابد و اجازه می دهد، برای
به عنوان مثال، فاصله اتم های متوالی از یک اتم ثابت برای نمایش داده می شود. دیدن
la مانیتور دستور نحوه کنترل نمایش خطوط مانیتور فاصله و
برچسب ها.

برچسب زدن اتم ها با la ماوس: همچنین ممکن است از ماوس برای تغییر دادن نمایشگر استفاده شود
یک برچسب اتمی روی یک اتم داده شده دستور RasMol تنظیم پس مانده برچسب یک برچسب را حذف می کند
از یک اتم انتخاب شده اگر قبلاً یک اتم داشته باشد یا یک برچسب مختصر در آن اتم نمایش دهد
موقعیت در غیر این صورت

مرکز کردن چرخش با la ماوس: یک مولکول ممکن است بر روی یک اتم مشخص متمرکز شود
موقعیت با استفاده از دستورات RasMol تنظیم پس مانده مرکز or تنظیم پس مانده مرکز In
در این حالت، انتخاب یک اتم باعث می شود که تمام چرخش های بعدی در مورد آن نقطه باشد.

چیدن a اوراق قرضه as a چرخش محور: هر پیوندی ممکن است به عنوان یک محور چرخش انتخاب شود
برای بخشی از مولکول فراتر از اتم دوم انتخاب شده است. این ویژگی
باید با احتیاط استفاده شود، زیرا، به طور طبیعی، ترکیب ساختار را تغییر می دهد
مولکول پس از اجرا تنظیم پس مانده اوراق قرضه یا با استفاده از معادل "Pick Bond" در
منوی "تنظیمات"، پیوندی که باید چرخانده شود با همان نوع ماوس انتخاب می شود.
کلیک هایی که برای انتخاب اتم ها برای اندازه گیری فاصله استفاده می شود. به طور معمول این
باید در جایی که اوراق قرضه وجود دارد انجام شود، اما اگر اوراق قرضه وجود نداشته باشد، اضافه می شود. در
پیوند اگر بخشی از یک حلقه با هر اندازه باشد نمی تواند برای چرخش استفاده شود. همه اوراق قرضه
انتخاب شده برای چرخش به خاطر سپرده می شوند تا در زمان مناسب بتوان آنها را گزارش کرد
نوشتن یک اسکریپت، اما فقط آخرین پیوند انتخاب شده ممکن است به طور فعال چرخانده شود.

را قادر می سازد اتم/گروه/زنجیره انتخاب چیدن: اتم ها، گروه ها و زنجیره ها ممکن است باشند
انتخاب شده (مثل اینکه با را انتخاب کنید فرمان)، با تنظیم پس مانده اتم، تنظیم پس مانده
گروهی تنظیم پس مانده زنجیر دستورات برای هر یک از این دستورات، کلید shift ممکن است
برای افزودن یک انتخاب جدید به گزینه قبلی استفاده شود و ممکن است از کلید کنترل استفاده شود
برای حذف یک انتخاب جدید از قدیمی. وقتی که تنظیم پس مانده اتم فرمان است
با توجه به این موضوع، ماوس را می توان برای انتخاب یا کشیدن جعبه ای در اطراف اتم های مورد استفاده قرار داد
انتخاب مورد نظر است. وقتی که تنظیم پس مانده گروه دستور داده می شود، انتخاب هر یک
اتم باعث انتخاب تمام اتم هایی می شود که از نظر عدد باقیمانده با اتم مطابقت دارند
اتم را انتخاب کرد، حتی اگر در زنجیره های مختلف باشد. وقتی که تنظیم پس مانده زنجیر فرمان است
با توجه به این، انتخاب هر اتمی باعث انتخاب همه اتم‌هایی می‌شود که در زنجیره همخوانی دارند
شناسه با اتم انتخاب شده

تنظیم بازی
RasMol تنظیم play.fps دستور تعداد فریم در ثانیه برای پخش را می دهد
توسط بازی دستور (پیش‌فرض 24 فریم در ثانیه).

در نسخه فعلی RasMol، زمان پخش توسط این کنترل نمی شود
پارامتر.

تنظیم شعاع
RasMol تنظیم شعاع دستور برای تغییر رفتار RasMol استفاده می شود نقطه
دستور بسته به مقدار حلال پارامتر. چه زمانی حلال is درست است
la شعاع پارامتر کنترل می کند که آیا سطح واقعی واندروالس توسط
la نقطه فرمان اگر ارزش از شعاع چیزی غیر از صفر است، آن مقدار است
به عنوان شعاع هر اتم به جای مقدار واقعی vdW آن استفاده می شود. زمانی که ارزش
حلال is درست است این پارامتر شعاع "کره کاوشگر" (حلال) را تعیین می کند.
این پارامتر ممکن است به صورت یک عدد صحیح در واحدهای rasmol یا حاوی اعشار داده شود
نقطه در آنگسترومز مقدار پیش فرض این پارامتر توسط مقدار تعیین می شود
of حلال و در حال تغییر است حلال تنظیم مجدد شعاع به مقدار پیش فرض جدید خود.

تنظیم رکورد
RasMol تنظیم record.aps حداکثر سرعت روی صفحه را بر حسب آنگستروم در هر می دهد
دوم در ترجمه متحرک، چرخش و بزرگنمایی (پیش‌فرض 10 A/ثانیه).

RasMol تنظیم record.aps دستور تعداد فریم در ثانیه را برای ضبط می دهد
توسط رکورد دستور (پیش‌فرض 24 فریم در ثانیه).

RasMol تنظیم ثبت کنید. ساکن شوید دستور زمان را بر حسب ثانیه تنظیم می کند تا روی تغییر تمرکز کنید
در ظاهر (پیش فرض 5 ثانیه).

تنظیم ShadePower
La قدرت سایه پارامتر (اقتباس شده از RasTop) پارتیشن سایه را تعیین می کند
(تضاد) که در رندر کردن اجسام جامد استفاده می شود. این مقدار بین 0 تا 100 است
سایه را بر روی یک سطح شی در جهت نور تنظیم می کند
منبع تغییر پارامتر سایه قدرت، حداکثر یا مقدار را تغییر نمی دهد
حداقل مقادیر این سایه، همانطور که تغییر می دهد محیط پارامتر. یک ارزش از
100 نور را در بالای کره‌ها متمرکز می‌کند و حالتی شیشه‌ای و فوق‌العاده می‌دهد
ارائه (نگاه کنید به قدرت ذاتی پارامتر). مقدار 0 نور را روی آن توزیع می کند
کل شی

این اجرای سایه قدرت با آنچه در RasTop وجود دارد فقط در انتخاب متفاوت است
محدوده (0 تا 100 در مقابل -20 تا 20 در RasTop).

تنظیم سایه
RasMol تنظیم سایه دستور ردیابی پرتوی فعلی را فعال و غیرفعال می کند
تصویر ارائه شده در حال حاضر فقط نمایش فضای پر شده در سایه یا می تواند باشد
سایه انداختن فعال کردن سایه به طور خودکار Z-clipping را غیرفعال می کند
(slabbing) هواپیما با استفاده از دستور دال خاموش ردیابی پرتو معمولاً حدوداً طول می کشد
چند ثانیه برای یک پروتئین با اندازه متوسط. توصیه می شود که سایه
به طور معمول در حالی که مولکول در حال تبدیل یا دستکاری است غیرفعال شود، و
فقط زمانی فعال می شود که یک دیدگاه مناسب انتخاب شود تا دیدگاهی بیشتر ارائه شود
تصور از عمق

تنظیم SlabMode
RasMol حالت اسلب پارامتر روش رندر اشیاء برش خورده را کنترل می کند
صفحه تخته زنی (z-clipping). پارامترهای slabmode معتبر عبارتند از "رد"، "نیم"،
"توخالی"، "جامد" و "بخش".

تنظیم حلال
RasMol تنظیم حلال دستور برای کنترل رفتار RasMol استفاده می شود نقطه
فرمان بسته به ارزش حلال پارامتر، نقطه فرمان یا
یک سطح واندروالس یا یک سطح قابل دسترسی با حلال در اطراف فعلی ایجاد می کند
مجموعه انتخاب شده از اتم ها با تغییر این پارامتر مقدار به طور خودکار بازنشانی می شود
RasMol شعاع پارامتر. فرمان تنظیم حلال نادرست مقدار پیش فرض،
نشان می دهد که سطح واندروالس باید تولید شود و مقدار را بازنشانی می کند
شعاع به صفر فرمان تنظیم حلال درست نشان می دهد که یک 'Connolly' یا
سطح قابل دسترس حلال ریچاردز باید کشیده شود و تنظیم شود شعاع
پارامتر، شعاع حلال، به 1.2 آنگستروم (یا 300 واحد RasMol).

تنظیم دیجیتال
RasMol تنظیم چشم انداز دستور نمایش specular را فعال و غیرفعال می کند
هایلایت روی اجسام جامد که توسط RasMol کشیده شده است. هایلایت های خاص به صورت سفید ظاهر می شوند
بازتاب منبع نور روی سطح جسم RasMol فعلی
پیاده سازی از یک تابع تقریبی برای ایجاد این برجسته استفاده می کند.

نقاط برجسته روی سطوح اجسام جامد ممکن است با استفاده از آن تغییر یابد
ضریب انعکاس چشمی، که با استفاده از RasMol تغییر می کند تنظیم
قدرت ذاتی فرمان

تنظیم SpecPower
La قدرت ذاتی پارامتر براق بودن اجسام جامد ارائه شده توسط
راسمول. این مقدار بین 0 تا 100 ضریب بازتاب استفاده شده در را تنظیم می کند
محاسبات هایلایت خاص هایلایت های چشمگیر فعال و غیرفعال می شوند
توسط RasMol تنظیم چشم انداز فرمان مقادیر حدود 20 یا 30 ظاهری پلاستیکی ایجاد می کنند
سطوح مقادیر بالا سطوح براق تری مانند فلزات را نشان می دهد، در حالی که کمتر است
مقادیر، سطوح پراکنده/ کدر بیشتری تولید می کنند.

تنظیم SSBonds
RasMol ssbonds پارامتر تعیین می کند که آیا پل های دی سولفید کشیده شده اند یا خیر
بین اتم های گوگرد در زنجیره جانبی (پیش فرض) یا بین آلفا
اتم های کربن در ستون فقرات بقایای سیستئین ها. نمایش واقعی از
پل های دی سولفید توسط کنترل می شود ssbonds فرمان ترسیم پل های دی سولفیدی
بین کربن آلفا زمانی مفید است که بقیه پروتئین فقط در a نشان داده شده باشد
نمایش شماتیک مانند ستون فقرات ، روبان or رشته ها این پارامتر است
مشابه RasMol hbonds پارامتر.

تنظیم استریو
RasMol تنظیم استریو پارامتر جدایی بین چپ و راست را کنترل می کند
تصاویر. روشن و خاموش کردن استریو باعث تغییر موقعیت مرکز مولکول نمی شود.

مشاهده استریو یک مولکول ممکن است با انتخاب روشن (و خاموش) شود استریو
از گزینه منو یا با تایپ دستورات استریو on or استریو خاموش

زاویه جدایی بین دو نما ممکن است با تنظیم شود تنظیم استریو [-]
دستور، که در آن مقادیر مثبت منجر به دید متقاطع و منفی می شود
ارزش ها در تماشای آرام (چشم دیواری). در حال حاضر، مشاهده استریو پشتیبانی نمی شود
in بردار پست اسکریپت فایل های خروجی

تنظیم رشته ها
RasMol رشته ها پارامتر تعداد رشته های موازی را کنترل می کند
نمایش داده شده در روبان پروتئین ها. مقادیر مجاز برای
این پارامتر 1، 2، 3، 4، 5 و 9 هستند. مقدار پیش فرض 5 است.
رشته ها برای همه نوارهایی که نمایش داده می شوند ثابت است. با این حال، عرض روبان
(جدایی بین رشته ها) ممکن است بر اساس باقیمانده بر اساس باقیمانده کنترل شود
با استفاده از RasMol روبان فرمان

تنظیم شفاف
RasMol شفاف پارامتر نوشتن GIF های شفاف توسط
نوشتن GIF فرمان این ممکن است توسط تنظیم شفاف on و
تنظیم شفاف خاموش دستورات

تنظیم UnitCell
RasMol سلول واحد پارامتر نمایش واحد کریستالوگرافی را کنترل می کند
سلول روی نمایشگر فعلی سلول کریستالی فقط در صورت لزوم فعال می شود
اطلاعات تقارن کریستال در فایل داده PDB، CIF یا mmCIF موجود است. در
دستور RasMol نشان تقارن نمایش جزئیات گروه و واحد فضای کریستال
محورهای سلولی در تنظیم سلول واحد دستور مشابه دستورات است تنظیم محورها و تنظیم
باندباکس که محورهای مختصات متعامد و کادر مرزی را نشان می دهد،
بود.

تنظیم VectPS
RasMol vectps پارامتر برای کنترل روش RasMol استفاده می شود نوشتن
دستور فایل های خروجی وکتور PostScript را تولید می کند. فرمان تنظیم vectps on را قادر می سازد
استفاده از خطوط مشکی در اطراف کره ها و پیوندهای استوانه ای باعث تولید "کارتون-
مانند" خروجی با وضوح بالا. با این حال، اجرای فعلی RasMol
کره هایی که بیش از یک کره دیگر آنها را قطع کرده اند به اشتباه کارتون می کند.
از این رو مدل‌های «توپ و چوب» به درستی ارائه می‌شوند، اما فضای بزرگ پر نمی‌شوند
مدل های کره خطوط کارتون را می توان به طور پیش فرض با دستور غیرفعال کرد تنظیم
vectps خاموش

تنظیم نوشتن
RasMol نوشتن پارامتر استفاده از صرفه جویی و نوشتن دستورات در داخل
اسکریپت ها، اما ممکن است فقط از خط فرمان اجرا شود. به طور پیش فرض، این مقدار
is نادرست ممنوعیت تولید فایل ها در هر اسکریپت اجرا شده در هنگام راه اندازی
(مانند مواردی که از مرورگر WWW راه اندازی شده اند). با این حال، انیماتورها ممکن است RasMol را راه اندازی کنند
به صورت تعاملی: تایپ کنید تنظیم نوشتن on و سپس یک اسکریپت برای تولید هر فریم اجرا کنید
با استفاده از دستور منبع

ATOM اصطلاحات

عبارات اتم RasMol به طور منحصر به فرد گروه دلخواه از اتم ها را در یک مولکول شناسایی می کند.
عبارات اتم از عبارات ابتدایی، مجموعه های از پیش تعریف شده و مقایسه تشکیل شده اند
اپراتورها، در داخل عبارات، یا ترکیبات منطقی (بولی) عبارت فوق
انواع.

عملگرهای منطقی اجازه می دهند پرس و جوهای پیچیده با استفاده از موارد ساده تر ساخته شوند
اتصالات بولی استاندارد و، or و است. اینها ممکن است با نمادها مخفف شوند
"&"، "|" و به ترتیب "!" ممکن است از پرانتز (پرانتز) برای تغییر اولویت استفاده شود
از اپراتورها برای راحتی، از کاما برای تفکیک بولی نیز استفاده می شود.

از این رو، بیان اتم برای هر اتم ارزیابی می شود پروتئين و ستون فقرات پروتئین را انتخاب می کند
اتم های ستون فقرات، نه اتم های ستون فقرات پروتئین و اسید [نوکلئیک]!

بدوی عبارات
عبارات ابتدایی RasMol بلوک های ساختمانی اساسی اتم هستند
اصطلاحات. دو نوع بیان اولیه وجود دارد. نوع اول استفاده می شود
برای شناسایی تعداد باقیمانده معین یا محدوده ای از تعداد باقیمانده. تک باقی مانده است
با شماره آن مشخص می شود (موقعیت در دنباله)، و یک محدوده با مشخص می شود
کران های پایین و بالایی که با یک کاراکتر خط فاصله از هم جدا شده اند. مثلا را انتخاب کنید 5,6,7,8
همچنین را انتخاب کنید 5 8. توجه داشته باشید که این اعداد باقیمانده داده شده را در همه انتخاب می کند
زنجیره های درشت مولکول

نوع دوم عبارت ابتدایی دنباله ای از فیلدها را مشخص می کند که باید
مطابقت برای یک اتم داده شده قسمت اول یک باقیمانده (یا گروهی از باقیمانده ها) را مشخص می کند.
و بخش دوم اختیاری اتم های درون آن باقیمانده ها را مشخص می کند. اولین
بخش شامل یک نام باقیمانده است که به صورت اختیاری با یک شماره باقیمانده و/یا دنبال می شود
شناسه زنجیره

قسمت دوم شامل یک کاراکتر نقطه و به دنبال آن یک نام اتم است. یک اتم
نام ممکن است تا چهار کاراکتر حروف الفبا یا عددی باشد. نقطه ویرگول اختیاری
به دنبال آن یک شناسه ترکیب جایگزین ممکن است اضافه شود. یک اختیاری
اسلش به دنبال شماره مدل نیز ممکن است اضافه شود.

ستاره ممکن است به عنوان کارت وحشی برای یک میدان کامل و علامت سوال به عنوان یک استفاده شود
کاراکتر عام تک شخصیت.

مقایسه اپراتورها
بخش‌هایی از یک مولکول نیز ممکن است با استفاده از برابری، نابرابری و
سفارش اپراتورها در املاک خود قالب چنین بیان مقایسه ای است
یک نام ویژگی، به دنبال آن یک عملگر مقایسه و سپس یک مقدار صحیح.

خواص اتمی که ممکن است در RasMol استفاده شود عبارتند از اتمنو برای سریال اتم
عدد، elemno برای عدد اتمی اتم (عنصر)، رسنو برای باقی مانده
عدد، شعاع برای شعاع spacefill در واحدهای RasMol (یا صفر اگر نشان داده نشود
به عنوان یک کره) و درجه حرارت برای مقدار دمای همسانگرد PDB.

عملگر برابری یا "=" یا "==" نشان داده می شود. عملگر نابرابری به عنوان
یا "<>"، "!=" یا "/=". عملگرهای سفارش "<" برای کمتر از، "<=" برای هستند
کمتر یا مساوی، ">" برای بزرگتر از، و ">" برای بزرگتر یا مساوی با.

در داخل عبارات
یک RasMol در داخل بیان اجازه می دهد تا اتم ها در مجاورت آنها انتخاب شوند
مجموعه دیگری از اتم ها آ در داخل عبارت دو پارامتر را می گیرد که با کاما از هم جدا شده اند
و با پرانتز احاطه شده است. آرگومان اول یک مقدار صحیح به نام the است
فاصله "قطع" عبارت درون و آرگومان دوم معتبر است
بیان اتم فاصله قطع در هر یک از واحدهای RasMol عدد صحیح بیان می شود
یا آنگستروم حاوی نقطه اعشار. یک اتم در صورتی انتخاب می شود که در داخل باشد
فاصله قطع هر یک از اتم های تعریف شده توسط آرگومان دوم. این اجازه می دهد
عبارات پیچیده ای که باید حاوی تودرتو ساخته شوند در داخل اصطلاحات.

مثلا دستور را انتخاب کنید درون (3.2، ستون فقرات) هر اتمی را در 3.2 انتخاب می کند
شعاع آنگستروم هر اتمی در یک پروتئین یا ستون فقرات اسید نوکلئیک. در داخل
عبارات به ویژه برای انتخاب اتم های اطراف یک سایت فعال مفید هستند.

از پیش تعریف شده مجموعه
عبارات اتم RasMol ممکن است شامل مجموعه های از پیش تعریف شده باشد. این مجموعه ها تک کلمات کلیدی هستند
که بخش هایی از یک مولکول مورد علاقه را نشان می دهد. مجموعه های از پیش تعریف شده اغلب هستند
اختصارات عبارات اتم اولیه در برخی موارد استفاده از از پیش تعریف شده
مجموعه ها امکان انتخاب مناطقی از یک مولکول را فراهم می کند که در غیر این صورت نمی تواند باشد
متمایز لیستی از مجموعه های از پیش تعریف شده در حال حاضر در زیر آورده شده است. که در
RasMol علاوه بر مجموعه‌های فهرست‌شده در اینجا، نام‌های عناصر (و آنها را نیز بررسی می‌کند
جمع) به عنوان مجموعه های از پیش تعریف شده حاوی تمام اتم های آن نوع عنصر، یعنی
فرمان را انتخاب کنید اکسیژن معادل دستور است را انتخاب کنید elemno=8.

از پیش تعریف شده مجموعه

AT تنظیم این مجموعه شامل اتم های موجود در نوکلئوتیدهای مکمل آدنوزین و
تیمیدین (به ترتیب A و T). تمام نوکلئوتیدها به عنوان یک مجموعه طبقه بندی می شوند
at یا مجموعه cg این مجموعه معادل عبارات اتم RasMol است a,t, و
هسته ای و نه cg.

اسیدی تنظیم
مجموعه ای از اسیدهای آمینه اسیدی. اینها انواع باقیمانده Asp و Glu هستند. تمام آمینو
اسیدها به دو دسته تقسیم می شوند اسیدی، اساسی or خنثی. این مجموعه معادل است
عبارات اتم RasMol آسپ، گلو و آمینو و نه (پایه ای or خنثی).

دایره ای تنظیم
مجموعه ای از اتم ها در اسیدهای آمینه که دارای چرخه یا حلقه نیستند. همه اسیدهای آمینه هستند
طبقه بندی شده به عنوان هر کدام چرخهای or غیر حلقوی این مجموعه معادل اتم RasMol است
بیان آمینو و نه چرخه ای

آلیفاتیک تنظیم
این مجموعه حاوی آمینو اسیدهای آلیفاتیک است. اینها اسیدهای آمینه Ala، Gly،
ایل، لیو و وال. این مجموعه معادل عبارت RasMol اتم است الا، گلی،
و، لیو، وال

آلفا تنظیم
مجموعه ای از کربن آلفا در مولکول پروتئین. این مجموعه تقریبا
معادل عبارت RasMol اتم است *.CA. این دستور نباید اشتباه گرفته شود
با مجموعه از پیش تعریف شده مارپیچ که حاوی اتم های موجود در اسیدهای آمینه از
مارپیچ آلفای پروتئین

آمینو تنظیم
این مجموعه شامل تمام اتم های موجود در بقایای اسید آمینه است. این مفید است
برای تشخیص پروتئین از اسید نوکلئیک و اتم های ناهمگن در
پایگاه داده مولکول فعلی

معطر تنظیم
مجموعه ای از اتم ها در اسیدهای آمینه حاوی حلقه های معطر. اینها آمینو هستند
اسیدهای His، Phe، Trp و Tyr. زیرا آنها حاوی حلقه های معطر همه اعضا هستند
این مجموعه عضوی از مجموعه از پیش تعریف شده است چرخه ای این مجموعه معادل است
عبارات اتم RasMol خود، فی، trp، تایر و چرخهای و نه طرفدار

ستون فقرات تنظیم
این مجموعه شامل چهار اتم از هر اسید آمینه است که پلی پپتید NC- را تشکیل می دهد.
CO ستون فقرات پروتئین ها و اتم های قند فسفات ستون فقرات نوکلئیک
اسیدها از مجموعه های از پیش تعریف شده RasMol استفاده کنید پروتئين و هسته ای برای تمایز بین
دو شکل ستون فقرات اتم های موجود در اسیدهای نوکلئیک و پروتئین ها هر دو هستند ستون فقرات
or زنجیره جانبی. این مجموعه معادل عبارت RasMol است (پروتئین or هسته ای)
و نه زنجیره جانبی.

مجموعه از پیش تعریف شده شبکه اصلی مترادف با مجموعه است ستون فقرات

اساسی تنظیم
مجموعه ای از اسیدهای آمینه اساسی. اینها انواع باقیمانده Arg، His و Lys هستند. همه
آمینو اسیدها به دو دسته تقسیم می شوند اسیدی، اساسی or خنثی. این مجموعه است
معادل عبارات اتم RasMol است ارگ، خود، سبک و آمینو و نه (اسیدی
or خنثی).

متصل شده تنظیم
این مجموعه شامل تمام اتم های موجود در پایگاه داده مولکول فعلی است که به آنها پیوند داده شده است
حداقل یک اتم دیگر

مدفون تنظیم
این مجموعه حاوی اتم های موجود در اسیدهای آمینه است که تمایل دارند (ترجیح می دهند) دفن شوند
داخل پروتئین، به دور از تماس با مولکول های حلال. این مجموعه به
ترجیح اسیدهای آمینه و نه دسترسی واقعی به حلال برای جریان
پروتئین تمام آمینو اسیدها به عنوان یکی طبقه بندی می شوند سطح or دفن شده این مجموعه است
معادل عبارت RasMol اتم است آمینو و نه سطح

CG تنظیم این مجموعه حاوی اتم های موجود در نوکلئوتیدهای مکمل سیتیدین و گوانوزین است
(به ترتیب C و G). تمام نوکلئوتیدها به عنوان یک مجموعه طبقه بندی می شوند at یا
تنظیم cg این مجموعه معادل عبارات اتم RasMol است ج، ج و هسته ای و
نه در

متهم تنظیم
این مجموعه حاوی آمینو اسیدهای باردار است. اینها آمینو اسیدهایی هستند که هستند
هر دو اسیدی or پایه ای. اسیدهای آمینه به دو دسته تقسیم می شوند متهم or
خنثی. این مجموعه معادل عبارات اتم RasMol است اسیدی or اساسی و
آمینو و نه خنثی.

چرخه ای تنظیم
مجموعه ای از اتم ها در اسیدهای آمینه حاوی یک چرخه یا حلقه ها. همه اسیدهای آمینه هستند
طبقه بندی شده به عنوان هر کدام چرخهای or غیر حلقوی این مجموعه از اسیدهای آمینه His تشکیل شده است.
Phe، Pro، Trp و Tyr. اعضای مجموعه از پیش تعریف شده معطر عضو هستند
این مجموعه تنها اسید آمینه حلقوی اما غیر معطر پرولین است. این مجموعه است
معادل عبارات اتم RasMol است خود، فی، حرفه ای، trp، تایر و معطر or
برای و آمینو و نه غیر حلقوی

کیستین تنظیم
این مجموعه حاوی اتم های باقی مانده سیستئین است که بخشی از یک دی سولفید را تشکیل می دهند
بریج یعنی نیم سیستین. RasMol به طور خودکار پل های دی سولفید را تعیین می کند، اگر
نه مجموعه از پیش تعریف شده سیستین و نه RasMol ssbonds دستور استفاده شده است
از آنجایی که مولکول بارگیری شده است. مجموعه سیستئین های آزاد ممکن است با استفاده از آن تعیین شود
عبارت اتم RasMol cys و نه سیستین

مارپیچ تنظیم
این مجموعه شامل تمام اتم هایی است که بخشی از مارپیچ آلفا پروتئین را تشکیل می دهند
توسط نویسنده فایل PDB یا الگوریتم DSSP Kabsch و Sander. به صورت پیش فرض،
RasMol از تعیین ساختار ثانویه داده شده در فایل PDB استفاده می کند
وجود دارد. در غیر این صورت، از الگوریتم DSSP همانطور که توسط RasMol استفاده می شود استفاده می کند ساختار
فرمان

این مجموعه از پیش تعریف شده را نباید با مجموعه از پیش تعریف شده اشتباه گرفت آلفا که
حاوی اتم های آلفا کربن یک پروتئین است.

هترو تنظیم
این مجموعه شامل تمام اتم های ناهمگن در مولکول است. اینها اتم ها هستند
توصیف شده توسط ورودی های HETATM در فایل PDB. اینها معمولاً حاوی آب هستند،
کوفاکتورها و سایر حلالها و لیگاندها. همه هترو اتم ها به عنوان یکی طبقه بندی می شوند
لیگاند or حلال اتم ها این ناهمگن حلال اتم ها بیشتر طبقه بندی می شوند
به عنوان هر دو آب or یونها

هیدروژن تنظیم
این مجموعه از پیش تعریف شده حاوی تمام اتم های هیدروژن، دوتریوم و تریتیوم است
مولکول فعلی این مجموعه از پیش تعریف شده معادل عبارت RasMol اتم است
elemno=1.

آبگریز تنظیم
این مجموعه حاوی تمام اسیدهای آمینه آبگریز است. اینها آمینو اسیدهای Ala هستند،
Leu، Val، Ile، Pro، Phe، Met و Trp. تمام آمینو اسیدها به عنوان یکی طبقه بندی می شوند
آبگریز or قطبی این مجموعه معادل عبارات اتم RasMol است الا،
لیو، وال، و، حرفه ای، فی، ملاقات کرد، trp و آمینو و نه قطبی

یونها تنظیم
این مجموعه شامل تمام یون های فسفات و سولفات ناهمگن در جریان است
فایل داده های مولکولی تعداد زیادی از این یون ها گاهی اوقات با
ساختار پروتئین و اسید نوکلئیک توسط کریستالوگرافی اشعه ایکس تعیین می شود. اینها
اتم ها تمایل دارند یک تصویر را به هم بریزند. همه هترو اتم ها به عنوان یکی طبقه بندی می شوند لیگاند or
حلال اتم ها همه حلال اتم ها به عنوان یکی طبقه بندی می شوند آب or یونها

بزرگ تنظیم
تمام آمینو اسیدها به عنوان یکی طبقه بندی می شوند کوچک، متوسط or بزرگ این مجموعه است
معادل عبارت RasMol اتم است آمینو و نه (کم اهمیت or متوسط).

لیگاند تنظیم
این مجموعه شامل تمام کوفاکتورهای ناهمگن و بخش های لیگاند است
موجود در فایل داده مولکول فعلی. این مجموعه به صورت همه تعریف شده است هترو
اتم هایی که نیستند حلال اتم ها بنابراین این مجموعه معادل اتم RasMol است
بیان هترو و نه حلال.

متوسط تنظیم
تمام آمینو اسیدها به عنوان یکی طبقه بندی می شوند کوچک، متوسط or بزرگ این مجموعه است
معادل عبارت RasMol اتم است آمینو و نه (بزرگ or کم اهمیت).

خنثی تنظیم
مجموعه ای از اسیدهای آمینه خنثی. تمام آمینو اسیدها به عنوان یکی طبقه بندی می شوند اسیدی،
اساسی or خنثی. این مجموعه معادل عبارت RasMol اتم است آمینو و
نه (اسیدی or پایه ای).

هسته ای تنظیم
مجموعه ای از تمام اتم های اسیدهای نوکلئیک که از چهار باز نوکلئوتیدی تشکیل شده است
آدنوزین، سیتیدین، گوانوزین و تیمیدین (به ترتیب A، C، G و T). همه
نوکلئوتیدها به دو دسته تقسیم می شوند پورین or پیریمیدین این مجموعه معادل است
به عبارات اتم RasMol a,c,g,t و پورین or پیریمیدین نمادها برای
نوکلئوتیدهای RNA (U، +U، I، 1MA، 5MC، OMC، 1MG، 2MG، M2G، 7MG، OMG، YG، H2U، 5MU،
و PSU) نیز به عنوان اعضای این مجموعه شناخته می شوند.

قطبی تنظیم
این مجموعه حاوی آمینو اسیدهای قطبی است. تمام آمینو اسیدها به عنوان یکی طبقه بندی می شوند
آبگریز or قطبی این مجموعه معادل عبارت RasMol اتم است آمینو
و نه آبگریز.

پروتئين تنظیم
مجموعه تمام اتم ها در پروتئین ها. این شامل مجموعه از پیش تعریف شده RasMol است آمینو
و اصلاحات رایج پس از ترجمه.

پورین تنظیم
مجموعه ای از نوکلئوتیدهای پورین. اینها بازهای آدنوزین و گوانوزین (A و
G به ترتیب). همه نوکلئوتیدها یا هستند پورین or پیریمیدین ها این مجموعه است
معادل عبارات اتم RasMol است a,g و هسته ای و نه پیریمیدین

پیریمیدین تنظیم
مجموعه ای از نوکلئوتیدهای پیریمیدین. اینها بازهای سیتیدین و تیمیدین (C
و T به ترتیب). همه نوکلئوتیدها یا هستند پورین or پیریمیدین ها این مجموعه
معادل عبارات اتم RasMol است c,t و هسته ای و نه پورین

منتخب تنظیم
این مجموعه شامل مجموعه ای از اتم ها در منطقه انتخاب شده فعلی است. در حال حاضر
منطقه انتخاب شده با قسمت قبلی تعریف می شود را انتخاب کنید or محدود کردن فرمان و نه
عبارت اتمی حاوی انتخاب شد کلمه کلیدی.

ورق تنظیم
این مجموعه شامل تمام اتم هایی است که بخشی از یک صفحه پروتئین بتا را تشکیل می دهند که توسط
یا نویسنده فایل PDB یا الگوریتم DSSP Kabsch و Sander. به صورت پیش فرض،
RasMol از تعیین ساختار ثانویه داده شده در فایل PDB استفاده می کند
وجود دارد. در غیر این صورت، از الگوریتم DSSP همانطور که توسط RasMol استفاده می شود استفاده می کند ساختار
فرمان

زنجیره جانبی تنظیم
این مجموعه شامل زنجیره های جانبی عملکردی هر اسید آمینه و پایه هر کدام است
نوکلئوتید اینها اتمهایی هستند که بخشی از ستون فقرات پلی پپتیدی NCCO نیستند
پروتئین ها یا ستون فقرات قند فسفات اسیدهای نوکلئیک. از RasMol استفاده کنید
مجموعه های از پیش تعریف شده پروتئين و هسته ای برای تمایز بین دو شکل از
زنجیره جانبی. اتم های موجود در اسیدهای نوکلئیک و پروتئین ها هر دو هستند ستون فقرات or زنجیره جانبی.
این مجموعه معادل عبارت RasMol است (پروتئین or هسته ای) و نه
ستون فقرات

کوچک تنظیم
تمام آمینو اسیدها به عنوان یکی طبقه بندی می شوند کوچک، متوسط or بزرگ این مجموعه است
معادل عبارت RasMol اتم است آمینو و نه (متوسط or بزرگ).

حلال تنظیم
این مجموعه شامل اتم های حلال در فایل مختصات مولکول می باشد. اینها هستند
مولکول های ناهمگن آب، یون های فسفات و سولفات. همه هترو اتم ها هستند
طبقه بندی شده به عنوان هر کدام لیگاند or حلال اتم ها همه حلال اتم ها به عنوان طبقه بندی می شوند
هر دو آب or یونها این مجموعه معادل عبارات اتم RasMol است هترو
و نه لیگاند و آب or یونها

سطح تنظیم
این مجموعه حاوی اتم هایی در آن اسیدهای آمینه است که تمایل دارند (ترجیح می دهند) روی آن باشند
سطح پروتئین ها در تماس با مولکول های حلال. این مجموعه به
ترجیح اسیدهای آمینه و نه دسترسی واقعی به حلال برای جریان
پروتئین تمام آمینو اسیدها به عنوان یکی طبقه بندی می شوند سطح or دفن شده این مجموعه است
معادل عبارت RasMol اتم است آمینو و نه دفن شده

نوبت تنظیم
این مجموعه شامل تمام اتم هایی است که بخشی از یک پروتئین را تشکیل می دهند که توسط آن تعیین می شود
یا نویسنده فایل PDB یا الگوریتم DSSP Kabsch و Sander. به صورت پیش فرض،
RasMol از تعیین ساختار ثانویه داده شده در فایل PDB استفاده می کند
وجود دارد. در غیر این صورت، از الگوریتم DSSP همانطور که توسط RasMol استفاده می شود استفاده می کند ساختار
فرمان

آب تنظیم
این مجموعه شامل تمام مولکول های آب ناهمگن در پایگاه داده فعلی است. آ
تعداد زیادی از مولکول های آب گاهی با پروتئین و نوکلئیک مرتبط هستند
ساختارهای اسیدی توسط کریستالوگرافی اشعه ایکس تعیین می شود. این اتم‌ها تمایل به در هم ریختگی دارند
تصویر همه هترو اتم ها به عنوان یکی طبقه بندی می شوند لیگاند or حلال اتم ها در
حلال اتم ها بیشتر به عنوان یکی از آنها طبقه بندی می شوند آب or یونها

تنظیم خلاصه
جدول زیر طبقه بندی RasMol از اسیدهای آمینه رایج را خلاصه می کند.

رنگی طرح ها

RasMol رنگ دستور به اشیاء مختلف (مانند اتم ها، پیوندها و روبان) اجازه می دهد
بخش ها) یک رنگ مشخص به آنها داده شود. به طور معمول این رنگ یا RasMol است
نام رنگ از پیش تعریف شده یا سه گانه RGB. علاوه بر این RasMol نیز پشتیبانی می کند alt ، آمینو،
زنجیر، شارژ، cpk، گروهی مدل، خوش فرم، ساختار، درجه حرارت or کاربر طرح های رنگی
برای اتم ها و hbond نوع طرح رنگ برای پیوندهای هیدروژنی و الکترواستاتیک پتانسیل
طرح رنگ برای سطوح نقطه ای 24 نام رنگ از پیش تعریف شده در حال حاضر مشکی، آبی،
رنگ آبی، قهوه ای، فیروزه ای، طلایی، خاکستری، سبز، سبز آبی، سبزرنگ، صورتی تند، سرخابی، نارنجی،
صورتی، صورتی، بنفش، قرمز، قرمز نارنجی، سبز دریایی، آبی آسمانی، بنفش، سفید، زرد و
رنگ زرد

اگر اغلب می خواهید از رنگی استفاده کنید که از پیش تعریف نشده است، می توانید یک اسکریپت یک خطی بنویسید.
به عنوان مثال، اگر فایل را بسازید خاکستری رنگ حاوی خط، رنگ [180,180,180]
#خاکستری، سپس فرمان خط خاکستری رنگ مجموعه اتم انتخابی فعلی را خاکستری رنگ می کند.

دگرساز رنگ ها
RasMol ALT طرح رنگ (Alternate Conformer) ساختار پایه را با کد کد می کند
یک رنگ است و تعداد محدودی از رنگ ها را برای هر conformer جایگزین اعمال می کند. که در
یک RasMol ساخته شده برای سیستم های رنگی 8 بیتی، 4 رنگ برای جایگزین مجاز است
هماهنگ کننده ها در غیر این صورت 8 رنگ موجود است.

آمینو رنگ ها
RasMol آمینو طرح رنگ آمینو اسیدها را مطابق با آمینوهای سنتی رنگ می کند
خواص اسیدی هدف از رنگ آمیزی شناسایی اسیدهای آمینه در یک غیر معمول است
یا محیط غافلگیر کننده قسمت های خارجی یک پروتئین که قطبی هستند قابل مشاهده هستند
رنگ های (روشن) و باقی مانده های غیر قطبی تیره تر است. بیشتر رنگ ها توسط آنها مقدس هستند
سنت این طرح رنگی شبیه به خوش فرم طرح.

زنجیر رنگ ها
RasMol زنجیر طرح رنگی به هر زنجیره ماکرومولکولی یک رنگ منحصر به فرد اختصاص می دهد.
این طرح رنگ به ویژه برای تشخیص قسمت های آن مفید است
ساختار چندمری یا «رشته‌های» منفرد یک زنجیره DNA. زنجیر می تواند
از RasMol انتخاب شده است رنگ ها منو.

اتهام رنگ ها
RasMol بار طرح رنگ هر اتم را با توجه به شارژ کد رنگ می کند
مقدار ذخیره شده در فایل ورودی (یا قسمت فاکتور بتا فایل های PDB). ارزش های بالا هستند
رنگ آبی (مثبت) و مقادیر کمتر به رنگ قرمز (منفی). نسبتا
از استفاده از یک مقیاس ثابت، این طرح حداکثر و حداقل مقادیر را تعیین می کند
میدان شارژ/دما و به طور مناسب از قرمز به آبی درون یابی می کند. از این رو،
رنگ سبز را نمی توان به عنوان هزینه «بدون هزینه خالص» فرض کرد.

تفاوت بین بار و درجه حرارت طرح های رنگی است که در حال افزایش است
مقادیر دما از آبی به قرمز تغییر می کند، در حالی که مقادیر شارژ افزایش می یابد
از قرمز به آبی

اگر فیلد شارژ/دما مقادیر معقولی را ذخیره می کند، می توان از آن استفاده کرد
راسمول رنگ نقطه پتانسیل دستور برای کد رنگی یک سطح نقطه (تولید شده توسط
نقطه فرمان) توسط پتانسیل الکترواستاتیک.

CPK رنگ ها
RasMol cpk طرح رنگ بر اساس رنگ پلاستیک محبوب است
مدل‌های پرکننده فضا که توسط کوری، پاولینگ توسعه داده شد و بعداً توسط آن بهبود یافت
کلتون. این طرح رنگی اجسام "اتم" را بر اساس نوع اتم (عنصر) رنگ می کند. این
طرحی است که معمولاً توسط شیمیدانان استفاده می شود. انتساب از رایج ترین
انواع عناصر مورد استفاده برای رنگ ها در زیر آورده شده است.

گروه رنگ ها
RasMol گروه طرح رنگ کدهای رنگ باقیمانده را بر اساس موقعیت آنها در a
زنجیره ماکرومولکولی هر زنجیره به صورت یک طیف صاف از آبی کشیده شده است
سبز، زرد و نارنجی تا قرمز. از این رو انتهای N پروتئین ها و انتهای 5'
اسیدهای نوکلئیک قرمز رنگ می شوند و انتهای C پروتئین ها و انتهای 3'
اسیدهای نوکلئیک به رنگ آبی کشیده می شوند. اگر یک زنجیره دارای تعداد زیادی ناهمگن باشد
مولکول های مرتبط با آن، ماکرومولکول ممکن است به طور کامل کشیده نشود
"محدوده" طیف گروه را می توان از RasMol انتخاب کرد رنگ ها منو.

اگر یک زنجیره دارای تعداد زیادی مولکول ناهمگن مرتبط با آن باشد،
ماکرومولکول ممکن است در طیف کامل طیف کشیده نشود. هنگامی که RasMol
رنگ‌آمیزی گروهی را انجام می‌دهد و محدوده رنگ‌هایی را که استفاده می‌کند از باقیمانده تعیین می‌کند
شماره گذاری داده شده در فایل PDB بنابراین کمترین تعداد باقی مانده در نمایش داده می شود
آبی و بالاترین عدد باقیمانده به صورت قرمز نمایش داده می شود. متاسفانه، اگر یک PDB
فایل حاوی تعداد زیادی هترواتم، مانند مولکول های آب، است که اشغال می کنند
اعداد باقیمانده بالا، پروتئین در انتهای سبز آبی نشان داده می شود
طیف و آب در انتهای زرد قرمز طیف. این تشدید شده است
به این دلیل که معمولاً مولکول های آب بسیار بیشتر از باقی مانده اسیدهای آمینه وجود دارد. در
راه حل این مشکل استفاده از دستور است تنظیم هترو خاموش قبل از استفاده از
طرح رنگ گروهی این را نیز می توان با جابجایی به دست آورد هترو اتم ها در
گزینه منو قبل از انتخاب گروه در رنگ منو. این دستور دستور می دهد
RasMol فقط از باقیمانده های غیر هترو در مقیاس بندی رنگ گروهی استفاده می کند.

NMR مدل رنگ ها
RasMol مدل طرح رنگ هر مدل NMR را با یک رنگ مشخص کد می کند. در
شماره مدل NMR به عنوان یک مقدار عددی در نظر گرفته می شود. مقادیر بالا به رنگ آبی و
مقادیر کمتر با رنگ قرمز این طرح به جای استفاده از یک مقیاس ثابت تعیین می کند
حداکثر مقدار شماره مدل NMR و از قرمز به آبی درونیابی می شود
به درستی

شفاف رنگ ها
RasMol خوش فرم طرح رنگ با خاصیت اسید آمینه، باقیمانده ها را کد رنگ می کند. این
این طرح بر اساس "مدل های خوش فرم" باب فلتریک است. هر اسید آمینه و نوکلئیک
به باقی مانده اسید یک رنگ منحصر به فرد داده می شود. در خوش فرم طرح رنگ توسط دیوید استفاده شده است
برنامه Raster3D بیکن. این طرح رنگی شبیه به آمینو طرح رنگ

ساختار رنگ ها
RasMol ساختار طرح رنگ مولکول را با پروتئین ثانویه رنگ می کند
ساختار مارپیچ های آلفا سرخابی رنگی هستند، [240,0,128،XNUMX،XNUMX]، ورق های بتا هستند
رنگ زرد، [255,255,0،96,128,255،XNUMX]، نوبت ها به رنگ آبی کمرنگ، [XNUMX،XNUMX،XNUMX] و همه
باقی مانده های دیگر به رنگ سفید هستند. ساختار ثانویه یا از روی خوانده می شود
فایل PDB (سوابق HELIX، SHEET و TURN)، در صورت موجود بودن، یا با استفاده از Kabsch تعیین شده است
و الگوریتم DSSP ساندر. RasMol ساختار فرمان ممکن است برای زور استفاده شود
تخصیص ساختار DSSP مورد استفاده قرار گیرد.

درجه حرارت رنگ ها
RasMol درجه حرارت طرح رنگ هر اتم را با توجه به کد رنگ کد می کند
مقدار دمای ناهمسانگرد (بتا) ذخیره شده در فایل PDB. به طور معمول این می دهد
اندازه گیری تحرک/عدم قطعیت موقعیت یک اتم معین. ارزش های بالا هستند
در رنگ‌های گرم‌تر (قرمز) و مقادیر کمتر در رنگ‌های سردتر (آبی) رنگ می‌شوند. این
ویژگی اغلب برای مرتبط کردن یک مقدار "مقیاس" [مانند تنوع اسید آمینه استفاده می شود
در جهش یافته های ویروسی] با هر اتم در یک فایل PDB، و رنگ مولکول
به درستی

تفاوت بین درجه حرارت و بار طرح های رنگی است که در حال افزایش است
مقادیر دما از آبی به قرمز تغییر می کند، در حالی که مقادیر شارژ افزایش می یابد
از قرمز به آبی

کاربر رنگ ها
RasMol کاربر طرح رنگ به RasMol اجازه می دهد تا از طرح رنگ ذخیره شده در استفاده کند
فایل PDB. رنگ های هر اتم در رکوردهای COLO قرار داده شده در PDB ذخیره می شوند
فایل اطلاعات. این کنوانسیون توسط برنامه Raster3D دیوید بیکن معرفی شد.

HBond نوع رنگ ها
RasMol نوع طرح رنگ فقط برای پیوندهای هیدروژنی اعمال می شود، از این رو در پیوند استفاده می شود
فرمان رنگ hbonds تایپ کنید این طرح هر پیوند هیدروژنی را بر اساس کد رنگی کد می کند
به فاصله در امتداد یک زنجیره پروتئینی بین دهنده و گیرنده پیوند هیدروژنی.
این نمایش شماتیک توسط بلهاج مصطفی و میلنر وایت معرفی شد.
این نمایش بینش خوبی از ساختار ثانویه پروتئین (hbonds
تشکیل مارپیچ های آلفا قرمز، آنهایی که ورقه های تشکیل می دهند زرد و آنهایی که به نظر می رسند
تشکیل چرخش به نظر می رسد سرخابی).

پتانسیل رنگ ها
RasMol پتانسیل طرح رنگ فقط برای سطوح نقطه اعمال می شود، از این رو در آن استفاده می شود
فرمان رنگ نقطه پتانسیل. این طرح هر کدام را که در حال حاضر نمایش داده شده اند رنگ می کند
نقطه گذاری توسط پتانسیل الکترواستاتیک در آن نقطه از فضا. این پتانسیل است
با استفاده از قانون کولن که میدان دما/بار ورودی را محاسبه می کند
پرونده به عنوان بار مرتبط با آن اتم باشد. این هم همین تعبیر است
استفاده شده توسط رنگ بار فرمان مانند بار طرح رنگ مقادیر کم هستند
آبی/سفید و مقادیر بالا قرمز هستند.

آمینو اسید کد
در جدول زیر اسامی، کدهای تک حرفی و سه حرفی هر کدام آورده شده است
از اسیدهای آمینه

booleans
یک پارامتر بولی یک مقدار حقیقت است. مقادیر بولی معتبر "true" و "false" هستند،
و مترادف آنها "روشن" و "خاموش". پارامترهای Boolean معمولا توسط RasMol استفاده می شود
برای فعال یا غیرفعال کردن یک نمایش یا گزینه.

فایل فرمها

پروتئين داده ها بانک فایل ها

اگر اسناد PDB را ندارید، می توانید خلاصه زیر را از PDB بیابید
فرمت فایل مفید بانک اطلاعات پروتئین یک پایگاه داده آرشیوی مبتنی بر رایانه است
ساختارهای ماکرومولکولی پایگاه داده در سال 1971 توسط Brookhaven National ایجاد شد
آزمایشگاه، آپتون، نیویورک، به عنوان یک مخزن مالکیت عمومی برای کریستالوگرافی حل شده
سازه های. بانک از یک قالب یکنواخت برای ذخیره مختصات اتمی و پیوند جزئی استفاده می کند
اتصالات برگرفته از مطالعات کریستالوگرافی در سال 1999 بانک اطلاعات پروتئین
به شرکت تحقیقاتی زیست شناسی ساختاری منتقل شد.

ورودی های فایل PDB شامل رکوردهایی با 80 کاراکتر است. با استفاده از قیاس کارت پانچ،
ستون های 1 تا 6 حاوی یک شناسه نوع رکورد هستند، ستون های 7 تا 70 حاوی داده ها هستند. که در
ورودی های قدیمی تر، ستون های 71 تا 80 معمولاً خالی هستند، اما ممکن است حاوی اطلاعات توالی باشند.
توسط برنامه های مدیریت کتابخانه اضافه شده است. در ورودی های جدید مطابق با قالب PDB 1996،
اطلاعات دیگری در آن ستون ها وجود دارد. چهار شخصیت اول رکورد
شناسه برای شناسایی نوع رکورد به طور منحصر به فرد و نحو هر کدام کافی است
رکورد مستقل از ترتیب رکوردها در هر ورودی برای یک خاص است
ماکرومولکول

تنها انواع رکوردهایی که مورد توجه برنامه RasMol هستند ATOM و
رکوردهای HETATM که موقعیت هر اتم را توصیف می کند. سوابق ATOM/HETATM شامل
نام‌های استاندارد اتم و اختصارات باقیمانده، همراه با شناسه‌های توالی،
مختصات در واحدهای آنگستروم، اشغال و عوامل حرکت حرارتی. جزئیات دقیق
در زیر به عنوان یک بیانیه فرمت FORTRAN آورده شده است. ستون "fmt" استفاده از
فیلد در تمام قالب‌های PDB، در قالب‌های 1992 و قبل از آن یا در سال 1996 به بعد
فرمت.

باقیمانده ها به ترتیب از باقی مانده N ترمینال برای پروتئین ها و 5'-پایانه شروع می شوند.
برای اسیدهای نوکلئیک اگر دنباله باقیمانده شناخته شده باشد، ممکن است شماره سریال اتمی خاصی باشد
برای اجازه دادن به درج هر اتم گمشده در آینده حذف شده است. در داخل هر باقیمانده، اتم ها هستند
به روشی استاندارد سفارش داده شده است، که با ستون فقرات شروع می شود (NCCO برای پروتئین ها) و
ادامه در افزایش دوری از کربن آلفا، در امتداد زنجیره جانبی.

رکوردهای HETATM برای تعریف اصلاحات و عوامل کوفاکتور پس از ترجمه استفاده می شود
مرتبط با مولکول اصلی رکوردهای TER به عنوان شکست در اصلی تفسیر می شوند
ستون فقرات مولکول

در صورت وجود، RasMol همچنین HEADER، COMPND، HELIX، SHEET، TURN، CONECT، CRYST1 را بررسی می کند.
رکوردهای SCALE، MODEL، ENDMDL، EXPDTA و END. اطلاعاتی مانند نام، کد پایگاه داده،
تاریخ تجدید نظر و طبقه بندی مولکول از HEADER و COMPND استخراج شده است
رکوردها، تخصیص ساختار ثانویه اولیه از HELIX، SHEET و TURN گرفته شده است
رکوردها، و انتهای فایل ممکن است با یک رکورد END نشان داده شود.

راسمول تفسیر of PDB زمینه
اتم هایی که در 9999.000، 9999.000، 9999.000 قرار دارند، شبه Insight فرض می شوند.
اتم ها و توسط RasMol نادیده گرفته می شوند. نام اتم هایی که با 'Q' شروع می شوند نیز فرض می شوند
شبه اتم ها یا نشانگرهای موقعیت.

هنگامی که یک فایل داده حاوی ساختار NMR باشد، ممکن است چندین ترکیب در آن قرار گیرد
یک فایل PDB که توسط جفت رکوردهای MODEL و ENDMDL محدود شده است. RasMol نمایش می دهد
تمام مدل های NMR موجود در فایل.

اسامی باقیمانده "CSH"، "CYH" و "CSM" نام مستعار سیستئین "CYS" در نظر گرفته می شوند.
اسامی باقیمانده "WAT"، "H20"، "SOL" و "TIP" نام مستعار آب محسوب می شوند.
"هو". نام باقی مانده "D20" آب سنگین "DOD" است. نام باقی مانده "SUL"
یک یون سولفات "SO4" در نظر گرفته می شود. نام باقی مانده "CPR" به عنوان cis- در نظر گرفته می شود.
proline و به عنوان "PRO" ترجمه شده است. نام باقی مانده "TRY" در نظر گرفته می شود
نام مستعار تریپتوفان "TRP".

RasMol از فیلدهای HETATM برای تعریف مجموعه های هترو، آب، حلال و لیگاند استفاده می کند.
هر گروهی با نام‌های «HOH»، «DOD»، «SO4» یا «PO4» (یا نام مستعار یکی از این‌ها
اسامی طبق قوانین قبلی) حلال محسوب می شود و در نظر گرفته می شود
توسط یک فیلد HETATM تعریف شده است.

RasMol فقط به سوابق اتصال CONECT در فایل های PDB که حاوی کمتر از آن هستند احترام می گذارد
256 اتم این در قسمت تعیین مولکول با جزئیات بیشتر توضیح داده شده است
اتصال سوابق CONECT که یک اوراق قرضه را بیش از یک بار تعریف می کنند به عنوان تفسیر می شوند
تعیین ترتیب اوراق قرضه آن اوراق، یعنی باندی که دو بار مشخص شود دو برابر است
اوراق قرضه و اوراق قرضه مشخص شده سه (یا بیشتر) بار یک باند سه گانه است. این یک نیست
ویژگی استاندارد PDB

PDB رنگ طرح مشخصات
RasMol همچنین نوع رکورد COLO تکمیلی را در فایل‌های PDB می‌پذیرد. این
فرمت رکورد توسط برنامه Raster3D دیوید بیکن برای مشخص کردن آن معرفی شد
طرح رنگی که باید هنگام رندر کردن مولکول استفاده شود. این پسوند نیست
در حال حاضر توسط PDB پشتیبانی می شود. رکورد COLO همان نوع رکورد اصلی را دارد
رکوردهای ATOM و HETATM که در بالا توضیح داده شد.

رنگ ها با استفاده از فرآیند تطبیق به اتم ها اختصاص داده می شوند. از فیلد Mask استفاده می شود
روند تطبیق به شرح زیر است. اولین RasMol می خواند و تمام ATOM را به خاطر می آورد،
HETATM و COLO به ترتیب ورودی ضبط می کنند. هنگامی که رنگ ("کاربر") تعریف شده توسط کاربر
طرح انتخاب شده است، RasMol به نوبه خود از هر رکورد ATOM/HETATM به خاطر سپرده شده عبور می کند،
و یک رکورد COLO را جستجو می کند که در تمام ستون های 7 تا 30 مطابقت داشته باشد
اولین رکورد COLO که پیدا می شود رنگ و شعاع اتم را تعیین می کند.

توجه داشته باشید که مولفه های قرمز، سبز و آبی در همان موقعیت های X، Y هستند،
و اجزای Z یک رکورد ATOM یا HETA، و شعاع واندروالس وارد می شود
محل اشغال اجزای قرمز، سبز و آبی همگی باید در قسمت باشند
محدوده 0 تا 1

برای اینکه یک رکورد COLO بتواند مشخصات رنگ و شعاع بیشتری را ارائه دهد
بیش از یک اتم (به عنوان مثال بر اساس باقیمانده، نوع اتم، یا هر معیار دیگری که برای آن
برچسب‌ها را می‌توان جایی در ستون‌های 7 تا 30 نشان داد، یک نویسه «مراقب نباش»،
از علامت هش "#" (عدد یا علامت تیز) استفاده می شود. این شخصیت وقتی در الف یافت می شود
رکورد COLO، با هر کاراکتری در ستون مربوطه در یک ATOM/HETATM مطابقت دارد
رکورد. همه کاراکترهای دیگر باید به طور یکسان مطابقت داشته باشند تا به عنوان یک تطابق محاسبه شوند. به عنوان یک
پسوند مشخصات، هر اتمی که نتواند با رکورد COLO مطابقت داشته باشد، است
به رنگ سفید نمایش داده می شود.

چندین NMR مدل
RasMol همه مدل‌های NMR را از یک فایل PDB بارگیری می‌کند، مهم نیست از کدام دستور استفاده می‌شود:
بار پی دی بی or بار nmrpdb

هنگامی که چندین ترکیب NMR بارگذاری شدند، ممکن است با آن دستکاری شوند
پسوندهای عبارت اتمی شرح داده شده در بدوی اصطلاحات. به طور خاص،
فرمان محدود کردن * / 1 نمایشگر را فقط به مدل اول محدود می کند.

CIF و mmCIF قالب فایل ها
CIF استاندارد IUCr برای نمایش مولکول های کوچک است و mmCIF در نظر گرفته شده است
به عنوان جایگزینی برای فرمت PDB میدان ثابت برای ارائه
ساختارهای ماکرومولکولی RasMol می تواند مجموعه داده ها را در هر قالب بپذیرد.

سایت های مفید زیادی در شبکه جهانی وب وجود دارد که ابزارهای اطلاعاتی و
نرم افزار مربوط به CIF، mmCIF و PDB را می توان یافت. موارد زیر خوب است
نقاط شروع اکتشاف:

اتحادیه بین المللی کریستالوگرافی (IUCr) دسترسی به نرم افزار را فراهم می کند،
فرهنگ لغت، بیانیه های خط مشی و اسناد مربوط به CIF و mmCIF در:
IUCr، چستر، انگلستان (www.iucr.org/iucr-top/cif/) با بسیاری از سایت های آینه.

پروژه پایگاه داده نوکلئیک اسید دسترسی به ورودی ها، نرم افزار و
اسناد، با یک صفحه mmCIF که به فرهنگ لغت و mmCIF دسترسی دارد
ابزارهای نرم افزاری در دانشگاه راتگرز، نیوجرسی، ایالات متحده آمریکا
(http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif) با بسیاری از سایت های آینه.

این نسخه از RasMol مقادیر تگ CIF یا mmCIF را اساساً به یکسان محدود می کند
قراردادهایی که برای فرمت PDB میدان ثابت استفاده می شود. بنابراین شناسه های زنجیره ای و
شناسه‌های ترکیب جایگزین به یک کاراکتر، نام اتم محدود می‌شوند
به 4 کاراکتر و غیره محدود می شوند. RasMol CIF و mmCIF زیر را تفسیر می کند
برچسب ها: جستجو از طریق بلوک های داده های متعدد برای برچسب های مورد نظر انجام می شود، بنابراین الف
مجموعه داده های منفرد ممکن است از بلوک های داده های متعدد، اما مجموعه های داده های متعدد تشکیل شده باشد
ممکن است در یک فایل انباشته نشود.

مخصوص ماشین پشتیبانی

در بخش های بعدی، پشتیبانی از تک رنگ ایکس ویندوز، Tcl/Tk IPC، UNIX پریز برق
مستقر IPC، تدوین RasWin با بورلند و متروورکس توصیف می شوند

تک رنگ ایکس ویندوز پشتیبــانی
RasMol از بسیاری از ایستگاه های کاری تک رنگ یونیکس که معمولاً در دانشگاه ها یافت می شوند، پشتیبانی می کند.
مانند ایستگاه های کاری SUN پایین و پایانه های NCD X. نسخه X11 RasMol
(هنگامی که در حالت 8 بیتی کامپایل شود) اکنون نمایشگرهای سیاه و سفید X-Windows و
دیترینگ را به صورت خودکار فعال می کند. استفاده از دیترینگ انتشار خطا در زمان اجرا
به این معنی است که تمام حالت های نمایش RasMol در حالت تک رنگ در دسترس هستند. برای
بهترین نتایج، کاربران باید با دستور set ambient آزمایش کنند تا مطمئن شوند
حداکثر کنتراست در تصاویر حاصل

Tcl/Tk IPC پشتیبانی
نسخه 4 کتابخانه گرافیکی Tk پروتکل مورد استفاده برای برقراری ارتباط را تغییر داد
برنامه های کاربردی Tk. RasMol نسخه 2.6 طوری اصلاح شد که بتواند ارتباط برقرار کند
با این پروتکل جدید و پروتکل نسخه 3 قبلی که توسط RasMol پشتیبانی می شود
نسخه 2.5. اگرچه برنامه های Tcl/Tk 3.x ممکن است فقط با سایر 3.x ارتباط برقرار کنند
برنامه های کاربردی و Tcl/Tk 4.x برنامه های کاربردی با دیگر برنامه های 4.x، این تغییرات
به RasMol اجازه می دهد تا بین فرآیندها با هر دو پروتکل ارتباط برقرار کند (به طور بالقوه
همزمان).

UNIX پریز برق مستقر IPC
پیاده سازی UNIX RasMol از ارتباطات سوکت به سبک BSD پشتیبانی می کند. یک
مکانیزم سوکت یکسان نیز برای VMS، Apple Macintosh و
سیستم های ویندوز مایکروسافت این باید به RasMol اجازه دهد تا به صورت تعاملی نمایش داده شود
نتایج یک محاسبات روی یک میزبان راه دور پروتکل فعلی به عنوان یک TCP/IP عمل می کند
سرور در پورت 21069 که خطوط فرمان را تا هر کدام از دستورات اجرا می کند خروج or
فرمان ترک تایپ شده است. خروج فرمان از سرور RasMol، فرمان
ترک هم جلسه جاری را قطع می کند و هم RasMol را خاتمه می دهد. این قابلیت
ممکن است با استفاده از دستور یونیکس آزمایش شود شبکه راه دور 21069.

تدوین RasWin با بورلند و متروورکس
تعدادی از تغییرات در کد منبع در انتقال از نسخه 2.5 ایجاد شد
به 2.6 اجازه دهید نسخه مایکروسافت ویندوز RasMol با استفاده از
کامپایلر Borland C/C++. این اصلاحات شامل تغییرات نام برای کتابخانه استاندارد است
و کد ویژه برای جلوگیری از اشکال در _fmemset. تغییرات اضافی در آن ایجاد شد
انتقال از 2.6 به 2.7 تا امکان کامپایل با کامپایلرهای MetroWerks فراهم شود.

کتابشناسی

مولکولی گرافیک

[1] نلسون مکس، "بازنمایی کامپیوتری سطوح مولکولی"، گرافیک کامپیوتری IEEE
and Applications, pp.21-29, August 1983.

[2] آرتور ام. لسک، "معماری پروتئین: رویکردی عملی"، ناشران مطبوعات IRL،
1991.

مولکولی گرافیک برنامه ها

[3] Per J. Kraulis، "MOLSCRIPT: برنامه ای برای تولید طرح های دقیق و شماتیک از
ساختارهای پروتئینی»، مجله کریستالوگرافی کاربردی، ش24، ص 946-950، 1991.

[4] دیوید بیکن و وین اف اندرسون، "الگوریتم سریع برای رندر پر کردن فضا"
تصاویر مولکولی»، مجله گرافیک مولکولی، سال 6، شماره 4، صص 219-220، آذر 1988.

[5] دیوید سی ریچاردسون و جین اس. ریچاردسون، "کینمایج: ابزاری برای علمی
ارتباطات»، علم پروتئین، ش 1، شماره 1، ص 3-9، دی 1992.

[6] مایک کارسون، "RIBBONS 2.0"، Journal of Applied Crystallography, Vol.24, pp.958-961,
1991.

[7] Conrad C. Huang، Eric F. Pettersen، Teri E. Klein، Thomas E. Ferrin و Robert
Langridge، "Conic: A Fast Renderer for Space-filling Molecules with Shadows" Journal of
گرافیک مولکولی، جلد 9، شماره 4، صص 230-236، دسامبر 1991.

مولکولی زیست شناسی الگوریتم

[8] ولفگانگ کابش و کریستین ساندر، "فرهنگ ساختار ثانویه پروتئین:
تشخیص الگوی ویژگی‌های پیوند هیدروژنی و هندسی»، بیوپلیمرها، جلد 22،
pp.2577-2637, 1983.

[9] Michael L. Connolly، "سطوح قابل دسترسی با حلال از پروتئین ها و اسیدهای نوکلئیک"،
علم، ج221، شماره 4612، ص709-713، مرداد 1983.

[10] خالد بلهاج مصطفی، ران پوت و ای. جیمز میلنر وایت، "نمایش بین اصلی
الگوهای پیوند هیدروژنی زنجیره ای در پروتئین ها، مجله گرافیک مولکولی، جلد 9، شماره 3،
pp.194-197، سپتامبر 1991.

[11] Mike Carson، "Ribbon Models of Macromolecules"، Journal of Molecular Graphics, Vol.5,
شماره 2، صص 103-106، خرداد 1987.

[12] مایک کارسون و چارلز ای باگ، "الگوریتم برای مدل های روبانی پروتئین ها"، مجله
گرافیک مولکولی، جلد 4، شماره 2، صص 121-122، ژوئن 1986.

[13] H. Iijima، JB Dunbar Jr. و G. Marshall، "Calibration of Effective Van der Waals
شعاع تماس اتمی برای پروتئین ها و پپتیدها، پروتئین ها: ساختار، عملکردها و
ژنتیک، جلد 2، ص 330-339,1987، XNUMX.

گرافیک الگوریتم

[14] J. Foley، A. Van Dam، S. Feiner و J. Hughes، "گرافیک کامپیوتری: اصول و
تمرین»، ویرایش دوم، انتشارات ادیسون وسلی، 2.

[15] J. Cleary و G. Wyvill، "تحلیل یک الگوریتم برای ردیابی پرتو سریع با استفاده از یکنواخت
Space Subdivision، The Visual Computer, Vol.4, pp.65-83, 1988.

[16] توماس پورتر، "Spherical Shading"، Computer Graphics جلد 12، ACM SIGGRAPH،
pp.282-285, 1978.

[17] ژان میشل سنس، "محاسبه دید دقیق برای مدل های مولکولی پرکننده فضا"،
مجله گرافیک مولکولی، سال 9، شماره 3، صص 191-193، شهریور 1991.

[18] Chris Schafmeister، "الگوریتم سریع برای تولید تصاویر CPK در گرافیک
ایستگاه های کاری»، مجله گرافیک مولکولی، سال 8، شماره 4، ص 201-206، آذر 1990.

[19] بروس ای جانسون، "MSURF: برنامه ای سریع و کلی برای نمایندگی
سطوح مولکولی»، مجله گرافیک مولکولی، سال 5، شماره 3، صص 167-169، شهریور.
1987.

پرونده فرمت

[20] فرانسیس سی. برنشتاین و همکاران، "بانک داده های پروتئین: فایل آرشیوی مبتنی بر کامپیوتر"
for Macromolecular Structures»، مجله زیست شناسی مولکولی، جلد 112، صص 535-542، 1977.

[21] آرتور دالبی، جیمز جی. نورس، دبلیو داگلاس هونشل، آن کی‌ای گوشورست، دیوید ال.
گریر، برتون آ. لیلند و جان لافر، "توضیح چندین فرمت فایل شیمیایی
استفاده شده توسط برنامه های کامپیوتری توسعه یافته در Molecular Design Limited، Journal of Chemical
اطلاعات و علوم کامپیوتر، سال 32، شماره 3، صص 244-255، 1992.

[22] Adobe Systems Inc.، "PostScript Language Reference Manual"، Addison-Wesley
Publishers, Reading, Mass., 1985.

[23] فیلیپ ای. بورن و همکاران، "پرونده اطلاعات کریستالوگرافی ماکرومولکولی
(mmCIF)"، Meth. Enzymol. (1997) 277، 571-590.

[24] سیدنی آر هال، "فایل STAR: فرمت جدیدی برای انتقال الکترونیکی داده ها و
آرشیو»، مجله اطلاعات شیمی و علوم کامپیوتر، ش 31، 326-333، 1991.

با استفاده از خدمات onworks.net از rasmol-gtk به صورت آنلاین استفاده کنید