این فرمان samFilter است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
samFilter - ترازهای توالی نوکلئوتیدی را در فایل های SAM فیلتر می کند
خلاصه
samFilter file.sam مرجع.fasta بیرون سام [گزینه های]
OPTIONS
file.sam
فایل SAM را وارد کنید.
مرجع.fasta
مرجع مورد استفاده برای تولید خواندن.
بیرون سام
خروجی فایل SAM
-minAlnLength ارزش
(50) ترازها را فقط در صورتی گزارش کنید که طول آنها بیشتر از آن باشد ارزش.
-minAlignLength ارزش
نام مستعار از -minAlnLength
-minLength ارزش
نام مستعار از -minAlnLength
-minPctSimilarity ارزش
(70) ترازها را فقط در صورتی گزارش کنید که درصد تشابه آنها بیشتر از آن باشد ارزش .
-minPctIdentity ارزش
نام مستعار از -minPctSimilarity
-minPctAccuracy ارزش
(70) ترازها را فقط در صورتی گزارش کنید که درصد دقت آنها بیشتر از ارزش.
-minCaccuracy ارزش
نام مستعار از -minPctAccuracy
-hitPolicy ارزش
(بهترین تصادفی) یک خط مشی برای درمان چندین بازدید از [همه، همه بهترین، تصادفی،
تصادفی ترین، سمت چپ ترین]
تمام گزارش همه ترازها
همه بهترین
همه ترازهای امتیازدهی یکسان را گزارش کنید.
تصادفی یک تراز تصادفی را گزارش کنید
تصادفی ترین
یک هم ترازی تصادفی را از چند تراز با امتیاز بالا گزارش کنید.
سمت چپ
ترازبندی را گزارش کنید که بهترین امتیاز تراز و کوچکترین را دارد
مختصات نقشه برداری در هر مرجع
-scoreSign ارزش
(-1) نمرات بالاتر یا پایین تر بهتر است.
-1 کمتر بهتر است
1 بالاتر بهتر است.
-scoreCutoff ارزش
(INF) ترازها را فقط در صورتی گزارش کنید که امتیاز آنها بدتر از آن نباشد ارزش.
-بذر ارزش
(1) دانه برای مولد اعداد تصادفی. اگر دانه 0 است، از زمان فعلی به عنوان دانه استفاده کنید.
-holeNumbers ارزش
رشته‌ای از اعداد حفره‌ای که با کاما محدود شده‌اند، تا بازدیدهای خروجی، مانند «۱،۲،۱۰-۱۲» محدوده می‌شوند.
این امر مستلزم آن است که عناوین بازدید در قالب عنوان خوانده شده SMRT باشند.
-smrtTitle
از این گزینه برای فیلتر کردن ترازهای تولید شده توسط برنامه های دیگر استفاده کنید
blasr(1)، به عنوان مثال bwa-sw یا gmap. مختصات خواندن را از عنوان خواندن SMRT تجزیه کنید. در
عنوان در قالب است /name/hole/coordinates، جایی که مختصات در قالب هستند
\d+_\d+، و بازه زمانی خوانده شده را نشان می دهد که تراز شده است.
-titleTable ارزش
از این گزینه آزمایشی هنگام فیلتر کردن ترازهای ایجاد شده توسط استفاده کنید blasr(1) با
-titleTable titleTableName، در این حالت عناوین مرجع در SAM نشان داده می شوند
با شاخص های آنها (به عنوان مثال، 0، 1، 2، ...) در جدول عنوان.
-filterAdapterOnly ارزش
از این گزینه برای حذف خواندن هایی استفاده کنید که فقط می توانند به آداپتورهای مشخص شده در GFF نگاشت شوند
فایل.
-v پرحرف باشید
NOTES
از آنجایی که SAM دارای تگ های اختیاری است که در برنامه های مختلف معانی مختلفی دارند، مراقب باشید
استفاده برای داشتن خروجی مناسب مورد نیاز است. تگ "xs" در bwa-sw برای نشان دادن استفاده می شود
امتیاز کمتر از حد مطلوب، اما در PacBio SAM (blasr(1)) به عنوان شروع در پرس و جو تعریف می شود
دنباله ای از هم ترازی چه زمانی -smrtTitle مشخص شده است، تگ xs نادیده گرفته می شود، اما چه زمانی
مشخص نشده است، مختصات داده شده توسط تگ های xs و xe برای تعریف استفاده می شود
فاصله زمانی خواندن که تراز شده است. رشته CIGAR نسبت به این فاصله است.
با استفاده از خدمات onworks.net از samFilter به صورت آنلاین استفاده کنید
