این دستور scoreAlignment است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
addUnalignedIntervals - بخشی از بسته mauveAligner
alignmentProjector - بخشی از بسته mauveAligner
backbone_global_to_local - بخشی از بسته mauveAligner
bbAnalyze - بخشی از بسته mauveAligner
createBackboneMFA - بخشی از بسته mauveAligner
getAlignmentWindows - بخشی از بسته mauveAligner
getOrthologList - بخشی از بسته mauveAligner
makeBadgerMatrix - بخشی از بسته mauveAligner
mauveToXMFA - بخشی از بسته mauveAligner
mfa2xmfa - بخشی از بسته mauveAligner
projectAndStrip - بخشی از بسته mauveAligner
randomGeneSample - بخشی از بسته mauveAligner
scoreAlignment - بخشی از بسته mauveAligner
stripGapColumns - بخشی از بسته mauveAligner
stripSubsetLCBs - بخشی از بسته mauveAligner
toGrimmFormat - بخشی از بسته mauveAligner
toMultiFastA - بخشی از بسته mauveAligner
toRawSequence - بخشی از بسته mauveAligner
uniqueMerCount - بخشی از بسته mauveAligner
uniquifyTrees - بخشی از بسته mauveAligner
xmfa2maf - بخشی از بسته mauveAligner
شرح
این ابزارها متعلق به بسته mauveAligner هستند. آنها به صراحت مستند نیستند اما
در حال چاپ یک خط خلاصه که در اینجا تکرار شده است.
addUnalignedIntervals فاصله فایل> <خروجی فاصله فایل>
تراز پروژکتور xmfa> <خروجی xmfa> <mfa SEQ ورودی> <mfa SEQ خروجی> <لیست of
دنباله ها به عبارتند از، راه افتادن at 0>
backbone_global_to_local <xmfa فایل> ستون فقرات فایل> <خروجی فایل>
bb آنالیز کنید <xmfa فایل> <راهنما درخت > ستون فقرات seqpos فایل> ستون فقرات گردنه فایل> < حاشیه نویسی شد
SEQ نمایه > <خروجی فایل>
شاخص توالی مشروح شده از 0 شروع می شود.
ایجاد BackboneMFA فاصله فایل> <خروجی MFA نام>
getAlignmentWindows <XMFA تراز> <پنجره طول> <پنجره تغییر مقدار> <پایه تولید
نام فایل>
getOrthologList getOrthologList xmfa> ستون فقرات SEQ فایل> <مرجع ژنوم> <CDS
ارتولوگ نام فایل> <CDS هم ترازی پایه نام>
makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix xmfa> <خروجی بدکار فایل> <LCB مختصات فایل>
mauveToXMFA mauveToXMFA < ارغوانی هم ترازی ورودی> <XMFA خروجی>
mfa2xmfa <MFA هم ترازی ورودی> <XMFA هم ترازی خروجی> [بدون تراز FastA خروجی]
projectAndStrip xmfa> <خروجی xmfa> ...
شناسه های دنباله عددی از 0 شروع می شوند.
randomGeneSample xmfa> ستون فقرات SEQ فایل> <نمونه ژنوم> <تعداد of ژن>
<خروجی پایه نام> [تصادفی دانه]
هم ترازی امتیاز <صحیح تراز> <محاسبه شده تراز> [تکامل یافت دنباله فایل] [Slagan]
stripGapColumns XMFA> <خروجی XMFA>
stripSubsetLCBs xmfa> bbcols> <خروجی xmfa> [دقیقه AML اندازه] [دقیقه ژنوم ها]
[به طور تصادفی نمونه فرعی به X kb]
toGrimmFormat < ارغوانی تراز> <ژنوم 1 CHR طول>... N CHR طول>
به MultiFastA فاصله فایل> <خروجی پایه نام>
toRawSequence دنباله > <خروجی فایل>
منحصر به فرد MerCount < مرتب شده است مر فهرست>
uniquiifyTrees <nexus ورودی فایل> <nexus تولید فایل>
همه درختان موجود در فایل ورودی باید دارای تعداد یکسان و تاکسون یکسان باشند
برچسب ها
xmfa2maf <xmfa ورودی> <maf خروجی>
با استفاده از خدمات onworks.net از scoreAlignment به صورت آنلاین استفاده کنید
