این دستور seqtk است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
seqtk - نمونه برداری، پیرایش، fastq2fasta، دنباله، متمم معکوس
خلاصه
seqtk
شرح
در حال حاضر، seqtk از برش بر اساس کیفیت با الگوریتم phred، تبدیل پشتیبانی می کند
fastq به fasta، توالی‌های مکمل معکوس، استخراج یا پوشاندن دنباله‌های فرعی در
مناطق داده شده در فایل لیست BED/name و موارد دیگر. این شامل یک ماژول نمونه برداری فرعی به
دقیقاً از n دنباله یا کسری از دنباله ها نمونه برداری کنید.
Seqtk از فایل های ورودی fasta و fastq پشتیبانی می کند که می توانند به صورت اختیاری gzip فشرده شوند.
دستورات
دستور: seq تبدیل مشترک FASTA/Q
کامپوننت ترکیب نوکلئوتیدی FASTA/Q را بدست آورید
نمونه توالی های زیر نمونه
بعدی دنباله های بعدی را از FASTA/Q استخراج کنید
trimfq FASTQ را با استفاده از الگوریتم Phred برش دهید
هتی هتروزیگوسیتی منطقه ای
متفا جهش نقطه ای FASTA در موقعیت های مشخص شده
mergefa
دو فایل FASTA/Q را ادغام کنید
randbase
یک پایه تصادفی از هت انتخاب کنید
قطع N دنباله برش در طول N
لیستت
موقعیت هر هت را استخراج کنید
با استفاده از خدمات onworks.net از seqtk به صورت آنلاین استفاده کنید
