این دستور seqwordse است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
seqwords - فایل های DHF را از جستجوی کلمه کلیدی UniProt تولید می کند.
خلاصه
کلمات متوالی -keyfile پرونده -spfile پرونده -outfile مجموعه
کلمات متوالی -کمک
شرح
کلمات متوالی یک برنامه خط فرمان از EMBOSS ("European Molecular Biology Open
بسته نرم افزاری"). این بخشی از گروه(های) فرمان "Protein: 3D Structure" است.
OPTIONS
ورودی بخش
-keyfile پرونده
این گزینه نام فایل کلمات کلیدی (ورودی) را مشخص می کند. این شامل لیستی از
کلمات کلیدی مخصوص تعدادی از خانواده ها و ابرخانواده های SCOP یا CATH که توسط آنها استفاده می شود
SEQWORDS برای جستجو در پایگاه داده توالی.
-spfile پرونده
این گزینه نام پایگاه داده (ورودی) دنباله را برای جستجو مشخص می کند.
تولید بخش
-outfile مجموعه
این گزینه نام فایل DHF (فایل بازدید دامنه) (خروجی) را مشخص می کند. یک دامنه
فایل بازدید شامل بازدیدهای پایگاه داده (توالی) با اطلاعات طبقه بندی دامنه،
در فرمت DHF (مانند FASTA). بازدیدها مربوط به یک خانواده SCOP یا CATH هستند (یا
گره دیگر در سلسله مراتب ساختاری) و از جستجوی یک دنباله یافت می شوند
پایگاه داده فایل های حاوی بازدیدهای بازیابی شده توسط PSIBLAST با استفاده از آن تولید می شوند
SEQSEARCH، بازدیدهای بازیابی شده توسط یک علامت پروتئین پراکنده با استفاده از SIGSCAN یا موارد مختلف
انواع HMM و مشخصات با استفاده از LIBSCAN. مقدار پیش فرض: test.hits
با استفاده از خدمات onworks.net از seqwordse آنلاین استفاده کنید
