داس - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

داسی - ابزار پیرایش تطبیقی ​​پنجره‌دار برای فایل‌های FASTQ با استفاده از کیفیت

خلاصه

بدبختی [گزینه های]

شرح

## استفاده

Sickle دارای دو حالت برای کار با خواندن های جفتی و تک پایانی است: «داس داسی» و
داس.

اجرای داسی به خودی خود این کمک را چاپ می کند:

بدبختی

اجرای داس با دستورهای "se" یا "pe" به آن کمک می کند
دستورات:

داسی se
داس پی

### Sickle Single End («داس داسی»)

"sickle se" یک فایل fastq ورودی را می گیرد و نسخه کوتاه شده آن فایل را خروجی می دهد. آن را نیز
گزینه هایی برای تغییر طول و آستانه کیفیت برای پیرایش و همچنین غیرفعال کردن دارد
5'-برش و فعال کردن کوتاه کردن دنباله ها با Ns.

#### مثال ها

sickle se -f input_file.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq
sickle se -f input_file.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq -q 33 -l 40
sickle se -f input_file.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq -x -n
داس se -t sanger -g -f input_file.fastq -o trimmed_output_file.fastq.gz

### Sickle Paired End («داس داسی»)

داس می تواند با دو نوع ورودی کار کند. اول، می تواند دو فایل جفت شده را بگیرد
به عنوان ورودی و خروجی دو فایل با پایان جفت بریده شده و همچنین یک فایل "تک". دومین
فرم با یک فایل ورودی ترکیبی منفرد از خواندن هایی که قبلاً در آن قرار داده اید شروع می شود
خوانده شده از ترتیب دهنده در این فرم، شما همچنین یک نام فایل خروجی را به عنوان ارائه می دهید
و همچنین یک فایل "تک" فایل "single" حاوی قرائت هایی است که فیلتر را در هر یک از آنها عبور داده است
جهت جلو یا معکوس، اما نه جهت دیگر. در نهایت، یک گزینه (-M) به وجود دارد
فقط یک فایل خروجی بهم پیوسته تولید کنید که در آن هر خوانده شده ای که از فیلتر عبور نکرده باشد، باشد
خروجی به عنوان یک رکورد FastQ با یک "N" (که مقدار کیفیت آن کمترین مقدار ممکن است
بر اساس نوع کیفیت)، بنابراین ماهیت زوجی داده ها حفظ می شود. شما همچنین می توانید
آستانه های طول و کیفیت برای پیرایش را تغییر دهید، همچنین 5'-trimming و غیرفعال کنید
برش دنباله ها را با Ns فعال کنید.

#### مثال ها

داس pe -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -t sanger -o
trimmed_output_file1.fastq -p trimmed_output_file2.fastq -s trimmed_singles_file.fastq

داس pe -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -t sanger -o
trimmed_output_file1.fastq -p trimmed_output_file2.fastq -s trimmed_singles_file.fastq
-q 12 -l 15

داس pe -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -t sanger -o
trimmed_output_file1.fastq -p trimmed_output_file2.fastq -s trimmed_singles_file.fastq
-n

داس pe -c combo.fastq -t sanger -m combo_trimmed.fastq -s
trimmed_singles_file.fastq -n

داس pe -t sanger -g -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -o
trimmed_output_file1.fastq.gz -p trimmed_output_file2.fastq.gz -s
trimmed_singles_file.fastq.gz

داس pe -c combo.fastq -t sanger -M combo_trimmed_all.fastq

دستور: pe paired-end sequence trimming se single-end sequence trimming

--کمک، این راهنما را نمایش داده و خارج شوید - نسخه، خروجی اطلاعات نسخه و خروج

با استفاده از خدمات onworks.net از داسی آنلاین استفاده کنید