sigma - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

sigma - هم ترازی چندگانه حریصانه ساده توالی های DNA غیر کد کننده

خلاصه

سیگما [گزینه ها] [inputfile.fasta] [inputfile2.fasta ...]

هر فایل فاستا ممکن است شامل یک دنباله یا چندین توالی باشد. تمام دنباله ها خواهد بود
با هم تراز شدند.

شرح

سیگما ("Simple greedy multiple alignment") یک برنامه هم ترازی با الگوریتم جدید است.
و طرح امتیاز دهی به طور خاص برای توالی DNA غیر کد کننده طراحی شده است. از یک استراتژی استفاده می کند
جست‌وجوی بهترین هم‌ترازی‌های محلی بدون شکاف ممکن، در هر مرحله که بهترین را انجام می‌دهد
هم ترازی احتمالی مطابق با ترازهای موجود است و اهمیت آن را به دست می آورد
تراز بر اساس طول قطعات تراز شده و یک مدل پس زمینه که ممکن است
از یک فایل کمکی DNA بین ژنی تهیه یا تخمین زده شود. با داده های واقعی، در حالی که
با اجرای موتیف PhyloGibbs نمی‌توان «صحت» را مستقیماً برای تراز تعیین کرد.
یاب روی توالی از پیش تراز شده نشان می دهد که هم ترازی های سیگما برتر هستند.

OPTIONS

-A --aligned_output
خروجی تراز و زیبا چاپ شده (مقایسه کنید با -F گزینه) (پیش فرض: فقط این). همچنین ببینید
-C.

-b --bgprobfile نام فایل
فایل کمکی (در قالب فستا) که از آن دنباله‌های پس‌زمینه خوانده می‌شود (با حذف
-B). معمولاً این فایل حاوی مقادیر زیادی از غیر کدگذاری مشابه است
توالی، که از آن احتمالات پس زمینه تک و دی نوکلئوتیدها ممکن است باشد
تخمین زده.

-B --bgseqfile نام فایل
فایل حاوی احتمالات پس زمینه قالب در زیر بیشتر توضیح داده شده است.

-C --caps_only
برای سازگاری با خروجی برخی، فقط از حروف بزرگ در ترتیب خروجی استفاده کنید
برنامه های دیگر مانند ClustalW و MLagan. به طور پیش فرض، خروجی حالت مختلط است (مانند
Dialign)، و پایه‌های حروف کوچک به‌عنوان غیرهمتراز تلقی می‌شوند.

-F --fasta_output
خروجی Multi-fasta (می توان از هر دو استفاده کرد -A و -F به هر ترتیب). همچنین ببینید -C.

-n --ncorrel عدد
همبستگی پس‌زمینه (پیش‌فرض 2=دی نوکلئوتید 1=شمارهای پایه تک سایتی، 0= 0.25 در هر
پایه).

-x, - اهمیت عدد
محدودیتی برای احتمال تطابق تصادفی تنظیم کنید (پیش‌فرض 0.002، کوچکتر=بیشتر
سختگیرانه).

-h, --کمک
این لیست از گزینه ها را نمایش می دهد.

MORE کمک

پارامتر "اهمیت" (-x) تعیین می کند که آیا ترازهای محلی پذیرفته شده است یا خیر
رد شد. پیش فرض در حال حاضر 0.002 است. آزمایش‌ها روی داده‌های مصنوعی (شرح شده در
مقاله) نشان می دهد که 0.002 حدود آستانه ای است که سیگما در آن تراز نمی شود
داده‌های غیرمرتبط با فیلوژنتیک که همبستگی دی نوکلئوتیدی متوسط ​​(مخمر مانند) دارند.

استفاده از «مدل پس‌زمینه» متناسب با توالی‌هایی که هم‌تراز می‌شوند، بسیار کاهش می‌یابد
هم‌ترازی‌های کاذب روی داده‌های مصنوعی (و امیدواریم روی داده‌های واقعی نیز وجود داشته باشد). ساده ترین راه
برای اطمینان از این است که برای تامین، از طریق -b پارامتر، یک فایل با فرمت FASTA حاوی حجم زیاد
مقادیری از داده های توالی مشابه (به عنوان مثال، اگر کسی توالی های مخمر را تراز می کند، یک فایل ارائه کنید
حاوی تمام توالی مخمرهای بین ژنی).

به جای این، اگر فرکانس های تک سایتی و دی نوکلئوتیدی از قبل شناخته شده باشند، آنها
ممکن است در یک فایل از طریق ارائه شود -B گزینه. فرمت فایل باید: یک ورودی برای هر
خط، با منونوکلئوتید یا دی نوکلئوتید (حساس به حروف کوچک) و به دنبال آن
فرکانس. (به عنوان مثال، "A 0.3"، "AT 0.16"، و غیره در خطوط متوالی.) یک فایل نمونه در
زیرشاخه "پس زمینه" توزیع منبع (در سیستم های دبیان، این فایل می تواند باشد
یافت شده در /usr/share/doc/sigma-align/Background فهرست راهنما). یک فایل مانند
"yeast.nc.3.freq" در زیر شاخه "tests" توزیع منبع MEME به خوبی کار می کند
(شمار ​​سه نوکلئوتید نادیده گرفته می شود).

منابع

لطفاً سیگما را ذکر کنید: راهول سیذارتان (2006) ترازهای چندگانه ضعیف-حفظه شده
توالی DNA غیر کد کننده BMC Bioinformatics 2006, 7:143 doi:10.1186/1471-2105-7-143
منتشر شده در 16 مارس 2006، در دسترس آنلاین در http://www.biomedcentral.com/1471-2105/7/143/

AUTHORS

راهول سیذارتان <[ایمیل محافظت شده]>
سیگما نوشت. اگر از سیگما برای تحقیق واقعی استفاده می کنید، لطفاً به نویسنده اطلاع دهید
که او می تواند شما را از رفع اشکالات یا نسخه های جدید آگاه کند.

چارلز بیچاره <[ایمیل محافظت شده]>
صفحه مدیریت را در DocBook XML برای توزیع Debian نوشت.

کپی رایت

حق چاپ © 2006-2007 راهول سیدارتان
حق چاپ © 2006-2007 چارلز پلسی

سیگما یک نرم افزار رایگان است. می توانید آن را مجدداً توزیع کنید و/یا تحت شرایط آن تغییر دهید
مجوز عمومی عمومی گنو که توسط بنیاد نرم افزار آزاد منتشر شده است.

در سیستم‌های دبیان، متن کامل مجوز عمومی عمومی گنو را می‌توانید در اینجا بیابید
/usr/share/common-licenses/GPL.

از سیگما به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید