این فهرست فرمانی است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
sindex - فهرست یک پایگاه داده توالی برای اسفچ
خلاصه
شاخص [گزینه ها] seqfile1 [seqfile2...]
شرح
شاخص یک یا چند را نمایه می کند seqfiles برای بازیابی سکانس های آینده توسط تصویر برداری یک SSI
("شاخص توالی ماهی مرکب") فایل در همان دایرکتوری با فایل های دنباله ایجاد می شود. توسط
پیش فرض این فایل نامیده می شود .ssi.
اگر بیش از یک فایل توالی در خط فرمان وجود داشته باشد، نام فایل SSI خواهد بود
از نام فایل آخرین دنباله ساخته شده است. ممکن است این چیزی نباشد که شما می خواهید. را ببینید -o
گزینه ای برای تعیین نام خود برای فایل SSI.
شاخص اگر پشتیبانی اختیاری LFS فعال شده باشد، می‌تواند فایل‌های بزرگ (بیش از ۲ گیگابایت) را فهرست‌بندی کند
در زمان کامپایل دستورالعمل‌های نصب را که با @PACKAGE@ ارائه شده است، ببینید.
OPTIONS
-h چاپ راهنمای مختصر. شامل شماره نسخه و خلاصه همه گزینه ها از جمله
گزینه های متخصص
-o <ssi outfile>
فهرست SSI را به فایلی با نام هدایت کنید . به طور پیش فرض، فایل SSI می رود
به .ssi.
EXPERT OPTIONS
- 64 فایل SSI را به حالت 64 بیتی (seqfile بزرگ) وادار کنید، حتی اگر فایل seqfile کوچک باشد.
شما نمی خواهید این کار را انجام دهید مگر اینکه در حال رفع اشکال باشید.
-- خارجی
استحکام شاخص برای انجام مرتب‌سازی رکورد خود با مرتب‌سازی خارجی (روی دیسک). این فقط
برای رفع اشکال نیز مفید است.
-- اطلاعات
مشخص کنید که فایل sequence قطعا فرمت دارد ; فایل توالی بلوک
تشخیص خودکار فرمت این در خطوط لوله خودکار مفید است، زیرا بهبود می یابد
استحکام (تشخیص خودکار در مواردی که دارای شکل نادرست هستند، گاهی اوقات ممکن است اشتباه انجام شود
فایل). نمونه های رایج عبارتند از: genbank، embl، gcg، pir، Stockholm، clustal، msf، یا
فیلیپ; برای فهرست کاملی از نام‌های فرمت پذیرفته شده، به اسناد چاپی مراجعه کنید.
--pfamseq
هک برای Pfam. یک فایل FASTA را نمایه می کند که دارای خطوط شناسه است
قالب ">[نام] [دسترسی] [توضیحات اختیاری]". به طور معمول فقط دنباله
نام به عنوان کلید اصلی در یک فایل FASTA SSI نمایه می شود، اما این اجازه می دهد
نمایه سازی نام (به عنوان کلید اصلی) و الحاق (به عنوان کلید ثانویه).
از sindex آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
