snap-aligner-index - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

snap-aligner_index - برنامه هم ترازی نوکلئوتیدی مقیاس پذیر

خلاصه

snap-aligner شاخص []

شرح

به SNAP نسخه 1.0beta.18 خوش آمدید.

OPTIONS

-s اندازه بذر (پیش‌فرض: 20)

-h شلی جدول هش (پیش‌فرض: 0.3)

-hg19 از بایاس جدول از پیش محاسبه شده برای hg19 استفاده کنید که منجر به سرعت، تعادل و a بهتر می شود
شاخص کوچکتر است، اما فقط برای مرجع کامل انسانی کار می کند.

-افکتور
این پارامتر منسوخ شده است و نادیده گرفته می شود.

-tMaxThreads
حداکثر تعداد رشته های مورد استفاده را مشخص کنید. پیش فرض تعداد هسته ها است.

-B
کاراکترهایی را برای استفاده به عنوان پایان‌دهنده نام کروموزوم در خط هدر FASTA مشخص کنید.
این کاراکترها و هر چیز بعد از آن بخشی از نام کروموزوم نیستند. شما باید
همه کاراکترها را در یک واحد مشخص کنید -B تعویض. بنابراین، برای مثال، با -B_|،
خط سرصفحه FASTA '>chr1|کروموزوم 1' کروموزومی به نام 'chr1' تولید می کند.
یک پرچم جداگانه برای نشان دادن این که یک فاصله یک ترمیناتور است وجود دارد.

-bSpace
نشان می‌دهد که کاراکتر فاصله، پایان‌دهنده نام‌های کروموزوم است (نگاه کنید به -B
در بالا). این ممکن است علاوه بر پایان دهنده های دیگر مشخص شده توسط -B. -B و
-bSpace به حروف کوچک و بزرگ حساس هستند

-ppadding
تعداد N ها را برای قرار دادن به عنوان لایه بین کروموزوم ها مشخص کنید. این باید اینطور باشد
بزرگ‌ترین فاصله ویرایشی که تا به حال استفاده کرده‌اید، و عملکردی هم دارد
مزیت این است که بزرگتر از هر خواندنی است که پردازش می کنید. پیش فرض 500 است

-HistogramFile
یک هیستوگرام از محبوبیت بذر بسازید. این فقط برای اطلاع است، استفاده نمی شود
توسط اسنپ

-دقیق اندازه جدول هش را دقیقاً محاسبه کنید. این باعث کاهش سرعت ساخت ایندکس می شود، اما معمولا
منجر به شاخص های کوچکتر می شود.

اندازه کلید
تعداد بایت های مورد استفاده برای کلید جدول هش. مقادیر بزرگتر SNAP را افزایش می دهد
ردپای حافظه، اما اجازه می دهد دانه های بزرگتر. پیش فرض: 4

بزرگ شدن ایندکس بزرگ‌تر بسازید که کمی سریع‌تر باشد، به‌ویژه برای اجراها
پارامترهای سریع/نادرست اندازه ایندکس را تا حدود 30 درصد افزایش می دهد
سایر پارامترهای شاخص و محتویات ژنوم مرجع

اندازه مکان
اندازه مکان های ژنوم ذخیره شده در شاخص. این می تواند از 4 تا 8 باشد
بایت ها مکان ها باید نه تنها برای نمایه سازی ژنوم، بلکه به اندازه کافی بزرگ باشند
تا مقداری فضا برای نشان دادن بذرهایی که چندین بار اتفاق می‌افتند، فراهم کند. برای
ژنوم انسان، اگر اندازه بذر 19 یا XNUMX باشد، با چهار بایت مکان مناسب می شود
بزرگتر است، اما برای دانه های کوچکتر به 5 (یا بیشتر) نیاز دارد. بزرگتر کردن اندازه مکان
بیش از حد لازم فقط فضای (بسیاری از) را هدر می دهد، بنابراین مگر اینکه کاری انجام دهید
کاملاً غیرعادی است، پاسخ درست 4 یا 5 است. پیش فرض 4 است

-sm از یک فایل موقت برای عملکرد بهتر در حافظه کوچکتر استفاده کنید. این فقط کمی کمک می کند، اما
می تواند تفاوت باشد اگر نزدیک باشید به طور خاص، این به طور کلی مصرف کمتری خواهد داشت
پس از ساخته شدن ایندکس، از حافظه استفاده می‌کند، بنابراین اگر این کار نکرد، این کار را نخواهید کرد
به هر حال بتوان از ایندکس استفاده کرد. با این حال، اگر حافظه کافی برای شروع دارید
با، این گزینه فقط با انجام IO اضافی و بی فایده سرعت ساخت ایندکس را کاهش می دهد.

با استفاده از خدمات onworks.net از snap-aligner-index آنلاین استفاده کنید