sortmerna - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

sortmerna - ابزاری برای فیلتر کردن، نقشه برداری و برداشتن OTU خواندن NGS

خلاصه

sortmerna --مرجع db.fasta,db.idx --می خواند file.fa --هم راستا base_name_output [گزینه ها]

شرح

SortMeRNA یک ابزار تجزیه و تحلیل توالی بیولوژیکی برای فیلتر کردن، نقشه برداری و برداشت OTU است
NGS می خواند. الگوریتم هسته بر اساس تخمه های تقریبی است و اجازه می دهد تا سریع و
تجزیه و تحلیل حساس توالی های نوکلئوتیدی کاربرد اصلی SortMeRNA فیلتر کردن است
rRNA از داده های متاترانسکریپتومی. برنامه های کاربردی دیگر شامل OTU-picking و
تخصیص طبقه بندی در دسترس از طریق QIIME نسخه 1.9+ (http://qiime.org - نسخه 1.9.0-rc1).

SortMeRNA یک فایل خوانده شده (قالب سریع یا سریع) و یک یا چند rRNA را به عنوان ورودی می گیرد
فایل(های) پایگاه داده، و rRNA و خوانده های رد شده را در دو فایل مشخص شده توسط
کاربر. به صورت اختیاری، می‌تواند هم‌ترازی‌های محلی با کیفیت بالا برای خواندن rRNA در برابر آن فراهم کند
پایگاه داده rRNA SortMeRNA با داده های Illumina، 454، Ion Torrent و PacBio کار می کند و می تواند
ترازهای SAM و BLAST مانند را تولید می کند.

OPTIONS

اجباری OPTIONS
--مرجع STRING، STRING
فایل مرجع FASTA، فایل فهرست
مثال:
--مرجع /path/to/file1.fasta,/path/to/index1
در صورت ارسال چندین فایل توالی مرجع، آنها را با ":" جدا کنید.
مثال:
--مرجع /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,path/index2

--می خواند STRING
FASTA/FASTQ فایل را می خواند

--هم راستا STRING
مسیر فایل خواندنی تراز شده + نام فایل پایه (پسوند مناسب اضافه خواهد شد)

مشترک OPTIONS
--دیگر STRING
مسیر فایل خوانده شده رد شده + نام فایل پایه (پسوند مناسب اضافه خواهد شد)

--fastx بول
خروجی FASTA/FASTQ fil (پیش‌فرض: خاموش، برای خواندن تراز و/یا رد شده)

--سام بول
تراز SAM خروجی (پیش‌فرض: خاموش، فقط برای خواندن تراز شده)

--SQ بول
تگ های SQ را به فایل SAM اضافه کنید (پیش فرض: خاموش)

-- انفجار INT
ترازهای خروجی در فرمت های مختلف شبیه انفجار
0 - به صورت جفتی
1 - جدولی (Blast -m قالب 8)
2 - جدول + ستون برای سیگار
3 - جدول + ستون برای CIGAR و پوشش پرس و جو

-- ثبت نام بول
آمار کلی خروجی (پیش‌فرض: خاموش)

--num_alignments INT
گزارش اولین ترازهای INT در هر خواندن با رسیدن به E-value (پیش‌فرض: -1،
--num_alignments 0 به معنای خروجی همه ترازها است)

or (به طور پیش فرض)

--بهترین INT
با جستجو، بهترین ترازهای INT را در هر خواندن که به E-value می رسد (پیش فرض: 1) گزارش دهید
--min_lis INT صف بندی نامزدها (--بهترین 0 نشان دهنده تمام صف بندی های نامزد است
جستجو خواهد شد)

--min_lis INT
جستجوی همه ترازهایی که دارای اولین INT طولانی ترین LIS هستند (پیش فرض: 2) LIS مخفف آن است
طولانی ترین دنباله افزایشی، با استفاده از موقعیت دانه ها برای گسترش محاسبه می شود
قبل از تراز اسمیت-واترمن به مسابقات طولانی‌تری برخورد می‌کند.

--print_all_reads
خروجی رشته های تراز تهی برای خواندن های غیر تراز (پیش فرض: خاموش) به SAM و/یا
فایل های جدولی BLAST

--paired_in بول
هر دو خواندن پایان زوج وارد می شوند --هم راستا فایل fasta/q (پیش‌فرض: خاموش، خوانده‌های درهم
فقط به بخش 4.2.4 کتابچه راهنمای کاربر مراجعه کنید)

--paired_out بول
هر دو خواندن پایان زوج وارد می شوند --دیگر فایل fasta/q (پیش‌فرض: خاموش، خوانده‌های درهم
فقط به بخش 4.2.4 کتابچه راهنمای کاربر مراجعه کنید)

--همخوانی داشتن INT
امتیاز SW (عدد صحیح مثبت) برای یک مسابقه (پیش‌فرض: 2)

-- عدم تطابق INT
جریمه SW (عدد صحیح منفی) برای عدم تطابق (پیش‌فرض: -3)

--gap_open INT
جریمه SW (عدد صحیح مثبت) برای معرفی شکاف (پیش‌فرض: 5)

--gap_ext INT
جریمه SW (عدد صحیح مثبت) برای افزایش شکاف (پیش‌فرض: 2)

-N INT پنالتی SW برای حروف مبهم (N's) (پیش‌فرض: امتیاز به عنوان -- عدم تطابق)

-F بول
فقط رشته جلو را جستجو کنید (پیش‌فرض: خاموش)

-R بول
فقط رشته مکمل معکوس را جستجو کنید (پیش‌فرض: خاموش)

-a INT تعداد رشته های مورد استفاده (پیش فرض: 1)

-e دو برابر
آستانه ارزش الکترونیکی (پیش‌فرض: 1)

-m INT INT مگابیت برای بارگیری خواندن ها در حافظه (پیش فرض: 1024، حداکثر -m INT است
5872)

-v بول
پرمخاطب (پیش‌فرض: خاموش)

OTU چیدن OPTIONS
--شناسه دو برابر
آستانه تشابه %id (تراز باید همچنان از آستانه E-value عبور کند،
پیش فرض: 0.97)

-- پوشش دو برابر
% پرس و جو آستانه پوشش (ترازبندی همچنان باید از آستانه E-value عبور کند،
پیش فرض: 0.97)

--de_novo_otu بول
فایل FASTA/FASTQ برای خواندن پایگاه داده منطبق < %id
(تنظیم با استفاده از --شناسه) و < %cov (تنظیم با استفاده از -- پوشش)
(ترازبندی همچنان باید از آستانه E-value عبور کند، پیش‌فرض: خاموش)

--otu_map بول
خروجی نقشه OTU (ورودی به make_otu_table.py QIIME، پیش‌فرض: خاموش)

ADVANCED OPTIONS
برای جزئیات بیشتر به راهنمای کاربر SortMeRNA مراجعه کنید

-- پاس می دهد INT
در سه بازه زمانی که دانه را روی عدد خوانده شده قرار دهید (L طول دانه تعیین شده است
indexdb_rna(1)، پیش‌فرض: L,L/2,3)

--لبه ها INT
تعداد (یا درصد اگر INT به دنبال علامت %) نوکلئوتیدها به هر لبه اضافه شوند
خواندن قبل از تراز محلی SW (پیش‌فرض: 4)

--num_seeds INT
تعداد دانه های مطابقت داده شده قبل از جستجوی LIS نامزد (پیش فرض: 2)

--full_search بول
به جای توقف، همه موارد منطبق با دانه 0 خطا و 1 خطا را در فهرست جستجو کنید
پس از یافتن تطابق 0 خطا (<1% افزایش حساسیت با کاهش چهار برابری).
در سرعت، پیش فرض: خاموش)

-پید بول
افزودن pid به نام فایل های خروجی (پیش فرض: خاموش)

-h بول
کمک

- نسخه بول
شماره نسخه SortMeRNA

از sortmerna به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید