این دستور subread-align است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
subread-align - یک تراز کننده دقیق و کارآمد برای نگاشت هر دو قرائت DNA-seq ژنومی
و RNA-seq خوانده می شود (به منظور تجزیه و تحلیل بیان)
طریقه استفاده
زیرخوانی-تراز کردن [گزینه ها] -i -r -o -t
استدلال های مورد نیاز:
-i
نام پایه شاخص
-r
نام فایل ورودی فرمت‌های ورودی شامل fastq، fastq و fasta با gzip می‌شوند
به صورت خودکار شناسایی شود اگر جفت شود، باید نام فایل را مشخص کند
از جمله اولین خوانده ها
-t
نوع داده های توالی ورودی مقادیر آن شامل 0: داده RNA-seq 1: ژنومیک است
داده های DNA-seq
استدلال های اختیاری:
-o
نام فایل خروجی به طور پیش فرض، خروجی در فرمت BAM است.
-n
تعداد زیرخوانده های انتخاب شده، 10 به طور پیش فرض.
-m
آستانه اجماع برای گزارش یک ضربه (حداقل تعداد زیرخوانده‌هایی که در آن نقشه‌برداری می‌شوند
اجماع، وفاق) . اگر پایان جفت باشد، این آستانه توافق برای خواندن لنگر را می دهد.
3 به طور پیش فرض
-M
حداکثر تعداد پایه های نامناسب مجاز در تراز را مشخص کنید. 3 توسط
پیش فرض تطابق‌های نادرست موجود در پایه‌های با کلیپ نرم محاسبه نمی‌شوند.
-T
تعداد رشته های CPU استفاده شده، 1 به طور پیش فرض.
-I
حداکثر طول (بر حسب bp) ایندل هایی که می توان تشخیص داد. 5 به صورت پیش فرض برنامه
می تواند ایندل ها را تا 200 جفت بر ثانیه تشخیص دهد.
-B
حداکثر تعداد بهترین مکان های نقشه برداری که باید گزارش شوند. 1 به طور پیش فرض توجه داشته باشید
که -u گزینه بر آن اولویت دارد -B.
-P <3: 6>
فرمت نمرات Phred در فایل های ورودی، '3' برای phred+33 و '6' برای phred+64. '3'
به صورت پیش فرض.
-u گزارش فقط برای خواندن نقشه های منحصر به فرد. تعداد بازهای همسان (برای RNA-seq) یا
بازهای نامناسب (برای DNA-seq ژنومی) برای شکستن پیوند استفاده می شود.
-b در خروجی نقشه‌برداری، پایه‌های خواندن فضای رنگی را به پایگاه‌های خواندنی فضای پایه تبدیل کنید. توجه داشته باشید
که نقشه برداری خواندن در فضای رنگی انجام می شود.
--sv تشخیص انواع ساختاری (مانند ایندل طولانی، وارونگی، تکرار و
جابجایی) و نقاط شکست را گزارش کنید. برای نقطه شکست به راهنمای کاربران مراجعه کنید
گزارش نویسی.
-- ورودی SAM
خواندن ورودی در قالب SAM است.
--BAMinput
خواندن ورودی در قالب BAM است.
- خروجی SAM
نتیجه نقشه برداری را در قالب SAM ذخیره کنید.
-- trim5
کوتاه کردن تعداد پایه ها از انتهای 5 دقیقه هر خوانده شده. 0 به صورت پیش فرض
-- trim3
کوتاه کردن تعداد پایه ها از انتهای 3 دقیقه هر خوانده شده. 0 به صورت پیش فرض
--rg-id
ID گروه خوانده شده را به خروجی اضافه کنید.
--rg
اضافه کردن به سربرگ گروه خوانده شده (RG) در خروجی.
--DPGapOpen جریمه برای باز شدن شکاف در تشخیص کوتاه ایندل. -1 by
به طور پیش فرض
--DPGapExt
جریمه افزایش فاصله در تشخیص کوتاه ایندل. 0 به صورت پیش فرض
-تطابق DPM جریمه عدم تطابق در تشخیص کوتاه ایندل. 0 توسط
به طور پیش فرض
--DPMatch
امتیاز برای پایه های همسان در تشخیص کوتاه ایندل. 2 به صورت پیش فرض
--complexIndels
چندین ایندل کوتاه را که همزمان در یک ناحیه ژنومی کوچک رخ می‌دهند، شناسایی کنید
(این indel ها می توانند به اندازه 1bp از هم فاصله داشته باشند).
-v نسخه خروجی برنامه
آرگومان های اختیاری برای جفت پایان خوانده می شود:
-R
نام فایل شامل خواندن دوم.
-p
آستانه اجماع برای خوانده غیر لنگر (دریافت آرای کمتر از لنگر
از همان جفت بخوانید). 1 به طور پیش فرض
-d
حداقل طول قطعه/درج، 50 جفت بر ثانیه به طور پیش فرض.
-D
حداکثر طول قطعه/درج، 600 جفت بر ثانیه به طور پیش فرض.
-S
جهت خواندن اول و دوم، "fr" به طور پیش فرض (به جلو/عقب).
برای توضیح دقیق آرگومان ها به راهنمای کاربر مراجعه کنید.
با استفاده از خدمات onworks.net از subread-align آنلاین استفاده کنید
