sumtrees - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

sumtrees - خلاصه و حاشیه نویسی درخت فیلوژنتیک

خلاصه

sumtrees [-من FORMAT] [-b سوختن در] [--force-rooted] [--force-unrooted]

شرح

SumTrees برنامه ای برای خلاصه کردن غیر پارامتری بوت استرپ یا بیزی خلفی است.
پشتیبانی احتمالی برای شکاف یا کلاد روی درختان فیلوژنتیک.

اساس ارزیابی پشتیبانی معمولاً توسط مجموعه ای از ناپارامتریک ها ارائه می شود
نمونه‌های درخت تکراری بوت استرپ که توسط برنامه‌هایی مانند GARLI یا RAxML یا توسط یک مجموعه تولید می‌شوند.
نمونه های درخت MCMC تولید شده توسط برنامه هایی مانند Mr. Bayes یا BEAST. نسبت از
درختان از نمونه هایی که در آن شکاف خاصی یافت می شود به عنوان درجه در نظر گرفته می شود
پشتیبانی از آن تقسیم همانطور که توسط نمونه ها نشان داده شده است. نمونه هایی که پایه و اساس هستند
پشتیبانی را می توان در چندین فایل توزیع کرد و یک گزینه Bur-in اجازه می دهد
تعداد اولیه درختان در هر فایل در صورت عدم وجود آنها از تجزیه و تحلیل حذف می شوند
در نظر گرفته می شود که از توزیع حمایت واقعی گرفته شده است.

مجموعه‌های درختان را خلاصه می‌کند، به عنوان مثال، نمونه‌های MCMC از توزیع پسین،
تکرارهای غیر پارامتریک بوت استرپ، نقشه برداری احتمال، پشتیبانی یا فرکانس پسین
که شکاف ها/کلادها در مجموعه منبع درختان روی درخت هدف یافت می شوند.

OPTIONS

منبع گزینه های ارسال:
TREE-FILEPATH
منبع(های) درختان به طور خلاصه. حداقل یک منبع معتبر از درختان باید وجود داشته باشد
ارائه شده است. برای مشخص کردن خواندن از ورودی استاندارد از «-» استفاده کنید (توجه داشته باشید که این نیاز دارد
فرمت فایل ورودی به صراحت با استفاده از گزینه "--source-format" تنظیم شود).

-i فرمت، --input-format فرمت، ---منبع-قالب FORMAT
قالب تمام درختان ورودی (پیش‌فرض برای مدیریت NEXUS یا NEWICK از طریق
بازرسی؛ در صورت شناخته شدن، تعیین صریح قالب کارآمدتر است).

-b سوختن در، --سوختن در سوختن در
تعداد درخت هایی که باید از ابتدای *هر* فایل درختی هنگام شمارش رد شوند
پشتیبانی (پیش‌فرض: 0).

--با ریشه اجباری, --نشات گرفتن
درختان مبدا را به عنوان ریشه دار در نظر بگیرید.

-- زور بدون ریشه, -- روت نشده
درختان مبدا را بدون ریشه در نظر بگیرید.

-v, -- فرامتری - دقت, --شاخه-طول-اپسیلون
دقت استفاده در هنگام اعتبارسنجی اولترا متریسیته (پیش‌فرض: 1e-05؛ 0 را مشخص کنید تا
غیرفعال کردن اعتبار سنجی).

-- درختان وزن دار
از وزن درختان (همانطور که با علامت نظر '[&W m/n] نشان داده شده است) برای وزن استفاده کنید
سهم شکاف های یافت شده در هر درخت در فرکانس های تقسیم کلی.

--حفظ-خارج
هنگام خواندن، زیرخط‌های محافظت نشده (بدون نقل قول) را به فاصله تبدیل نکنید
درخت های فرمت NEXUS/NEWICK.

--taxon-name-filepath مسیر فایل
مسیر فایل فهرستی از نام‌های تاکسون یا برچسب‌هایی که در سراسر آن یافت می‌شوند
کل مجموعه درختان منبع این فایل باید یک فایل متنی ساده با یک تک باشد
لیست نام در هر خط این فایل فقط هنگام چند پردازش خوانده می شود ('-M' یا '-m')
درخواست می شود. هنگام چند پردازش با استفاده از گزینه های '-M' یا '-m'، نام همه تاکسون ها
باید قبل از هر تحلیل درخت واقعی تعریف شود. به طور پیش فرض این کار انجام می شود
با خواندن اولین درخت در منبع درخت اول و استخراج نام تاکسون.
در بهترین حالت، این کار ناکارآمد است، زیرا شامل خواندن بیگانه از درخت است. در
بدتر از همه، این می تواند اشتباه باشد، اگر درخت اول شامل همه گونه ها نباشد.
ارائه صریح نام تاکسون ها از طریق این گزینه می تواند از این مشکلات جلوگیری کند.

هدف درخت توپولوژی گزینه های ارسال:
-t فایل، --target-tree-filepath فایل
خلاصه کردن پشتیبانی و سایر اطلاعات از درختان منبع تا توپولوژی یا
توپولوژی های داده شده توسط درخت(های) شرح داده شده در FILE. اگر هدف مشخصی برای استفاده وجود نداشته باشد
توپولوژی ها داده می شود، سپس یک توپولوژی خلاصه به عنوان هدف استفاده می شود. استفاده کنید
'-s' یا '--summary-target' برای تعیین نوع درخت خلاصه مورد استفاده.

-s SUMMARY-TYPE، -- خلاصه-هدف SUMMARY-TYPE
پشتیبانی و سایر اطلاعات را از درخت های مبدأ به یکی بسازید و خلاصه کنید
از توپولوژی های خلاصه زیر: - "توافق"

درخت اجماع حداقل فرکانس
آستانه کلادهایی که باید گنجانده شوند را می توان با استفاده از "-f" یا مشخص کرد
پرچم های '--min-clade-freq'. اگر درخت هدف مشخص شده توسط کاربر باشد، این پیش فرض است
از طریق گزینه های '-t' یا '--target-tree-filepath' داده نمی شود.

- 'mcct'
حداکثر درخت اعتبار کلاد. درخت از مجموعه منبع که حداکثر می کند
*محصول* احتمالات پسین کلاد.

- "msct"
حداکثر درخت اعتبار کلاد. درخت از مجموعه منبع که حداکثر می کند
*محصول* احتمالات پسین کلاد.

هدف درخت مکمل گزینه های ارسال:
-f #.##، --min-consensus-freq #.##، -- دقیقه فرکانس #.##، --min-clade-freq #.##
اگر از یک استراتژی خلاصه سازی درخت اجماع استفاده می کنید، این حداقل است
فرکانس یا احتمال یک کلاد یا شکاف در نتیجه گنجانده شود
درخت (پیش‌فرض: > 0.5).

--allow-unknown-target-tree-taxa
اگر درخت(های) هدف دارای گونه هایی هستند که قبلاً با آنها مواجه نشده اند، با خطا شکست نخورید
درختان منبع یا تعریف شده در فایل کشف تاکسون.

هدف درخت ریشه گزینه های ارسال:
---root-target-at-outgroup TAXON-LABEL
درخت(های) هدف را با استفاده از تاکسون مشخص شده به عنوان برون گروه ریشه کنید.

---root-target-at-midpoint
درخت(های) هدف ریشه در نقطه میانی.

-- set-outgroup TAXON-LABEL
درختان هدف را بچرخانید، به گونه ای که تاکسون مشخص شده در موقعیت برونگروه باشد، اما
ریشه زایی درخت هدف را به صراحت تغییر ندهید.

هدف درخت لبه گزینه های ارسال:
-e استراتژی، -- مجموعه لبه ها استراتژی، --لبه ها استراتژی
طول لبه درختان هدف یا خلاصه را بر اساس مشخص شده تنظیم کنید
استراتژی خلاصه سازی: - "میانگین طول"

طول لبه ها روی میانگین تنظیم می شود
طول شکاف یا کلاد مربوطه در درختان منبع.

- "طول متوسط"
طول لبه ها به میانه تنظیم می شود

طول شکاف یا کلاد مربوطه
درختان منبع

- 'سن متوسط'
طول لبه ها به گونه ای تنظیم می شود که سن گره های فرعی برابر باشد
میانگین سن شکاف یا کلاد مربوطه در درختان مبدا. درختان منبع
برای این گزینه باید اولترامتریک باشد.

- "سن متوسط"
طول لبه ها به گونه ای تنظیم می شود که سن گره های فرعی برابر باشد
سن متوسط ​​شکاف یا کلاد مربوطه در درختان مبدا. منبع
درختان برای این گزینه باید اولترامتریک باشند.

- حمایت کردن
طول لبه ها به مقدار پشتیبانی برای تقسیم نشان داده شده توسط
حاشیه، غیرمتمرکز.

- 'نگاه داشتن'
طول لبه های موجود را تغییر ندهید. اگر درخت(های) هدف باشند، این پیش فرض است
منبع از یک فایل خارجی با استفاده از گزینه '-t' یا '--targettree-filepath'

- "روشن"
در صورت وجود طول لبه از درختان هدف پاک می شود.

توجه داشته باشید تنظیمات پیش فرض با توجه به آن متفاوت است
زیر، به ترتیب اولویت: (1) اگر درختان هدف با استفاده از '-t' مشخص شده باشند
or

گزینه "--target-tree-filepath" و سپس لبه پیش فرض
استراتژی خلاصه سازی این است: "نگهداری".

(2) اگر درختان هدف مشخص نشده باشند، اما
گزینه '--summarize-node-ages' مشخص شده است، سپس خلاصه سازی پیش فرض لبه ها
استراتژی عبارت است از: «میانگین سن».

(3) اگر درخت هدف مشخص نشده باشد و
سن گره برای خلاصه سازی مشخص نشده است، سپس خلاصه سازی لبه پیش فرض
استراتژی این است: "میانگین طول".

--نیروی-حداقل-طول لبه FORCE_MINIMUM_EDGE_LENGTH
(اگر طول لبه ها را تنظیم کنید) تمام لبه ها را مجبور کنید حداقل این طول باشند.

-- فروپاشی - لبه های منفی
(در صورت تنظیم طول لبه) سن گره والد را مجبور می کند که حداقل به اندازه سن آن باشد
بزرگ ترین فرزند هنگام جمع بندی سن گره ها.

هدف درخت حاشیه نویسی گزینه های ارسال:
- خلاصه کردن-گره-سنین, -- اولترا متریک, ---گره سن
فرض کنید درختان مبدأ فوق‌العاده هستند و سنین گره (فاصله‌ها از
نکات).

-l {پشتیبانی، نگه داشتن، روشن}، --برچسب ها {پشتیبانی، حفظ، پاک کردن}
برچسب‌های گره درخت(های) خلاصه یا هدف را تنظیم کنید: - "پشتیبانی"

برچسب‌های گره روی مقدار پشتیبانی برای تنظیم می‌شوند
کلاد نشان داده شده توسط گره. این پیش فرض است.

- 'نگاه داشتن'
برچسب‌های گره موجود را تغییر ندهید.

- "روشن"
برچسب های گره در صورت وجود از درختان هدف پاک می شوند.

-- سرکوب- حاشیه نویسی, -- بدون حاشیه نویسی
گره‌ها و لبه‌ها را با ابرداده‌های خلاصه‌سازی مانند حاشیه‌نویسی نکنید
مقادیر as.support، طول لبه و/یا آمار خلاصه سن گره و غیره.

پشتیبــانی اصطلاح گزینه های ارسال:
-p, -- درصد
پشتیبانی شعبه را به صورت درصد مشخص کنید (در غیر این صورت، به عنوان نسبت توسط
پیش فرض)

-d #, --اعداد اعشاری #
تعداد ارقام اعشاری برای نشان دادن مقادیر پشتیبانی (پیش‌فرض: 8).

تولید گزینه های ارسال:
-o مسیر فایل، --output-tree-filepath مسیر فایل، -- خروجی مسیر فایل
مسیر فایل خروجی (اگر مشخص نشده باشد، به خروجی استاندارد چاپ می شود).

-F {nexus,newick,phylip,nexml}، --output-tree-format {nexus,niwick,phylip,nexml}
فرمت فایل درختی خروجی (اگر مشخص نشده باشد، فرمت ورودی پیش‌فرض است، اگر این باشد
به صراحت مشخص شده است، یا در غیر این صورت 'Nexus').

-x پیشوند، - خروجی گسترده پیشوند
در صورت مشخص شدن، اطلاعات خلاصه سازی گسترده تولید خواهد شد که شامل
فایل های زیر: - ' .topologies.trees'

مجموعه ای از توپولوژی های موجود در منابع
با احتمالات پسین مرتبط آنها به عنوان حاشیه نویسی فراداده گزارش شده است.

-' .bipartitions.trees'
مجموعه ای از دوپارتیشن ها که هر کدام به صورت درختی نشان داده می شوند و مرتبط هستند
اطلاعات به عنوان یادداشت های فراداده

-' .bipartitions.tsv'
جدول فهرست بندی دوپارتیشن ها به عنوان الگوی گروهی به عنوان ستون کلید و اطلاعات
در نظر گرفتن هر دو بخش به عنوان ستون های باقی مانده.

-' .edge-lengths.tsv'
لیست دوپارتیشن ها و طول لبه های مربوطه. فقط در صورت طول لبه ایجاد می شود
خلاصه می شوند

-' .node-ages.tsv'
لیست دوپارتیشن ها و سنین مربوطه. فقط در صورتی تولید می شود که سن گره باشد
خلاصه

--بلاک بدون مالیات
هنگام نوشتن خروجی فرمت NEXUS، یک بلوک طبقه بندی را در خروجی وارد نکنید
treefile (در غیر این صورت به طور پیش فرض بلوک گونه ایجاد می کند).

--بدون تحلیل- فرااطلاعات, --بدون متا-کامنت
فرااطلاعاتی را که پارامترهای خلاصه سازی را توصیف می کنند درج نکنید
جزئیات اجرا

-c ADDITIONAL_COMMENTS، --اضافی-نظرات ADDITIONAL_COMMENTS
نظرات تکمیلی به فایل خلاصه اضافه می شود.

-r, --جایگزین کردن
فایل خروجی را جایگزین/بازنویسی کنید بدون اینکه بپرسید آیا از قبل وجود دارد یا خیر.

موازی پردازش گزینه های ارسال:
-M, -- حداکثر چند پردازش
در حالت موازی با استفاده از تعداد پردازنده های موجود، حداکثر تا تعداد، اجرا شود
منابع

-m NUM-PROESSES، -- چند پردازش NUM-فرآیند
اجرا در حالت موازی با حداکثر NUMPROCESSES فرآیند ("حداکثر" یا "#"
به این معنی است که به تعداد هسته‌های موجود در ماشین محلی، در فرآیندهایی اجرا شود. یعنی
مانند تعیین "-M" یا "--maximummultiprocessing").

برنامه ورود به سیستم گزینه های ارسال:
-g LOG-FREQUENCY، ---log-frequency LOG-FREQUENCY
فرکانس ثبت پیشرفت پردازش درختی (پیش‌فرض: 500؛ برای سرکوب روی 0 تنظیم کنید).

-q, --ساکت
تمام پیام‌های ثبت‌نام، پیشرفت و بازخورد را متوقف کنید.

برنامه خطا گزینه های ارسال:
--نادیده گرفتن-فقدان-پشتیبانی
فایل های درخت پشتیبانی گم شده را نادیده بگیرید (توجه داشته باشید که حداقل یکی باید وجود داشته باشد).

برنامه اطلاعات گزینه های ارسال:
-h, --کمک
نمایش اطلاعات راهنما برای برنامه و خروج.

-- نقل قول
نمایش اطلاعات نقل قول برای برنامه و خروج.

- مثال‌های استفاده
نمایش نمونه های استفاده از برنامه و خروج.

--توصیف کردن
اطلاعات مربوط به نصب و خروج DendroPy و Python خود را نشان دهید.

AUTHORS

جیت سوکوماران و مارک تی هولدر

از sumtrees به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید