این دستور TMalign است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
TMalign - تراز ساختار پروتئین
خلاصه
TMalign structure.pdbtarget.pdb[گزینه های]
شرح
TMalign یک تراز ساختاری پروتئین ها را انجام می دهد. تراز توسط TM- نمره گذاری می شود
الگوریتم امتیاز
OPTIONS
هنگامی که بدون گزینه شروع می شود، خلاصه ای از دستورات داده می شود. با دو ساختار پروتئینی
به عنوان آرگومان ارائه شده، امتیاز TM از طول پروتئین دوم استفاده می کند
عادی شده است. تراز ساختاری نهایی نسبت به هر یک از گزینه های زیر تغییر نمی کند.
-L عدد امتیاز TM را با طول اختصاص داده شده (به aa) عادی می کند
-a امتیاز TM را با طول متوسط دو ساختار عادی می کند
-b امتیاز TM را با طول کوتاهتر از دو ساختار عادی می کند
-c امتیاز TM را با طول بیشتر از دو ساختار عادی می کند
-o نام فایل TM-align را اجرا کنید و برهم نهی را در "filename.sup" و خروجی بگیرید
'filename.sup_all'. فایل های خروجی به عنوان اسکریپت برای برنامه عمل می کنند رسمول به
ساختارهای روی هم قرار داده شده فراخوانی مناطق تراز را مشاهده کنید
'rasmol -script TM.sup' برای مشاهده ساختارهای روی هم قرار داده شده در همه مناطق
'rasmol -script TM.sup_all'.
از TMalign به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
