vecscreen - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

vecscreen - بخش‌های اسید نوکلئیک را با منشا ناقل ممکن پیدا کنید

خلاصه

vecscreen [-] [-d خ] [-f N] [-i نام فایل] [-o نام فایل]

شرح

vecscreen سیستمی برای شناسایی سریع بخش هایی از یک توالی اسید نوکلئیک است که ممکن است
منشاء برداری داشته باشد. NCBI توسعه یافته است vecscreen برای به حداقل رساندن بروز و تاثیر
آلودگی برداری در پایگاه های داده توالی عمومی استفاده از کارکنان حاشیه نویسی GenBank vecscreen
برای تأیید اینکه دنباله‌های ارسال شده برای گنجاندن در پایگاه داده رایگان هستند
توالی ناقل آلوده هر دنباله ای را می توان از نظر آلودگی ناقل با استفاده از غربالگری کرد
vecscreen.

vecscreen پرس و جوی بخش هایی را جستجو می کند که با هر دنباله ای در یک غیر تخصصی مطابقت دارند.
پایگاه داده برداری اضافی (UniVec). جستجو با استفاده از BLAST با پارامترهای از پیش تعیین شده برای
تشخیص بهینه آلودگی ناقل بخش هایی از پرس و جو که بردار را مطابقت می دهند
سکانس ها با توجه به قدرت مسابقه دسته بندی می شوند و مکان آنها می باشد
نمایش داده می شود (نمونه نتیجه مثبت را ببینید).

vecscreen برای بررسی سریع توالی اسید نوکلئیک برای وجود ناقل طراحی شده است
آلودگی و نشان دادن اینکه کدام بخش های داخل دنباله ممکن است منشاء برداری داشته باشند.
اگرچه vecscreen جستجو در برابر UniVec بردار را که بیشتر است شناسایی نمی کند
منبع احتمالی آلودگی، این را معمولاً می توان از تاریخچه شبیه سازی استنباط کرد
از DNA توالی شده

OPTIONS

خلاصه ای از گزینه ها در زیر آمده است.

- پیام مصرف چاپ

-d خ پایگاه داده (پیش فرض = UniVec)

-f N فرمت خروجی:
0 قالب HTML، با ترازها (پیش‌فرض)
1 فرمت HTML، بدون تراز
2 فهرست متن، با تراز
3 لیست متن، بدون تراز

-i نام فایل
فایل پرس و جو (پیش فرض = stdin)

-o نام فایل
فایل خروجی گزارش VecScreen (پیش‌فرض = stdout)

با استفاده از خدمات onworks.net از vecscreen به صورت آنلاین استفاده کنید