xcrysden - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

xcrysden - بصری ساز ساختار کریستالی و مولکولی

خلاصه

xcrysden [گزینه های ویژه]
xcrysden [گزینه های ویژه] قالب-گزینه ها پرونده|فهرست راهنما

شرح

XCrySDen یک برنامه تجسم ساختار کریستالی و مولکولی است که هدف آن
نمایش سطوح و خطوط هم سطح که می توانند بر روی ساختارهای کریستالی قرار گیرند
و به صورت تعاملی چرخش و دستکاری شد.

ویژه OPTIONS

-h
--کمک
نمایش پیام راهنما

-v
- نسخه
نمایش اطلاعات نسخه برنامه

-u id
--استفاده کنید id
بارگذاری XCrySDen در پنجره کانتینر با window-ID=id.

-r خورشید
--کاهش دادن خورشید
بعد دوره ای فایل XSF را به کاهش دهید خورشید. باید قبلا مشخص شود --xsf گزینه،
به عنوان مثال، xcrysden -r 2 --xsf پرونده.

-c پرونده
--سفارشی پرونده
تعاریف سفارشی را از یک فایل مشخص بارگیری کنید (سینتکس آن است
~/.xcrysden/تعریفات سفارشی).

-a پرونده
--ویژگی های پرونده
بارگذاری ویژگی ها از فایل فرمت فایل ویژگی ها به صورت زیر است:

عنصر رنگ
عدد اتمی 1 red1 blue1 green1
عدد اتمی 2 red2 blue2 green2
...
ELEMENTRADIUS
عدد اتمی 1 شعاع 1
عدد اتمی 2 شعاع 2
...

-l پرونده
-- چراغ ها پرونده
بارگذاری پارامترهای چراغ ها از فایل فرمت شده چراغ های XCrySDen.

FORMAT OPTIONS

--xsf پرونده
بارگذاری ساختار از فایل فرمت شده XCrySDen's-Structure-File (XSF).

--animxsf پرونده
--axsf پرونده
بارگذاری ساختارها از فایل فرمت شده Animated-XCrySDen's-Structure-File (AXSF).

--bxsf پرونده
باندها را از فایل BXSF (Band-XSF) بارگیری کنید و سطح فرمی را تجسم کنید.

--xmol پرونده
--xyz پرونده
بارگذاری ساختار از فایل فرمت شده XYZ.

--pdb پرونده
بارگذاری ساختار از فایل فرمت شده PDB.

--گزمت پرونده
ساختار بار از ماتریس Z گاوسی (به برنامه Open-Babel نیاز دارد).

--gaussian_out پرونده
--gxx_out پرونده
--g98_out پرونده
ساختار بارگذاری از فایل خروجی گاوسی. فقط محاسبه تک امتیازی و
اجرای بهینه سازی تاکنون پشتیبانی شده است. برای اجرای بهینه سازی ممکن است
تمام ساختارهایی که در طول اجرا تولید شدند را رندر کنید.

-- مکعب پرونده
--gXX_مکعب پرونده
--g98_cube پرونده
ساختار بارگذاری از فایل مکعب گاوسی. فایل مکعب باید با
گزینه Cube=Cards. فقط فایل‌های مکعب اسکالر پشتیبانی می‌شوند، یعنی Cube=(کارت‌ها، تراکم)
یا Cube=(کارت ها،اوربیتال ها) یا Cube=(کارت ها،پتانسیل). برای این کار به کتابچه راهنمای GAUSSIAN مراجعه کنید
معنی این کلمات کلیدی

--crystal_inp پرونده
ساختار بار از CRYSTAL (http://http://www.crystal.unito.it/) فایل ورودی.

--crystal_f9 پرونده
ساختار بار از CRYSTAL (http://http://www.crystal.unito.it/) فرترن واحد 9.

--wien_struct سر فایل|پرونده|فهرست راهنما
ساختار بار از WIEN2k (http://www.wien2k.at/) struct-file، که در آن:

سر فایل = نام فایل ساختار بدون .ساختار افزونه،
پرونده = نام فایل،
فهرست راهنما = نام دایرکتوری مورد.

--wien_kpath فهرست راهنما|struct-file
خواندن ساختار فایل و اولین منطقه بریلوین را با K-point های ویژه رندر کنید. مسیر K می تواند باشد
به صورت تعاملی با کلیک کردن روی نقاط k خاص انتخاب شده است. کاربر باید مشخص کند EMIN
و EMAX انرژی ها و تعداد کل نقاط k در طول مسیر. این عدد صرفا
تخمینی از تعداد کل نقاط k، زیرا XCrySDen سعی می کند بسیار یکنواخت شود
نمونه برداری از k-نقطه در طول مسیر (WIEN2k حداکثر تعداد مجاز k- را مشخص نکنید
امتیاز، زیرا XCrySDen ممکن است چند امتیاز بیشتر ایجاد کند).

--wien_renderdensity فهرست راهنما
خواندن ساختار, تولیدو ریو فایل ها و رندر ساختار کریستالی و از پیش محاسبه شده است
چگالی بار

--wien_density فهرست
منطقه دو بعدی یا سه بعدی برای محاسبه چگالی بار به صورت تعاملی توسط انتخاب می شود
کلیک ماوس XCrySDen تولید می کند در 5 فایل(ها)، چگالی شارژ را محاسبه و ارائه می کند
یا به صورت خطوط ایزولاین/رنگی (2D) یا هم سطحی (3D).

--wien_fermisurface فهرست راهنما
یک پنجره کار برای ایجاد سطح فرمی باز کنید. بعد از چند قدم فرمی
سطح (امیدوارم) به صورت هم سطح سه بعدی ترسیم شده است.

--fhi_inpini پرونده
ساختار بار از FHI98MD inp.ini فایل فرمت شده

--fhi_coord پرونده
ساختار بار از FHI98MD هماهنگ کردن فایل فرمت شده

--pwi
--pw_inp پرونده
ساختار بار از pw.x ورودی فایل. pw.x یک برنامه موج هواپیمای شبه پتانسیل است
توزیع کوانتومی-اسپرسو (http://www.quantum-espresso.org/).

-- pwo
--pw_out پرونده
ساختار بار از pw.x تولید فایل. pw.x یک برنامه موج هواپیمای شبه پتانسیل است
توزیع کوانتومی-اسپرسو (http://www.quantum-espresso.org/).

-s خط
- متن خط
اسکریپت را از فایل حاوی اسکریپت Tcl بارگیری کنید.

از xcrysden آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید