این دستور xplor2gmx است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
xplor2gmx - محدودیت های فاصله XPLOR را به فرمت Gromacs تبدیل کنید
خلاصه
xplor2gmx (بقایای انحراف) input.pdb
شرح
xplor2gmx یک فایل ورودی XPLOR را با داده های محدودیت فاصله که گاهی اوقات در آن یافت می شود می خواند
پایگاه داده pdf (http://www.pdb.org). از این فایل ورودی محدودیت های دو وجهی باید باشد
حذف شده، به طوری که فقط محدودیت های فاصله باقی مانده است. فیلمنامه می تواند ابهامات را مدیریت کند
محدودیت ها محدودیت های فاصله را به فرمت GROMACS تبدیل می کند.
یک فایل محدودیت (.dat) باید در STDIN ارائه شود و یک فایل خروجی مناسب (.itp) است.
به STDOUT ارسال شد.
مثال ها
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb < restraints.dat > disre.itp
OPTIONS
xplor2gmx به دو گزینه خط فرمان نیاز دارد: اول، افست باقی مانده (عدد صحیح). دومین،
نام فایل .pdb. فایل pdf باید دارای اعداد اتمی صحیح باشد.
با استفاده از خدمات onworks.net از xplor2gmx به صورت آنلاین استفاده کنید
